为什么polish之后基因组会变短

2024-09-06

NextPolish对基因组进行polish

NextPolish由未来组开发对基因组序列进行polish的工具,对三代以及二代均可进行polish. gituhp地址:https://github.com/Nextomics/NextPolish 基因组进行de novo组装后,得到contig,必须使用三代(尤其是没有consensus,比如minimap2+miniasm),二代进行纠错.NextPolish是一个非常不错的选择,同时支持三代,二代,hifi进行纠错. 1 安装本次安装的最新版本为v1.3.1, 下载后 tar -v

mysql变成类型字段varchar值更新变长或变短底层文件存储原理

为了搞清楚MySQL对于可变长度字段值修改时,如何高效操作数据文件的机制.之前一直模糊不清,网上也搜不到现成的答案.经过多方资料搜集整理.写出此文供大家一起参阅.由于涉及众多非常底层的知识,我假设读者已经对操作系统和磁盘存取有一定的基础知识.文中如有疏漏,还请大佬指正. 为了探究这个问题,我们要先来回顾一下我之前的一篇文章<文件随机或顺序读写原理深入浅出>讲的文件存储的底层原理知识.如下图所示.一个文件的数据是以块为单位存储到物理磁盘的随机位置,这是由操作系统负责管理的,用户程序无权决定.所以

Ubuntu终端里面显示路径名称太长，怎么设置变短【转】

转自:http://blog.csdn.net/id19870510/article/details/8276914 $: sudo vi ~/.bashrc 这个文件记录了用户终端配置找到 if [ "$color_prompt " = yes ]; then PS1 ='${debian_chroot:+($debian_chroot)} \[;32m \u@\h \[00m : \[;34m \W \[00m \$ ' else PS1 ='${debian_chroot:+(

ie7 动态改变select option时，宽度自动变短解决方法

<html> <head> <title>JQuery</title> <meta http-equiv="pragma" content="no-cache"> <meta http-equiv="cache-control" content="no-cache"> <meta http-equiv="expires" cont

最短路变短了 (思维+反向djstrea)

题解:设有一条边x->y,数组dis1[i]表示从1到i的最短距离,dis2[i]表示从n到i的最短距离. 1 如果说将x->y反向之前没有经过x->y,但是反向后我经过了x,y说明找到了一个更优的路径,那么反向后的答案就是dis1[y]+dis2[x]+(x,y),如果说反向后我没有经过 x->y,那也就是说x->y正向反向对dis[n]的结果没有影响喽. 2 如果说反向之前我经过了x->y,如果反向后没有经过x->y,那么此时的最短路也一定是大于等于dis1[

【绝密】为什么现在的CAN收发器通信距离越来越短？

[绝密]为什么现在的CAN收发器通信距离越来越短? CAN收发器的改良和隔离器件引入,大大提高了通信的可靠性,但同时也引入了额外的延时,导致通信距离变短,或总线错误帧增加,本文以1Mbps波特率下的应用为例,对CAN总线信号延时做简要分析. CAN总线传输距离的相关因素 1.ACK应答 CAN 总线采用多主通信模式.非破坏式总线仲裁机制.以标准数椐帧为例,从结构上看分成7段,分别为起始段.仲裁段.控制段.数椐段.CRC校验段.ACK应答段.帧结束段,如图1所示: 图1 标准数椐帧结构及应答

简化LINUX的命令输入简化linux命令快捷键短路径

在LINUX中,有很多常用的命令,常用的命令我们可以熟练的记忆,但是对于不经常使用的命令恐怕是需要翻阅手册了,但是我们可以简化这些命令的输入来达到简便记忆的效果. 这里以BSH为例: 编辑/etc/bashrc这个文件(所有使用这个SHELL的用户都可以享受到便利,如果没有ROOT权限,则编辑你自己目录下的.bashrc文件,区别在于只有你自己可以使用下面定义的别名) 在最后加入这一段: alias l="ls --color -l" alias lm="ls --colo

