为什么二代测序的原始数据中会出现Read重复现象? 要搞清楚这个read重复(duplicate)的问题,我想我们需要从NGS数据的产出过程说起,具体来说如下: 基因组DNA提取: DNA随机打断,最常用的是超声打断: 对被打断的DNA片段进行末端修复(通常是3'加A),然后在两端加接头,选择特定长度的片段文库进行PCR扩增(通过PCR的扩增会选!择!性!地提高加上了接头的文库分子数量): 文库上机与测序芯片(Flowcell)上的引物结合,经过桥式PCR扩增,在芯片上形成测序所需的cluste

你能给别人讲清楚这个概念吗? 二代测序中,每测一个碱基会给出一个相应的质量值,这个质量值是衡量测序准确度的.碱基的质量值13,错误率为5%,20的错误率为1%,30的错误率为0.1%.行业中Q20与Q30则表示质量值≧20或30的碱基所占百分比.例如一共测了1G的数据量,其中有0.9G的碱基质量值大于或等于20,那么Q20则为90%.         Q20值是指的测序过程碱基识别(Base Calling)过程中,对所识别的碱基给出的错误概率.         质量值是Q20,则错误识别的概率

二代测序原理: 1.DNA待测文库构建. 超声波把DNA打断成小片段,一般200--500bp,两端加上不同的接头2.Flowcell.一个flowcell,8个channel,很多接头3.桥式PCR扩增.每个DNA片段将在各自位置集中成束,每一束含有单个DNA模板的很多拷贝,目的:将碱基的信号强度放大,达到测序所需的信号要求.4.测序.边合成边测序.反应所需材料,dNTP的3’端特殊处理,不能继续反应,因此每次只能添加一个碱基,另外每个碱基有一种颜色.dNTP添加到链上后,所有未使用游离dNT

异常的基本使用 当异常被抛出时,其后的代码不会继续执行,PHP 会尝试查找匹配的 "catch" 代码块. 如果异常没有被捕获,而且又没用使用 set_exception_handler() 作相应的处理的话,那么将发生一个严重的错误(致命错误),并且输出 "Uncaught Exception" (未捕获异常)的错误消息. 让我们尝试抛出一个异常,同时不去捕获它: <?php //create function with an exception funct

作为一个面向对象编程的程序员对于 下面的一句一定非常熟悉: try { // 代码块 } catch(Exception e) { // 异常处理 } finally { // 清理工作 } 就是面向对象中最最常见的异常处理程序,而且甚至我们会莫名其妙的被编译器要求加上这个模块,甚至我们自己也不知道捕捉到异常该怎么处理... 为什么要有异常 其实这个问题不用多说,程序员都知道,简单总结为一句话:就是为了增强程序健壮性呗,比如下面的代码: Class DenominatorZeroExceptio

异常:对程序运行中的非正常情况进行抽象.并且提供相应的语法结构和语义元素,使得程序员能够通过这些语法结构和语义元素来方便地描述异常发生时的行为. 1.Python中的异常机制: 1.1Python虚拟机自身抛出异常 python虚拟机内部本身有一套异常捕捉机制,即使python中没有出现try.except.finally等用于进行异常控制的语义元素,Python脚本执行中所抛出的异常还是会被python虚拟机捕捉到. 比如1/0肯定会抛出异常. 异常是在执行除法操作字节码的时候被触发的, 执行

参考: 独占鳌头的Illumina仪器(二代测序篇) HiSeq2000测序原理.流程与仪器 NGS文库制备的方法比较[心得点评] 各种测序文库构建方式 样本:就是待测的DNA.RNA或蛋白序列,样本来源单一的就是单样本,样本来源于多处就是多样本,一般我们测序用的样本都是单样本,但有时候有特殊需求,我们会把一些样本混合在一起测序,也就是多样本测序. 文库:二代三代读长都是有限的,为此我们必须将全长的序列打断成小片段的文库才能进行测序.总的来说,在NGS分析之前,制备RNA或DNA的主要步骤包括:

异常信息的获取对于程序的调试非常重要,可以有助于快速定位有错误程序语句的位置.下面介绍几种python中获取异常信息的方法,这里获取异常(Exception)信息采用try...except...程序结构.如下所示 try: ... except Exception as e: ... 1.str(e) 返回字符串类型,只给出异常信息,不包括异常信息的类型,如1/0的异常信息 'integer division or modulo by zero' 2.repr(e) 给出较全的异常信息,包括异

使用JUnit来测试Java代码中的异常有很多种方式,你知道几种? 给定这样一个class. Person.java 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 public class Person { private String name; private int age; public String getName() { return name; } public void setName(Stri

