不同细胞类型marker基因展示

2024-11-04

单细胞分析实录(9): 展示marker基因的4种图形（二）

在上一篇中,我已经讲解了展示marker基因的前两种图形,分别是tsne/umap图.热图,感兴趣的读者可以回顾一下.这一节我们继续学习堆叠小提琴图和气泡图. 3. 堆叠小提琴图展示marker基因相比于其他可视化形式,小提琴图可以更直观地展示某一类亚群的某一个基因的表达分布情况.我的marker基因一共选了12个,下面来画图: Seurat内置的VlnPlot函数可以直接画, library(xlsx) markerdf2=read.xlsx("ref_marker2.xlsx",

单细胞分析实录(8): 展示marker基因的4种图形（一）

今天的内容讲讲单细胞文章中经常出现的展示细胞marker的图:tsne/umap图.热图.堆叠小提琴图.气泡图,每个图我都会用两种方法绘制. 使用的数据来自文献:Single-cell transcriptomics reveals regulators underlying immune cell diversity and immune subtypes associated with prognosis in nasopharyngeal carcinoma. 去年7月发表在Cell Re

答读者问(1)：非模式物种找marker；如何根据marker定义细胞类型

下午花了两个小时回答读者的疑问,觉得可以记录下来,也许能帮到一部分人. 第一位读者做的是非模式物种的单细胞. 一开始以为是想问我非模式物种的marker基因在哪儿找,读者朋友也提到了blast 研究的主要细胞类型的marker是有的让读者朋友困惑的是一张表,cluster乘样本的表,每一个值表示表达这个marker基因的细胞数目.这个表其实没有多少信息,且容易给人误导.应该直接从小提琴图看. 解答完了这个问题,另一个问题还是回到"非模式物种如何找marker".找同源基因是一个思路,

解读人：李思奇，Development of a sensitive, scalable method for spatial, cell-type-resolved proteomics of the human brain. (一种用于研究人类大脑基于空间或细胞类型的蛋白质组学的灵敏方法)

发表时间:(2019年4月) 一. 概述: 本文报道了一种可研究人类大脑组织中特定神经细胞的蛋白质组学的方法.作者通过激光捕获显微切割技术(LCM)从逝者大脑中分离出目的神经元细胞,接着尝试了一系列不同的样品收集方法,裂解液和酶解方法,最终从10 um厚,60,000 um2大小的小脑分子切片中鉴定到了稳定重复的1500蛋白.用此方法,作者从分出的贝兹细胞(Betz)和浦肯野细胞(Purkinje)分别得到了高度特异表达的2800-3600个蛋白. 二. 研究背景: 蛋白质组学研究通常需要毫克级

RecyclerView不同类型Item的展示

代码如下: public class AccessoiresAdapter extends RecyclerView.Adapter { final int VIEW_TYPE_ACCESSORY = 0; final int VIEW_TYPE_ACCESSORY_SPECIAL_OFFER = 1; List<Accessory> items; @Override public int getItemViewType(int position) { Accessory accessory

从数据库中取 datetime类型，界面展示 yyyy-MM-dd

//处理提问时间,去掉时分秒 if(array!=null && array.size()>0){ for(int i=0;i<array.size();i++){ JSONObject jo=array.getJSONObject(i); if(jo!=null){ jo.put("askTime", DateFormat.DATE.formatDate(jo.getDate("askTime"))); } } }

iOS键盘类型以及样式展示

UIKeyboardTypeDefault: UIKeyboardTypeASCIICapable: UIKeyboardTypeNumbersAndPunctuation: UIKeyboardTypeURL: UIKeyboardTypeNumberPad: UIKeyboardTypePhonePad: UIKeyboardTypeNamePhonePad: UIKeyboardTypeEmailAddress: UIKeyboardTypeDecimalPad: UIKeyboardTy

ajax请求后台返回map类型并如何展示

前台jsp或者ftl文件接收返回结果: <input type="hidden" name="selectedModelListStr" id="selectedModelListStr" value='${selectedModelListStr}'> 注意:value值用单引号,因为后台返回的结果是json字符串前台js接收返回结果: success: function(data){ var result = jQue

Nature Methods | 新软件SAVER-X可对单细胞转录组学数据进行有效降噪

图片来源(Nature Methods) 摘要单细胞转录组测序(single-cell RNA-seq, scRNA-seq)数据有高噪音和稀疏的特点.原文作者展示了跨数据集的迁移学习可显著提高数据的质量.通过将深度自动编码器与贝叶斯模型相结合,原文开发的SAVER-X软件可从不同实验室.不同条件和不同物种的数据中提取可迁移的基因关系,以对新的目标数据

单细胞文章分享：Molecular Diversity of Midbrain Development in Mouse, Human, and Stem Cells

Molecular Diversity of Midbrain Development in Mouse, Human, and Stem Cells 本文作者的官网:Ventral midbrain 顺便找到了:Download all the data and Python Notebooks from GitHub to reproduce the main figures. GitHub:linnarsson-lab/ipynb-lamanno2016 教程:scRNA-Seq Data

