最近处理一份1000G+的大文件,直接loading进内存不可能,只能分片读取.文件介绍如下: 该文件是一份压缩的比对后文件(sam文件),该文件由很多细小的结构单元组成,一个结构如下: 两种方法: 1.用open([buffer])的方法: 2.根据文件内容的结构快读取: 由于该文件有自己的结构,如果直接用open的buffer的方法,很粗暴地根据一次性读取一定大小的文件内容的方法,容易把文件读碎了. 根据文件的结构特点,用流的方法读取处理.编码如下:

最近处理文本文档时(文件约2GB大小),出现memoryError错误和文件读取太慢的问题,后来找到了两种比较快Large File Reading 的方法,本文将介绍这两种读取方法. Preliminary 我们谈到“文本处理”时,我们通常是指处理的内容.Python 将文本文件的内容读入可以操作的字符串变量非常容易.文件对象提供了三个“读”方法: .read()..readline() 和 .readlines().每种方法可以接受一个变量以限制每次读取的数据量,但它们通常不使用变量. .r

Python读取大文件(GB) - CSDN博客 https://blog.csdn.net/shudaqi2010/article/details/54017766

背景 最近处理文本文档时(文件约2GB大小),出现memoryError错误和文件读取太慢的问题,后来找到了两种比较快Large File Reading 的方法,本文将介绍这两种读取方法. 准备工作 我们谈到"文本处理"时,我们通常是指处理的内容.Python 将文本文件的内容读入可以操作的字符串变量非常容易.文件对象提供了三个"读"方法: .read()..readline() 和 .readlines().每种方法可以接受一个变量以限制每次读取的数据量,但它们

这是一道著名的 Python 面试题,考察的问题是,Python 读取大文件和一般规模的文件时的区别,也即哪些接口不适合读取大文件. 1. read() 接口的问题 f =open(filename, 'rb') f.read() 我们来读取 1 个 nginx 的日至文件,规模为 3Gb 大小.read() 方法执行的操作,是一次性全部读入内存,显然会造成: MemoryError ... 也即会发生内存溢出. 2. 解决方案:转换接口 (1)readlines() :读取全部的行,构成一个

php读取大文件的方法   <?php function readFile($file) { # 打开文件 $handle = fopen($file, 'rb'); while (feof($handle) === false) { # 重点 每次读取 1024 个字节 yield fread($handle, 1024); } fclose($handle); } foreach (readFile("./test.zip") as $n => $line) { # 把

1. wget def download_big_file_with_wget(url, target_file_name): """ 使用wget下载大文件 Note: 需要系统安装wget """ import os import subprocess download_process = subprocess.Popen(["wget", "-c", "-O", target_fi

python读写文件的api都很简单,一不留神就容易踩"坑".笔者记录一次踩坑历程,并且给了一些总结,希望到大家在使用python的过程之中,能够避免一些可能产生隐患的代码. 1.read()与readlines(): 随手搜索python读写文件的教程,很经常看到read()与readlines()这对函数.所以我们会常常看到如下代码: with open(file_path, 'rb') as f: sha1Obj.update(f.read()) or with open(fil

最近在学习python的过程中接触到了python对文件的读取.python读取文件一般情况是利用open()函数以及read()函数来完成: f = open(filename,'r') f.read() 这种方法读取小文件,即读取远远大小小于内存的文件显然没有什么问题.但是如果是将一个10G大小的日志文件读取,即文件大于内存的大小,这么处理就有问题了,会造成MemoryError ... 也就是发生内存溢出. 发生这种错误的原因在于,read()方法执行操作是一次性的都读入内存中,显然文件大

python中读取数据的时候有几种方法,无非是read,readline,readlings和xreadlines几种方法,在几种方法中,read和xreadlines可以作为迭代器使用,从而在读取大数据的时候比较有效果. 在测试中,先创建一个大文件,大概1GB左右,使用的程序如下: import os.path import time while os.path.getsize('messages') <1000000000: f = open('messages','a') f.write(

python计算文件的行数和读取某一行内容的实现方法 :最简单的办法是把文件读入一个大的列表中,然后统计列表的长度.如果文件的路径是以参数的形式filepath传递的,那么只用一行代码就可以完成我们的需求了: 使用python内置的模块mmap可以处理大文件:http://www.cnblogs.com/zhoujinyi/p/6062907.html 注意:mmap在mac下的支持不是很好,有些函数有可能存在问题 https://docs.python.org/2/library/mmap.h

