概述:tophat是以bowtie2为核心的一款比对软件. tophat工作分两步: 1.将reads用bowtie比对到参考基因组上. 2.将unmapped-reads打断成更小的fragments,比对到参考基因组上,如果比对成功,建立剪切点. 用法:tophat [options]* <index_base> <reads1_1[,…,readsN_1]> [reads1_2,…readsN_2] <index_base>:参考基因组的index文件的具体目录,

分享下我的debug的经验 1. 优先解决那些可重现的,可重现的bug特别好找,反复调试测试就好了,先把好解决的干掉,这样最节约时间. 2. 对于某些bug没有头绪或者现象古怪不知道从哪里下手,找有经验的同事问一下思路,因为在那种开发多年的大型系统里,经常会反复出现同样原因的bug,原因都类似,改了一处,过一阵子另外一处又冒出来,而且无法根治.比如:我那个系统里有个特别危险的API,接口参数比较难用,一旦有人用错了某些情况下就会出诡异的现象,解决很简单,找到调用这个API的地方把调用方式写对就好

分享下我的debug的经验 1. 优先解决那些可重现的,可重现的bug特别好找,反复调试测试就好了,先把好解决的干掉,这样最节约时间. 2. 对于某些bug没有头绪或者现象古怪不知道从哪里下手,找有经验的同事问一下思路,因为在那种开发多年的大型系统里,经常会反复出现同样原因的bug,原因都类似,改了一处,过一阵子另外一处又冒出来,而且无法根治.比如:我那个系统里有个特别危险的API,接口参数比较难用,一旦有人用错了某些情况下就会出诡异的现象,解决很简单,找到调用这个API的地方把调用方式写对就好

我曾经做了两年大型软件的维护工作,那个项目有10多年了,大约3000万行以上的代码,参与过开发的有数千人,代码checkout出来有大约5个GB,而且bug特别多,open的有上千,即使最高优先级的showstopper也有上百.分享下我的debug的经验1. 优先解决那些可重现的,可重现的bug特别好找,反复调试测试就好了,先把好解决的干掉,这样最节约时间.2. 对于某些bug没有头绪或者现象古怪不知道从哪里下手,找有经验的同事问一下思路,因为在那种开发多年的大型系统里,经常会反复出现同样原因

打开一年前的东西,结果发现里面的android项目全部有个红叉,也找不到错误.新建一个项目也报错,首先确定自己的环境应该没问题,然后通过查看网上的资料,发现可能是debug的keystore到期啦. 通过网上资料的引导,做以下操作: 1.进入C:\Documents and Settings\Administrator\.android 删除路径下的debug.keystore及 ddms.cfg(我只删除了debug.kestore也可以.网上说两个都删除).(不同环境下的目录可能略有不同,可

通过网上资料的引导,做以下操作: 1.进入C:\Documents and Settings\Administrator\.android 删除路径下的debug.keystore及 ddms.cfg(我只删除了debug.kestore也可以.网上说两个都删除).(不同环境下的目录可能略有不同,可在eclipse中查找此路径:Window->Preferences->Android->Build下 Default debug keystore)2.进入eclipse,project 

大体效果就是下面这个样子的, 只剩下一个pom文件了. 解决方式: 本来想彻底排查下的,但是最后发现 直接删除.idea文件, 重新引入项目,就可以解决,可能就是编译器发神经吧 下面是排查的过程,不过也没什么大的帮助 一般情况下,到project stucture看是否引入了module,实际上都是正常引用的,这边,删除原有module,重新添加效果也不是很好,仍然会在打开工程的时候只剩下pom文件 删除maven的引入,重新添加,效果不佳 最后直接删除.idea文件, 重新引入项目,可以解决

什么是代码耦合?代码耦合的表现是改了一点毛发而牵动了全身,或者是想要改点东西,需要在一堆代码里面找半天.由于前端需要组织js/css/html,耦合的问题可能会更加明显,下面按照耦合的情况分别说明: 1. 避免全局耦合 这应该是比较常见的耦合.全局耦合就是几个类.模块共用了全局变量或者全局数据结构,特别是一个变量跨了几个文件.例如下面,在html里面定义了一个变量: 在html里面定义全局变量             XHTML   <script> var PAGE = 20; </s

标题中提到的UWP,主要是指用C#来写UWP的主工程,开发过程中可能需要调用C/C++实现的库. 为什么需要调用C/C++的库呢,举个例子,开源库OpenSSL实现了许多加密算法,稳定快速,我们想在应用中调用:再比如,应用已经在iOS/Android平台上线并稳定运行了,我想把它们的库拿来给UWP版本用. 经过一些项目的实践,我总结了下图所示的几种集成方式: 图中红叉不代表此路不通,只是我们今天不讨论P/Invoke方式.我们今天主要通过WinRT来打通C#和C/C++之间的调用,因此,我们的选

■ SAP 中如何寻找增强 方法一:利用TCODE寻找增强(第二代的增强) 执行一个程序(源代码后附),在选择屏幕处输入你所需要增强的程序TCODE,执行後,就会出现一个列表,那里就有关于如何增强这个的绝大部分SMOD增强. 点击进去,自己手动寻找需要的增强. 这是第二代增强 方法二:利用系统函数寻找 MODX_FUNCTION_ACTIVE_CHECK 在这个FUNCTION的代码最后添加一个断点.执行需要增强的TCODE,如果有增强,就会自动跳入DEBUG界面.在DEBUG界面,查看f_ta

