为什么二代测序的原始数据中会出现Read重复现象? 要搞清楚这个read重复(duplicate)的问题,我想我们需要从NGS数据的产出过程说起,具体来说如下: 基因组DNA提取: DNA随机打断,最常用的是超声打断: 对被打断的DNA片段进行末端修复(通常是3'加A),然后在两端加接头,选择特定长度的片段文库进行PCR扩增(通过PCR的扩增会选!择!性!地提高加上了接头的文库分子数量): 文库上机与测序芯片(Flowcell)上的引物结合,经过桥式PCR扩增,在芯片上形成测序所需的cluste

通常我们下机得到的数据是raw reads,但是公司通常会质控一份给我们,所以到很多人手上就是clean data了.我们再次使用fastqc来进行测序数据质量查看以及结果分析. fastqc的操作: 1. FastQC使用 fastqc -f [bam | sam | fastq] -o [output] [filename1 filename2] 常用选项: -f --format:输入文件格式.[bam,sam,fastq文件格式] -o --outdir:输出文件夹指定 -t --thr

转载请在文首保留原文出处: EMC 中文支持论坛https://community.emc.com/go/chinese 介绍 TCP 的一大常见问题在于重复 ACK 与快速重传.这一现象的发生也是由于性能问题,本章讨论如何发现这一问题以及他们意味着什么. 另一个常见问题是前一片段丢失以及乱序片段.某些情况下,这一现象喻示着故障发生,可能是由于网络问题或是抓包中断. 更多信息 重复 ACK 与快速重传 : 当网速变慢时,重复 ACK 是可能的原因之一.大多数情况下,重复 ACK 的发生是由于高延

1. 先记录一些正常情况:在填写表单页面(如注册.登录页面)时刷新页面时数据清空是正常的,此时就是重新发送了一个页面请求. 2. 问题一:用户登录后,刷新登陆后的页面(如首页)时会出现表单重复提交问题,此时csrf-token会报错并重定向到登录页面: 解决方案一:在登录时使用页面重定向请求首页(暂时先用这个) 解决方案二:待查找……

转自:https://wenku.baidu.com/view/84fa86ae360cba1aa911da02.html 由于某些原因,用户在进行类似表单提交的操作后,以为表单未被提交,会进行多次的重复提交.为了避免用户多次提交给服务器带来负荷.我们会对表单提交这样的操作进行一些处理,以告诉用户不要重复提交.下面我们建立struts2token项目,使用struts2的token拦截器来实现此案例. 步骤一,编写login.jsp页面,内容如下: <%@ page language="j

[怪毛匠子 整理] samtools学习及使用范例,以及官方文档详解 #第一步:把sam文件转换成bam文件,我们得到map.bam文件 system"samtools view -bS map.sam > map.bam"; #第二步:sort 一下 BAM 文件,得到map.sorted.bam system"samtools sort map.b/am map.sorted"; #第三步:创建一个关于bam的索引文件,我们得到一个map.sorted.b

JS创建对象篇 Object构造函数创建 var person = new Object(); person.name = "Tom"; person.age = 10; person.sayName = function(){ alert(this.name); } 对象字面量 var person = { name : "Tom",//注意这边是以“,"分隔,而不是”;" age : 10, sayName : function(){ ale

1.前言 本文的上篇<IM消息送达保证机制实现(一):保证在线实时消息的可靠投递>中,我们讨论了在线实时消息的投递可以通过应用层的确认.发送方的超时重传.接收方的去重等手段来保证业务层面消息的不丢不重. 但实时在线投递针对的是消息收发双方都在线的情况(如当发送方用户A发送消息给接收方用户B时,用户B是在线的),那如果消息的接收方用户B不在线,系统是如何保证消息的可达性的呢?这就是本文要讨论的问题.(本文同步发布于:http://www.52im.net/thread-594-1-1.html)

samtools的说明文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtmlsamtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集.包含有许多命令.以下是常用命令的介绍 1. view view命令的主要功能是:将sam文件转换成bam文件:然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作 是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作):最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)

一.准备工作及实例 1.解压struts-2.1.6-all.zip(structs网上下载) apps目录:struts2自带的例子程序 docs目录:官方文档. lib 目录:存放所有jar文件. Src 目录:源文件存放地 2.六个基本包 struts2-core-2.1.6.jar :开发的核心类库 freemarker-2.3.13.jar :struts2的UI标签的模板使用freemarker编写 commons-logging-1.0.4.jar :日志包 ognl-2.6.11

Android添加快捷方式(Short)到手机桌面 权限 要在手机桌面上添加快捷方式,首先需要在manifest中添加权限. <!-- 添加快捷方式 --> <uses-permission android:name="com.android.launcher.permission.INSTALL_SHORTCUT" /> <!-- 移除快捷方式 --> <uses-permission android:name="com.andro

