利用滑动窗口计算全基因组每个窗口上CNV的拷贝数和Vst

2024-11-09

使用CNVnator分析动植物群体拷贝数变异CNV

目录 1.安装 2.测试 3.动植物群体检测CNV 知名的拷贝数变异分析工具几乎都是为人类变异检测开发,对于动植物重测序分析有些尴尬.不过好在植物群体研究不必那么精细,用同样的工具也可做分析. 地址:https://github.com/abyzovlab/CNVnator 1.安装建议直接用conda. conda create -n cnv cnvnator conda activate cnv 查看帮助: $ cnvnator Not enough parameters. CNVnato

如何鉴定全基因组加倍事件（WGD）

目前鉴定全基因组加倍(whole-genome duplication events)有3种通过染色体共线性(synteny) 方法是比较两个基因组的序列,并将同源序列的位置绘制成点状图,如果能在点状图中发现比较明显的长片段,切较多,便可以推测是由于大尺度的基因组重复以后保留下来的痕迹,,而一般我们假想这种大尺度的基因组重复往往就是全基因组的重复.同样,对于单个物种而言,我们也可以绘制基因组内部的共线性的点状图,如果发现同一个物种的基因组的区间可以匹配到多个不同的区间中,这就暗示了该物种经历过

Hive实战—时间滑动窗口计算

关注公众号:大数据技术派,回复: 资料,领取1024G资料. 目录时间滑动计算外部调用实现时间循环自关联实现滑动时间窗口扩展基于自然周的的滚动时间窗口计算总结时间滑动计算今天遇到一个需求大致是这样的,我们有一个业务涉及到用户打卡,用户可以一天多次打卡,我们希望计算出7天内打卡8次以上,且打卡时间分布在4天以上的时间,当然这只是个例子,我们具体解释一下这个需求用户一天可以打卡多次,所以要求打卡必须分布在4天以上: 7天不是一个自然周,而是某一天和接下来的6天,也就是说时间是是滑动的

flink-----实时项目---day05-------1. ProcessFunction 2. apply对窗口进行全量聚合 3使用aggregate方法实现增量聚合 4.使用ProcessFunction结合定时器实现排序

1. ProcessFunction ProcessFunction是一个低级的流处理操作,可以访问所有(非循环)流应用程序的基本构建块: event(流元素) state(容错,一致性,只能在Keyed流中使用) timers(事件时间和处理时间,只能在keyed流中使用) ProcessFunction可以被认为是增加了keyed state和timers功能的FlatMapFunction.ProcesseFunction可以通过RuntimeContext访问Flink中的Keyed S

AnimatedModal.js – CSS3 全屏模态窗口

AnimatedModal.js 是一个用来创建一个全屏模态窗口的 jQuery 插件,基于 CSS3 过渡实现.您可以利用 Animate.css 中的转换或自行创建自己的过渡效果.支持 Firefox.Chrome.Safari.Opera 和 IE 10+ 浏览器. 在线演示源码下载您可能感兴趣的相关文章网站开发中很有用的 jQuery 效果[附源码] 分享35个让人惊讶的 CSS3 动画效果演示十分惊艳的8个 HTML5 & JavaScript 特效 Web 开发中很

SQL Server2008窗口计算

(一) 窗口的定义:指为用户指定的一组行,也称着"分区".如下图所示的窗口分区.每一个班级看作是一个数据窗口,一共有三个窗口 (二)窗口计算的相关方法 1)over()用法格式:函数名(列) over(选项) OVER关键字表示把函数当成开窗函数而不是聚合函数.SQL标准允许将所有聚合函数用做开窗函数,使用OVER关键字来区分这两种用法. (三)案例分析 (1) 查询工资小于5000元的员工信息(城市以及年龄),并且在每行中都显示所有工资小于5000元的员工个数 CREATE TA

【温故而知新-Javascript】窗口效果（全屏显示窗口、定时关闭窗口）

1.全屏显示窗口 <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd"> <html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml"> <head> <meta http-equiv="

