Cell Ranger是一个"傻瓜"软件,你只需提供原始的fastq文件,它就会返回feature-barcode表达矩阵.为啥不说是gene-cell,举个例子,cell hashing数据得到的矩阵还有tag行,而列也不能肯定就是一个cell,可能考虑到这个才不叫gene-cell矩阵吧~它是10xgenomics提供的官方比对定量软件,有四个子命令,我只用过cellranger count,另外三个cellranger mkfastq.cellranger aggr.cellra

可变剪接(alternative splicing),在真核生物中是一种非常基本的生物学事件.即基因转录后,先产生初始RNA或称作RNA前体,然后再通过可变剪接方式,选择性的把不同的外显子进行重连,从而产生不同的剪接异构体(isoform).这种方式,使得一个基因可产生多个不同的转录本,这些转录本分别在细胞/个体分化发育的不同阶段,在不同的组织中有各自特异的表达和功能,从而极大地丰富了编码RNA和非编码RNA种类和数量,进而增加了转录组和蛋白质组的复杂性. 可变剪接主要有以下五种常见的形式: 1

单细胞测序流程(http://learn.gencore.bio.nyu.edu) 在过去的十多年里,高通量测序技术被广泛应用于生物和医学的各种领域,极大促进了相关的研究和应用.其中转录组测序(RNA-seq)被广泛应用于测定和描绘各类物种的基因或转录本的表达情况.但传统的转录组测序技术(bulk RNA-seq)是基于群体细胞,每个样本包含成千上万个细胞,所以最终反映的是基因在群体细胞中平均表达水平,从而掩盖了不同细胞之间的表达异质性.近年来,单细胞转录组测序(single-cell RNA-

将字符串类型的时间转换成date类型可以使用SimpleDateFormat来转换,具体方法如下:1.定义一个字符串类型的时间:2.创建一个SimpleDateFormat对象并设置格式:3.最后使用SimpleDateFormat的parse方法将String类型的时间转换成Date类型的时间.具体代码如下: String string = "2014-3-17"; SimpleDateFormat dateFormat = new SimpleDateFormat("yy

开发过程中经常需要根据数据表编写对应的实体类,下面是使用sql语句快速将数据表转换成对应实体类的代码,使用时只需要将第一行'TableName'引号里面的字母换成具体的表名称就行了: declare @TableName sysname = 'TableName' declare @Result varchar(max) = 'public class ' + @TableName + ' {' select @Result = @Result + ' public ' + ColumnType

在SQL Server下想把数字(包括浮点型和整型)转换成字符串,保留数据原本的样子或者根据需要转换成另外指定的格式可能就不仅仅是一条CAST(XXXX AS NVARCHAR)这么简单的事情了. 无论是CAST或者CONVERT在转换FLOAT或者REAL类型成为字符串的时候都可能面临一个问题,就是最终的数据会编程科学记数法的形式出现在最终结果集中.而DECIMAL是没有遇到这个问题. 比如: DECLARE @FL AS FLOAT DECLARE @RL AS REAL ,) SET @F

利用泛型和反射,管理配置文件,把Model转换成数据行,并把数据行转换成Model   使用场景:网站配置项目,为了便于管理,网站有几个Model类来管理配置文件, 比如ConfigWebsiteModel 用来管理基本信息 ConfigSeoModel 用来管理SEO信息 ConfigCacheModel 用来管理网站缓存信息 不用Model之间不能有重名属性字段 现在需要把他们储存到数据库中,并从数据库中读取出来转换成Model以便修改.不使用 List<T>和Dictionary<

caffe本身是没有数据集的,但在data目录下有获取数据的一些脚本.MNIST,一个经典的手写数字库,包含60000个训练样本和10000个测试样本,每个样本为28*28大小的黑白图片,手写数字为0-9,因此分为10类. 1.获取数据 sudo sh ./data/mnist/get_mnist.sh 这个是在caffe的目录下执行的.运行成功后,在caffe/data/mnist/目录下有四个文件: train-images-idx3-ubyte:训练集样本 (9912422 bytes)

hadoop fs -put /home/wangxiao/data/ml/Affairs.csv /datafile/wangxiao/ hadoop fs -ls -R /datafiledrwxr-xr-x - wangxiao supergroup 0 2016-10-15 10:46 /datafile/wangxiao-rw-r--r-- 3 wangxiao supergroup 16755 2016-10-15 10:46 /datafile/wangxiao/Affairs.c