Nature | 易基因DNA甲基化测序助力人多能干细胞向胚胎全能8细胞的人工诱导

北京时间2022年3月22日凌晨,<Nature>期刊在线刊登了由中国科学院广州生物医学与健康研究所等单位牵头,深圳市易基因科技有限公司.中国科学技术大学等单位参与,应用人多能干细胞向胚胎8细胞状态人工诱导的科研成果.深圳市易基因科技有限公司运用简化基因组甲基化测序.单细胞和微量细胞基因组DNA甲基化测序等技术,完成了研究中不同人工干预及细胞状态下的基因组DNA甲基化的时空动态变化. 图源Nature官网论文中,研究者设计了一种非转基因.快速.可控的"细胞重编程"方法,将

单细胞分析实录(18): 基于CellPhoneDB的细胞通讯分析及可视化 (上篇)

细胞通讯分析可以给我们一些细胞类群之间相互调控/交流的信息,这种细胞之间的调控主要是通过受配体结合,传递信号来实现的.不同的分化.疾病过程,可能存在特异的细胞通讯关系,因此阐明这些通讯关系至关重要. CellPhoneDB配有详实的受配体数据库,其整合了此前的公共数据库,还会手动矫正,以得到更加准确的受配体注释.此外,针对受配体有多个亚基的情况,也进行了注释.下面这张图显示了CellPhoneDB配有的数据库包含多少种分泌蛋白和膜蛋白.蛋白质复合物.受配体关系,以及它们来源于什么数据库. 1.

单细胞分析实录(19): 基于CellPhoneDB的细胞通讯分析及可视化 (下篇)

在上一篇帖子中,我介绍了CellPhoneDB的原理.实际操作,以及一些值得注意的地方.这一篇继续细胞通讯分析的可视化. 公众号后台回复20210723获取本次演示的测试数据,以及主要的可视化代码. 所有的数据和结果文件均已打包,下载后直接就能跑下面的代码画图. 下面的代码可以绘制对称热图 (如果你不清楚为啥热图要沿着对角线对称,可以看一下之前的推文) library(tidyverse) library(RColorBrewer) library(scales) pvalues=read.ta

百度地图Marker优化方案

简介在使用百度地图的时候,我们需要在地图上增加标注Marker来展示设置信息.随着用户需要不断增多,加载更多的Marker标注信息成为了一种奢望.然而通过自己技术的提升,归结出来了一下方案. 引入百度地图需要在百度http://lbsyun.baidu.com/index.php?title=jspopular注册为开发者.此过程略过... <head> <script type="text/javascript" src="http://api.map

项目二：使用机器学习（SVM）进行基因预测

SVM软件包 LIBSVM -- A Library for Support Vector Machines(本项目所用到的SVM包)(目前最新版:libsvm-3.21,2016年7月8日) C-SVC(C-support vector classification), nu-SVC(nu-support vector classification), one-class SVM(distribution estimation), epsilon-SVR(epsilon-support vec

苹果新的编程语言 Swift 语言进阶（十三）－－类型检查与类型嵌套

一类型检查 1. 类型检查操作符类型检查用来检查或转换一个实例的类型到另外的类型的一种方式. 在Swift中,类型检查使用is和as操作符来实现. is操作符用来检查一个实例是否是某种特定类型,如果是返回true,否则返回false. as操作符用来把某个实例转型为另外的类型,由于实例转型可能失败,因此Swift为as操作符提供了两种形式:选项形式as?和强制形式as. 选项形式(as?)的操作执行转换并返回期望类型的一个选项值,如果转换成功则返回的选项包含有效值,否则选项值为 nil 强制

寻找U2OS中表达的基因及其promoter并用于后续annotation

方法1.RNA-seq得到不同表达程度基因方法2. 直接download U2OS_gene.csv https://cancer.sanger.ac.uk/cell_lines/download 最开始excel直接选用25%最高和25%最低,U2OS细胞共~16000基因,故复制前4000行的gene symbol并存为txt; table browser下载'group:Genes and gene prediction; track:UCSC genes; outpu format:s

Elasticsearch date 类型详解

引言一直对 elasticsearch 中的 date 类型认识比较模糊,而且在使用中又比较常见,这次决定多花些时间,彻底弄懂它,希望能对用到的同学提供帮助. 注意:本文测试使用是 elasticsearch 6.3 版本,其他版本规则可能有所变化,如遇到不兼容的情况,还请参考官方文档 Date 数据类型 elasticsearch 数据是以 JSON 格式存储的,而 JSON中是并没有 date 数据类型,因此 Elasticsearch 中虽然有 date 类型,但在展示时却要转化成另外

probotuf 标量数值类型

标量数值类型一个标量消息字段可以含有一个如下的类型--该表格展示了定义于.proto文件中的类型,以及与之对应的.在自动生成的访问类中定义的类型: .proto类型 Java 类型 C++类型备注 double double double float float float int32 int int32 使用可变长编码方式.编码负数时不够高效--如果你的字段可能含有负数,那么请使用sint32. int64 long int64 使用可变长编码方式.编码负数时不够高效--如果你的字段可能含

CSS ::marker 让文字序号更有意思

本文将介绍 CSS 中一个比较有意思的伪元素 ::marker,利用它,我们可以让我们的文字序号变得更加的有意思! 什么是 ::marker CSS 伪元素 ::marker 是从 CSS Pseudo-Elements Level 3 开始新增,CSS Pseudo-Elements Level 4 中完善的一个比较新的伪元素,从 Chrome 86+ 开始得到浏览器的支持. 利用它,我们可以给元素添加一个伪元素,用于生成一个项目符号或者数字. 正常而言,我们有如下结构: <ul> <

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