在上一篇中,我已经讲解了展示marker基因的前两种图形,分别是tsne/umap图.热图,感兴趣的读者可以回顾一下.这一节我们继续学习堆叠小提琴图和气泡图. 3. 堆叠小提琴图展示marker基因 相比于其他可视化形式,小提琴图可以更直观地展示某一类亚群的某一个基因的表达分布情况.我的marker基因一共选了12个,下面来画图: Seurat内置的VlnPlot函数可以直接画, library(xlsx) markerdf2=read.xlsx("ref_marker2.xlsx",

箱线图 箱线图是能同时反映数据统计量和整体分布,又很漂亮的展示图.在2014年的Nature Method上有2篇Correspondence论述了使用箱线图的好处和一个在线绘制箱线图的工具.就这样都可以发两篇Nature method,没天理,但也说明了箱线图的重要意义.   下面这张图展示了Bar plot.Box plot.Volin plot和Bean plot对数据分布的反应.从Bar plot上只能看到数据标准差或标准误不同:Box plot可以看到数据分布的集中性不同:Violin

html { font-family: sans-serif; -ms-text-size-adjust: 100%; -webkit-text-size-adjust: 100% } body { margin: 0 } article, aside, details, figcaption, figure, footer, header, hgroup, main, menu, nav, section, summary { display: block } audio, canvas, p

1. 分类数据可视化 - 分类散点图 stripplot( ) / swarmplot( ) sns.stripplot(x="day",y="total_bill",data=tips,jitter = True, size = 5, edgecolor = 'w',linewidth=1,marker = 'o') import numpy as np import pandas as pd import matplotlib.pyplot as plt imp

单细胞测序技术(single cell sequencing) 2018-03-02 11:02   来源: 一呼百诺  点击次数:6587关键词:   前言 单细胞生物学最近几年是非常热门的研究方向.在这一领域中,最前沿的则是单细胞测序技术.传统测序方法一次处理成千上万个细胞,得到的变异水平也是成千上万个细胞的平均后水平.但是,就如同世界上没有完全相同的两片树叶一样,没有两个细胞是完全相同的.所以,单细胞测序对于研究单个细胞就显得至关重要. 单细胞测序可以揭示出每个细胞独特的微妙变化,甚至可以

我们不止可以读取数据库的内容,还可以读取xlsx文件的内容,这个库有在有些情况还是挺实用的 首先我们想读取这个文件的时候必须得现有个seaborn库 下载命令就是: pip install  seaborn 我写了个案例, 就是把读取的内容在小提琴图上显示出来,还有在对比柱形图上显示出来   #导报 import numpy as np import pandas as pd import matplotlib.pyplot as plt import seaborn as sns if __n

细胞状态转换轨迹构建示意图(Trapnell et al. Nature Biotechnology, 2014) 在各种生物系统中,细胞都会展现出一系列的不同状态(如基因表达的动态变化等),这些状态(state)之间会按照一定的时间顺序转换.最典型的比如细胞的分化过程,从不成熟的细胞逐渐分化为成熟细胞.此外,细胞在受到外界刺激或扰动时,细胞内基因的表达也可能发生一系列的变化,从而呈现出一系列状态的转换. 这些特别提一下,细胞状态(cell state)和细胞亚型(cell subtype)是两

矢量图绘制工具Svg-edit调整画布的大小 ------------------------------ ------------------------

Matlab 语谱图(时频图)绘制与分析 语谱图:先将语音信号作傅里叶变换,然后以横轴为时间,纵轴为频率,用颜色表示幅值即可绘制出语谱图.在一幅图中表示信号的频率.幅度随时间的变化,故也称"时频图". %matlab 2016a %需要先安装语音处理工具箱(matlab_voicebox) [Y,FS,WMODE,FIDX]=readwav('sound0_10','s',-1,-1); %Y为读到的双声道数据 %FS为采样频率 %这里的输入参数sound0_10为双声道数字0到10的

import numpy as np import pandas as pd import matplotlib.pyplot as plt import seaborn as sns # 设置风格,seaborn有5种基本风格,context表示环境 sns.set(style="white", context="notebook") # 处理中文问题 sns.set_style('whitegrid', {'font.sans-serif':['simhei',

