一开始拿到三代测序的下机数据时,蒙了,readme ?三代测序的下机数据都有哪些,以及他们具体的格式是怎么样的(以sequel 平台为主). 测序过程 SMRTbell A adapter通用接头,两端的接头可以一样也可以不一样    B barcode(客户自己设计)    I insert 插入片段,即我们测序的目的片段    由于SMRTbell是环状的,测序过程是边合成边测序,因此可以沿着新链合成的方向不停地读取序列,读取一圈又一圈,直到聚合酶累趴下了… 测序结果 根据SMRTbell的

转载:http://www.cnblogs.com/jinhh/p/8328818.html 三代测序的下机数据都有哪些,以及他们具体的格式是怎么样的(以sequel 平台为主). 测序过程 SMRTbell A adapter通用接头,两端的接头可以一样也可以不一样    B barcode(客户自己设计)    I insert 插入片段,即我们测序的目的片段    由于SMRTbell是环状的,测序过程是边合成边测序,因此可以沿着新链合成的方向不停地读取序列,读取一圈又一圈,直到聚合酶累趴

今天被人问起如何看懂三代的下机数据,虽然解决了别人的问题,但感觉自己还是没有搞透. 基本的目录结构: |-- HG002new_O1l_BP_P6_021315b_MB_100pM | |-- D01_1.c60e446d-f276-41fc--ffa937e22683.tar.gz | |-- D01_2.19ee4f13-c420---cb1da56beccd.tar.gz | |-- D01_3.94e34f0a-eef3-4b71-8f1b-c9790dec647e.tar.gz | |

pacbio 采用hdf5文件格式保存原始的下机数据,对于RS 测序系统而言,会产生一个 bas.h5 的文件; 以bas.h5 文件为例,看一下有下机数据中保存了那些信息 h5dump 工具可以用来查看h5 文件的内容: 我从HGAP的wiki 页面下载了一个测试用的h5文件,文件名为 m120729_040044_42134_c100384402550000001523033010171256_s1_p0.bas.h5 运行下面命令: h5dump -n m120729_040044_421

mvc 数据验证金钱格式decimal格式验证 首先看下代码 /// <summary> /// 产品单价 /// </summary> [Display(Name = "产品单价")] [Range(typeof(decimal), "0.00", "99999999.99", ErrorMessage = "产品单价格式不正确")] [RegularExpression(@"^(([0-9

数据转换为json格式: 如果一张表中存在主外键关系,模板自动生成的类是不可以转换成JSON格式的,此时需要重新写一个类,类前面需加[DataContract],字段前需加[DataMember],实例化新的类,把从自动生成的类查到的数据赋值给新建的类,调用JSON转换方法就可以把数据转换成JSON格式了. //转换json方法 private string GetJson(object result) { try { if(result==null) { result=""; } v

application/x-www-form-urlencoded multipart/form-data text/plain 为什么上传文件的表单里要加个属性 enctype  后台返回的数据响应的格式类型 上传文件的表单中<form>要加属性enctype="multipart/form-data",很多人只是死记硬背知道上传表单要这么 写,知其然而不知其所以然.那到底为什么要添加这个属性呢?它是什么意思呢?它又有什么其他可选值呢? 其实form表单在你不写encty

这算是第二讲了,前面一讲是:Edit Distance编辑距离(NM tag)- sam/bam格式解读进阶 MD是mismatch位置的字符串的表示形式,貌似在call SNP和indel的时候会用到. 当然我这里要说的只是利用它来计算mismatch的个数 MD = line.get_tag('MD') pat = "[0-9]+[ATGC]+" MD_list = re.findall(pat,MD) for i in MD_list: for j in i: if j == '

昨天同事在使用jmeter遇到问题,在csv中数据为json格式的数据,在jmeter中无法完整的取值,小怪我看了下,给出解决办法,其实很简单,我们一起看看,看完了记得分享给你的朋友. 问题现象: 1.在csv中数据如下图所示,是json格式数据 2.在jmeter中调用,发现取值不完整,如图所示 分析:json格式数据,中间有逗号,我们都知道csv是根据逗号来分割的,这回导致我们取值错位 解决方法: 1.在CSV Data Set Config下将[Allow quoted data?]设置程

HOT SUMMER 每天都是不一样,积极的去感受生活 C# 任意类型数据转JSON格式 /// <summary> /// List转成json /// </summary> /// <typeparam name="T"></typeparam> /// <param name="jsonName"></param> /// <param name="list"&g