转自网站: http://blog.csdn.net/muyiyushan/article/details/70578077 1.准备数据 使用dog/cat数据集,在训练项目根目录下分别建立train和val文件夹,作为训练数据和验证数据的保存位置.train和val文件夹下各有两个文件夹:dogs和cats,分别保存dog和cat的图片.dog和cat分别有1000张训练图像和400张测试图像. 写一个python脚本文件,遍历train和val两个文件夹,分别生成train.txt和val

#region 转换Table为JSON数据 /// <summary> /// 转换Table为JSON数据 /// </summary> /// <param name="dt"></param> /// <returns></returns> public static string TableToJson(DataTable dt) { StringBuilder sb = new StringBuilde

个人实践代码如下: #!/usr/bin/env sh # Create the imagenet lmdb inputs # N.B. set the path to the imagenet train + val data dirs set -e EXAMPLE=/home/wp/CAFFE/caffe-master/myself/00b DATA=/home/wp/CAFFE/caffe-master/myself/00b TOOLS=build/tools TRAIN_DATA_ROO

一.在有帮助类DbHelperSQL的时候 1.下为其中返回SqlDataReader的方法 /// <summary> /// 执行查询语句,返回SqlDataReader ( 注意:调用该方法后,一定要对SqlDataReader进行Close ) /// </summary> /// <param name="strSQL">查询语句</param> /// <returns>SqlDataReader</retu

---ResultSet数据集 public static List toList(ResultSet rs, Class cls) { List list = new ArrayList(); try { BeanInfo beanInfo = Introspector.getBeanInfo(cls); // 获取类属性 // 给 JavaBean 对象的属性赋值 PropertyDescriptor[] propertyDescriptors = beanInfo .getProperty

一,后台获取json数据 protected void Page_Load(object sender, EventArgs e){  DataTable dt = DBhepler.GetDataTable("select top 100 * from Tstudent");  jsn = DataTable2Json(dt); } public string jsn = ""; public static string DataTable2Json(DataTa

程序需要,需要将word中不规则的表格数据转换为标准的表格,即合并的单元格按正常格式解析,word中的表格格式如下: 解析后数据如下: 借鉴了网上代码,如下处理: procedure TfrmMain.getWordCellStr; var WordApp: TWordApplication; WordDoc: TWordDocument; DocInx,oFileName,CfCversions,oReadOnly,AddToRctFiles,PswDocument, PswTemplate,

可以通过这个(json-lib-2.3-jdk15.jar)jar里的方法转换 JSONObject json = JSONObject.fromObject(Object); 如果对象数组 JSONArray json = JSONArray .fromObject(person);

不多说,直接上干货! package zhouls.bigdata.DataFeatureSelection.sim; import java.text.ParseException; import java.text.SimpleDateFormat; import java.util.Date; public class GetIntervalDays { public static void main(String[] args) throws ParseException { Strin

前台表单页:demo01.html 后台:demo01.php 输出结果: 备注:若前台通过Ajax的post提交过来的是json数据,需要对json数据进行解析:$data = json_decode($postStr,true); file_get_contents('php://input') 的优势: 1, php://input 可以读取http entity body中指定长度的值,由Content-Length指定长度,不管是POST方式或者GET方法提交过来的数据.但是,一般GE

将字符类型的日期转化为DateTime类型主要有以下方法: 方法一:Convert.ToDateTime(string) string格式有要求,必须是yyyy-MM-dd hh:mm:ss 方法二:Convert.ToDateTime(string, IFormatProvider) DateTime dt; DateTimeFormatInfo dtFormat = new System.GlobalizationDateTimeFormatInfo(); dtFormat.ShortDat

RS版本: IF(troubleCatalog="1" or troubleCatalog="2" or troubleCatalog="3" or troubleCatalog="4" or troubleCatalog="5" or troubleCatalog="6" or troubleCatalog="7" or troubleCatalog="8