全基因组测序 全基因组测序分为从头测序(de novo sequencing)和重测序(re-sequencing). 从头测序(de novo)不需要任何参考基因组信息即可对某个物种的基因组进行测序,利用生物信息学分析方法进行拼接.组装,获得该物种的基因组序列图谱,从而推进该物种的后续研究.基因组重测序 是对有参考基因组物种的不同个体进行的基因组测序,并在此基础上对个体或群体进行差异性分析. 基因组重测序主要用于辅助研究者发现单核苷酸多态性位点(SNPs).拷贝数变异(CNV).插入/缺失(I

期刊名:Molecular & Cellular Proteomics 发表时间:(2019年12月) IF:4.828 单位: 朱拉隆功大学 费城威斯塔研究所 物种:人 技术:de novo从头测序,深度学习 一. 概述: 该研究开发了一种基于深度学习的肽段从头测序框架SMSNet,在保持良好的识别覆盖率的同时,氨基酸准确度能达到95%以上.SMSNet揭示了超过10000个以前未分类的人类白细胞抗原(HLA)和磷酸肽,并结合数据库搜索方法,将肽鉴定的覆盖范围扩大了近30%. 二. 研究背景:

跟着Dive-into-DL-PyTorch.pdf从头开始学pytorch,夯实基础． Tensor创建 创建未初始化的tensor import torch x = torch.empty(5,3) print(x) 输出 tensor([[ 2.0909e+21, 3.0638e-41, -2.4612e-30], [ 4.5650e-41, 3.0638e-41, 1.7753e+28], [ 4.4339e+27, 1.3848e-14, 6.8801e+16], [ 1.8370e+

RNAseq测序reads定位 发表评论 3,210 A+ 所属分类:Transcriptomics   收  藏 获得RNA-seq的原始数据后,首先需要将所有测序读段通过序列映射(mapping)定位到参考基因组上,这是所有后续处理和分析的基础.在读段定位之前,有时还需要根据测序数据情况对其做某些基本的预处理. 例如,过滤掉测序质量较差的读段,对miRNA测序读段数据去除接头序列等. 高通量测序的海量数据对计算机算法的运行时间提出了很高的要求.针对诸如Illumina/Solexa等测序平台

虽然已经决定这个项目用Wyn来做了,但是,了解一下如何从头开始写一个数据大屏还是挺有好玩的. ------------- 为什么要做数据大屏? 现如今的大数据逐渐发挥出了它的力量,并无形的改变着我们的生活.但大数据在不是从事技术开发的人来说没有很明显的感受,很多人对大数据的概念只是停留在每年网易云音乐对个人听歌的汇总上.知乎2017年解锁的知识成就.微信新年的个人社交分析.支付宝的年终账单等.其迫切的需要通过一些媒介展现数据的威力,而数据大屏作为大数据展示媒介的一种,广泛运用于各种展示厅.会展.

一开始拿到三代测序的下机数据时,蒙了,readme ?三代测序的下机数据都有哪些,以及他们具体的格式是怎么样的(以sequel 平台为主). 测序过程 SMRTbell A adapter通用接头,两端的接头可以一样也可以不一样    B barcode(客户自己设计)    I insert 插入片段,即我们测序的目的片段    由于SMRTbell是环状的,测序过程是边合成边测序,因此可以沿着新链合成的方向不停地读取序列,读取一圈又一圈,直到聚合酶累趴下了… 测序结果 根据SMRTbell的

转载:http://www.cnblogs.com/jinhh/p/8328818.html 三代测序的下机数据都有哪些,以及他们具体的格式是怎么样的(以sequel 平台为主). 测序过程 SMRTbell A adapter通用接头,两端的接头可以一样也可以不一样    B barcode(客户自己设计)    I insert 插入片段,即我们测序的目的片段    由于SMRTbell是环状的,测序过程是边合成边测序,因此可以沿着新链合成的方向不停地读取序列,读取一圈又一圈,直到聚合酶累趴

针对PacBio单分子测序——第三代测序技术的测序原理和读长     DNA基因测序技术从上世纪70年代起,历经三代技术后,目前已发展成为一项相对成熟的生物产业.测序技术的应用也扩展到了生物.医学.制药.健康.农林.园艺.花卉.环保.法医等许多领域,并成为一项与我们衣食住行密切相关的高技术产业.据最新统计,2012年全球基因测序市场的产值已超过百亿,按最近几年增长速度,预计2017年市场产值将加倍.因此可以说,基因测序在我国生物科技领域具有非常重要的战略意义.        “第三代测序技术”的

NGS又称为下一代测序技术,高通量测序技术 以高输出量和高解析度为主要特色,能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列读取,在提供丰富的遗传学信息的同时,还可大大降低测序费用.缩短测序时间的测序技术. Sanger法测序(一代测序):是一种利用DNA聚合酶来延伸结合在待定序列模板上的引物的测序技术.每一次序列测定由一套四个单独的反应构成,每个反应含有所有四种脱氧核苷酸三磷酸(dNTP),并混入限量的一种不同的双脱氧核苷三磷酸(ddNTP).由于ddNTP缺乏延伸所需要的3-OH基团,使延长的

