启动子 http://baike.baidu.com/link?url=HMqaMY4mXusH--4hMu1p6P_XUzEve9lZhFGtxScnbb8Z9HaLYJ981eWxAuZt2iAP   启动子是位于结构基因5'端上游的DNA序列,能活化RNA聚合酶,使之与模板DNA准确的结合并具有转录起始的特异性. 起始时间和表达的程度.启动子(Promoters)就像“开关”,决定基因的活动.既然基因是成序列的核苷酸(nucleotides),那么启动子也应由DNA组成.启动子本身并不控制

RNA-seq这个工具该什么时候用?ATAC-seq该什么时候用?有相当一部分项目设计不行,导致花大钱测了一些没有意义的数据. 还是在中心法则这个框架下来解释,这是生物信息的核心.打开华大科技服务官网梳理一下现在到底都有些什么测序技术: 全基因组测序和重测序 - 组装以及寻找变异 (外显子和目标区域测序) RNA-seq测序 - 基因表达 (smRNA,lncRNA,circRNA,PB全长,可变剪切) 甲基化测序 ChIP-seq和ATAC-seq 蛋白组 - 所有蛋白的变化 代谢组 - 植物

HISAT2,StringTie,Ballgown处理转录组数据 本文总阅读量次2017-05-26 HISAT2,StringTie,Ballgown处理转录组数据思路如下: 数据质控 将RNA-seq的测序reads使用hisat2比对 samtools将sam文件转成bam,并且排序,为下游分析做准备 stringtie对每个样本进行转录本组装 stringtie 将所有样本的转录本进行合并 注意:此处的mergelist.txt是自己创建的 计算表达量并且为Ballgown包提供输入文件

数据分析流程 来自知乎孟浩巍的“快速入门生物信息学的”Live,超棒的~ 1.数据质控 首先是质控部分,使用fastqc进行对结果分析. 对于Illumia二代测序的结果质控包括两个方面,去掉测序质量不好的序列,即Quality Control:二是需要去掉连在玻璃上的短的接头,cut adaptor. -t 8表示调用8个核心去运算. 之后,对每一个序列文件都生成一个zip和一个html文件. 例如: 那么这2500000肯定是不同的基因,只不过这个机器的测序长度是150,所以所有的基因长度都

CBC2019-day1 25 August 2019 on 学术前沿huyujia 8月24日上午,CBC2019正式开幕.主持人首先对大会情况以及与会嘉宾做了简要介绍:紧接着,校领导.大会主席以及CCF专委工委委员致辞:与会来宾合照之后,会议正式开始.特邀报告来自中科院上海马普计算生物学研究所的研究员兼首席科学家李亦学教授带来了题为“肝癌的生物信息学以及多组学研究”的精彩报告.生命科学和医学进入了大数据驱动的颠覆性变革时代,生物医学大数据的来源与类型更是丰富多样.在这样的数据驱动下,教授向我

生物医学大数据-蛋白质基因组学:质谱注释 蛋白质组与其他组学的关系便是互为印证:蛋白质基因组学原本用于基因组注释,后面扩展到蛋白质与转录组或可变剪接之间关系,同时,蛋白质组依赖于基因组注释作为验证.许多研究未标明蛋白质基因组学,而是归属于对应的组学. 蛋白质基因组学现存问题: 基因组注释方法:1.Denovo.2.与转录组相应证.3.与基因组数据库同源比对. 基因组注释问题: 对于特定结构: 起始位点定位信号难以确定 确定promoter调控结合位点,错误率高 终止位点不被注释 可变剪接预测和确

开发背景: 医生在实际使用PACS软件观察病灶时,经常会测量不规则病灶的周长和面积,使用画笔工具勾勒比较耗时且准度欠佳, 或者在标记人工智能训练样本时少则几百张,多则几千张,为极大减少耗时和极大提高工作效率,故开发此功能用来自动勾勒病灶范围并自动测量. 国际惯例,先看效果: 思路流程概览: ①以鼠标按下作为漫水算法中心点向外扩散填充 ②裁剪最大外接矩形,缩小计算范围 ③灰度转换 ④Canny算子或Sobel算子提取轮廓 ⑤背景降噪 ⑥提取边界轮廓 ⑦设置容差范围 ⑧可变多边形坐标转化 ⑨缩放.平

map算子和flatMap算子 map和flatMap都是映射(转换),那么他们之间究竟有什么区别呢? 1.我们先简单了解下map算子: @org.junit.Test public void test1(){ List<String> words = Arrays.asList("hello","world"); words.stream() .map(String::length) //使用了方法引用,将String类型转换为int类型 .forEa

功能分析 博客具有四个功能:注册  登录  登出  发表文章 界面设计 未登录: [主页  注册页  登录页] [主页] 主页 左侧 HOME                                这是主页 LOGIN REGISTER [注册页]  “/reg” 注册 左侧HOME                       用户名:________ LOGIN                      密码:__________ REGISTER                确认密

ORF和CDS的区别 ORF的英文展开是open reading frame(开放阅读框). CDS的英文展开是coding sequences (编码区). CDS:DNA转录成mRNA,mRNA经剪接等加工后翻译出蛋白质,所谓CDS就是与蛋白质序列一 一对应的DNA序列,且该序列中间不含其它非该蛋白质对应的序列,不考虑mRNA加工等过程中的序列变化,总之,就是与蛋白质的密码子完全对应. ORF:理论上的氨基酸编码区,一般是在分析DNA核酸图谱中(主要是利用电脑程序)得到的.程序会自动在DNA