Qt全屏显示窗口、子窗口的相关函数

Qt全屏显示函数 window.showFullScreen() Qt最大化显示函数 window.showMaximized() Qt最小化显示函数 window.showMinimized() Qt固定尺寸显示函数 window.resize(x,y) 子窗口全屏显示: 将要全屏的Qt主窗口中的子窗口调用函数setWindowFlags(Qt::Dialog),然后调用showFullScreen()函数将子窗口全屏显示.也

QT 子窗口退出全屏

m_pWidget代表子窗口, 子窗口显示全屏: m_pWidget->setWindowFlags(Qt::Dialog); m_pWidget->showFullScreen(); 子窗口退出全屏: m_pWidget->showNormal(); m_pWidget->setWindowFlags(Qt::SubWindow); m_pWidget->showMaximized(); 退出全屏时,前两句代码运行后,子窗口回到全屏前位置, 但是是最小化的,需要将其显示最大

利用CWinThread实现跨线程父子MFC窗口

利用CWinThread实现跨线程父子MFC窗口 MFC对象只能由创建该对象的线程访问,而不能由其他线程访问. 不遵守该准则将导致断言(assertion)或者无法预知的程序行为等运行期错误. 在多线程环境中,由于所有的窗口元素都通过线程来管理,于是MFC将暂时/永久窗口<->句柄映射保存在TLS中.其他的窗口句柄映射以及设备描述表也是采用类似的方法存储.将这些窗口句柄映射存储在TLS中能够防止其他线程同时访问这些数据. 宏ASSERT_VALID的调用在MFC中相当频繁.这样,如果你调用该宏

jquery3和layui冲突导，致使用layui.layer.full弹出全屏iframe窗口时高度152px问题

项目中使用的jquery版本是jquery-3.2.1,在使用layui弹出全屏iframe窗口时,iframe窗口顶部总是出现一个152px高的滚动窗口无法实现真正全屏,代码如下: <!DOCTYPE html> <html> <head> <meta charset="utf-8"> <meta name="viewport" content="width=device-width, initial

win7远程连接全屏和窗口模式切换

最近开发需要win7远程连接,我知道在连接的时候可以设置全屏模式但是进去之后想要切换就只能通过快捷键了上网查了一下是ctrl+alt+break.网上说的没有错.我查官方文档也是这样.但是我按的时候就是锁定计算机了. 其实这是笔记本和台式键盘的区别.好多键会公用一个.所以有了Fn切换键.按键上所有和fn相同颜色的命令键,都需要fn来组合使用.所以在我的笔记本上是ctrl+fn+alt+end(break) end和break公用一个键.原谅我真的是第一次明白fn这么使用,小白渣渣了~~~ 全

MATLAB 赋值命令计算结果在命令窗口显示结果

MATLAB 赋值命令计算结果在命令窗口显示结果 MATLAB如何控制计算结果是否显示在命令窗口在运算结方程或者设定参数后面加分号也就是 ; 命令窗口就不会显示这些参数或结果了.举个例子clcclear alla=78; %结尾加了";"所以输入结果不会显示在命令窗口b=26 %结尾没有加";"所以输入结果会显示在命令窗口c=a+b %结尾没有加";"所以输入结果会显示在命令窗口d=a*b; %结尾加了";"所以输入结果不会

全基因组关联分析（GWAS）的计算原理

前言关于全基因组关联分析(GWAS)原理的资料,网上有很多. 这也是我写了这么多GWAS的软件教程,却从来没有写过GWAS计算原理的原因. 恰巧之前微博上某位小可爱提问能否写一下GWAS的计算原理.我一顺口就答应了. 后面一直很懒,不愿意动笔,但想着既然答应了,不写说不过去. 我写这段话的意思是,如果你有任何关于GWAS分析问题或者疑问,希望我能写一下的,可以跟我说. 如果我认为有价值,写出来对大家有帮助的话,会写的. GWAS所涉及的公式:最小二乘法首先,我们来一个知识点的回顾:最小二乘法

Qt子窗口QMidSubwindow全屏出现的问题总结

我的需求:想全屏一个子窗口QMidSubwindow,禁止显示最大化最小化和关闭按钮. 我开始尝试的是网上介绍的方法,把结果展现给大家一下,最后再总结: 方法1:QMidSubwindow直接调用showMaximized(),我的疑问在图片上,为啥我的禁止子窗口显示最大化.最小化.关闭按钮,没有成功呢??? 源码: ExaminationForm *patientExamForm = new ExaminationForm(); patientExamForm->setWindowTitle(

