单细胞测区Transformerpython代码

2024-08-19

【代码更新】单细胞分析实录(21): 非负矩阵分解(NMF)的R代码实现，只需两步，啥图都有

1. 起因之前的代码(单细胞分析实录(17): 非负矩阵分解(NMF)代码演示)没有涉及到python语法,只有4个python命令行,就跟Linux下面的ls grep一样的.然鹅,有几个小伙伴不会命令行,所以我决定再改写一下,把命令行都放到R下面运行. 2. 尝试 2.1 一开始,我的想法是教大家在R里面调用python,需要提前下载好anaconda和一些python包然而想了想在Windows上安装python包可能对大家不是很友好,有些包很难装,我之前也弄了很久.考虑到这次更新是针

R Seurat 单细胞处理pipline 代码

options(stringsAsFactors = F ) rm(list = ls()) library(Seurat) library(dplyr) library(ggplot2) library(Hmisc) library(pheatmap) #读入数据 #合并gene去batch expr_1 <- readRDS("C:/Gu_lab/PA/result/pipline_results/P1_normal/expr.RDS") expr_1 <- Renam

单细胞分析实录(17): 非负矩阵分解(NMF)代码演示

本次演示使用的数据来自2017年发表于Cell的头颈鳞癌单细胞文章:Single-Cell Transcriptomic Analysis of Primary and Metastatic Tumor Ecosystems in Head and Neck Cancer.本次演示提供处理好的测试数据,以及所有代码,一共6个脚本(我目前写得最详细的教程,也是全网少有的). 数据的预处理就不演示了,预处理的代码存放在0.pre.R文件中. 以下是肿瘤细胞tsne图和原图的对比,和原文一致,说明前面

【代码更新】单细胞分析实录(20): 将多个样本的CNV定位到染色体臂，并画热图

之前写过三篇和CNV相关的帖子,如果你做肿瘤单细胞转录组,大概率看过: 单细胞分析实录(11): inferCNV的基本用法单细胞分析实录(12): 如何推断肿瘤细胞单细胞分析实录(13): inferCNV结合UPhyloplot2分析肿瘤进化其中,第三篇帖子里面有两个注释代码,可以在基因和染色体长短臂两个层面对CNV做注释这次对tree_anno.R代码做了更新,简单来说就是对原始CNV region的长度做了限制,最后的结果会输出更少更明显的CNV 之前在我这里拿过代码的读者如果需

单细胞数据高级分析之初步降维和聚类 | Dimensionality reduction | Clustering

个人的一些碎碎念: 聚类,直觉就能想到kmeans聚类,另外还有一个hierarchical clustering,但是单细胞里面都用得不多,为什么?印象中只有一个scoring model是用kmean进行粗聚类.(10x就是先做PCA,再用kmeans聚类的) 鉴于单细胞的教程很多,也有不下于10种针对单细胞的聚类方法了. 降维往往是和聚类在一起的,所以似乎有点难以区分. PCA到底是降维.聚类还是可视化的方法,t-SNE呢? 其实稍微思考一下,PCA.t-SNE还有下面的diffusion

单细胞数据整合方法 | Comprehensive Integration of Single-Cell Data

操作代码:https://satijalab.org/seurat/ 依赖的算法 CCA CANONICAL CORRELATION ANALYSIS | R DATA ANALYSIS EXAMPLES MNN The Mutual Nearest Neighbor Method in Functional Nonparametric Regression Comprehensive Integration of Single-Cell Data 实在是没想到,这篇seurat的V3里面的整合

SC3聚类 | 拉普拉斯矩阵 | Laplacian matrix | 图论 | R代码

Laplacian和PCA貌似是同一种性质的方法,坐标系变换.只是拉普拉斯属于图论的范畴,术语更加专业了. 要看就把一篇文章看完整,再看其中有什么值得借鉴的,总结归纳理解后的东西才是属于你的. 问题: 1. 这篇文章有哪些亮点决定他能发NM?单细胞,consensus,较好的表现,包装了一些专业的术语,显得自己很专业,其实真正做的东西很少: 2. consensus方法的本质是什么? 3. 工具的评估准则?ARI,silhouette index 4. SC3的最大缺点是什么?速度太慢,超过10

单细胞分析实录(4): doublet检测

最近Cell Systems杂志发表了一篇针对现有几种检测单细胞测序doublet的工具的评估文章,系统比较了常见的例如Scrublet.DoubletFinder等工具在检测准确性.计算效率等方面的优劣,以及比较了使用不同方法去除doublet后对下游DE分析.轨迹分析的影响. 现有的检测方法,基本都会先构造出虚拟doublet,然后将候选droplet与这些虚拟doublet比较,很相似的那些就定义为doublet.这里的虚拟doublet是通过随机组合两个(类)细胞的表达值得到的虚拟的do

单细胞分析实录(5): Seurat标准流程

前面我们已经学习了单细胞转录组分析的:使用Cell Ranger得到表达矩阵和doublet检测,今天我们开始Seurat标准流程的学习.这一部分的内容,网上有很多帖子,基本上都是把Seurat官网PBMC的例子重复一遍,这回我换一个数据集,细胞类型更多,同时也会加入一些实际分析中很有用的技巧. 1. 导入数据,创建Seurat对象 library(Seurat) library(tidyverse) testdf=read.table("test_20210105.txt",head