  本篇文章,小编为大家介绍,基于Java的打包jar.war.ear包的作用与区别详解.需要的朋友参考下   以最终客户的角度来看,JAR文件就是一种封装,他们不需要知道jar文件中有多少个.class文件,每个文件中的功能与作用,同样可以得到他们希望的结果.除jar以外对于J2EE来说还有war和ear.区别见下表:   JAR WAR EAR 英文 Java Archive file Web Archive file Enterprise Archive file 包含内容 class.p

实模式和保护模式区别及寻址方式 转载请注明出处:http://blog.csdn.NET/rosetta 64KB-4GB-64TB? 我记得大学的汇编课程.组成原理课里老师讲过实模式和保护模式的区别,在很多书本上也有谈及,无奈本人理解和感悟能力实在太差,在很长一段时间里都没真正的明白它们的内含,更别说为什么实模式下最大寻址空间为1MB?段的最大长度不超过64KB?而保护模式下为啥最大寻址能力就变成了64TB?每个段最大也达4GB? 更甚者分段和分页这两个高深的概念像我这种菜鸟怎么也理解不了啊!

Jar.war.EAR.在文件结构上,三者并没有什么不同,它们都采用zip或jar档案文件压缩格式.但是它们的使用目的有所区别: Jar文件(扩展名为. Jar,Java Application Archive)包含Java类的普通库.资源(resources).辅助文件(auxiliary files)等 War文件(扩展名为.War,Web Application Archive)包含全部Web应用程序.在这种情形下,一个Web应用程序被定义为单独的一组文件.类和资源,用户可以对jar文件进

如果只是直接使用子线程访问UI控件,直接看内容三,如果想深入了解从内容一看起. 一.Control.Invoke和BeginInvoke方法的区别 先上总结: Control.Invoke 方法 (Delegate) :在拥有此控件的基础窗口句柄的线程上执行指定的委托.但委托的内容在UI线程上执行. Control.BeginInvoke 方法 (Delegate) :在创建控件的基础句柄所在线程上异步执行指定委托.但委托的内容在UI线程上执行. (一)Control的Invoke和BeginI

转: ISP(In-System Programming)在系统可编程,指电路板上的空白器件可以编程写入最终用户代码, 而不需要从电路板上取下器件,已经编程的器件也可以用ISP方式擦除或再编程.IAP(In-Application Programming) 指MCU可以在系统中获取新代码并对自己重新编程,即可用程序来改变程序.ISP和IAP技术是未来仪器仪表的发展方向. 1   ISP和IAP的工作原理 ISP的实现相对要简单一些,一般通用做法是内部的存储器可以由上位机的软件通过串口来进行改写.

原文网址:http://blog.sina.com.cn/s/blog_492d601f0100jqqm.html 再次把林锐博士的<高质量c++编程指南>翻出来看的时候,再一次的觉得这是一本难得的好书.实践派写的东西跟理论派和翻译派写的书有着本质的 区别,每次读这本书都觉得为什么自己读了这么多遍,还是会犯一些上面讲的小错误,编代码有时候莫名其妙又会把自己转糊涂了.这本书浅显易懂,而且提到了编 程过程中应该注意的很多细节,里面展开来讲的细节又偏偏是我觉得最为薄弱的环节,如果大家想学或者正在学习

如果只是直接使用子线程访问UI控件,直接看内容三,如果想深入了解从内容一看起. 一.Control.Invoke和BeginInvoke方法的区别 先上总结: Control.Invoke 方法 (Delegate) :在拥有此控件的基础窗口句柄的线程上执行指定的委托.但委托的内容在UI线程上执行. Control.BeginInvoke 方法 (Delegate) :在创建控件的基础句柄所在线程上异步执行指定委托.但委托的内容在UI线程上执行. (一)Control的Invoke和BeginI

  原文地址:  http://blog.csdn.net/dazhong159/article/details/7963846/ B-树.B+树.B*树的区别 2012-09-11 22:41 9712人阅读 评论(0) 收藏 举报  分类: 数据结构与算法(34)  版权声明:本文为博主原创文章,未经博主允许不得转载. 1.二叉搜索树 性质:所有非叶子结点至多拥有两个儿子(Left和Right):每个结点存储一个关键字:非叶子结点的左指针指向小于其关键字的子树,右指针指向大于其关键字的子树.

转载请注明来自souldak,微博:@evagle Question: 给你一个字符串例如abb输出它包含的字符的所有可能排列. 例如abb输出3个:abb,bab,bba Answer: 假设我们自己来做,那做法如下: 1. 有n个字符相当于n个格子. 2. 先放第一个格子,从n个字符中任选一个,放到这个格子即可,放完就剩下n-1个格子和n-1个字符 3. 放第二个格子,从n-1个字符中任选一个 ... n. 最后一个格子,只剩下一个字符,不用选,输出放好的结果 第二步到第n步其实问题本质是一

RPL是段选择子里面的bit 0和bit 1位组合所得的值,但这里要首先搞清楚什么是段选择子,根据Intel 的文件(IA-32 IntelR Architecture Software Developer's Manual, Volume 3System Programming Guide)它是一个16Bit identifier (原文:A segment selector is a 16-bit identifier for a segment). 但 identifier 又是什么. i