开发神奇sublime写代码真的好爽,之前听说是神器,但是没去用,觉得用eclipse写php代码,用dw写html够用了,用了一下sublime,哈哈,爽爆了. 除了写前端代码外,还需要写php代码,所以最好是sublime能运行php代码,找了一下,设置一下可以的. 一.如此设置: 首先,将PHP加到电脑的环境变量中如图(D:\PHPEnv\PHP5是我PHP的安装目录): 第二步:添加编译系统配置 第三步:配置详情: 红色框的是php.exe的路径,原来是D:\Program Files\

今天在学习<Unix环境高级编程>,第七章进程环境给出了一个进程的内存分布示意图,从下往上依次为“正文段->初始化数据->未初始化数据(默认初始化为0)->堆(从低地址到高地址)->栈(从高地址到低地址)->命令行参数和环境变量”.其中的正文段也叫代码段,是可共享的,只读的. 这个时候我就想到上次做的腾讯的一个题目,其实很简单,大概意思如下所示代码所示.大概意思是,先创建了一个类的对象a,再将a内存清0,然后直接调用两个的一个是虚函数一个是非虚函数,看看能否正确访

官网地址:http://publib.boulder.ibm.com/infocenter/db2luw/v8/index.jsp?topic=/com.ibm.db2.udb.doc/core/r0sttmsg.htm 2009 年 4 月 30 日起不再支持 DB2 通用数据库版本 8.请访问这里以获取更多详细信息:http://www.ibm.com/support/docview.wss?rs=71&uid=swg21370360 SQLSTATE 消息 本节列示 SQLSTATE 及其

使用RSA公钥解密,用openssl命令就是openssl rsautl -verify -in cipher_text -inkey public.pem -pubin -out clear_text,但其python网上还真没有找到有博文去写,只有hash的rsa解签名. 这里使用rsa库,如果没有可以到官方网址https://pypi.python.org/pypi/rsa/3.1.4下载. 想了想原理,然后到rsa库的python代码里找了找,从verify的代码里提取了出来,又试验了试

1 代码风格 稍微关注一下下面这些代码标准风格指导规则将会对你大有益处,我们高度建议你通读词章,即便你此时可能正想跳过它. 1.1 让你的代码保持可读性的重要性 代码在读方面的重要性胜过写.一个代码块几分钟编写,花几个小时调试,然后有可能再也不会有人去碰它.然而当你去阅读那些昨天或者甚至10年以前编写的代码,清晰一致的代码风格就变得非常有用.清晰移动的代码能够让你不用去费劲去理解代码的不一致性,从而节省了自己的脑力,并且使代码易于维护,提高了各种规模项目的整体质量. 下面这些方法让你"多走一公里

配置ReSharper ReSharper功能具有默认配置,这些配置基于.NET世界中的约定和最佳实践.但是,每个功能都可以根据您的需求和喜好灵活调整. ReSharper首选项可以在以下位置进行配置: 您可以在"选项"对话框(ReSharper|Options)中查看和编辑主要首选项集. 可以在VisualStudio选项对话框(Tools|Options)中配置特定命令的语法高亮显示设置和键盘快捷键. 某些特定于项目的属性(例如目标C#版本)是在VisualStudio的"

自己的前言说明: 本文原作者:Radoslaw Sadowski,原文链接为:C# BAD PRACTICES: Learn how to make a good code by bad example. 本系列还有其他文章,后续将慢慢翻译. 引言: 我的名字叫Radoslaw Sadowski,我现在是一个微软技术开发人员.我从开始工作时就一直接触的微软技术. 在工作一年后,我看到的质量很差的代码的数量基本上都可以写成一整本书了. 这些经历让我变成了一个想要清洁代码的强迫症患者. 写这篇文章的

1. 如何创建嵌套的过滤器 . 代码如下: //允许你减少集合中的匹配元素的过滤器, //只剩下那些与给定的选择器匹配的部分.在这种情况下, //查询删除了任何没(:not)有(:has) //包含class为“selected”(.selected)的子节点. .filter(":not(:has(.selected))") 2. 如何重用元素搜索 . 代码如下: var allItems = $("div.item"); var keepList = $(&qu

以下内容是转自 http://www.cnblogs.com/fbird/p/5889596.html 以前做项目碰到过一个问题,在客户的站点上面发现有严重的内存泄漏.幸运的是我们找到了重现的步骤,一轮下来大概有几十兆的泄漏,但是以下常规方法却没啥用. 用windbg把heap上面的object全部dump下来,和上一轮操作作比较,并不能发现什么有用的东西. 大对象heap上面也没啥有用的东西. 像.net memory profiler这种比较智能的工具也用不上,因为一轮操作下来已经能使工具o

下面是一篇有意思的"代码大全",可谓 逆软件工程. 老码农冒死揭开行业黑幕:如何编写无法维护的代码 原文如下 让自己稳拿铁饭碗 ;-) – Roedy Green(翻译版略有删节) 简介 永远不要(把自己遇到的问题)归因于(他人的)恶意,这恰恰说明了(你自己的)无能. — 拿破仑 为了造福大众,在Java编程领域创造就业机会,兄弟我在此传授大师们的秘籍.这些大师写的代码极其难以维护,后继者就是想对它做最简单的修改都需要花上数年时间.而且,如果你能对照秘籍潜心修炼,你甚至可以给自己弄个铁

下面方法只针对当你本地代码做了 git add 或则 git commit 后又手贱的重置本地代码到上一个版本,导致本地代码丢失的情况. 如果你没有 git add 命令,而直接 git reset --hard 了,抱歉,代码估计找不回来了. 一,第一种情况 git commit 后重置代码 1,在所在代码文件路径下执行 git reflog 这样就能看到所有的 commit 后的记录. e294e2a HEAD@{5}: commit: 处理冲突 2d6c4d7 HEAD@{6}: comm