数据形式如下: var mycars = [];//定义数组存放多条数据 for(var i=0;i<2;i++){ var jsonData = {};//定义变量存放单条数据 jsonData.MainCmdID = 1; jsonData.SubCmdID = i; mycars[i]=JSON.stringify(jsonData);//单挑数据转为json格式,存放到数组 } var toStr="";//定义字符变量准备拼接json for (var i=0;i<

经过这一段时间的对海洋数据的处理,接触了大量的与海洋相关的数据,例如海洋地形.海洋表面温度.盐度.湿度.云场.风场等数据,除了地形数据是grd格式外,其他的都是nc格式的数据.本文将以海洋风场数据为例,进行nc格式文件的读取. 海洋风场数据(ccmp_wind)一般情况下会包含三个数据集:第一个数据集是uwnd(standard_name = "eastward_wind"),第二个数据集是vwnd(standard_name = "northward_wind")

开发那边的需求 1.功夫熊猫以及阿狸布塔故事集都是属于剧集的.意思就是有很多集,这里称他们为tv最下面这几行第一列没名字的都是单集的,这里称它们为mv需要统计所有工作表里面的数据把tv放一个大的json里面把mv放一个大的json里面 2.需要检索图片名列.然后检测文件夹里面是否有对应的图片.同时把图片提取首字母并生成新文件名比如功夫熊猫.jpg 会变成 tv_gfxm.jpg必备古诗.jpg 会变成 mv_gfxm.jpg 下面是最终效果图这是单个mv的数据和字段 下面是一个tv 功能实现 这

由于于原给定的数据是百分比格式的, 所以先在excel中将数据格式改为数值 修改步骤: 单纯更改单元格格式为数值没用,先在空白单元格输入数值格式的1,复制该数字,选中要转换格式的数据, 右键 ------> 选择性粘贴---->乘----->确定------->右上角出现提示---->选择里面的“转换为数字’       即可 我在弄的时候可能因为提前选中表格内容,更改过单元格格式为数值, 所以没有最后一步的提示.直接内容转为了数字

sql server复制数据到excel格式变成字符串,结果数据都保存在第一个格子里面. 我点击连同标题一起复制,然后粘贴到excel,结果是这样子的.... 这不是我想要的结果,在网上查询了好多,结果仿佛没有人遇到和我一样的问题,我........ 万念死灰的我想到了一个神技——重启 .... ..... 我重启了... 结果.... 哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈~~~

python 爬虫数据存入csv格式方法 命令存储方式:scrapy crawl ju -o ju.csv 第一种方法:with open("F:/book_top250.csv","w") as f: f.write("{},{},{},{},{}\n".format(book_name ,rating, rating_num,comment, book_link))复制代码 第二种方法:with open("F:/book_top2

近期由于项目需要,需要将页面中的表格数据导出excel格式的文件,折腾了许久,在网上各种百度,虽然资料不少,但是大都不全,踩了许多坑,总算是皇天不负有心人,最后圆满解决了. 1.安装相关依赖(npm安装可能会出现某些错误,可以使用cnpm): npm install file-saver --save // 保存文件用 npm install xlsx --save // 转二进制用 npm install script-loader --save-dev // xlsx核心文件 2.下载两个核

最近在后端处理前端传过来的json数据,发现,因为数据是各种数据格式的嵌套,使用json.loads(),无法将内层的数据转换为原来格式的数据,所以需要使用eval( )函数进行转换,但是如果数据含有布尔值数据就会抛出异常(前端格式的布尔值 true  false),可以使用下面的方法进行处理,假设变量名称为data(json格式没有处理它之前,实质上它是一个字符串) 1.将true或false替换为True或False new_data = data.replace("true",

C# -- HttpWebRequest 和 HttpWebResponse 的使用 C# -- HttpWebRequest 和 HttpWebResponse 的使用 结合使用HttpWebRequest 和 HttpWebResponse,来判断一个网页地址是否可以正常访问. 1.举例 class Program { static void Main(string[] args) { string strUrl = "https://www.baidu.com"; HttpWeb

php数据转json格式与前端交互 ArryJson1.php <?php $test=array(); $word=array("我12","要43","把23","你65","们7","全87","都","吃","掉79","嗯78","啊09","蒙67",