PCB genesis短槽加引导孔实现方法

一.何为短槽短槽通常定义:槽长小于2倍槽宽如:槽长1.8mm,槽宽1.0mm 二.为什么要加短槽加引孔呢短槽孔在钻孔时孔易偏斜导致槽长偏短, 当槽长宽比越小,则受力越不均匀,在钻第2个孔时,钻头两边受力不均匀再加上是顺时针旋转,会导至第2个孔往逆时针方向偏转且变短(如下图) 短槽偏位问题如何解决呢,在我们PCB行业最佳作法是在钻槽孔之前,先在槽孔两端2个小孔(如下图). PCB行业已有很多短槽加工方法了具体方法请链接:PCB钻孔--超短坑槽的加工方法机械钻孔中的短槽孔加工技术

URL及short URL短网址

URL,uniform resource locator,经常被称为网址,尤其是在使用HTTP的时候.通常是一个指向某个资源的字符串. URLs经常被用于网页(http),但也可以用于文件传输(ftp),email(mailto)等等. 语法 scheme://domain:port/path?query_string#fragment_id scheme name: 通常被认为是某种协议,定义了资源被如何获得.比如http,https,ftp,file等.大小写不敏感

MISA(在线)注释叶绿体基因组SSR

SSR (Simple Sequence Repeat),即简单重复序列,是一种以PCR技术为核心的DNA分子标记技术,也称为微卫星序列或者串联重复. 简单重复顾名思义就是以很短的序列为一个单元,比如5个碱基(ACGTA),连续进行重复多次的重复.根据重复单元的长短,可将其细分为如下几类. < 6 bp 微卫星DNA 10-60 bp 小卫星DNA 100-300 bp 卫星DNA 等... 今天介绍一款可用于鉴定基因组SSR的软件,MISA 对叶绿体基因组进行SSR的鉴定,因为叶绿体基因组序列

三代PacBio reads纠错 - 专题

三代纠错的重要性不言而喻,三代的核心优势就是长,唯一的缺点就是错误率高,但好就好在错误是随机分布的,可以通过算法解决,这也就是为什么现在有这么多针对三代开发的纠错工具. 纠错和组装是分不开的,纠错就是为了组装,单纯的为了纠错而纠错是没有意义的. 目前的算法大致可以分为三种:1.三代数据自纠:2.二代对三代纠:3.二代三代混合纠错. 目前已有的三代纠错程序: PacBioToCA 自纠(falcon也是用MHAP,SMRT的HGAP使用的是另一种速度慢的自纠算法,自纠的核心是多重序列比对) CCS

Knowledge_SPA——精研查找算法

首先保证这一篇分析查找算法的文章,气质与大部分搜索引擎搜索到的文章不同,主要体现在代码上面,会更加高级,会结合到很多之前研究过的内容,例如设计模式,泛型等.这也与我的上一篇面向程序员编程--精研排序算法不尽相同. 关键字:二分查找树,红黑树,散列表,哈希,索引,泛型,API设计,日志设计,测试设计,重构查找是在大量的信息中寻找一个特定的信息元素,在计算机应用中,查找是常用的基本运算. 当今世纪,IT界最重要的词就是"数据!数据!数据!",高效检索这些信息的能力是处理他们的重要前提.数

SNP芯片的原理

Illumina的SNP芯片原理 Illumina的SNP生物芯片的优势在于: 第1,它的检测通量很大,一次可以检测几十万到几百万个SNP位点第2,它的检测准确性很高,它的准确性可以达到99.9%以上第3,它的检测的费用相对低廉,大约一个90万位点的芯片(每个样本的)检测费用在一.两千人民币 Illumina的生物芯片系统,主要是由:芯片.扫描仪.和分析软件组成. Illumina的生物芯片,由2部分组成:第1是玻璃基片,第2是微珠. 这个玻璃基片,它的大小和一张普通的载玻片差不多大小,它起