声明:原创作品,转载时请注明文章来自SAP师太技术博客( 博/客/园www.cnblogs.com):www.cnblogs.com/jiangzhengjun,并以超链接形式标明文章原始出处,否则将追究法律责任!原文链接:http://www.cnblogs.com/jiangzhengjun/p/4296211.html 标准Standard DSO 标准DSO有三张表:   标准DSO覆盖合计规则: 数据从源抽取到标准DSO中时,在同一抽取请求中,相同业务主键的数据会合并(合并的方式有覆盖

本文会逐渐丰富,并在遇到问题后进行整理进来. 一.了解ArcGIS Server以及如何利用ArcServer发布服务 官方中文帮助文档:http://resources.arcgis.com/zh-cn/help/main/10.1/index.html#/na/0154000003vt000000/ 二.问题以及注意事项汇总 1.如何将数据库注册到ARCSERVER服务器 前置知识:在10.1中,服务器端为了确保发布的服务能访问到所需的数据,采取了如下两种措施:1)如果数据注册到了服务器,则

KVO的使用 KVO是一种设计模式,名为观察者. addObserver:forKeyPath:options:context: 通知其他对象的方法,这个方法在NSObject中就已经申明了,也就是说任何继承自NSObject的对象都可以使用KVO. 我们来实现一个对象a值改变的时候去通知对象b. 新建两个ModelA ModelB 类. ModelA.h + ModelA.m #import <Foundation/Foundation.h> @interface ModelA : NSOb

导读 提高 web 应用的性能从来没有比现在更重要过.网络经济的比重一直在增长:全球经济超过 5% 的价值是在因特网上产生的(数据参见下面的资料).这个时刻在线的超连接世界意味着用户对其的期望值也处于历史上的最高点.如果你的网站不能及时的响应,或者你的 app 不能无延时的工作,用户会很快的投奔到你的竞争对手那里. 举一个例子,一份亚马逊十年前做过的研究可以证明,甚至在那个时候,网页加载时间每减少100毫秒,收入就会增加1%.另一个最近的研究特别强调一个事实,即超过一半的网站拥有者在调查中承认它

转自:samtools常用命令详解 samtools的说明文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集.包含有许多命令.以下是常用命令的介绍 1. view view命令的主要功能是:将sam文件转换成bam文件:然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作):最后将排序或提取得到

http://www.software8.co/wzjs/yidongkaifa/6407.html 对于初学者来说,对Token和Session的使用难免会限于困境,开发过程中知道有这个东西,但却不知道为什么要用他?更不知道其原理,今天我就带大家一起分析分析这东西.    一.我们先解释一下他的含义:    1.Token的引入:Token是在客户端频繁向服务端请求数据,服务端频繁的去数据库查询用户名和密码并进行对比,判断用户名和密码正确与否,并作出相应提示,在这样的背景下,Token便应运而

一.WebService中常用的属性(Attributes)1. Web Service(Web服务)提供以下三个属性.    Namespace:此属性的值包含 XML Web Service的默认命名空间.XML命名空间提供了一种在XML文档中创建名称的方法,该名称可由统一资源标识符(URI)标识.如果不指定命名空间,则使用默认命名空间 http://tempuri.org/.     Name:此属性的值包含XML Web Service的名称.在默认情况下,该值是实现XML Web Se

提高 web 应用的性能从来没有比现在更重要过.网络经济的比重一直在增长:全球经济超过 5% 的价值是在因特网上产生的(数据参见下面的资料).这个时刻在线的超连接世界意味着用户对其的期望值也处于历史上的最高点.如果你的网站不能及时的响应,或者你的 app 不能无延时的工作,用户会很快的投奔到你的竞争对手那里. 举一个例子,一份亚马逊十年前做过的研究可以证明,甚至在那个时候,网页加载时间每减少100毫秒,收入就会增加1%.另一个最近的研究特别强调一个事实,即超过一半的网站拥有者在调查中承认它们会因

在前面我们已经初步使用过拦截器,下面继续细细探讨. 1.概述strust2中的拦截器 拦截器是Struts2框架的核心,它主要完成解析请求参数.将请求参数赋值给Action属性.执行数据校验.文件上传等工作.Struts2设计的灵巧性,拦截器起了关键性的作用,当需要扩展Struts2功能时,只需要提供对应拦截器,并将它配置在Struts2容器中即可:如果不需要该功能时,也只需要取消该拦截器的配置即可.    Struts2内建了大量的拦截器,这些拦截器以name-class对的形式配置在stru

关于命名空间: 最早的php是没有命名空间的概念的,这样不能存在相同名称的类或者函数,当项目变大了之后,产生冲突的可能性就高了,代码量也会变大,为了规划,从php5.3开始对命名空间就支持了. 说明代码: test1.php<?php //声明命名空间 namespace Test1; function test(){ echo "test1<br/>"; } test2.php <?php //声明命名空间 namespace Test2; function