1. 起因 之前的代码(单细胞分析实录(17): 非负矩阵分解(NMF)代码演示)没有涉及到python语法,只有4个python命令行,就跟Linux下面的ls grep一样的.然鹅,有几个小伙伴不会命令行,所以我决定再改写一下,把命令行都放到R下面运行. 2. 尝试 2.1 一开始,我的想法是教大家在R里面调用python,需要提前下载好anaconda和一些python包 然而想了想在Windows上安装python包可能对大家不是很友好,有些包很难装,我之前也弄了很久.考虑到这次更新是针

生物信息学 Cell theory:7个要点 All known living things are made up of one or more cells. All living cells arise from pre-existing cells by division. The cell is the fundamental unit of structure and function in all living organisms. The activity of an organi

本次演示使用的数据来自2017年发表于Cell的头颈鳞癌单细胞文章:Single-Cell Transcriptomic Analysis of Primary and Metastatic Tumor Ecosystems in Head and Neck Cancer.本次演示提供处理好的测试数据,以及所有代码,一共6个脚本(我目前写得最详细的教程,也是全网少有的). 数据的预处理就不演示了,预处理的代码存放在0.pre.R文件中. 以下是肿瘤细胞tsne图和原图的对比,和原文一致,说明前面

著名的科学杂志<Nature>于1999年刊登了两位科学家D.D.Lee和H.S.Seung对数学中非负矩阵研究的突出成果.该文提出了一种新的矩阵分解思想――非负矩阵分解(Non-negative Matrix Factorization,NMF)算法,即NMF是在矩阵中所有元素均为非负数约束条件之下的矩阵分解方法.该论文的发表迅速引起了各个领域中的科学研究人员的重视:一方面,科学研究中的很多大规模数据的分析方法需要通过矩阵形式进行有效处理,而NMF思想则为人类处理大规模数据提供了一种新的途径

本文以NMF和经典SVD为例,讲一讲矩阵分解在推荐系统中的应用. 数据 item\user Ben Tom John Fred item 1 5 5 0 5 item 2 5 0 3 4 item 3 3 4 0 3 item 4 0 0 5 3 item 5 5 4 4 5 item 6 5 4 5 5 user\item item 1 item 2 item 3 item 4 item 5 item 6 Ben 5 5 3 0 5 5 Tom 5 0 4 0 4 4 John 0 3 0 5

单细胞RNA测序技术之入门指南 [字体: 大 中 小 ] 时间:2018年09月12日 来源:生物通   编辑推荐: 在这个飞速发展的测序时代,DNA和RNA测序已经逐渐成为“实验室中的家常菜”.若要评选出目前最受欢迎的一道菜,那恐怕非单细胞RNA测序莫属. 在这个飞速发展的测序时代,DNA和RNA测序已经逐渐成为“实验室中的家常菜”.若要评选出目前最受欢迎的一道菜,那恐怕非单细胞RNA测序莫属. 以往,研究人员通常利用RNA测序(RNA-seq)来检测样本中的所有RNA转录本,以发现新型RNA

单细胞测序技术(single cell sequencing) 2018-03-02 11:02   来源: 一呼百诺  点击次数:6587关键词:   前言 单细胞生物学最近几年是非常热门的研究方向.在这一领域中,最前沿的则是单细胞测序技术.传统测序方法一次处理成千上万个细胞,得到的变异水平也是成千上万个细胞的平均后水平.但是,就如同世界上没有完全相同的两片树叶一样,没有两个细胞是完全相同的.所以,单细胞测序对于研究单个细胞就显得至关重要. 单细胞测序可以揭示出每个细胞独特的微妙变化,甚至可以

视频  https://www.bilibili.com/video/av7973580?from=search&seid=16993146754254492690 教材 Molecular biology of the gene 7th edition  J.D. Watson et. al 转录机制 一.RNA聚合酶和转录周期 1. 细菌:一种转录酶 真核:三种转录酶(植物+2种) Pol I   大核糖体RNA前体 Pol II  几乎转录所有蛋白质编码 Pol III tRNA,小的核R

著名的科学杂志<Nature>于1999年刊登了两位科学家D.D.Lee和H.S.Seung对数学中非负矩阵研究的突出成果.该文提出了一种新的矩阵分解思想――非负矩阵分解(Non-negative Matrix Factorization,NMF)算法,即NMF是在矩阵中所有元素均为非负数约束条件之下的矩阵分解方法.该论文的发表迅速引起了各个领域中的科学研究人员的重视:一方面,科学研究中的很多大规模数据的分析方法需要通过矩阵形式进行有效处理,而NMF思想则为人类处理大规模数据提供了一种新的途径

