共线性分析-MCscan - python (jcvi)】的更多相关文章

本来是不会再写这个文档的,但是由于长时间没有用这个模块,这个模块不知道是我自己弄掉了,还是别的同学误删了,于是我重新安装一下. 首先下载conda,并下载好python which pip 直接安装 注意: 1. 请下载conda3版本,本模块由python3支持: 2. home目录和电脑C盘一样,如果home空间有限,请安装在其他目录下: 3. 将python执行路劲写进bashrc(类似Windows的注册表) 等着就行了: 其他模块自己安装就行了(Knet tools, Bedtools…
预测分析建模 Python与R语言实现 目录 前言 第1章 分析与数据科学1第2章 广告与促销10第3章 偏好与选择24第4章 购物篮分析31第5章 经济数据分析42第6章 运营管理56第7章 文本分析72第8章 情感分析93第9章 体育分析132第10章 空间数据分析146第11章 品牌和价格165第12章 大型的小数字游戏188附录A 数据科学方法191附录B 测量方法204附录C 案例研究212附录D 编码和脚本226参考文献259 下载地址:https://pan.baidu.com/s…
软件简介 MCScanX工具集对MCScan算法进行了调整,用于检测共线性和同线性区域,还增加了可视化和下游分析..MCscanX有三个核心工具,以及12个下游分析工具. 软件安装 进入官网http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/#tm,下载安装 1 unzip MCscanX.zip 2 cd MCScanX 3 make 软件使用 所需要文件 两个或多个物种的gff文件,蛋白序列(** 该软件最多能做5个物种的共线性) 第一步:构建索引,进行blastp比对 注…
分享点干货!!! Python数据抓取分析 编程模块:requests,lxml,pymongo,time,BeautifulSoup 首先获取所有产品的分类网址: def step(): try: headers = { ..... } r = requests.get(url,headers,timeout=30) html = r.content soup = BeautifulSoup(html,"lxml") url = soup.find_all(正则表达式) for i…
在17的四月份,我曾经写了一篇关于网易云音乐爬虫的文章,还写了一篇关于评论数据可视化的文章.在这大半年的时间里,有时会有一些朋友给我发私信询问一些关于代码方面的问题.所以我最近抽空干脆将原来的代码整理了一下,做成了一个Python模块NetCloud放在Pypi上了.目前只是对原来的代码做了一些整理与重构,功能还很不完善,后续打算抽空继续完善,如果有人用的话可能会长期维护下去. 目前只需要使用命令pip install NetCloud 即可以完成模块的安装,支持Windows与Linux系统,…
绪论 最近做课题,需要分析短文本的标签,在短时间内学习了自然语言处理,社会标签推荐等非常时髦的技术.我们的需求非常类似于从大量短文本中获取关键词(融合社会标签和时间属性)进行用户画像.这一切的基础就是特征词提取技术了,本文主要围绕关键词提取这个主题进行介绍(英文). 不同版本python混用(官方用法) Python2 和python3 是一个神一般的存在,如何让他们共存呢,直到我用了pycharm我才知道为啥这么多人选择它,如下图所示配置两个目录直接可以混用了,叼炸天. 插播一个广告,想修改p…
分享点干货!!! Python数据抓取分析 编程模块:requests,lxml,pymongo,time,BeautifulSoup 首先获取所有产品的分类网址: def step(): try: headers = { ..... } r = requests.get(url,headers,timeout=30) html = r.content soup = BeautifulSoup(html,"lxml") url = soup.find_all(正则表达式) for i…
几年前,敲诈者木马还是一个默默无闻的木马种类.然而,由于其极强的破坏力和直接且丰厚的财富回报,敲诈者木马这几年已经一跃成为曝光率最高的木马类型——甚至超越了盗号木马.远控木马.网购木马这传统三强.与此同时,各种敲诈者木马也在不断推陈出新,变着花样地出现在分析人员的视野中. 私信小编007即可自动获取大量Python视频教程,还有各类PDF! 去年,360安全团队就发现了一款使用PHP语言编写的敲诈者木马(具体内容参考<用世界上最好的编程语言写成的敲诈者木马>).最近,一款使用Python语言编…
我想大部分程序员的第一个程序应该都是“hello world”,在深度学习领域,这个“hello world”程序就是手写字体识别程序. 这次我们详细的分析下手写字体识别程序,从而可以对深度学习建立一个基本的概念. 1.初始化权重和偏置矩阵,构建神经网络的架构 import numpy as np class network(): def __init__(self, sizes): self.num_layers = len(sizes) self.sizes = sizes self.bia…
偶然看了一下python的部分源代码,感觉python的作者写的代码真心很美,简洁美观,学习之. 举几个例子抛砖引玉一下: def removedirs(name): """removedirs(path) Super-rmdir; remove a leaf directory and all empty intermediate ones. Works like rmdir except that, if the leaf directory is successfull…