分子动力学模拟能量最小化但力不收敛

2024-11-09

Gromacs分子动力学模拟流程概述

Gromacs分子动力学模拟主要可以分为以下几个步骤,不同的体系步骤可能略有不同. 在开始之前,先简单了解一下预平衡: 分子动力学模拟的最终目的是对体系进行抽样,然后计算体系的能量,各种化学键,成分分析等等.打个比方说,我们有一个蛋白质,我们想将它放入一种溶液中(可能是水,也可能不是),然后看看这个体系的能量如何变化,蛋白质的化学键,与水分子形成的氢键等等信息,那么我们需要将蛋白质放入溶液中,映射到现实中就是讲溶剂放入溶剂中,然后等体系稳定后,观察其性质. 在MD中,这一过程不向现实中一样是自然

能量最小化初探，graphcuts能量最小化调用

1.相对于能量函数来说,能量最小化的办法都有哪些? 梯度下降模拟退火图割 2.这个跟最优化问题的求解,有什么联系跟区别呢? 基本上差不多,其实就是求出来了函数的一个最小值,我们看问题的时候不妨把能量二字去掉.单纯的理解为函数 3.这个能量的观点是否跟信息熵类似,让系统的熵最小? 其实也都差不多,都是求最小值的. 我们可以看到下面的代码就求出来了相关表达式,在x =0 ,y = 1, z= 1时候能够取得最小值. /* energy.h */ /* Vladimir Kolmogorov (

(MTT)连续能量函数最小化方法

(MTT)连续能量函数最小化方法 Multitarget tracking Multi-object tracking 连续能量函数读"A.Milan,S. Roth, K. Schindler, 'continuous Energy Minimization for Multitarget Tracking[J]',TPAMI,2014."笔记当前追踪的主要策略是tracking-by-dection,即首先使用背景减除法或者分类器检测出前景运动目标,然后再对目标轨迹进行估计.

Delphi模拟最小化恢复关闭按纽

https://yq.aliyun.com/wenji/96083 本文讲的是Delphi模拟最小化恢复关闭按纽, 我们做多文档应用程序开发时,如果在主From中指定mainMenu时,在主菜单上右角上会自动出现最小化,恢复,关闭按纽,但主菜单放入Toolbar等中时,该三个按纽不会自动出现,因此需要编程实现我们做多文档应用程序开发时,如果在主From中指定mainMenu时,在主菜单上右角上会自动出现最小化,恢复,关闭按纽,但主菜单放入Toolbar等中时,该三个按纽不会自动出现,因此需要编

大神为你分析 Go、Java、C 等主流编程语言（Go可以替代Java，而且最小化程序员的工作量，学习比较容易）

本文主要分析 C.C++98.C++11.Java 与 Go,主要论述语言的关键能力.在论述的过程中会结合华为各语言编程专家和华为电信软件内部的骨干开发人员的交流,摒弃语言偏好或者语言教派之争,尽量以客观公正的角度来论述下各个语言的特点和不足,对语言选型作为一个客观的参考. 把这些写出来,期望得到大家的指正与反馈,让整个分析更客观,性能方面,着重对 Go 做深入剖析参考.内容很多,期望不会让你望而却步. 语言整体概要 1.Go 在并发方面, goroutine 和 channel 机制提供了语言

linux最小化安装后的初始化

Linux 最小化安装以后 linux会缺失很多功能,需要我们预先安装一些软件服务,例如mysql(mariadb),gcc等等. 但是最小化的mysql甚至不提供ifconfig,也没有wget命令. 条件: 需要我们预先拥有linux cdrom 以下步骤是我在vm centos7 上模拟的第一步配置本地yum源配置方法: 一．将iso文件放在虚拟机的cd/vcd一栏中勾选设备状态栏中的,已连接,与开机连接. 右键右下角的图标中的光盘图标也可以连接. 二．挂载光盘;mount /dev

OJ 21658::Monthly Expense(二分搜索+最小化最大值）

Description Farmer John是一个令人惊讶的会计学天才,他已经明白了他可能会花光他的钱,这些钱本来是要维持农场每个月的正常运转的.他已经计算了他以后N(1<=N<=100,000)个工作日中每一天的花费moneyi(1<=moneyi<=10,000),他想要为他连续的M(1<=M<=N)个被叫做“清算月”的结帐时期做一个预算,每一个“清算月”包含一个工作日或更多连续的工作日,每一个工作日都仅被包含在一个“清算月”当中. FJ的目标是安排这些“

j2ee性能调优之最小化资源压力测试法则

前面看到有人讲j2ee的性能调优,虽然这块不是自己的专长,但是猪养多了,也忍不住跳出来说几句. 虽然几乎每本讲性能调优的书籍开篇都会提,没必要的情况下就不要做调优,但是我个人还是认为,所有系统在上线前,都应该做一次基本的压力测试并对相关的性能问题进行检测, 但是迫于资源压力,很多项目都无法做正规的压力测试,一直到系统上线出现问题,才倒回来找原因. 而正规的压力测试,往往因为需要严格模拟生产环境,需要耗费大量的资源,各类专家配合解决问题,并不是那么轻松的可以做下来的. 而j2ee应用的特点就是以复