操作代码:https://satijalab.org/seurat/ 依赖的算法 CCA CANONICAL CORRELATION ANALYSIS | R DATA ANALYSIS EXAMPLES MNN The Mutual Nearest Neighbor Method in Functional Nonparametric Regression Comprehensive Integration of Single-Cell Data 实在是没想到,这篇seurat的V3里面的整合

scRNA-seq做完该做的QC.normalization.imputation.clustering.trajectory和integration,就会开始做转录调控的分析了. 核心就是围绕着TF转录因子做文章 预测TF的靶基因 鉴定regulon 大部分都是高通量的预测,准确性有待论证,需要很好的实验验证设计. 预测的工具不要太多: MARINa — Andrea Califano - paper SCENIC 什么是regulon? 这是一个高通量测序后发明的词,其实就是被同一个调控元件

单细胞测序 单细胞基因组学 测量理由是单细胞的时间空间特异性. Gene expression&co-expression 比较正常cell与疾病cell,正常organ与疾病organ,看出偏差. 分离单细胞,破碎细胞,RNA逆转录,测量cDNA. Eg:BAC扩增,可以实现bias很小的的genome,genome质量高. Eg:对sperm cell进行single cell, Eg:oocyte与sperm结合后,可以对过程中丢弃的部分进行single cell. 如果父源或母源中任何一

CentOS 7开发环境中的home 目录空间满了,需要增加空间 到虚拟机上执行"ls /sys/class/scsi_host",然后重新扫描SCSI总线来添加设备.如右图.然后执行"fdsik -l"来验证是否添加成功. 用fdisk来对新添加的硬盘进行分区.如右图 然后由于要做逻辑卷,所以磁盘文件系统需要是Linux LVM,如果p选项看到的Id不是8e,就输入t,然后提示输入Hex code时,输入8e就行.然后输入p查看,如果正确的话,直接输入w保存就行.

作者:虚静 链接:https://zhuanlan.zhihu.com/p/24656161 来源:知乎 著作权归作者所有.商业转载请联系作者获得授权,非商业转载请注明出处. 先说明几件事: 题目的意思是,用于获取"QQ空间动态"的爬虫,而不是"针对QQ空间"的"动态爬虫" 这里的QQ空间动态,特指"说说" 程序是使用cookie登录的.所以如果是想知道如何使用爬虫根据QQ号和密码来实现登录的朋友可以把页面关了 本程序用pyt

ublic class MemorySpaceCheck { /** * 计算剩余空间 * @param path * @return */ public static String getAvailableSize(String path) { StatFs fileStats = new StatFs(path); fileStats.restat(path); return String.valueOf(fileStats.getAvailableBlocks() * fileStats.

今天发现磁盘空间不够了,首先要找到那些文件夹占用了磁盘空间. du命令很好使 du -c -d 1 -m | sort -n -c 显示当前文件夹总计占用空间 -d 1 层级为1,即只显示当前目录下一级文件夹的大小,不往下遍历 -m 显示的数值以M为单位 sort -n 结果按顺序排列 结果如下  这个~/Library目录下有64G的文件. Application Support(35G) 有两个手机的备份,以及WWDC这个软件下载的视频文件 Developer(10G) Xcode的一些东

一. 表空间 Oracle数据库包含逻辑结构和物理结构. 数据库的物理结构指的是构成数据库的一组操作系统文件. 数据库的逻辑结构是指描述数据组织方式的一组逻辑概念以及它们之间的关系. 表空间是数据库逻辑结构的一个重要组件. 表空间可以存放各种应用对象,如表.索引等. 而每一个表空间由一个或多个数据文件组成. 1. 表空间的分类 表空间可分为3类: 永久性表空间:一般保存表.上天.过程和索引等数据.system.sysaux.users.example表空间是默认安装的. 临时性表空间:只用于保存

原文地址:http://blog.csdn.net/shmiloy001/article/details/6287317 首先,授权给指定用户. 一个用户的默认表空间只能有一个,但是你可以试下用下面的语句为其授权在别的表空间中创建对像: alter user  username quota unlimited on tablespace_name; 再者,创造表的命令. 一个用户可以拥有多个表空间在创建表时: create table TABLE_NAME () tablespace TABLE

1.创建表空间 导出Oracle数据的指令:/orcl file=C:\jds.dmp owner=jds 导入Oracle数据的指令:imp zcl:/orcl file=C:\jds.dmp full=y --第1步:创建临时表空间 CREATE TEMPORARY TABLESPACE User_Temp TEMPFILE 'E:\OrclData\DataTemp\User_Temp.dbf' SIZE 50m AUTOEXTEND ON NEXT 50m MAXSIZE 20480m

一．需求提出 客服小妹跟我说,每天要统计新加好友数,得先记下昨天的数目,然后查看今天的数目,还要相减,打字,记录——好麻烦! 又说,客户多的时候,忙起这头忘了那头,文字记录备忘又太费劲! 我说,赐你一个软件!于是有了下面这个东西. 二．主要界面        三．主要功能简介 1 .可定时弹出主界面,输入今日好友数,计算出新加好友数,并将今日好友数存盘. 2.统计信息显示在界面上,并且写入word文件中以备查看,并自动拷贝至剪切板,方便复制. 3.可语音备忘,录制语音消息,并保存在文件夹中. 4