经过几轮调试和修改,共线性图终于可以上眼了.如下: 图中红色的为目标基因,蓝色的为reference species目标基因周围15个基因,天蓝色为再往外15个基因,黄色为与reference species存在的共线性,灰色为相邻物种间的共线性. 标注有物种信息,scaffold信息,并用颜色加以区分物种的不同属性. 最后一章的代码和思路更新见公众号. 接下来公众号将继续更新R画图和文献等内容.…

比较基因组学中,共线性的分析的图无疑是最漂亮的. 共线性分析可以很好地解释进化关系和多倍化事件. 本文主要介绍的是唐老师的Python版McScan(jcvi工具包),这个包很强大,但是其功能在官网的说明并不详细,在众人的博客中也比较零散. 我刚使用这个包的时候(2017年)还很难安装,需要预装各种依赖,不过现在的同学们很幸福了,可以直接用pip一键安装了. 软件包链接:https://github.com/tanghaibao/jcvi 安装过程很简单: pip install jcvi pi…

# -*- coding:utf-8 -*-# <python for data analysis>第九章# 数据聚合与分组运算import pandas as pdimport numpy as npimport time # 分组运算过程 -> split-apply-combine# 拆分 应用 合并start = time.time()np.random.seed(10)# 1.GroupBy技术# 1.1.引文df = pd.DataFrame({ 'key1': ['a',…

python使用matplotlib画图 matplotlib库是python最著名的画图库.它提供了一整套和matlab类似的命令API.十分适合交互式地进行制图. 先介绍了怎样使用matplotlib进行柱状图的绘制 使用matplotlib进行柱状图的绘制仅仅须要三个步骤 第一:导入matplotlib包 第二:调用bar函数进行设置 第三:调用show( )将其显示就可以 当中bar函数提供了很多參数,比如left.height.width.label.yerr等等,以下进行一一说明:…

如何在Python中快速画图--使用Jupyter notebook的魔法函数(magic function)matplotlib inline 先展示一段相关的代码: #we test the accuracy of knn and find the k which makes the biggest accuracy k_range=list(range(1,26))#[1,25] scores=[] for k in k_range: knn=KNeighborsClassifier(n_…

炼数成金数据分析课程---10.python中如何画图 一.总结 一句话总结: 主要matplotlib库,pandas中也可以画一些基础图 大纲+实例快速学习法 1.matplotlib的最简单画图操作是什么? 1.import matplotlib.pyplot as plt 2.plt.plot([1,2,3,2,3,2,2,6]) #这是y数据,自动生成x轴数据 3.plt.show() import matplotlib.pyplot as plt #####matplotlib创建图…

  通过游戏学python 3.6 第一季 第九章 实例项目 猜数字游戏--核心代码--猜测次数--随机函数和屏蔽错误代码--优化代码及注释--简单账号密码登陆--账号的注册查询和密码的找回修改--锁定账号--锁定次数--菜单功能'menufile   #猜数字--核心代码--猜测次数--随机函数和屏蔽错误代码---优化代码及注释--简单账号密码登陆--账号的注册查询和密码的找回修改--锁定账号--锁定次数--菜单功能'menufile' #!usr/bin/env python #-*-cod…

  猜数字游戏--核心代码--猜测次数   #猜数字--核心代码--猜测次数 number=33 amount=3 count=0 while count<=amount: conversion=input('请猜数字') guess=int(conversion) if guess == number: print('猜对了') break elif guess > number: print('大了') else: print('小了') count=count+1 if count==a…

本来是不会再写这个文档的,但是由于长时间没有用这个模块,这个模块不知道是我自己弄掉了,还是别的同学误删了,于是我重新安装一下. 首先下载conda,并下载好python which pip 直接安装 注意: 1. 请下载conda3版本,本模块由python3支持: 2. home目录和电脑C盘一样,如果home空间有限,请安装在其他目录下: 3. 将python执行路劲写进bashrc(类似Windows的注册表) 等着就行了: 其他模块自己安装就行了(Knet tools, Bedtools…

打算学习python,但是又不想单纯地看书或是写个小项目,干脆引入很流行的翻译学习法来学习吧-         在论坛上看到了国外的一本<Learn Python the hard Way>,评价挺高的,虽然貌似已经有大神推出了译文版,但不影响我推出小白译文的决心-毕竟我只是学习,不是为了推广嘛-         翻译贵在坚持,翻的好不好在其次.但愿我不要三天打鱼两天晒网,加油-以下是第一章绪论- 链接地址:http://learnpythonthehardway.org/book/intro…