一代测序中primary和secondary

2024-08-23

Secondary ,Supplementary alignment 和bwa mem的-M -Y参数

1.supplementary alignment supplementary alignment是指一条read的一部分和参考区域1比对成功,另一部分和参考区域2比对成功,参考区域1和参考区域2没有交集(或很少),那么一条read就会产生两条sam文件, 将其中的一条sam文件作为represent alignment,而另一条作为supplementary alignment (flag为2048). 将上面的fastq文件去跑bwa,read有两条sam文件,第二条的flag值为2048:

测序中Q20 Q30 Q40

你能给别人讲清楚这个概念吗? 二代测序中,每测一个碱基会给出一个相应的质量值,这个质量值是衡量测序准确度的.碱基的质量值13,错误率为5%,20的错误率为1%,30的错误率为0.1%.行业中Q20与Q30则表示质量值≧20或30的碱基所占百分比.例如一共测了1G的数据量,其中有0.9G的碱基质量值大于或等于20,那么Q20则为90%. Q20值是指的测序过程碱基识别(Base Calling)过程中,对所识别的碱基给出的错误概率. 质量值是Q20,则错误识别的概率

MYSQL—— 完整性约束条件中primary key、auto_increment使用总结！

完整性约束条件主要有:primary key(主键), auto_increment(自增长), poreign key(外键), not null(非空), unique key(唯一), default(默认值) 一.primary key: 设置主键的作用:作为一条数据的唯一标识,像每个人的身份证一样. 1)一般加在无意义的字段上,如 id 2)标主键字段的要求:值不重复且值具有唯一性.主键不能为空 3)可以设置"单字段主键"和"多字段主键(复合主键)",用多

HDFS中NameNode和Secondary NameNode工作机制

NameNode工作机制 0)启动概述 Namenode启动时,首先将映像文件(fsimage)载入内存,并执行编辑日志(edits)中的各项操作.一旦在内存中成功建立文件系统元数据的映像,则创建一个新的fsimage文件和一个空的编辑日志.此时,namenode开始监听datanode请求.但是此刻,namenode运行在安全模式,即namenode的文件系统对于客户端来说是只读的. 系统中的数据块的位置并不是由namenode维护的,而是以块列表的形式存储在datanode中.在系统的正常操

17、SAM文件格式说明（转载迷宫中的将军）

1. SAM格式说明 SAM代表Sequence Alignment/Map格式,是一种制表符分隔的文本格式,包含一个可选的头部分(header section,有人称之为“注释部分”),和一个比对部分(alignment section).如果包含头部分,那么头部分必须置于比对部分之前.头部分的行以@符号开头,而比对部分的行不以@符号开头.比对部分的每一行包含11个必选的字段,用于说明重要的比对信息,如比对位置(mapping position)等:另有可变数量的可选字段,用于存储其他信息(f

MySQL中MyISAM和InnoDB的区别

MyISAM和InnoDB的区别 MySQL默认采用的是MyISAM. MyISAM不支持事务,而InnoDB支持.InnoDB的AUTOCOMMIT默认是打开的,即每条SQL语句会默认被封装成一个事务,自动提交,这样会影响速度,所以最好是把多条SQL语句显示放在begin和commit之间,组成一个事务去提交. InnoDB支持数据行锁定,MyISAM不支持行锁定,只支持锁定整个表.即 MyISAM同一个表上的读锁和写锁是互斥的,MyISAM并发读写时如果等待队列中既有读请求又有写请求,默认写

Oracle EBS中分类账和法人实体的关系（有sql语句实例）

Oracle EBS中分类账和法人实体的关系(有sql语句实例) 2012-12-06 16:05 2822人阅读评论(0) 收藏举报分类: Oracle EBS(12) Oracle数据库技术(6) 版权声明:本文为博主原创文章,未经博主允许不得转载. 首先,对于EBS中的法人实体和分类账以及OU之间的一个层次关系如下图: 其中,对于分类账和法人实体,并不简单是一对多的关系,按照理论上来讲:由于分类账存在辅助分类账,所以一个法人实体除了对应一个主分类账(Primary Ledge

