首先,进入NCBI的主页网站:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/variation/view/ 进入后,在下图红色框框位置输入目的SNP,比如rs608139 输完后,出现如下结果,箭头指向的是该SNP当前所在基因座的位置,即p21,由于该SNP在2号染色体上,因为我们也写为2p21

目录 1. 前言 2. BLUP方法 ABLUP GBLUP ssGBLUP RRBLUP 3. 贝叶斯方法 BayesA BayesB BayesC/Cπ/Dπ Bayesian Lasso 4. 机器学习 支持向量机 集成学习 深度学习 5. 其他模型 RKHS GWAS-assisted GS 非加性效应 多变量模型 多组学 6. 小结 参考资料 1. 前言 在介绍GS模型之前,我们有必要先来了解一下混合线性模型(Mixed Linear Model,MLM).混合线性模型是一种方差分量模

目录 1. 优势杂交育种预测 2. GS育种原理与模型算法 岭回归和LASSO回归 贝叶斯方法 GBLUP和RRBLUP 偏最小二乘法 支持向量机/支持向量回归 其他方法 3. 模型预测能力验证 4. 局限性 基于数学建模的杂交种预测的一些假设: 影响因素 5. 展望 1. 优势杂交育种预测 杂交育种:选育优良纯合亲本,再进行亲本配组. 杂种优势与亲本间的遗传差异有关,前人通过遗传标记计算亲本间的遗传距离.但遗传距离和杂种优势的相关性只能在一定程度上定性地评价杂交组合的表现,并不能定量地预测表现

全基因组选择(Genomic selection, GS)是一种利用覆盖全基因组的高密度标记进行选择育种的新方法,可通过早期选择缩短世代间隔,提高育种值(Genomic Estimated Breeding Value, GEBV)估计准确性等加快遗传进展,尤其对低遗传力.难测定的复杂性状具有较好的预测效果,真正实现了基因组技术指导育种实践. 原理 常规育种手段主要利用性状记录值.基于系谱计算的个体间亲缘关系,通过最佳线性无偏估计(best linear unbiased predication

RNA-seq差异表达基因分析之TopHat篇 发表于2012 年 10 月 23 日 TopHat是基于Bowtie的将RNA-Seq数据mapping到参考基因组上,从而鉴定可变剪切(exon-exon splice junctions). 安装 最简单的安装方法,注意版本 下载Bowtie.TopHat.Cufflinks的二进制发布包,解压到相同的目录 下载samtools,make,将生成的可执行samtools程序也cp到同一个目录 增加该目录到PATH 参数与使用 Usage: t

APT34攻击全本分析 https://zhuanlan.kanxue.com/article-8401.htm 高手太多 我等菜鸟目不暇接.. 一.事件综述 2019年4月18日,黑客/黑客组织使用假名Lab Dookhtegan在Telegram频道上出售APT34团伙的工具包,此外还有收集到的受害者数据及工具后端面板内容截图.早在2019年3月中旬,该黑客/黑客组织就已经开始在网络上发布并售卖此套工具包.非常有意思的是,科威特的安全公司CEO发twitter特别强调了这个消息的真实性: 此

目录 qtcreatordata.pri 定义stripStaticBase替换函数 设置自定义编译和安装 QMAKE_EXTRA_COMPILERS Adding Compilers 示例1 示例2 小节 qtcreatordata.pri 此pri文件用于部署在构建Qt Creator时未编译的文件.如果使用影子构建,它将文件复制到构建目录中,同时添加相应的安装目标. 用法:首先定义变量(详细信息如下),然后包含此pri文件. STATIC_BASE:STATIC_FILES中列出的文件的基

springboot 事务执行全流程分析 目录 springboot 事务执行全流程分析 1. 事务方法执行前的准备工作 2. 业务代码的调用 3. 事务方法执行后处理 4. 业务代码在事务和非事务中的区别 5. 总结 在上篇文章springboot 事务创建流程源码分析中主要讲了springboot事务创建的过程,本次我们来看看事务具体执行的过程. 这里关于几个名称提前先达成一致: com.springboot.transaction.service.impl.UserServiceImpl这

<project xmlns="http://maven.apache.org/POM/4.0.0" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation="http://maven.apache.org/POM/4.0.0 http://maven.apache.org/maven-v4_0_0.xsd "> <!-- 父项目的坐标.如

转自:https://blog.csdn.net/bytxl/article/details/45025183 前言 Linux 内核(以下简称内核)是一个不与特定进程相关的功能集合,内核的代码很难轻易的在调试器中执行和跟踪.开发者认为,内核如果发生了错误,就不应该继续运 行.因此内核发生错误时,它的行为通常被设定为系统崩溃,机器重启.基于动态存储器的电气特性,机器重启后,上次错误发生时的现场会遭到破坏,这使得查找 内核的错误变得异常困难. 内核社区和一些商业公司为此开发了很多种调试技术和工具,

在做基因表达分析时必然会要做差异分析(DE) DE的方法主要有两种: Fold change t-test fold change的意思是样本质检表达量的差异倍数,log2 fold change的意思是取log2,这样可以可以让差异特别大的和差异比较小的数值缩小之间的差距. Let's say there are 50 read counts in control and 100 read counts in treatment for gene A. This means gene A is