BCR-ABL融合基因及检测

费城染色体费城染色体(Philadelphia chromosome, Ph (or Ph') chromosome),或称费城染色体易位(Philadelphia translocation),是一种与慢性粒细胞性白血病(chronic myelogenous leukemia, CML)相关的特殊染色体易位现象.其中细胞的9号染色体长臂与22号染色体长臂进行相互易位,具体定义为t(9;22)(q34;q11).这一染色体易位现象与慢性粒细胞性白血病有高度的灵敏度,有95%的慢性粒细胞性白血

basecalling|vector mark|Assembly的难题|

生物信息学染色体可以据染色图谱判断染色体号码,1-22号染色体依次变短,它们影响机体发育,23号染色体决定性别.肿瘤是由于遗传密码变异造成的.因此,遗传密码的解读非常重要,但是因为遗传密码长度非常长,所以虽然已经全部测出来,但是破译它们依然存在很多难题. 生物信息学是一个学科领域,它的研究对象基因组,所以最初下定义是基因组信息学,主要内容是获取处理.存储.分配.分析和解释生物数据,即对生物信息的获取管理和信息挖掘. 破译具体而言是序列分析,对于编码序列看编码何种蛋白质,而对于非编码序列看起到何

ZIP压缩算法详细分析及解压实例解释

最近自己实现了一个ZIP压缩数据的解压程序,觉得有必要把ZIP压缩格式进行一下详细总结,数据压缩是一门通信原理和计算机科学都会涉及到的学科,在通信原理中,一般称为信源编码,在计算机科学里,一般称为数据压缩,两者本质上没啥区别,在数学家看来,都是映射.一方面在进行通信的时候,有必要将待传输的数据进行压缩,以减少带宽需求:另一方面,计算机存储数据的时候,为了减少磁盘容量需求,也会将文件进行压缩,尽管现在的网络带宽越来越高,压缩已经不像90年代初那个时候那么迫切,但在很多场合下仍然需要,其中一个原因是

【腾讯Bugly干货分享】微信iOS SQLite源码优化实践

本文来自于腾讯bugly开发者社区,非经作者同意,请勿转载,原文地址:http://dev.qq.com/topic/57b58022433221be01499480 作者:张三华前言随着微信iOS客户端业务的增长,在数据库上遇到的性能瓶颈也逐渐凸显.在微信的卡顿监控系统上,数据库相关的卡顿不断上升.而在用户侧也逐渐能感知到这种卡顿,尤其是有大量群聊.联系人和消息收发的重度用户. 我们在对SQLite进行优化的过程中发现,靠单纯地修改SQLite的参数配置,已经不能彻底解决问题.因此从6.3

线程笔记：Future模式

线程技术可以让我们的程序同时做多件事情,线程的工作模式有很多,常见的一种模式就是处理网站的并发,今天我来说说线程另一种很常见的模式,这个模式和前端里的ajax类似:浏览器一个主线程执行javascript,页面渲染等操作,当我们使用ajax向服务端发起请求,由于这个过程很慢,ajax的异步模式可以让我们无需一直等待服务端的响应,而在这个等待结果时间里做其他的事情,这个模式在线程技术力称之为Future模式. Future模式和我前面文章里说到的html5技术里的worker技术差不多,当我们一个

游戏编程系列[2]--游戏编程中RPC与OpLog协议的结合--序

在系列[1]中,我们展示了RPC调用协议的定义以及演示,通过方法定义以及协议约定,进行了协议约定以及调用过程的约定.然而,实际上在游戏中,调用过程之后,需要传输相对多的数据给服务端. 常用场景,客户端使用金币购买一把木剑. 一般情况下我们会这么约定: /// <summary> /// 购买的返回消息 /// </summary> public class ByItemReturn { /// <summary> /// 购买的物品ID /// </summary

JVM学习（4）——全面总结Java的GC算法和回收机制

俗话说,自己写的代码,6个月后也是别人的代码……复习!复习!复习!涉及到的知识点总结如下: 一些JVM的跟踪参数的设置 Java堆的分配参数 -Xmx 和 –Xms 应该保持一个什么关系,可以让系统的性能尽可能的好呢?是不是虚拟机内存越大越好? Java 7之前和Java 8的堆内存结构 Java栈的分配参数 GC算法思想介绍 –GC ROOT可达性算法 –标记清除 –标记压缩 –复制算法可触及性含义和在Java中的体现 finalize方法理解 Java的强引用,软引用,弱引用,虚引用 GC

为什么polish之后基因组会变短

热门专题