利用ONT测序检测真核生物全基因组甲基化状态

摘要甲基化在真核生物基因组序列中广泛存在,其中5mC最为普遍,在真核生物基因组中也有发现6mA.捕获基因组中的甲基化状态的常用技术是全基因组甲基化测序(WGBS)和简化甲基化测序(RRBS),而随着第三代测序技术的完善,ONT单分子纳米孔测序可以从单分子的角度来检出甲基化的胞嘧啶和腺嘌呤电流的变化,从而实现由基因组中的一段序列中检出5mC和6mA,然而精确地从单碱基级别检出5mC和6mA扔具有挑战.本文利用第三代ONT测序技术获得的序列及其电信号来检出真核生物全基因组范围的5mC和6mA甲基化

Android窗口管理服务WindowManagerService显示窗口动画的原理分析

文章转载至CSDN社区罗升阳的安卓之旅,原文地址:http://blog.csdn.net/luoshengyang/article/details/8611754 在前一文中,我们分析了Activity组件的切换过程.从这个过程可以知道,所有参与切换操作的窗口都会被设置切换动画.事实上,一个窗口在打开 (关闭)的过程中,除了可能会设置切换动画之外,它本身也可能会设置有进入(退出)动画.再进一步地,如果一个窗口是附加在另外一个窗口之上的,那么被附加窗口所设置的动画也会同时传递给该窗口.本文就详

GWAS: 阿尔兹海默症和代谢指标在大规模全基因组数据的遗传共享研究

今天要讲的一篇是发表于 Hum Genet 的 "Shared genetic architecture between metabolic traits and Alzheimer's disease: a large-scale genome-wide cross-trait analysis" .很中规中矩的一篇文章,没有什么大的亮点的.写它的主要原因整篇文献思路很流畅,次要原因是我懒,不愿意看费脑子的文章. 以下,进入主题: 背景阿尔茨海默病(AD)是一种进行性和破坏性的神经

GWAS | 全基因组关联分析 | Linkage disequilibrium (LD)连锁不平衡 | 曼哈顿图 Manhattan_plot | QQ_plot | haplotype phasing

现在GWAS已经属于比较古老的技术了,主要是碰到严重的瓶颈了,单纯的snp与表现的关联已经不够,需要具体的生物学解释,这些snp是如何具体导致疾病的发生的. 而且,大多数病找到的都不是个别显著的snp,大多数都找到了很多的snp,而且snp都落在非编码区了,这就导致对这些snp的解读非常的困难. 目前,已经有非常傻瓜式的GWAS pipeline了,比如:A tutorial on conducting genome‐wide association studies: Quality contr

全基因组测序从头测序(de novo sequencing) 重测序(re-sequencing)

全基因组测序全基因组测序分为从头测序(de novo sequencing)和重测序(re-sequencing). 从头测序(de novo)不需要任何参考基因组信息即可对某个物种的基因组进行测序,利用生物信息学分析方法进行拼接.组装,获得该物种的基因组序列图谱,从而推进该物种的后续研究.基因组重测序是对有参考基因组物种的不同个体进行的基因组测序,并在此基础上对个体或群体进行差异性分析. 基因组重测序主要用于辅助研究者发现单核苷酸多态性位点(SNPs).拷贝数变异(CNV).插入/缺失(I

【MFC】如何在MFC创建的程序中更改主窗口的属性与父窗口 WS_CLIPCHILDREN 样式对子窗口刷新的影响与窗体区域绘制问题WS_CLIPCHILDREN与WS_CLIPSIBLINGS

如何在MFC创建的程序中更改主窗口的属性摘自:http://blog.sina.com.cn/s/blog_4bebc4830100aq1m.html 在MFC创建的单文档界面中: (基于对话框的,直接在对话框的类向导中的虚函数里边添加PreCreateWindow函数,但是实际上有没有用就没有试过.望试验的告知,谢谢.) 在CMainFrame::PreCreateWindow(CREATESTRUCT& cs)中添加下面的代码可以固定窗口大小 cs.style = WS_OVERLAPPE

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