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这篇文章更多的是对于混乱的中文资源的梳理,并补充了一些没有提到的重要参数,希望大家不会踩坑. 1. 简介 1.1 背景 WGCNA(weighted gene co-expression network analysis,权重基因共表达网络分析)是一种分析多个样本基因表达模式的分析方法,可将表达模式相似的基因进行聚类,并分析模块与特定性状或表型之间的关联关系,因此在基因组研究中被广泛应用. 相比于只关注差异表达的基因,WGCNA利用数千或近万个变化最大的基因或全部基因的信息识别感兴趣的基因集,并

本次要分享的是利用windows+nginx+iis+redis+Task.MainForm组建分布式架构,由标题就能看出此内容不是一篇分享文章能说完的,所以我打算分几篇分享文章来讲解,一步一步实现分布式架构:下面将先给出整个架构的核心节点简介,希望各位多多点赞: . 架构设计图展示 . nginx+iis构建服务集群 . redis存储分布式共享的session及共享session运作流程 . redis主从配置及Sentinel管理多个Redis集群 . 定时框架Task.MainForm提

1集群结构说明 集群中有三个主节点,三个从节点,一共六个结点.因此要构建六个redis的docker容器.在宿主机中将这六个独立的redis结点关联成一个redis集群.需要用到官方提供的ruby脚本. 2构建redis基础镜像 本文选择版本为redis-3.0.7,如果需要其他版本,直接修改wget后面地址中的版本号即可. 代码清单2-1 下载&编译redis源码包 # mkdir –p /usr/docker_root/redis_cluster # cd /usr/docker_root/

RNA-seq是利器,大部分做实验的老板手下都有大量转录组数据,所以RNA-seq的分析需求应该是很大的(大部分的生信从业人员应该都差不多要沾边吧). 普通的转录组套路并不多,差异表达基因.富集分析.WGCNA network以及一些没卵用的花式分析.DEG分析是基础,up and down,做个富集,了解一下处理后到底是什么通路被改变了:WGCNA主要就是根据相关性来找出一些co-express的gene module. 单细胞的转录组的玩法就比较多了,可以理解为超多样本的普通转录组,普通转录

一直都搞不清楚这两者的具体区别. 其实初学者搞不清楚很正常,因为它们的本质是相通的,都是对基因进行归类注释的数据库. 建议初学者自己使用一下这两个数据库,应该很快就能明白其中的区别. (抱歉之前没讲清楚,甚至有可能误导大家了) 以下以一个案例来详细说明两者的区别: 推荐一个没有任何基础的人都能使用的gene set注释工具 http://www.webgestalt.org/option.php GCLC TFPI HSPB6 TSPOAP1 ITGA2B OSBPL7 BAIAP2L1 NOS

上一篇进行了手动安装etcd集群,此篇利用自动化工具ansible为三个节点构建etcd集群 环境: master:192.168.101.14,node1:192.168.101.15,node2:192.168.101.19 1.首先查看该role(etcd集群)的目录树结构: [root@master ansible]# tree . ├── ansible.cfg ├── hosts ├── roles │   └── etcd │   ├── files │   │   ├── etc

在构建hadoop集群时,出现过主节点中的namenode或datanode启动不成功的问题.在日志文件中往往会显示namenode和datanode中clusterID不相同的问题,这个问题往往都是因为我们格式化namenode的结果,而datanode不会被格式化. 解决方案一:  将namenode和datanode中的clusterID修改成一样的(貌似我用这种方法不起作用) 解决方法二: 将存放临时文件的文件夹/tmp中name和data文件中的内容全部删掉,但是保留name和data

Docker快速构建Redis集群(cluster) 以所有redis实例运行在同一台宿主机上为例子 搭建步骤 redis集群目录清单 . ├── Dockerfile ├── make_master_slave.sh ├── run_master_slave.sh ├── compose_master_slave.sh ├── redis-trib.rb ├── master │   ├── 7000 │   │   ├── data │   │   │   ├── appendonly.ao

有多种方式来获取hadoop集群,包括从其他人获取或是自行搭建专属集群,抑或是从Cloudera Manager 或apach ambari等管理工具来构建hadoop集群等,但是由自己搭建则可以了解大量的常规构建和维护过程,可以从操作的角度来理解hadoop的工作机制,当然对于大部分用户和操作者应考虑使用hadoop集群管理工具. 集群规模: 根据场景和数据量不同而不同,一般在初期可以搭建合适的集群,后期再逐步持续扩充.另外集群规模不同,运行master守护进程的配置也不同,包括namenod

http://software.broadinstitute.org/gsea/index.jsp GSEA(Gene Set Enrichment Analysis)是一种生物信息学的计算方法,用于确定是否存在这样一个基因集,能在两个生物学状态中显示出显著的一致性的差异.表达谱数据里的基因数目众多,我们需要对基因进行功能注释,看哪些基因属于同一通路,以及该通路上的上调.下调情况,这就是富集分析了. 例如2019年4月在Cancer cell(PMID 30991027)上发表的一篇文章中有一张

clusterProfiler没有显性的接口,但是可以直接扣取clusterProfiler里的函数. 核心函数就是get_GO_data GO_DATA <- get_GO_data("org.Hs.eg.db", "BP", "SYMBOL") 可以看到输入的是GO数据库,选定类别,基因名字类型,输出的就是整个数据库. 但是想调用这个函数没那么简单,得导入一系列的基础函数. 一个常见的任务就是获取GO数据库里所有的cell cycle相