单细胞分析实录(8): 展示marker基因的4种图形（一）

今天的内容讲讲单细胞文章中经常出现的展示细胞marker的图:tsne/umap图.热图.堆叠小提琴图.气泡图,每个图我都会用两种方法绘制. 使用的数据来自文献:Single-cell transcriptomics reveals regulators underlying immune cell diversity and immune subtypes associated with prognosis in nasopharyngeal carcinoma. 去年7月发表在Cell Re

日期格式代码出现两次的错误 ORA-01810

错误的原因是使用了两次MM . 一.Oracle中使用to_date()时格式化日期需要注意格式码如:select to_date('2005-01-01 11:11:21','yyyy-MM-dd HH24:mm:ss') from dual;原因是SQL中不区分大小写,MM和mm被认为是相同的格式代码,所以Oracle的SQL采用了mi代替分钟.select to_date('2005-01-01 11:11:21','yyyy-MM-dd HH24:mi:ss') from dual;

可爱的豆子——使用Beans思想让Python代码更易维护

title: 可爱的豆子--使用Beans思想让Python代码更易维护 toc: false comments: true date: 2016-06-19 21:43:33 tags: [Python, Java, 经验] category: Python --- 我曾经是一个对Java非常反感的人,因为Java的语法非常啰嗦.而用惯了动态类型的Python再使用静态类型的Java就会觉得多出了很多的工作量. 因为工作的关系,我开始使用Java来做项目.在这个过程中,我发现Java在某些方面

iOS代码规范（OC和Swift）

下面说下iOS的代码规范问题,如果大家觉得还不错,可以直接用到项目中,有不同意见可以在下面讨论下. 相信很多人工作中最烦的就是代码不规范,命名不规范,曾经见过一个VC里有3个按钮被命名为button1.button2.button3,全文没有注释,去看代码逻辑才能知道这三个按钮的意思,我也是醉了! 下面的规范有的定的比较死,大家可以根据自己团队的风格进行修改.该文章主要是OC的代码规范,有几个是Swift的规范. OC和Swift的代码规范如下: 一.VC生命周期模块排列顺序 1. 注意

Jquery的点击事件，三句代码完成全选事件

先来看一下Js和Jquery的点击事件举两个简单的例子 <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd"> <html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml"> <head> <m

redux-amrc：用更少的代码发起异步 action

很多人说 Redux 代码多,开发效率低.其实 Redux 是可以灵活使用以及拓展的,经过充分定制的 Redux 其实写不了几行代码.今天先介绍一个很好用的 Redux 拓展-- redux-amrc.它可以帮助我们使用更少的样板代码发起异步 action. 低效的过去一般情况下,为了清楚地记录异步的过程,我们需要使用三个 action 来记录状态变化.通常,我们的代码会是这样: const LOAD = 'redux-example/auth/LOAD'; const LOAD_SUCCE

编写高质量代码:改善Java程序的151个建议(第5章:数组和集合___建议75~78)

建议75:集合中的元素必须做到compareTo和equals同步实现了Comparable接口的元素就可以排序,compareTo方法是Comparable接口要求必须实现的,它与equals方法有关系吗?有关系,在compareTo的返回为0时,它表示的是进行比较的两个元素时相等的.equals是不是也应该对此作出相应的动作呢?我们看如下代码: class City implements Comparable<City> { private String code; private S

使用 .NET WinForm 开发所见即所得的 IDE 开发环境，实现不写代码直接生成应用程序

直接切入正题,这是我09年到11年左右业余时间编写的项目,最初的想法很简单,做一个能拖拖拽拽就直接生成应用程序的工具,不用写代码,把能想到的业务操作全部封装起来,通过配置的方式把这些业务操作组织起来运行. 项目的核心功能已经基本实现,但12年之后我基本停止了这方面的开发,现在翻出来在这里写出来想和大家交流一下. 鉴于篇幅和精力的原因,请原谅我这篇博文对于技术实现的具体细节谈的不是很多,只能算是一个概述.对业务的说明也不多,我想大家都是技术流,应该一看就明白. 写这个项目的时间是五六年前,现在回过

jsp前端实现分页代码

前端需要订一page类包装,其参数为 private Integer pageSize=10; //每页记录条数=10 private Integer totalCount; //总记录条数 private Integer totalPage; //总页数 private Integer currPage; //当前页 private Integer startIndex; //开始索引 private List<M> list; //结果集进行查询的数据set进对象,在运用ModelAnd

【开源】简单4步搞定QQ登录，无需什么代码功底【无语言界限】

说17号发超简单的教程就17号,qq核审通过后就封装了这个,现在放出来~~ 这个是我封装的一个开源项目:https://github.com/dunitian/LoTQQLogin ———————————————————————————————————————————— 先申请一下创建一个应用网站或者移动注意回调地址(登录的时候会传东西过去) 以网站为例验证后即可成功,具体看创建时候的提示记住上面的id 这个是你的api管理页面(更多可以申请) 下面说一下重头戏: 第一步:引入jq<s

【.net 深呼吸】限制执行代码的权限

前面好几篇文章,老周都跟大伙伴们聊了跟应用程序域有关的话题,干脆咱们一聊到底吧,做学问就应该这样,有恒心. App Domain的创建新应用程序域的方法中,有一个特殊的重载: public static AppDomain CreateDomain(string friendlyName, Evidence securityInfo, AppDomainSetup info, PermissionSet grantSet, params StrongName[] fullTrustAssembl

单细胞测区Transformerpython代码

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