简单使用DESeq2/EdgeR做差异分析 Posted: 五月 07, 2017  Under: Transcriptomics  By Kai  no Comments DESeq2和EdgeR都可用于做基因差异表达分析,主要也是用于RNA-Seq数据,同样也可以处理类似的ChIP-Seq,shRNA以及质谱数据. 这两个都属于R包,其相同点在于都是对count data数据进行处理,都是基于负二项分布模型.因此会发现,用两者处理同一组数据,最后在相同阈值下筛选出的大部分基因都是一样的,但是

三次重复的ACK,可能是丢包引起的,丢包可能是网络拥塞造成的,也可能是信号失真造成的. 三次重复的ACK,也有可能是乱序引起的,而乱序和网络拥塞没有直接关系. 如果就写这两行,感觉什么都没写,接下来的文字详细解释这两行文字. TCP背景知识 客户端有1M的文件需要上传到服务器上,问题来了,这个大文件能否用一个TCP报文传输? 肯定不能啊,因为网络路径有最大传输单元(MTU = 1500)的限制,所以IP报文不能大于1500字节,那怎么办啊? 那就让TCP将1M砍成N个1460字节的segment

三次重复的ACK,可能是丢包引起的,丢包可能是网络拥塞造成的,也可能是信号失真造成的. 三次重复的ACK,也有可能是乱序引起的,而乱序和网络拥塞没有直接关系. 如果就写这两行,感觉什么都没写,接下来的文字详细解释这两行文字. TCP背景知识 客户端有1M的文件需要上传到服务器上,问题来了,这个大文件能否用一个TCP报文传输? 肯定不能啊,因为网络路径有最大传输单元(MTU = 1500)的限制,所以IP报文不能大于1500字节,那怎么办啊? 那就让TCP将1M砍成N个1460字节的segment

3. 无重复字符的最长子串 题目描述 给定一个字符串,请你找出其中不含有重复字符的 最长子串 的长度. 示例: 输入: "abcabcbb" 输出: 3 解释: 因为无重复字符的最长子串是 "abc",所以其长度为 3. 输入: "bbbbb" 输出: 1 解释: 因为无重复字符的最长子串是 "b",所以其长度为 1. 输入: "pwwkew" 输出: 3 解释: 因为无重复字符的最长子串是 "w

第四章 简介 方法的结构重复问题 我们在上一篇正式整理完毕,从这一篇开始,我们要再次进入学习收集示例阶段了. 那么我们学什么呢?当然是学习设计工具,也就是在上篇中提到的关键知识点.这些关键知识点,大部分来自于 C# 语法. 不过在此之前,我们先实现一个功能,这个功能是,传入几个数字,随机取出其中一个数字. 比如传入 1,3,5,7 从这四个数字中随机取出一个数字出来. 其实现很简单 代码如下: using UnityEngine; namespace QFramework { public pa

Follow up for "Remove Duplicates":What if duplicates are allowed at most twice? For example,Given sorted array A = [1,1,1,2,2,3], Your function should return length = 5, and A is now [1,1,2,2,3]. 这道题是之前那道Remove Duplicates from Sorted Array 有序数组中

本篇主要是参考 lua连续随机数 这篇文章完成.大家可以去原贴查看学习. 生成随机数组,暂时发现两种方法 1.把生成的数放到一个表里面,每次随机时判断这个表里是否有,若有再随机一次(问了朋友,很多人都想到这个方法) 2.先生成一个连续的数字表t,每次随机一个数n,把t[n]保存,并移除t[n] 首先,说一下我的真实需求是给定一定范围,然后生成指定个数的不重复随机数组.这个给定范围,可能很大,可能很小,指定个数可能比数组个数大,也可能只比数组个数小一点,也可能比数组个数小很多. 例如,1.从1~1

TCP 的流量控制与拥塞控制可以说是一体的.流量控制是通过滑动窗口实现的,拥塞避免主要包含以下2个内容: (1)慢开始,拥塞避免 (2)快重传,快恢复 1.流量控制——滑动窗口 TCP采用大小可变的滑动窗口进行流量控制,窗口大小的单位是字节. 发送窗口在连接建立时由双方商定.但在通信的过程中,接收端可根据自己的资源情况,随时动态地调整对方的发送窗口上限值(可增大或减小). 为什么要设置窗口? 我们可以把窗口理解为缓冲区(但是有些窗口和缓冲区又不太一样). 如果没有这些“窗口”,那么TCP没发送一

​ 在学习了python的函数式编程后,又接触到了logging这样一个强大的日志模块.为了减少重复代码,应该不少同学和我一样便迫不及待的写了一个自己的日志函数,比如下面这样: # 这里为了便于理解,简单的展示了一个输出到屏幕的日志函数 def my_log(): logger = logging.getLogger('mysql.log') ch = logging.StreamHandler() ch.setLevel(logging.ERROR) fmt = logging.Formatt

问题起源: ​ 在学习了python的函数式编程后,又接触到了logging这样一个强大的日志模块.为了减少重复代码,应该不少同学和我一样便迫不及待的写了一个自己的日志函数,比如下面这样: import logging # 这里为了便于理解,简单的展示了一个输出到屏幕的日志函数 def my_log(): logger = logging.getLogger('mysql.log') ch = logging.StreamHandler() ch.setLevel(logging.ERROR)

