基本概念 Biostrings包很重要的3个功能是进行Pairwise sequence alignment 和Multiple sequence alignment及 Pattern finding in a sequence 序列比对一般有2个过程: 1)构建计分矩阵公式(the scoring matrix formulation) 2)比对(alignment itself) global alignment methods (全局比对):align every  residue in

enumerate 函数用于遍历序列中的元素以及它们的下标: >>> for i,j in enumerate(('a','b','c')): print i,j 0 a1 b2 c>>> for i,j in enumerate([1,2,3]): print i,j 0 11 22 3>>> for i,j in enumerate({'a':1,'b':2}):    #注意字典,只返回KEY值!! print i,j 0 a1 b >&g

enumerate 函数用于遍历序列中的元素以及它们的下标: >>> for i,j in enumerate(('a','b','c')):  print i,j 0 a 1 b 2 c >>> for i,j in enumerate([1,2,3]):  print i,j 0 1 1 2 2 3 >>> for i,j in enumerate({'a':1,'b':2}):  print i,j 0 a 1 b >>> fo

python中往往使用剥除函数strip()来对用户的输入进行清理.strip函数的最一般形式为: str.strip('序列') 其中,序列是一段字符串,该函数表示从头或者从尾部开始进行扫描,如果扫描的字符在序列字符串中,则剔除掉,一直到遇到一个不在序列字符串中的字符为止. 延伸的函数: str.lstrip('序列'),则表示仅从头部第一个字符开始扫描,如果扫描的字符在序列字符串中,则剔除掉,直到遇到一个不在序列字符串中的字符为止. str.rstrip('序列'),则表示仅从尾部第一个字符

本节内容 函数的定义方法 函数功能 函数的返回值 函数的形参与实参 全局变量与局部变量 递归 函数的作用域 匿名函数lambda 函数式编程 常用内置函数 其他内置函数 函数 函数的定义方法 函数就相当于一个文件,这个文件有他特定的功能可以减少代码的重写 def 函数名 (参数): "函数的注释" 函数体 return x 若命名了相同的函数名,则调用函数时下面的函数会覆盖掉上面的函数 函数的功能 1.代码重用 2.保持一致性,易维护 3.可扩展性 函数的返回值 1.返回值数值 = 0

本节内容 函数的定义方法 函数功能 函数的返回值 函数的形参与实参 全局变量与局部变量 递归 函数的作用域 匿名函数lambda 函数式编程 常用内置函数 其他内置函数 函数 函数的定义方法 函数就相当于一个文件,这个文件有他特定的功能可以减少代码的重写 1 def 函数名 (参数): 2 "函数的注释" 3 函数体 4 return x 若命名了相同的函数名,则调用函数时下面的函数会覆盖掉上面的函数 函数的功能 1.代码重用 2.保持一致性,易维护 3.可扩展性 函数的返回值 1.返

8.4.4 Model类getModelName() 获取当前Model的名称getTableName() 获取当前Model的数据表名称switchModel(type,vars=array()) 动态切换模型table() 设置当前操作的数据表field() 设置要查询的数据字段where() 设置查询或者操作条件data(data) 设置数据对象order(order) 设置排序limit(limit) 查询限制page(page) 查询分页join(join) 进行JOIN查询havin

1.简介 python 提供内置函数map(), 接收两个参数,一个是函数,一个是序列,map将传入的函数依次作用到序列的每个元素,并把结果作为新的list返回.例如: (1)对于list [1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9]如果希望把list的每个元素都作平方,就可以用map()函数:因此,我们只需要传入函数f(x)=x*x,就可以利用map()函数完成这个计算: def f(x): return x * x print(list(map(f, [1, 2, 3, 4, 5,

  reduce() 函数会对参数序列中元素进行累积,下面这篇文章主要给大家介绍了关于python中reduce()函数的使用方法,文中通过示例代码介绍的非常详细,对大家的学习或者工作具有一定的参考学习价值,需要的朋友们下面来一起看看吧. 前言 本文主要给大家介绍了关于python中reduce()函数使用的相关内容,分享出来供大家参考学习,下面话不多说了,来一起看看详细的介绍: reduce()函数在库functools里,如果要使用它,要从这个库里导入.reduce函数与map函数有不一样地

Python 函数 函数是组织好的,可重复使用的,用来实现单一,或相关联功能的代码段. 函数能提高应用的模块性,和代码的重复利用率.Python提供了许多内建函数,比如print().但也可以自己创建函数,这被叫做用户自定义函数. 1.函数的定义: 你可以定义一个由自己想要功能的函数,以下是简单的规则: 函数代码块以 def 关键词开头,后接函数标识符名称和圆括号(). 任何传入参数和自变量必须放在圆括号中间.圆括号之间可以用于定义参数. 函数的第一行语句可以选择性地使用文档字符串—用于存放函数