背景: 1.为什么要从头测序组装基因组? 基因组是不同表型的遗传基础:获得参考基因组是深入研究一个生物体全基因组的第一步也是必须的一步:从头测序组装能够对新的测序物种构建参考基因组: 2.为什么要研究全基因组? 确定基因组中缺失了什么:确定难以生化研究的基因和pathways:研究感兴趣的pathway通路中的每一个基因:研究基因组的非编码区域(introns内含子.promoters启动子.telomeres端粒等)的调控机理和结构特征:基因组提供了一个可以进行各种统计的大型数据库(provi

A survey of best practices for RNA-seq data analysis RNA-seq数据分析指南 内容 前言 各位同学/老师,大家好,现在由我给大家讲讲我的文献阅读报告! A survey of best practices for RNA-seq data analysis ,我把它叫做RNA-seq数据分析指南.这篇文章是由佛罗里达大学等单位的研究人员在1月26日发表在Genome Biology上的,该期刊的影响因子有10.8分.这是这篇文章的通讯作者,

本文首发于“生信补给站”公众号,https://mp.weixin.qq.com/s/ZEjaxDifNATeV8fO4krOIQ更多关于R语言,ggplot2绘图,生信分析的内容,敬请关注小号. 为了能更方便的查看,检索,对文章进行了精心的整理.建议收藏,各取所需,当前没用也许以后就用到了呢! 一 R资料+计划 R语言精品资料年中无套路赠送 R-plotly|交互式甘特图(Gantt chart)-项目管理/学习计划 二 Bioinfo R|fastqcr QC数据处理 :测序结果的数据质控及

Dissecting evolution and disease using comparative vertebrate genomics-The sequencing revolution   short-read sequencing (SRS) (因大规模基因组数据需要,采用Illumina paired-end,短序列)->genome assembly and long-read sequencing (LRS) (因长序列的需要)   Sequencing 和assembly两个模

生物医学大数据 重点:蛋白质定量 新蛋白可以是全新的蛋白质,也可以是知结构但未知功能的蛋白质,也可以是知道结构有新功能的蛋白质. 新蛋白鉴定可以使用以下方法. 基于基因组,可以基因组中的coding区数据库变成理论上的蛋白质数据库,利用密码子翻译出氨基酸,为准确可以有三种版本,可以敲除1个碱基,2个碱基,3个碱基等,同时考虑正反链因素,就有3*2=6种可能性.基于转录组翻译情况,采用搜索已知蛋白质信息数据库,准确率高.denovo方法,即从头测序的综合比较方法,可信度基于打分值或p-value等

质谱仪: 质谱分析法是先将大分子电离为带电粒子,按质核比分离,由质谱仪识别电信号得到质谱图. Top-down直接得到结果是蛋白. Bottom down使用shutgun方法得到结果是肽段. 由蛋白质混合物打断为肽段混合物,按特定时间分离为LC, 初次得到的谱图为一级谱,一级谱是串联质谱,其中一个峰一个肽段.选出一个峰作为二级谱的原料,选出母离子(母离子就是整个肽段 PEPMASS)并打断送入质谱仪,二级谱是一张图中的一个肽段.除此之外还可以做更多等级的图谱,tandem mass spect

的最佳方案 标签: Android屏幕旋转AsyncTaskProgressDialog 2014-07-19 09:25 39227人阅读 评论(46) 收藏 举报 分类: [android 进阶之路](70) [Android 精彩案例](36) 版权声明:本文为博主原创文章,未经博主允许不得转载.   目录(?)[+]   转载请表明出处:http://blog.csdn.net/lmj623565791/article/details/37936275 1.概述 众所周知,Activit

1,两种文件存取方式(输入,输出方式) 顺序存取 直接存取 2,数据的两种存放形式 文本文件 二进制文件 13.2文件指针 定义文件类型指针变量的一般形式: FILE *指针变量名; 例如: FILE *fp1,*fp2; 13.3打开文件 在使用文件之前,需打开文件.在C里使用fopen函数打开文件.格式为: fopen(文件名,文件使用方式); 此函数返回一个指向FILE类型的指针.如: FILE *fp; fp=fopen("file_1","r"); 如果调

第一步.首先在你项目中创建一个包存放支持下拉刷新和上拉加载的类:

摘要:OpenStack与Hadoop被誉为继Linux之后最有可能获得巨大成功的开源项目.这二者如何结合成为更猛的新方案?业内给出两种答案:Hadoop跑在OpenStack上或OpenStack部署到Hadoop上.Steve Markey教授重点介绍了后者. 这两种答案都有企业在实践.“Hadoop跑在OpenStack上”可以参考<Project Savanna:让Hadoop运行在OpenStack之上>,“OpenStack部署到Hadoop上”则重点可查阅本文. 随着企业开始同时

在看emWIN的时候看到一个图片压缩的算法可以有效的对二值图(简单的2中颜色或者更多)进行压缩,压缩的效果可以节省空间而且不丢失信息! 特点 一种压缩过的位图文件格式,RLE压缩方案是一种极其成熟的压缩方案,特点是无损失压缩,既节省了磁盘空间又不损失任何图像数据. 游程编码是一种统计编码,该编码属于无损压缩编码.对于二值图有效.其在对图像数据进行编码时,沿一定方向排列的具有相同灰度值的像素可看成是连续符号,用字串代替这些连续符号,可大幅度减少数据量. 行程编码是连续精确的编码,在传输过程中,如果