转自:http://blog.csdn.net/commsea/article/details/11804897 简介: Linux 内核由于其复杂性,使得对内核出现的各种异常的追踪变得异常困难.本文将介绍内核中的内存转储机制,以及如何使用 crash 工具对内核产生的内存存储文件进行分析.通过对本文的学习,读者可以像专业内核开发者那样去追踪和修复内核的错误.   前言 Linux 内核(以下简称内核)是一个不与特定进程相关的功能集合,内核的代码很难轻易的在调试器中执行和跟踪.开发者认为,内核如

学习目标 分析Makefile文件,了解内核中的哪些文件被编译,如何被编译,连接时顺序如何确定! Linux内核源码中包含很多的Makefile文件,这些Makefile文件又包含其它的一些文件,比如配置信息.通用规则等等.我们可以把内核中的Makefile文件分为5类,如下表所示: 顶层Makefile 所有Makefile文件的核心,从总体控制内核的编译.连接 .config 配置文件,在执行配置命令时生成.所有Makefile文件都根据.config来决定如何使用哪些文件 arch/$(A

转自: http://www.cnblogs.com/OCaml/archive/2012/06/18/2554086.html#sec-1-1 折腾gcc/g++链接时.o文件及库的顺序问题 Table of Contents 1 gcc/g++链接时.o文件以及库的顺序问题 1.1 写在前面 1.2 几个名词 1.3 技术铺垫 1.3.1 编译动态库时的符号解析 1.3.2 linux下查看一个可执行文件或动态库依赖哪些动态库的办法 1.3.3 load 动态库过程 1.4 gcc/g++链

在Yii中,当请求一个Url的时候,首先在application中获取request信息,然后由request通过urlManager解析出route,再在Module中根据route来创建controller并处理request.如:http://www.yiifans.com/index.php?r=site/login.会使用SiteController里面的actionLogin动作来处理这个请求. Yii中总共有三种控制器类 base\Controller.php        这个是

spyder 使用pylint这个第三方库进行代码检查,其实pylint使用的代码规范默认也是pep8,不过该库还有 其它用途,在这里我专门写写在代码分析时,如何指定配置文件 一般来说,使用spyder进行代码分析后,结果信息展示如下: 但一般来说,有些规则我们其实时不想要的,比如C0301(单行长度不超过89)等等,如何跳过呢? 此处提供一个方案: 1)生成pylint.conf文件 pylint --persistent=n --generate-rcfile > pylint.conf 2

摘要: 一家大型基因测序功能公司每日会产生 10TB 到 100TB 的下机数据,大数据生信分析平台需要达到 PB 级别的数据处理能力.这背后是生物科技和计算机科技的双向支撑:测序应用从科研逐步走向临床应用,计算模式从离线向在线演进,交付效率越来越重要. 作者李鹏,原文首发于InfoQ,<容器混合云,Kubernetes 助力基因分析> 引言 James Watson 和 Francis Crick 于 1953 年发现了 DNA 的双螺旋结构,从此揭开了物种进化和遗传的神秘面纱,开启了人类对

目录 qtcreatorlibrary.pri 使用实例 上半部 下半部 结果 qtcreatorlibrary.pri 上一章节,我们介绍了src.pro,这里乘此机会,把src目录下的所有项目文件都介绍一遍.首先为qtcreatorlibrary.pri. 使用实例 为了分析这个文件,我们找个使用该pri的例子,源目录\src\libs\cplusplus\cplusplus.pro DEFINES += NDEBUG unix:QMAKE_CXXFLAGS_DEBUG += -O2 win

问题描述 备份网站时由于文件太大了,导致应用服务备份失败.如何解决呢? 问题分析 App Service (应用服务)的备份功能有10GB大小的限制,超过了是无法备份成功的并且该限制是无法扩大的.查看微软云的官方网站,备份功能还有以下限制和要求: 备份和还原功能要求应用服务计划处于标准层.高级层或隔离层 . 在与要备份的应用相同的订阅中,需要有一个 Azure 存储帐户和容器. 最多可备份 10 GB 的应用和数据库内容. 如果备份大小超过此限制,会出错. 不支持备份启用了 TLS 的 Azur

gcc/g++链接时.o文件以及库的顺序问题 1 写在前面 最近换了xubuntu12.4,把原来的项目co出来编译的时候报"undefined reference to".猜测是gcc的版本问题,用-v跟踪一下,发现gcc-4.6默认开 启了ld的–as-needed选项.关闭该选项(–no-as-needed)后编译正常.深 入挖掘发现还是一个比较有意思的问题. 2 几个名词 gcc: 后面不特殊说明gcc代表gcc/g++. 主程序块: 只包含main的binary,可执行程序.

目录 1. GS概况 2. GS模型 1)直接法 GBLUP 直接法的模型改进 ①单随机效应 ②多随机效应 2)间接法 间接法模型 基于间接法的模型改进 3. GS模型比较 模型比较结论 4.问题及展望 文献来源: 尹立林, 马云龙, 项韬, 朱猛进, 余梅, 李新云, 刘小磊, 赵书红. 全基因组选择模型研究进展及展望[J]. 畜牧兽医学报, 2019, 50(2): 233-242. 华中农大赵书红老师于2019年发表在< 畜牧兽医学报>上的综述,主要针对动物. 1. GS概况 2009年