一.拆分:压缩工具,压缩并拆分为多个小文件. 二.QQ离线传输 QQ离线文件有限制条件: 1.离线传送的文件,为用户保存7天,逾期接收方不接收文件,系统将自动删除该文件: 2. 离线传送的文件,单个文件大小上限为4G: 3.非会员享有2G/天发送文件流量,文件保存7天: 不同等级的会员用户每天拥有不同大小的离线文件发送流量: 三.百度网盘 缺点:不开会员,上传限制,比如单个文件4GB.文件数量不能超过500个.不开会员下载速度极慢. 使用百度网盘PC客户端或者开通会员. 普通用户使用百度网盘We

def read_bigFile(): f = open("123.dat",'r') cont = f.read() : print(cont) cont = f.read() f.close() read_bigFile() def copyFile(): f1 = "123.dat" f2 = "123.dat.bak" #大文件复制 fs1 = open(f1,'r') fs2 = open(f2,'w') cont1 = fs1.rea

当使用requests的get下载大文件/数据时,建议使用使用stream模式. 当把get函数的stream参数设置成False时,它会立即开始下载文件并放到内存中,如果文件过大,有可能导致内存不足. 当把get函数的stream参数设置成True时,它不会立即开始下载,当你使用iter_content或iter_lines遍历内容或访问内容属性时才开始下载.需要注意一点:文件没有下载之前,它也需要保持连接. iter_content:一块一块的遍历要下载的内容 iter_lines:一行一行

通常我们在读取文件的时候,会用到read(), readline(), readlines(). 通常可能会有这样的用法: def test1(): with open("/tmp/test.log", "r") as f: print f.read() 或者 def test2(): f = open("/tmp/test.log", "r") for line in f.readlines(): print line f.

读取文件,最常见的方式是: with open('filename', 'r', encoding = 'utf-8') as f: for line in f.readlines(): do_something(line) 但是,当完成这一操作时,readlines() 方法(read() 也一样)会将整个文件加载到内存中.在文件较大时,往往会引发 MemoryError(内存溢出). 那么,如何避免这个问题? 这才是 Pythonci 最完美的方式,既高效又快速: with open('fi

用 python 处理一个文本时,想要删除其中中某一行,常规的思路是先把文件读入内存,在内存中修改后再写入源文件. 但如果要处理一个很大的文本,比如GB级别的文本时,这种方法不仅需要占用很大内存,而且一次性读入内存时耗费时间,还有可能导致内存溢出. 所以,需要用另外一个思路去处理. 我们可以使用 open() 方法把需要修改的文件打开为两个文件,然后逐行读入内存,找到需要删除的行时,用后面的行逐一覆盖.实现方式见以下代码. with open('file.txt', 'r') as old_fi

python代码如下: import sys,os kilobytes = 1024 megabytes = kilobytes*1000 chunksize = int(200*megabytes)#default chunksize def split(fromfile,todir,chunksize=chunksize): if not os.path.exists(todir):#check whether todir exists or not os.mkdir(todir) else

在平常的生活中,我们会遇到下面这样的情况: 你下载了一个比较大型的游戏(假设有10G),现在想跟你的同学一起玩,你需要把这个游戏拷贝给他. 然后现在有一个问题是文件太大(我们不考虑你有移动硬盘什么的情况),假设现在只有一个2G或4G的优盘,该怎么办呢? 有很多方法,例如winrar压缩的时候分成很多小卷,这里不累述. 在学习python之后,我们自己就可以解决这个问题啦. 我们可以自己写一个脚本去分割合并文件,将文件分割成适合优盘大小的小文件,在拷贝,然后再合并. import sys,os k

python计算文件的行数和读取某一行内容的实现方法 :最简单的办法是把文件读入一个大的列表中,然后统计列表的长度.如果文件的路径是以参数的形式filepath传递的,那么只用一行代码就可以完成我们的需求了: 1.http://blog.csdn.net/shudaqi2010/article/details/54017766 2.https://www.cnblogs.com/yu-zhang/p/5949696.html 3.http://blog.csdn.net/churximi/art