转载:http://www.cnblogs.com/nkwy2012/p/6362996.html  SAM是Sequence Alignment/Map 的缩写.像bwa等软件序列比对结果都会输出这样的文件.samtools网站上有专门的文档介绍SAM文件.具体地址:http://samtools.sourceforge.net/SAM1.pdf 很多人困惑SAM文件中的第二列FLAG值是什么意思.根据文档介绍我们可以计算,但是为了方便大家,下面给大家提供一个脚本工具,大家直接输入flag值就

SAM是Sequence Alignment/Map 的缩写.像bwa等软件序列比对结果都会输出这样的文件.samtools网站上有专门的文档介绍SAM文件.具体地址:http://samtools.sourceforge.net/SAM1.pdf 很多人困惑SAM文件中的第二列FLAG值是什么意思.根据文档介绍我们可以计算,但是为了方便大家,下面给大家提供一个脚本工具,大家直接输入flag值就可以知道它代表的含义了. 该脚本的使用方法如下截图所示: 脚本工具的使用方法: 将下面的代码保存在记事

SAM是Sequence Alignment/Map 的缩写.像bwa等软件序列比对结果都会输出这样的文件.samtools网站上有专门的文档介绍SAM文件.具体地址:http://samtools.sourceforge.net/SAM1.pdf 很多人困惑SAM文件中的第二列FLAG值是什么意思.根据文档介绍我们可以计算,但是为了方便大家,下面给大家提供一个脚本工具,大家直接输入flag值就可以知道它代表的含义了. 该脚本的使用方法如下截图所示: 脚本工具的使用方法: 将下面的代码保存在记事

sam文件怎么打开 (Security Accounts Manager安全帐户管理器)负责SAM数据库的控制和维护.SAM数据库位于注册表HKLM\SAM\SAM下,受到ACL保护,可以使用regedt32.exe打开注 册表编辑器并设置适当权限查看SAM中的内容. SAM数据库在磁盘上就保存在%systemroot%system32\config\目录下的sam文件中,在这个目录下还包括一个security文件,是安全数据库的内容,两者有不少关系 最近没有事情就翻翻自己的系统文件夹, 走到C

一:项目需求,前端有一个页面,页面中可以手动输入一些参数数据,通过点击前端的按钮,使输入的数据保存到后台生成的.xml文件中 二:我在前端使用的是easyui的propertygrid,这个能通过data-options中的URL: '/task1/com/guodiantong/servlet/JsonToJspServlet.action'这个地址对应后台的servlet,要求在对应的servlet中必须有json格式的字符串输出: String ss=javaToGson.javaToSt

pysam模块 因为要分析sam文件中序列的情况,因此要对reads进行细分,所以之前想用数据库将sam文件信息存储,然后用sql语句进行分类.后来发现很麻烦,pysam就是一个高效读取存储在SAM / BAM / CRAM格式文件中的映射短读序列数据信息的python模块,可以轻松地对reads进行操作. 1.安装Pysam $ pip install pysam 2.检查是否安装成功 import pysam # 注意,此步是进入python交互环境 3.读取bam文件 import pys

实例cat logt.log|sort -s -t '-' -k1n |awk '{print $1;}'|uniq -c|sort -k1nr|head -100 统计文件中出现次数最多的前10个单词 使用linux命令或者shell实现:文件words存放英文单词,格式为每行一个英文单词(单词可以重复),统计这个文件中出现次数最多的前10个单词. cat words.txt | sort | uniq -c | sort -k1,1nr | head -10 主要考察对sort.uniq命令

读取同一文件夹下多个txt文件中的特定内容并做统计 有网友在问,C#读取同一文件夹下多个txt文件中的特定内容,并把各个文本的数据做统计. 昨晚Insus.NET抽上些少时间,来实现此问题,加强自身的功力.先是准备好几个文本文件.第一个文本文件t1.txt:   Money of Xiaohong(this year) 12 Money of Xiaoma(Last year) 13 sdfgsd Money of Xiaoqiang(this year) 16 Money of Xiaogan

题目分析: 1.首先想到的是数组存放数据,数组肯定是String类型. 2.String类型的数组,5行6列.要把从第0行第2列到第4行第4列的数据取出转换成数值型,再统计三科总分.最后把计算出的总分转换成String类型放回数组的第5列. 3.将string类型的数组写入到文件,再从文件读出显示到控制台 遇到的困难: 1.反复的类型转换 import java.io.File; import java.io.FileOutputStream; import java.io.FileReader