本博客转载于:http://www.cnblogs.com/huang-yc/p/9209096.html,写得真不错 浅析python日志重复输出问题 目录 问题起源: 问题解析 解决办法 1.改名换姓 2.及时清理(logger.handlers.clear) 3.用前判断 总结 浅析python日志重复输出问题 回到顶部 问题起源: ​ 在学习了python的函数式编程后,又接触到了logging这样一个强大的日志模块.为了减少重复代码,应该不少同学和我一样便迫不及待的写了一个自己的日志函

本节内容 1.概述 2.socket发送中文 3.重复发送和多次接收 4.模拟ssh客户端 一.概述 本篇博客讲一下,如果socket客户端断了,另外的客户端怎么接入服务端,还有模拟ssh的链接等. 二.socket发送中文 因为在python 3中只能接受bytes类型的数据,bytes类型只能接受ASCII码里面的数据类型.因为bytes类型是一个ASCII 0-255的数字组合.所以在客户端向服务端传中文时一定要先转成bytes类型,也就是encode(),接收方需要解码,也就是decod

浅析python日志重复输出问题 问题起源: ​ 在学习了python的函数式编程后,又接触到了logging这样一个强大的日志模块.为了减少重复代码,应该不少同学和我一样便迫不及待的写了一个自己的日志函数,比如下面这样: import logging # 这里为了便于理解,简单的展示了一个输出到屏幕的日志函数 def my_log(): logger = logging.getLogger('mysql.log') ch = logging.StreamHandler() ch.setLeve

一.方法引用 方法引用使得开发者可以直接引用现存的方法.Java类的构造方法或者实例对象.方法引用和Lambda表达式配合使用,使得java类的构造方法看起来紧凑而简洁,没有很多复杂的模板代码. 方法引用包括几种情况: 静态方法引用 构造方法引用 类成员方法引用 对象方法引用 例子中,Car类是不同方法引用的例子,可以帮助读者区分四种类型的方法引用. package com.study.demo.TestRefernce; import java.util.Arrays; import java

多模块开发,大致的思想就是把一个项目按某种方式分成多个模块,再把模块们连接成一个整体,我们在开发的时候,可以很清晰的操作每一个模块,可以大大提高开发的效率. Java web项目,最常见的就是按代码的作用分层开发,这和SSH框架有相互契合的思想: po.vo层——模型层 dao层——数据库访问层(Hibernate)——其代码的作用一定是操作数据库,而Hibernate的作用就是方便我们操作数据库的 service层——业务逻辑层(Spring)——其代码的作用一定是对业务逻辑的处理,而Spri

作为网络管理员,很多时间必然会耗费在修复慢速服务器和其他终端.但用户感到网络运行缓慢并不意味着就是网络问题. 解决网络性能问题,首先从TCP错误恢复功能(TCP重传与重复ACK)和流控功能说起.之后阐述如何发现网络慢速之源.最后,对网络各组成部分上的数据流进行概况分析.这几张内容将会帮助读者识别,诊断,以及排查慢速网络. 更多信息接下来的内容,较多是黑白图片了.虽然看起来有点不爽,但还是很值得一看. TCP错误恢复功能: TCP的错误恢复功能是定位,诊断及修复网络延时的最佳工具.延时可以在单程也

TCP详解(3):重传.流量控制.拥塞控制…… 数据传输 在TCP的数据传送状态,很多重要的机制保证了TCP的可靠性和强壮性.它们包括:使用序号,对收到的TCP报文段进行排序以及检测重复的数据:使用校验和来检测报文段的错误:使用确认和计时器来检测和纠正丢包或延时.  在TCP的连接创建状态,两个主机的TCP层间要交换初始序号(ISN:initial sequence number).这些序号用于标识字节流中的数据,并且还是对应用层的数据字节进行记数的整数.通常在每个TCP报文段中都有一对序号和确

安卓数字签名指的是对apk包做文件摘要并加密,在安装apk包时做解密和验证以保证包体不被篡改.这里先普及下签名和验证流程.签名文件保存在apk包里META-INF目录下,包含3个文件: 1.后缀为MF的是摘要文件.首先遍历apk包,将除META-INF目录外其他所有文件用SHA1生成摘要信息并用base64编码.如果你手动改变了apk包中的文件,那么在apk包安装验证时,改后的文件摘要信息与原MF文件中的不一致,会导致安装失败. 2.后缀为SF还是摘要文件.对上面生成的MF文件做两步处理,首先读

通过action的参数传入一个model 通过input的name属性和model属性对应上 通常是使用Http post去做 快速创建了这个Action 这个Action很简单我们只需要返回View就可以了 在Home下创建Create.cshtml Create页面 先声明小写的model的数据类型 Action可以不用写,因为提交数据就是提交的本页面 文本框的name值和model的属性值一一对应的关系 TabHelper的写法,上面已经声明了model的类型,这里的asp-for就是fo

超时与重传: TCP在发送一个包时,启动一个定时器,如果在定时器溢出之前没有收到ACK,则认为发出的包丢失了,此时会重传丢失的包.这就是超时重传. 其中定时器的时间不是一个固定值,它是根据RTT计算的.是一个变化量(RTO). 等待超时再重传比较慢,有一种更快的方法可以用于判断是否丢包,这就是快速重传. 在接收端收到乱序的包时,会返回一个ACK,序号是它期望接受的下一个包.如果多次收到重复的ACK,则说明这个期望的包很有可能丢了.少次收到重复的ACK也许是因为包延时了.这个次数一般被设为3.即在

Given a sorted array nums, remove the duplicates in-place such that duplicates appeared at most twice and return the new length. Do not allocate extra space for another array, you must do this by modifying the input array in-place with O(1) extra mem