学了 Python 中的数据类型,语句,接下来就来说一下 Python 中的函数,函数是结构化编程的核心.我们使用函数可以增加程序的可读性.自定义函数时使用关键字def 函数由多条语句组成.在定义函数的时候我们可以使用如下的方式给函数定义一个解释文档. def square(x): 'This is comment of this method !' return x * x # 获取方法注释信息 square.__doc__ 上面定义的函数我们就可以通过函数名.__doc__的方式获取方法的文

今天运行tophat2的时候看到下面这条记录: [2016-02-27 11:40:03] Checking for reference FASTA file Warning: Could not find FASTA file /home/pub/database/Human/hg19/bowtie2_db/hg19.fa.fa [2016-02-27 11:40:03] Reconstituting reference FASTA file from Bowtie index Executi

samtools faidx 能够对fasta 序列建立一个后缀为.fai 的文件,根据这个.fai 文件和原始的fastsa文件, 能够快速的提取任意区域的序列 用法: samtools faidx input.fa 该命令对输入的fasta序列有一定要求:对于每条序列,除了最后一行外, 其他行的长度必须相同, >one ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCAT GCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC ATGCAT >two another chro

python中filter()函数   filter()函数是 Python 内置的另一个有用的高阶函数,filter()函数接收一个函数 f 和一个list,这个函数 f 的作用是对每个元素进行判断,返回 True或 False,filter()根据判断结果自动过滤掉不符合条件的元素,返回由符合条件元素组成的新list. 例如,要从一个list [1, 4, 6, 7, 9, 12, 17]中删除偶数,保留奇数,首先,要编写一个判断奇数的函数: def is_odd(x): return x

enumerate函数用于遍历序列中的元素以及它们的下标,多用于在for循环中得到计数,enumerate参数为可遍历的变量,如 字符串,列表等 一般情况下对一个列表或数组既要遍历索引又要遍历元素时,会这样写: 1 2 for i in range (0,len(list)):    print i ,list[i] 但是这种方法有些累赘,使用内置enumerrate函数会有更加直接,优美的做法,先看看enumerate的定义: 1 2 3 4 5 6 7 def enumerate(colle

Excel中MATCH函数是一个很强大的辅助函数, MATCH函数语法为:MATCH(lookup_value,lookuparray,match-type) lookup_value:表示查询的指定内容: lookuparray:表示查询的指定区域: match-type:表示查询的指定方式,用数字-1.0或者1表示,具体如图:   方法/步骤   1 选择B7单元格,输入“=MATCH(100,B2:B5,0)”,按回车,显示“3”. 公式解析:在“B2:B5”区域内查找等一个等于“100”

12.0 序 函数是任何一门编程语言都具备的基本元素,它可以将多个动作组合起来,一个函数代表了一系列的动作.当然在调用函数时,会干什么来着.对,要在运行时栈中创建栈帧,用于函数的执行. 在python中,PyFrameObject对象就是一个对栈帧的模拟,所以我们即将也会看到,python虚拟机在执行函数调用时会动态地创建新的PyFrameObject对象.随着函数调用链的增长,这些PyFrameObject对象之间也会形成一条PyFrameObject对象链,这条链就是对象x86平台上运行时栈

Python中针对函数处理的特殊方法 很多语言都提供了对参数或变量进行处理的机制,作为灵活的Python,提供了一些针对函数处理的特殊方法 filter(function, sequence):对sequence中的item依次执行function(item),将执行结果为True的item组成一个List/String/Tuple map(function, sequence) :对sequence中的item依次执行function(item),见执行结果组成一个List reduce(fu

一.函数 # 第五章 函数 ## 函数简介(function) - 函数也是一个对象 - 对象是内存中专门用来存储数据的一块区域 - 函数可以用来保存一些可执行的代码,并且可以在需要时,对这些语句进行多次的调用 - 创建函数: def 函数名([形参1,形参2,...形参n]) : 代码块 - 函数名必须要符号标识符的规范 (可以包含字母.数字.下划线.但是不能以数字开头) - 函数中保存的代码不会立即执行,需要调用函数代码才会执行 - 调用函数: 函数对象() - 定义函数一般都是要实现某种功

Makefile 中的函数 Makefile 中自带了一些函数, 利用这些函数可以简化 Makefile 的编写. 函数调用语法如下: $(<function> <arguments>) # 或者 ${<function> <arguments>} <function> 是函数名 <arguments> 是函数参数 1.1 字符串函数 字符串替换函数: $(subst <from>,<to>,<text&

先说一下,本篇文章我没有讲sort()实现排序的原理,我写在另一篇文章中了,如果想了解的话,可以看一下,附上链接:https://www.cnblogs.com/buanxu/p/12772700.html sort(v.begin(),v.end(),cmp),它是用来对一组序列进行排序的:有三个参数,前两个参数是待排序区间:第三个参数可有可无(第三个参数代表比较规则), 没有第三个参数的时候,sort()默认按升序排列,有第三个参数的时候,可以通过这个参数实现各种各样的排序,包括降序.sor