springboot(十一)：Spring boot中mongodb的使用

mongodb是最早热门非关系数据库的之一,使用也比较普遍,一般会用做离线数据分析来使用,放到内网的居多.由于很多公司使用了云服务,服务器默认都开放了外网地址,导致前一阵子大批 MongoDB 因配置漏洞被攻击,数据被删,引起了人们的注意,感兴趣的可以看看这篇文章:场屠戮MongoDB的盛宴反思:超33000个数据库遭遇入侵勒索,同时也说明了很多公司生产中大量使用mongodb. mongodb简介 MongoDB(来自于英文单词"Humongous",中文含义为"庞大&qu

（转）Spring Boot(十一)：Spring Boot 中 MongoDB 的使用

http://www.ityouknow.com/springboot/2017/05/08/spring-boot-mongodb.html MongoDB 是最早热门非关系数据库的之一,使用也比较普遍,一般会用做离线数据分析来使用,放到内网的居多.由于很多公司使用了云服务,服务器默认都开放了外网地址,导致前一阵子大批 MongoDB 因配置漏洞被攻击,数据被删,引起了人们的注意,感兴趣的可以看看这篇文章:场屠戮MongoDB的盛宴反思:超33000个数据库遭遇入侵勒索,同时也说明了很多公司生

原生css 中变量的使用

前两天看到阮大神的一篇在css中使用变量的文章,整理了一下. 这个重要的 CSS 新功能,所有主要浏览器已经都支持了.本文全面介绍如何使用它,你会发现原生 CSS 从此变得异常强大. 一.变量的声明声明变量的时候,变量名前面要加两根连词线(--). body { --foo: #7F583F; --bar: #F7EFD2; } 上面代码中,body选择器里面声明了两个变量:--foo和--bar. 它们与color.font-size等正式属性没有什么不同,只是没有默认含义.所以 CSS 变

(转)CloudStack 安装及使用过程中常见问题汇总

CloudStack 安装及使用过程中常见问题汇总在做工程项目中对CloudStack 安装及使用过程中常见的几个问题及如何解决做一个总结. 1.Windows XP虚拟机内部重启不能正确获取IP,windows xp iso建立VM,重启VM无法正确获取IP地址,原因是没有加入域,可以通过修改注册表来解决此问题.设置组策略计算机配置--管理模板--网络--DNS客户端里的DNS后缀搜索列表,设置为已启动,后缀值为cs1group.internal Windows

Spring Boot(十一)：Spring Boot 中 MongoDB 的使用

MongoDB 是最早热门非关系数据库的之一,使用也比较普遍,一般会用做离线数据分析来使用,放到内网的居多.由于很多公司使用了云服务,服务器默认都开放了外网地址,导致前一阵子大批 MongoDB 因配置漏洞被攻击,数据被删,引起了人们的注意,感兴趣的可以看看这篇文章:场屠戮MongoDB的盛宴反思:超33000个数据库遭遇入侵勒索,同时也说明了很多公司生产中大量使用mongodb. MongoDB 简介 MongoDB(来自于英文单词"Humongous",中文含义为"庞大&

jquery ui中的dialog，官网上经典的例子

jquery ui中的dialog,官网上经典的例子 jquery ui中dialog和easy ui中的dialog很像,但是最近用到的时候全然没有印象,一段时间不用就忘记了,这篇随笔介绍一下这个控件. 1.实例官网源代码中给出了一些实例,首先看看实例是什么样子的. a.默认功能也是最简单的应用,也就是打开一个对话框,代码如下 <!doctype html> <html lang="en"> <head> <meta charset=

在Emacs中使用ECB（转载）

转自:http://joerong666.iteye.com/blog/1813876 By: 潘云登 Date: 2009-7-9 Email: intrepyd@gmail.com Homepage:http://blog.csdn.net/intrepyd Copyright: 该文章版权由潘云登所有.可在非商业目的下任意传播和复制. 对于商业目的下对本文的任何行为需经作者同意. 写在前面 ECB代表的是“Emacs Code Br