目录: 1. 编程题目 2. 方法一 3. 方法二 4. 方法三 5. 方法四 6. 总结 正文: 1. 编程题目 写一个方法,输入一个文件名和一个字符串,统计这个字符串在这个文件中出现的次数. 2. 方法一 废话少说,先来看看方法一的代码: public static int getStringNumberMethod1(String fileName, String str) throws Exception { ; BufferedReader bufferedReader = new B

https://blog.csdn.net/qq_28766327/article/details/78069989 在服务器开发中,我们经常会写入大量的日志文件.有时候我们需要对这些日志文件进行统计.Linux中我们可以利用以下命令简单高效的实现这一功能. 需要用到的命令简介 cat命令 cat命令主要有三大功能 1.一次显示整个文件 cat filename 2.创建一个文件 cat > fileName 3.将几个文件合并为一个文件 cat file1 file2 > file 参数: 

1.使用linux命令或者shell实现:文件words存放英文单词,格式为每行一个英文单词(单词可以重复),统计这个文件中出现次数最多的前10个单词 主要考察对sort.uniq命令的使用,相关解释如下,命令及参数的详细说明请自行通过man查看,简单介绍下以上指令各部分的功能: sort:  对单词进行排序 uniq -c:  显示唯一的行,并在每行行首加上本行在文件中出现的次数 sort -k1,1nr:  按照第一个字段,数值排序,且为逆序 sort -nr-n:按照数值的大小排序-r:以

一.前言 在之前写过一个词频统计的C语言课设,别人说你一个大三的怎么写C语言课程,我只想说我是先学习VB,VB是我编程语言的开始,然后接触到C语言及C++:再后来我是学习C++,然后反过来学习C语言,记得那时候自己在C++中没有好好学习,考试之前疯狂的背代码,然后过了.后来学习C语言的时候,自己知道基础很重要,然后认真学习.这WC这回自己就轻车熟路,记得那时候丁国辉课设老师,问我有多少是自己写的,我说有80%自己写的,然后他让我当场给程序增加一个总的单词数和每一个单词的频率,当时记得自己在旁边改

matlab 中txt文件(含字符及数值)处理 (2008-08-02 09:45:12) 转载▼ 标签: 杂谈 分类: matlab及C学习 Matlab文件操作及读txt文件ZZ 2008-07-11 16:43 matlab文件操作文件操作是一种重要的输入输出方式,即从数据文件读取数据或将结果写入数据文件.MATLAB提供了一系列低层输入输出函数,专门用于文件操作.1.文件的打开与关闭1)打开文件在读写文件之前,必须先用fopen函数打开或创建文件,并指定对该文件进行的操作方式.fopen

突然发现awk原来可以统计同一数据在要处理的文件中所出现的次数.原来的时候为了分析数据还自己写程序,哎,无语,当时还以为自己多强,手工分析不过来的东西写程序处理.现在想来实在是年少轻狂.解决问题嘛,不讲究方式,只要快速高效的完成任务就OK了. 好,今天小试牛刀统计了一下passwd文件中shell部分重复的shell名和出现的次数,看命令: $awk -F: '{a[$7]++}END{for (i in a) print i" "a[i]}' /etc/passwd /bin/fal

统计文件中字符的个数(采用命令行参数) #include<stdio.h> #include<stdlib.h> int main(int argc, char *argv[]) {  char ch;  FILE *fp;  long count=0;    if(argc !=2)  {   printf("文件名是:%s\n",argv[0]);   exit(EXIT_FAILURE);  }  if ((fp=fopen(argv[1],"r

'=========================================================================='' VBScript Source File -- Created with SAPIEN Technologies PrimalScript 4.1'' NAME: '' AUTHOR: Windows 用户 , AEBELL' DATE : 2014/7/7'' COMMENT: ''=============================

先给出github上的代码链接以及项目需求 1.项目概述 这个项目的需求可以概括为:对记事本(txt)文件进行单词的词频统计和排序,排序结果以指定格式输出到默认文件中,并要求能够快速地完成整个统计和结果输出功能.乍一看,这个功能实现起来十分简单,基本上就是遍历一遍文件,对提取出来的单词按照词频排个序就搞定了.但是要是考虑到性能问题,那还需要多动动脑筋.下面附上这项目的PSP表格. PSP2.1 PSP阶段 预估耗时(分钟) 实际耗时(分钟) PSP2.1 PSP阶段 预估耗时(分钟) 实际耗时(

在我学习使用Windows的IDEA的过程中,将代码文件转移到Linux虚拟机当中,但无法在Linux系统中统计代码行数. 注意:拷贝进虚拟机的文件均能编译运行. 具体过程如下: root@yogile-VirtualBox:/alive/string# ls bin/ docs/ statistics.sh string/ work/ ##/shared/为虚拟机与宿主机的共享文件夹 root@yogile-VirtualBox:/alive/string# cp -r /shared/ide

使用python脚本实现统计日志文件中的ip访问次数,注意此脚本只适用ip在每行开头的日志文件,需要的朋友可以参考下 适用的日志格式: 106.45.185.214 - - [06/Aug/2014:07:38:59 +0800] "GET / HTTP/1.0" 200 10 "-" "-" 171.104.119.22 - - [06/Aug/2014:08:55:01 +0800] "GET / HTTP/1.0" 20