欢迎来到"bio生物信息"的世界 6天前,BMC Genomics 推了一篇文献"Population history and genetic adaptation of the Fulani nomads: inferences from genome-wide data and the lactase persistence trait". 要不是这个标题起的太大,又是Population history,又是 genetic adaptation ,我可能都不

  image Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) is a computational method that determines whether an a priori defined set of genes shows statistically significant, concordant differences between two biological states (e.g. phenotypes). 用GSEA做富集分析是非常简单的,结

目录 材料与方法 结果分析 本文利用99085个高质量SNP 通过STRUCTURE,PCA和neighbour-joining tree的群体结构分析将地方品种分为三个亚群,这些亚群表现出地理上的遗传分化.利用纬度相差10°的两个位置(北京.武汉)收集的表型数据,鉴定了17个与开花时间性状相关的SNP(TAS),包括一个稳定的基因位点Chr12:5914898和以前未检测到的在开花基因E1和E2附近的候选基因.利用与地方种收集地点相关的已公布数据,鉴定出与三个生物气候学变量(温度,日长和降水)

在GWAS分析的结果中,偶尔会遇到到pvalue为0的SNP位点,这时如果直接做曼哈顿或QQ图,会出错,因为log0无意义. 此时,该如何处理? 如果你用的是Plink1.9来做的GWAS,可加一个参数: --output-min-p 1e-99,即将小于1e-99的pvalue都当成1e-99,0也不例外. 如果你用的是其他软件,手动将结果改动.可先用NA填充,再以最小值或更小值替换,如: dat[dat==0] <- NA dat[is.na(dat)] <- min(dat$P,na.r

使用Timeline做性能分析 Timeline面板记录和分析了web应用运行时的所有活动情况,这是研究和查找性能问题的最佳途径.###Timeline面板概览 Timeline面板主要有三个部分构成:顶部的概述部分.记录视图和工具栏. 点击开始/停止切换按钮,开始或停止记录(参考记录) 点击清理按钮来从Timeline中清除已有的记录 关联异步事件模式让你更容易的关联异步事件和这些异步事件的调用(参考关于嵌套事件) 你可以根据记录中的类型.执行时长去过滤Timeline中的记录(参考过滤和搜索

两部分,1需要喂什么东西给软件,2它能干什么(输出什么东西在下一篇讲) 博客园/B站/知乎/CSDN @秋意正寒 转载请在头部附上源地址 目录:https://www.cnblogs.com/onsummer/p/10777520.html 1. 数据的输入 DepthMapX(简称DMX)主要支持以下几种数据格式: AutoCAD的交换格式 *.dxf,只能是线或者面 MapInfo的 *.mif csv/txt/gml... 吐槽:居然不支持shp/json,真垃圾 1.1 数据的类型及要求

使用AddressSanitizer做内存分析 新建文件mem_leak.cpp,键入代码: #include <iostream> int main() { ]; p = NULL; ; } 编译时加上-fsanitizer=leak选项,并执行: $ g++ mem.leak.cpp -o main -fsanitize=leak $ ./main ./main: error while loading shared libraries: liblsan.so.0: cannot open

http://bbs.tianya.cn/post-stocks-612892-3.shtml ————看了一页就感觉没什么太大的意义 选时重于选股 这是一条股市生存的基本法则 看看天涯真正的高手 现在都选择了休息 最不济也是轻仓 所以 这些劳什子最好等到下一个牛市再拿来摆弄吧 近日收到很多朋友发来消息,希望转载笔者的文章,在此非常感谢这些朋友对"异动的K线"的厚爱,转载的时候请注明转载二字和原创文章来自新浪博客"异动的K线".在此感谢 .因平时工作时间很紧,如文章

抓取摩拜单车API数据,并做可视化分析 纵聊天下 百家号|04-19 15:16 关注 警告:此篇文章仅作为学习研究参考用途,请不要用于非法目的. 摩拜是最早进入成都的共享单车,每天我从地铁站下来的时候,在APP中能看到很多单车,但走到那里的时候,才发现车并不在那里.有些车不知道藏到了哪里:有些车或许是在高楼的后面,由于有GPS的误差而找不到了:有些车被放到了小区里面,一墙之隔让骑车人无法获得到车. 那么有没有一个办法通过获得这些单车的数据,来分析这些车是否变成了僵尸车?是否有人故意放到小区里面

如何用SPSS做联合分析 如果产品的描述是由几个属性特征决定的,比如说mp3的音质.外形.容量.价格等等,商家为了确定哪个属性对消费者的影响最大,以及预测什么样的属性组合最受消费者的欢迎,选择的办法应该就是联合分析了.事实上从抽样调查的角度来看,高质量和低价格的组合是消费者的最爱,但是这对商家而言,这没有任何意义. 在SPSS中分成三个阶段,转载一个例子,帮助自己学习. (1)ORTHOPLAN(正交设计),属性特征的所有组合产品是非常多的,所以应该通过正交设计进行筛选.以下是使用SPSS进行正