以实现MongoDB副本集状态的监控为例，看Telegraf系统中Exec输入插件如何编写部署

既有的Telegraf 关于MongoDB的输入插件很难实现对副本集节点状态的监控,副本集节点状态有 PRIMARY.SECONDARY.RECOVERYING.ARBITER 等.现在我们尝试通过 Exec Input Plugin 来实现对MongoDB状态的的监控. 第一部分简单回顾下Zabbix的监控实现 1. Zabbix 执行的文件脚本如下: #!/bin/bash command_linebin="mongodb可执行文件路径/bin/mongo" replstatus

GWAS中的名称概念

基因: 是指决定生物某一遗传性状的染色体DNA片段基因型: `基因型`又称`遗传型`,是某一生物个体全部基因组合的总称.它反应生物体的遗传构成,即从双亲获得的全部基因的总和.遗传学中具体使用的基因型,往往是指某一性状的基因型.两个生物只要有一个基因座不同,那么它们的基因型就不相同,因此基因型指的是一个个体所有等位基因的所有基因座上的所有组合. `基因型`是生物性状表型的内在遗传基础,是肉眼看不到的,只能通过杂交试验根据表型来推断单倍型是`单倍体基因型`的简称,在遗传学上是指在同一染色体上进

解读生命密码的基本手段 ——DNA测序技术的前世今生

解读生命密码的基本手段 ——DNA测序技术的前世今生任鲁风于军 (中国科学院基因组科学及信息重点实验室,北京基因组研究所) DNA(脱氧核糖核酸)和RNA(核糖核酸)是生命体的两种最基本组成物质,其序列的组成和变化造就了形形色色的生命世界.这两种承担了生命体遗传信息载体功能的物质,一方面在生命的不断繁衍中保持了各个物种的独特面目,另一方面又通过不断的演变改变着自身性状,同时又影响着与之相关的物种,这一规律在生命科学领域被归纳为“中心法则”.笼统而言,几乎全部的生命现象均来源于A.T.C.G

利用Kubernetes中的leaderelection实现组件高可用

在Kubernetes中,通常kube-schduler和kube-controller-manager都是多副本进行部署的来保证高可用,而真正在工作的实例其实只有一个.这里就利用到 leaderelection 的选主机制,保证leader是处于工作状态,并且在leader挂掉之后,从其他节点选取新的leader保证组件正常工作. 不单单只是k8s中的这两个组件用到,在其他服务中也可以看到这个包的使用,比如cluster-autoscaler等都能看得到这个包的,今天就来看看这个包的使用以及它

AngularJS中transclude用法详解

这篇文章主要介绍了AngularJS中transclude用法,详细分析了transclude的具体功能.使用技巧与相关注意事项,需要的朋友可以参考下本文实例讲述了AngularJS中transclude用法.分享给大家供大家参考,具体如下: Transclude - 在Angular的指令中,大家会看到有一个这样的一个配置属性,这个单词在英文字典里面也查询不到真实的意思,所以就用英文来标示它吧.如果你深入的使用angular的话,你就花很大一部分时间来创建自定义指令,那么就不可避免的要深入理

Secondary NameNode:的作用？

前言最近刚接触Hadoop, 一直没有弄明白NameNode和Secondary NameNode的区别和关系.很多人都认为,Secondary NameNode是NameNode的备份,是为了防止NameNode的单点失败的,直到读了这篇文章Secondary Namenode - What it really do? (需FQ)才发现并不是这样.文章写的很通俗易懂,现将其翻译如下: Secondary NameNode:它究竟有什么作用? 在Hadoop中,有一些命名不好的模块,Secon

De novo 测序基础知识

名词解释 De novo:拉丁文,从头开始的意思,de nove测序则是指在不需要任何参考序列的情况下对某一物种进行基因组测序,然后将测得的序列进行拼接.组装,从而绘制该物种的全基因组序列图谱. 重测序概念:重测序是全基因组重新测序的简称,是指是对已知基因组序列的物种进行不同个体的基因组测序,并在此基础上对个体或群体进行差异性分析.(没有组装的短的Reads序列) . . Reads:即我们通常说的读长的意思,它是指高通量测序平台直接产生的DNA序列. Contig:是指Reads基于Overl

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