Atitit 数据处理查询 中的异常标准化草案 jpa jdbc hb  oql规范attilax总结 Javaee6 与net 异常规范1 Jpa规范 JPA全称Java Persistence API.1 Jdbc api1 Hibernate api1 Javaee6 与net 异常规范 Jpa规范 from jee6 Jpa规范 JPA全称Java Persistence API. package javax.persistence; NonUniqueResultException N

1.首先参考一下关于java异常处理方面的知识 查看博客http://lavasoft.blog.51cto.com/62575/18920/ 这里介绍的很好,下面从中学习到一些东西,摘抄如下: 1.Throwable        Throwable 类是 Java 语言中所有错误或异常的超类.只有当对象是此类(或其子类之一)的实例时,才能通过 Java 虚拟机或者 Java throw 语句抛出.类似地,只有此类或其子类之一才可以是 catch 子句中的参数类型. 两个子类的实例,Error

今天在做一个将String转换为Integer的功能时,发现Integer.parseInte()会抛出异常NumberFormatException. 函数Integer.parseInt(String)定义 public static int parseInt(String s) throws NumberFormatException 测试代码: public class Test { public static void main(String[] args) { Integer num

算术异常类:ArithmeticExecption 空指针异常类:NullPointerException 类型强制转换异常:ClassCastException 数组负下标异常:NegativeArrayException 数组下标越界异常:ArrayIndexOutOfBoundsException 违背安全原则异常:SecturityException 文件已结束异常:EOFException 文件未找到异常:FileNotFoundException 字符串转换为数字异常:NumberF

先看看ruby中的异常知识: 异常处理raise 例子: raise raise "you lose" raise SyntaxError.new("invalid syntax") raise SyntaxError, "invalid syntax" 语法: raise raise message raise exception raise error_type, message 引发异常.第一句将再次引发上一个异常.第二句中(参数为字符串的

iOS已发布应用中对异常信息捕获和处理 iOS开发中我们会遇到程序抛出异常退出的情况,如果是在调试的过程中,异常的信息是一目了然,但是如果是在已经发布的程序中,获取异常的信息有时候是比较困难的. iOS提供了异常发生的处理API,我们在程序启动的时候可以添加这样的Handler,这样的程序发生异常的时候就可以对这一部分的信息进行必要的处理,适时的反馈给开发者. 不足的地方是,并不是所有的程序崩溃都是由于发生可以捕捉的异常的,有些时候是因为内存等一些其他的错误导致程序的崩溃,这样的信息是不在这里体

异常处理流程 1)首先由try{...}catch(Exception e){ System.out.println(e); e.printStackTrace(); }finally{...}结构 2)当JVM遇到异常时,会产生一个Exception对象 或 继承自Exception的子类的对象. 3)将异常对象向上层(调用它的代码块)抛出,知道碰到一个catch块(作相应处理) 或 一直抛到了最外层(导致程序异常终止).(并停止异常之后的代码的执行,但是finally块中的代码还会执行!换句

最近在做TWU关于TDD的作业,对JUnit中测试异常抛出的方法进行了一些学习和思考. 在进行单元测试的时候有的时候需要测试某一方法是否抛出了正确的异常.例如,我有一个方法,里面对一个List进行读取操作,可能会抛出IndexOutOfBoundsException,我希望在单元测试中通过测试保证该方法会正确的抛出正确类型的异常.总结起来这样的测试异常是否被正确抛出的方法有三种: 1. try…fail...catch… @Test public voidtestExceptionMessage

1.程序中使用try catch 对于预知会发生异常的代码段使用try catch主动捕获异常,适用于提示给用户或跳转到错误页面,或者通过其它方式处理异常(日志.通知等). int i = 10; int j = 0; try { Label1.Text = (i / j).ToString(); } catch (Exception ex) { // 这里处理异常:Redirect.Transfer.Log.Notice等 Console.WriteLine("Page:" + ex

怎样在loop中处理异常,而不跳出 出现符号“exception”在需要下下列之一时的解决办法; 如果sql中发生异常,我们可以用 exception       when others then dbms_output.put_line('异常'); 来捕获 但是此处有个问题,exception必须被包含在begin end中,否则会出错, declare v_Sql varchar2(100); begin   for xx in (select t.OWNER, t.TABLE_NAME,

无论在Window应用程序,还是Web应用程序以对用户友好的方式显示运行时的异常都是很有必要,尤其对于可能有很多不确定因素导致异常的Web应用程序;在传统的Web开发中,处理异常的方式——设计专门一个页面作为出现异常后跳转的页面,对于这个功能,ASP.net以及IIS有内建支持.而对于Ajax类型的应用程序来讲,一个页面就是一个程序,如果贸然将用户引导至另一个页面(即另一个程序),显得有些唐突. 但是Ajax程序也可以实现以上的异常处理方法(接下来的介绍中会提到):Asp.Net  Ajax有一