CentOS 7.6最小化安装（系统盘和数据盘分离安装）

CentOS 7.6最小化安装(系统盘和数据盘分离安装) 作者:尹正杰版权声明:原创作品,谢绝转载!否则将追究法律责任. 一.创建虚拟机鉴于大家使用的平台操作系统可能不尽相同,博主精力有限,仅演示在Window操作系统之上使用vmware workstation软件来创建虚拟机(因为Windows用户居多),关于各个平台的虚拟化软件推荐,操作系统镜像下载地址我之前也有详细介绍,详情请参考我之前的笔记:使用vmware workstation创建虚拟机教程二.安装操作系统 1>.开启虚拟机

分子动力学模拟之SETTLE约束算法

技术背景在上一篇文章中,我们讨论了在分子动力学里面使用LINCS约束算法及其在具备自动微分能力的Jax框架下的代码实现.约束算法,在分子动力学模拟的过程中时常会使用到,用于固定一些既定的成键关系.例如LINCS算法一般用于固定分子体系中的键长关系,而本文将要提到的SETTLE算法,常用于固定一个构成三角形的体系,最常见的就是水分子体系.对于一个水分子而言,O-H键的键长在模拟的过程中可以固定,H-H的长度,或者我们更常见的作为一个H-O-H的夹角出现的参量,也需要固定.纯粹从计算量来考虑的话,

02安装一个最小化的Hadoop

安装一个最小化的Hadoop 为了学习HDFS和之后的MapReduce,我们需要安装一个Hadoop. Hadoop一共有3种运行模式独立模式:不启动守护进程,所有程序运行在一个JVM进程中.独立模式运行Hadoop很方便,适合学习和开发阶段伪分布式:Hadoop运行在本机上,模拟一个小规模集群全分布式:Hadoop运行在集群上,相当于一个生产环境本节主要对独立模式的安装进行讨论. 由于我的主力机器是Windows,为了之后书写代码方便.所以我选择在Windows安装Hadoop,Li

C++ 最小化到托盘

#define WM_SHOWTASK (WM_USER + 1) void CTestDlg::OnSysCommand(UINT nID, LPARAM lParam) { if ((nID & 0xFFF0) == IDM_ABOUTBOX) { CAboutDlg dlgAbout; dlgAbout.DoModal(); } else { //增加关闭时最小化到托盘的函数 if (nID == SC_CLOSE) //SC_MINIMIZE { ToTray(); return; }

nw.js自定义最小化图标的click事件

选择frameless时,最小化和关闭按钮的点击事件需要自己来做,办法是: /* * 下面两个模块一定要引入到js文件中 */ var gui = require('nw.gui'); var win = gui.Window.get(); //最小化 win.minimize(); //最大化 win.maximize(); //取消最大化 win.unmaximize(); /* * 不必把win换成你自定义的窗口的变量名 */

WinForm任务栏最小化

在C#编写的WinForm里,在FormBorderStyle设为None的时候,任务栏点击程序图标,不会自动最小化.在主窗口WinForm.cs里加入如下代码后,即可恢复该功能. protected override CreateParams CreateParams { get { const int WS_MINIMIZEBOX = 0x00020000; // Winuser.h中定义 CreateParams cp = base.CreateParams; cp.Style = cp.

WinForm最小化到托盘以及托盘右键菜单

首先,先拖一个NotifyIcon到主窗体,然后设置NotifyIcon的图标,不然等下最小化后,都找不到那个程序了,还有那个Text也是,不写名字,就默认是NotifyIcon了..如下图: 然后双击NotifyIcon,代码如下: /// <summary> /// 添加双击托盘图标事件(双击显示窗口) /// </summary> /// <param name="sender">

js实现右下角可关闭最小化div

本实例使用Javascript实现右下角可关闭最小化div,可以用于展示推荐内容,效果预览网址:http://keleyi.com/keleyi/phtml/xuanfudiv/3.htm效果图片: 完整源代码: <!DOCTYPE html PUBliC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd"> <

jquery定时滑出可最小化的底部提示层

效果预览:http://keleyi.com/keleyi/phtml/jqtexiao/index.htm当打开页面或者刷新页面后等待两秒钟,会在底部滑出可最小化的提示层.滑出层半透明,可关闭再现. 应用范围很广,比如弹出广告.弹出注册层.弹出最新消息等,实现的jquery代码比较简单. html源代码: <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/

DFA 最小化

NDFA.εNDFA 确定化的细节这里就不总结了,这里说一说DFA最小化的算法. 关于DFA最小化,

AOPR软件最小化消失了

结合日常使用软件的经历,我们都是选择最小化按钮后,点击状态栏中最小化图标即可恢复软件窗口.在使用Advanced Office Password Recovery的过程中,有时会出现点击最小化按钮后在状态栏也找不到AOPR软件图标的情况,下文小编教你如何找回Office密码破解工具. AOPR软件去哪儿了? 当出现点击最小化按钮后在状态栏也找不到AOPR软件图标的情况时,用户不禁会问:Advanced Office Password Recovery去哪儿了?细心的用户能够在电脑右下角的系统托盘

将 VMware 最小化到系统托盘

1, 下载 Trayconizer官网地址: http://www.whitsoftdev.com/trayconizer/下载地址: http://www.whitsoftdev.com/files/trayconizerw.zip 2, 解压 trayconizerw.zip解压到任意目录, 压缩包里只有一个 exe 文件我解压的位置是 D:\Program Files\trayconizerw\Trayconizer.exe 3, 创建 VMware 快捷方式(如果桌面上已经有 VMwar

分子动力学模拟能量最小化但力不收敛

热门专题