描述 axes在当前窗口中创建一个包含默认属性坐标系 axes('PropertyName',propertyvalue,...)创建坐标系时,同时指定它的一些属性,没有指定的使用DefaultAxes**,当然可以在以后使用set/get函数进行设置/读取,坐标系axes所有属性参见附录 axes(h)将坐标系h置为当前坐标系,同时将figure中的CurrentAxes属性设置为h,并且将h排列到children属性中第一个axes位置.默认情况,所有图形函数都是在当前坐标系上绘图 h =

plot语句中支持除X,Y以外的参数,以字符串形式存在,来控制颜色.线型.点型等要素,语法形式为: plt.plot(X, Y, 'format', ...) 1 点和线的样式 颜色 参数color或c 五种定义颜色值的方式 别名 color='r' 合法的HTML颜色名 color = 'red' HTML十六进制字符串 color = '#eeefff' 归一化到[0, 1]的RGB元组 color = (0.3, 0.3, 0.4) 灰度 color = (0.1) 透明度 # 透明度 y

UML图简介 含义:UML-Unified Modeling Language 统一建模语言,又称标准建模语言.是用来对软件密集系统进行可视化建模的一种语言 主要模型: 功能模型:从用户的角度展示系统的功能,包括用例图 动态模型:展现系统的内部行为,包括序列图.活动图.状态图 对象模型:采用对象.属性.操作.关联等概念展示系统的结构和基础,包括类图.对象图.包图 本文内容:对象模型中的类图的基本绘法.目的在于把代码结构进行可视化,例如各类设计模式 源码地址:UML图绘制 - SouthBegon

案例分析 先看下实现的效果图 实现方法 本篇是在之前写的博文 D3力布图绘制--节点间的多条关系连接线的方法 基础上加修改的,这里放上修改的代码,其他的一样 // DATA var nodes = [{}]; var links = [ { source: 0, target: 0 }, { source: 0, target: 0 }, { source: 0, target: 0 }, { source: 0, target: 0 }, { source: 0, target: 0 }, {

D3力布图绘制中遇到的交互问题,频繁操作数据后,会出现节点跑掉和单曲线弯曲的问题 问题描述 在id指向都正常的情况下出现以下2种状况: 单曲线弯曲 节点跑掉 经排查,是数据重复导致的问题 线条也是一样的,所以在绘制过程中请保持节点数据和线条数据的唯一性.

一.静态心形图绘制 (1)效果展示 (2)静态心形原始代码 clc; clear all; ; % 均布三位坐标 x=-:; y=-:; z=-:; [x,y,z]=meshgrid(x,y,z); % 绘制三位坐标点 % 心形函数 f=(x.^ + (/)*y.^ + z.^ - ).^ - x.^.*z.^ - (/)*y.^.*z.^-const; p=patch(isosurface(x,y,z,f,)); % 连接各点,组成封闭的图形 set(p, 'FaceColor', 'red'

1,函数stipplot() stipplot()函数用来画散点图,其x轴是离散型的变量 直接上代码 import seaborn as sns import numpy as np import pandas as pd import matplotlib as mpl import matplotlib.pyplot as plt tips = sns.load_dataset("tips") #seaborn内置数据集,DaraFram类型 sns.stripplot(x=&qu

单细胞测序 单细胞基因组学 测量理由是单细胞的时间空间特异性. Gene expression&co-expression 比较正常cell与疾病cell,正常organ与疾病organ,看出偏差. 分离单细胞,破碎细胞,RNA逆转录,测量cDNA. Eg:BAC扩增,可以实现bias很小的的genome,genome质量高. Eg:对sperm cell进行single cell, Eg:oocyte与sperm结合后,可以对过程中丢弃的部分进行single cell. 如果父源或母源中任何一

一.散点图stripplot( ) 与swarmplot() 1.分类散点图stripplot( ) 用法stripplot(x=None, y=None, hue=None, data=None, order=None, hue_order=None,jitter=True, dodge=False, orient=None,   color=None, palette=None,size=5, edgecolor="gray", linewidth=0, ax=None, **kw

1.前言 感受 在刚接触软件开发工作的时候,每次接到新需求,在分析需求后的第一件事情,就是火急火燎的打开数据库(DBMS),开始进行数据表的创建工作.然而这种方式,总是会让我在编码过程中出现实体类设计疏漏的地方,导致我在写业务代码时,还回头去反复的修改数据表和实体类.为了规避这样的情况,我学习期间发现了UML中关于类图的知识点,它让我知道,作为编码者在分析需求后,做的第一件最基本的事情应该是进行面向对象分析,然后使用UML绘制类图的方式进行面向对象的设计.在类图绘制完之后,使用类图与组员沟通设计

线图是反映趋势变化的一种方式,其输入数据一般也是一个矩阵. 单线图 假设有这么一个矩阵,第一列为转录起始位点及其上下游5 kb的区域,第二列为H3K27ac修饰在这些区域的丰度,想绘制一张线图展示. profile="Pos;H3K27ac -5000;8.7 -4000;8.4 -3000;8.3 -2000;7.2 -1000;3.6 0;3.6 1000;7.1 2000;8.2 3000;8.4 4000;8.5 5000;8.5" 读入数据 profile_text <