概念 Zookeeper集群是由一个leader(负责人)主机和多个follower(追随者)或observer(观察者)主机组成. 构建一个Zookeeper集群需要有一个leader和一个folloer或observer,共两台主机组成,建议最少三台,当一台leader故障时,集群还可以选举出新的leader,保证集群正常工作. leader负责接受写请求并通知follower/observer同步数据. 所有客户端的写请求都会转发到leader(就算是客户端连接的是follower/obs

GreatSQL社区原创内容未经授权不得随意使用,转载请联系小编并注明来源. 为了方面社区用户体验GreatSQL,我们同时还提供Docker镜像,本文详细介绍如何在Docker中部署GreatSQL,并且构建一个MGR集群. 本文涉及的运行环境如下: [root@greatsql]# cat /etc/redhat-release CentOS Linux release 7.9.2009 (Core) [root@greatsql]# uname -a Linux GreatSQL 3.10

httptest4net是可以自定义HTTP压力测试的工具,用户可以根据自己的情况编写测试用例加载到httptest4net中并运行测试.由于最近需要对elasticsearch搜索集群进行一个不同情况的测试,所以针对这个测试写了个简单的测试用例. 代码 [Test("ES base")] public class ES_SearchUrlTester : IUrlTester { public ES_SearchUrlTester() { } public string Url {

http://blog.liuts.com/post/247/ 一.前言        Kubernetes 是Google开源的容器集群管理系统,基于Docker构建一个容器的调度服务,提供资源调度.均衡容灾.服务注册.动态扩缩容等功能套件,目前最新版本为0.6.2.本文介绍如何基于Centos7.0构建Kubernetes平台,在正式介绍之前,大家有必要先理解Kubernetes几个核心概念及其承担的功能.以下为Kubernetes的架构设计图:1. Pods        在Kuberne

刚开始,关于RabbitMQ集群的搭建,我找到了这篇文章:Docker 安装 RabbitMQ 集群 从而找到了第三方的RabbitMQ集群容器 rabbitmq-server 但是这个容器只有3.6.10版本,连3.6.14版本都没有,看样子已经很久没更新推送了. 而RabbitMQ刚发布3.7.0版本,但还没来得及在Docker Hub推送3.7.0版本的容器. 于是萌生自己构建一个基于3.7.0版本的Docker容器的想法. Fork了bijukunjummen/docker-rabbit

1.kubernetes简介 kubernetes简称k8s,它是一个全新的基于容器技术的分布式架构方案,它是谷歌十几年来大规模应用容器技术的经验累积和升华的一个重要成果.如果我们的系统设计遵循了k8s的设计思想,那么传统系统架构中哪些和业务没有多大关系的底层代码或功能模块,都可以从我们的实现中消失.我们不必费心与负载均衡的选型,不必考虑引入或自己开发一个复杂的服务治理框架,不必再头疼于服务监控和故障处理模块的开发,因此系统后期运维难度和运维成本难度大大降低. 在k8s中,服务(Service)

一.环境 三台centos机器 二.软件及容器准备 1.安装docker环境 本例安装 docker-ce版本,repo源为docker-ce.repo文件,拷贝到 /etc/yum.repos.d下 yum install  -y  docker-ce 2.下载相关镜像 下载软件包 将所有软件下载至/data目录 # 链接:https://pan.baidu.com/s/13DlR1akNBCjib5VFaIjGTQ 密码:1l69 # 链接:https://pan.baidu.com/s/1

写在前边 在搭建Logstash多节点之前,想到就算先搭好Logstash启动会因为日志无法连接到Kafka Brokers而无限重试,所以这里先构建下Zookeeper集群管理的Kafka集群. 众所周知,Zookeeper是一个高效的分布式协调中间件,可以提供配置信息管理.命名.分布式同步(分布式锁).集群管理.数据库切换等服务.这里主要用它的集群管理功能,它可以确保在网络状态不一致,选出一致的Master节点.它是Apache下的一个Java项目,隶属于Hadroop系统,正如其名"动物管

大数据时代的到来已经不可阻挡,面对数据的爆炸式增长,尤其是半结构化数据和非结构化数据,NoSQL存储系统和分布式文件系统成为了技术浪潮,得到了长足的发展.非结构化数据目前呈现更加快速的增长趋势,IDC研究报告分析指出,到2012年非结构化数据将占到数据存储总量的80%以上.集群NAS是一种横向扩展(Scale-out)存储架构,具有容量和性能线性扩展的优势,已经得到全球市场的认可.从EMC对ISILON.HP对IBRIX.DELL对Exanet等收购事件,以及IBM推出SONAS.NetApp发