爬取过程在这里: Python爬取你好李焕英豆瓣短评并利用stylecloud制作更酷炫的词云图 本文基于前文爬取生成的douban.txt,基于SnowNLP做情感分析. 依赖库: 豆瓣镜像比较快: pip install snownlp -i http://pypi.douban.com/simple/ --trusted-host=pypi.douban.com/simple 初识SnowNLP: SnowNLP是一个常用的Python文本分析库,是受到TextBlob启发而发明的.由于当

导引 在计算密集型计算或一些Web应用中,我们常常需要对代码做性能分析.在Python中,最原始的方法即是使用time包中的time函数(该函数以秒为计时单位): from time import sleep, time def func1(): sleep(0.001) def func2(): sleep(2) begin1 = time() func1() end1 = time() begin2 = time() func2() end2 = time() print("func1 co

NetworkX 是 Python 上最常用的图分析包,GraphScoep 兼容 NetworkX 接口.本文中我们将分享如何用 GraphScope 像 NetworkX 一样在(大)图上进行分析. NetworkX 是什么 NetworkX 是一个用 Python 语言开发的图论与复杂网络建模工具,它内置了常用的图与复杂网络分析算法,提供了一套简单易用的图分析接口,可以方便地进行复杂网络数据分析.仿真建模等工作.NetworkX 的接口设计十分简洁,对于作为刚进入图算法领域的小白来说,Ne

数据预处理(DNA genotyping.Quality control.Imputation) QC的工作可以做PLINK上完成Imputation的工作用IMPUTE2完成 2. 表型数据统计分析 逻辑回归(表型数据为二元) 线性回归(表型数据为连续性变量) 表型数据正态分析(如果不是正态分布,需转换处理为正态分布) 表型数据均值.中值.最大值.最小值 影响因子对表型的影响分析 3.画曼哈顿图(GWAS)和QQ plot图 (一).准备plink文件 (1).准备PED文件 PED文件有六列

转载:http://www.bio-info-trainee.com/1327.html 收集了那么多的癌症细胞系的表达数据,拷贝数变异数据,突变数据,总不能放着让它发霉吧! 这些数据可以利用的地方非常多,但是在谷歌里面搜索引用了它的文章却不多,我挑了其中几个,解读了一下别人是如何利用这个数据的,当然,主要是用那个mRNA的表达数据咯! 第一篇:http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0111146 这篇文

软件开发过程中,项目上线并不是终点.上线后,还要对程序的取样分析运行情况,并重构现有的功能,让程序执行更高效更稳写. golang的工具包内自带pprof功能,使找出程序中占内存和CPU较多的部分功能方便了不少.加上uber的火焰图,可视化显示,让我们在分析程序时更简单明了. pprof有两个包用来分析程序一个是net/http/pprof另一个是runtime/pprof,net/http/pprof只是对runtime/pprof包进行封装并用http暴露出来,如下图源码所示: 使用net/

零.绪论:OLE工具套件的介绍 OLE工具套件是一款针对OFFICE文档开发的具有强大分析功能一组工具集.这里主要介绍基于Python2.7的OLEtools的安装和使用. (1)Python版本需求:2.7.9 及以上 (2)安装方法:pip install -U https://github.com/decalage2/oletools/archive/master.zip (3)使用方法:在CMD.POWERSHELL或者LINUX SHELL中工具名称直接作为命令使用. 一.工具的介绍:

项目内容 本案例选择>> 商品类目:沙发: 数量:共100页  4400个商品: 筛选条件:天猫.销量从高到低.价格500元以上. 项目目的 1. 对商品标题进行文本分析 词云可视化 2. 不同关键词word对应的sales的统计分析 3. 商品的价格分布情况分析 4. 商品的销量分布情况分析 5. 不同价格区间的商品的平均销量分布 6. 商品价格对销量的影响分析 7. 商品价格对销售额的影响分析 8. 不同省份或城市的商品数量分布 9.不同省份的商品平均销量分布 注:本项目仅以以上几项分析为

希望大家在测试的道路上找到答案,阔步前行 <script type="text/javascript"> /*this指向 console.log(this); function fn(){ console.log(this); } fn(); function Foo(){ this.name="jhon"; this.age=20; console.log(this); } var f1=new Foo(); function Foo(){ this

个工具>这本书,内容很基础,但是逻辑很清晰.里面介绍了三个常用的分析方法:pest分析法.波特五力模型以及swot分析法,为脑袋里没有分析思路的人提供了分析框架. 故将这三个分析方法做成了思维导图跟大家分享.希望以后当我们分析某个行业/企业的时候,可以将它们用于实践. 一. PEST分析法 中美贸易战如火如荼,这个时候我们来用PSET分析法来分析下企业所面临的内外部环境,再合适不过了. PEST分析法是对企业的政治法律环境.经济环境.社会文化环境以及技术环境进行分析,帮我们确定企业所面临的外部环