单细胞间的NMF用处

【代码更新】单细胞分析实录(21): 非负矩阵分解(NMF)的R代码实现，只需两步，啥图都有

1. 起因之前的代码(单细胞分析实录(17): 非负矩阵分解(NMF)代码演示)没有涉及到python语法,只有4个python命令行,就跟Linux下面的ls grep一样的.然鹅,有几个小伙伴不会命令行,所以我决定再改写一下,把命令行都放到R下面运行. 2. 尝试 2.1 一开始,我的想法是教大家在R里面调用python,需要提前下载好anaconda和一些python包然而想了想在Windows上安装python包可能对大家不是很友好,有些包很难装,我之前也弄了很久.考虑到这次更新是针

Journal of Proteome Research | “Differential Visual Proteomics”: Enabling the Proteome-Wide Comparison of Protein Structures of Single-Cells（“差异视觉蛋白质组学”：实现单细胞中蛋白质结构的组学比较）(解读人：李思奇)

期刊名:Journal of Proteome Research 发表时间:(2019年9月) IF:3.78 (2018) 单位:巴塞尔大学,瑞士物种:人细胞系技术:冷冻电子显微镜(Cryo-EM),单粒子电子显微镜一. 概述: 本文描述了一种“差异视觉蛋白质组学”(DVP)方法,在蛋白质组学层面研究不同样本间蛋白质和蛋白质复合体的结构变化.细胞裂解后,用无损方式制备成单粒子电子显微镜的上机样品,扫描成像.图像中的单个蛋白质粒子被提取出来,排列,归类,用定量分析法找到阴.阳性对照样品间蛋

单细胞分析实录(17): 非负矩阵分解(NMF)代码演示

本次演示使用的数据来自2017年发表于Cell的头颈鳞癌单细胞文章:Single-Cell Transcriptomic Analysis of Primary and Metastatic Tumor Ecosystems in Head and Neck Cancer.本次演示提供处理好的测试数据,以及所有代码,一共6个脚本(我目前写得最详细的教程,也是全网少有的). 数据的预处理就不演示了,预处理的代码存放在0.pre.R文件中. 以下是肿瘤细胞tsne图和原图的对比,和原文一致,说明前面

android 补间动画和Animation

介绍: 补间动画是一种设定动画开始状态.结束状态,其中间的变化由系统计算补充.这也是他叫做补间动画的原因. 补间动画由Animation类来实现具体效果,包括平移(TranslateAnimation).缩放(ScaleAnimation).旋转(RotateAnimation).透明度(AlphaAnimation)四个子类,四种变化. 实现: 补间动画的四种变化效果(四个类)允许通过xml设置,也可以通过初始化类来设置.xml比较简单,java比较灵活. 1.通过xml设置补间动画 <?xm

【JAVA线程间通信技术】

之前的例子都是多个线程执行同一种任务,下面开始讨论多个线程执行不同任务的情况. 举个例子:有个仓库专门存储货物,有的货车专门将货物送往仓库,有的货车则专门将货物拉出仓库,这两种货车的任务不同,而且为了完成任务需要彼此相互合作,如果仓库中没有货物了而将货物拉出仓库的货车先到达了,那么它只有先等待其它货车将货物送入仓库......这种情况和线程间通信的情况很相似. 一.问题的提出-单生产者单消费者模式. 需求:定义一个容器,存储了字段姓名和性别,一个线程0为姓名和性别赋值,赋值完毕之后另一个线程1取

ASP.NET页面间传值总结

本文我们将讨论的是ASP.NET页面间数据传递的几种方法,对此希望能帮助大家正确的理解ASP.NET页面间数据传递的用处以及便利性. Web页面是无状态的,服务器对每一次请求都认为来自不同用户,因此,变量的状态在连续对同一页面的多次请求之间或在页面跳转时不会被保留.在用ASP.NET 设计开发一个Web系统时,遇到一个重要的问题是如何保证数据在页面间进行正确.安全和高效地传送,Asp.net 提供了状态管理等多种技术来解决保存和传递数据问题,以下来探讨.NET 下的解决此问题的各种方法和各自的适

ASP.NET页面间数据传递的方法<转>

ASP.NET页面间数据传递的方法作者: 灰色的天空2 来源: 博客园发布时间: 2010-10-28 11:06 阅读: 822 次推荐: 0 原文链接 [收藏] 摘要:本文我们将讨论的是asp.net页面间数据传递的几种方法,对此希望能帮助大家正确的理解ASP.NET页面间数据传递的用处以及便利性. 00.引言 Web页面是无状态的, 服务器对每一次请求都认为来自不同用户,因此,变量的状态在连续对同一页面的多次请求之间或在页面跳转时不会被保留.在用ASP.NET 设

JS获取非行间样式

我们都知道用offset函数获取元素样式是一件很方便的事,但是offset只能获取行间样式,而无法获得非行间样式,这是它的瓶颈所在. 我们都知道js获取行间样式的方法,那么js是如何获取行距样式的呢? 首先让我们看一下js是如何获取行间样式的: <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitiona

Android 自定义控件优雅实现元素间的分割线（支持3.0以下）

转载请标明出处:http://blog.csdn.net/lmj623565791/article/details/42407923 ,本文出自:[张鸿洋的博客] 1.概述话说,随着Android SDK版本的升级,很多控件增加了新的属性方便我们的使用,比如LinearLayout中多了:divider.showDividers等,用于为其内部元素添加分隔:但是呢,这样的属性在较低版本的SDK中不能被支持,那么,我们在开发过程中,可能会出现这样的需求:将这个新的特性想办法做到尽可能的向下兼容.

Android _优雅实现元素间的分割线（支持3.0以下）

转:http://blog.csdn.net/lmj623565791/article/details/42407923 1.概述话说,随着Android SDK版本的升级,很多控件增加了新的属性方便我们的使用,比如LinearLayout中多了:divider.showDividers等,用于为其内部元素添加分隔:但是呢,这样的属性在较低版本的SDK中不能被支持,那么,我们在开发过程中,可能会出现这样的需求:将这个新的特性想办法做到尽可能的向下兼容.有人说,可以自己写个新的控件去实现,这样的

Python 第八篇：异常处理、Socket语法、SocketServer实现多并发、进程和线程、线程锁、GIL、Event、信号量、进程间通讯

本节内容: 异常处理.Socket语法.SocketServer实现多并发.进程和线程.线程锁.GIL.Event.信号量.进程间通讯.生产者消费者模型.队列Queue.multiprocess实例异常处理.红绿灯.吃包子实例一:异常处理: 异常是因为程序出现了错误而在正常的控制流以为采取的行为,当python检测到一个异常的时候,解释器就会支出当前流已经无法继续下去,这时候就出现了异常,从python 1.5开始,所有的标准异常都是实用类实现的, Python的异常处理能力是很强大的,可向

winform利用委托delegate进行窗体间通信

前段时间学习委托,感觉很模糊的样子,也做过许多实例,但是项目中一直没有用到,今天在项目中遇到一个很简单的例子,现在拿出来,做一个简单的记录. 要求:将弹出框里勾选的内容返回到主面板上. 工具:委托. 效果图:(由于是根据项目提取出来的,所以里面的界面有点文字有点奇怪) 主窗体: 子窗体:(点击浏览之后弹出的对话框) 勾选几项之后,点击确定,主窗体显示: 实现过程: 这里主要是用到委托实现,所以主要描述一下委托在这里的应用. 我们要在主窗体(这里的子父窗体都是自己假想)中获取子窗体中的元素,所以首

winform利用委托delegate进行窗体间通信，相同标题已经存在？？

前段时间学习委托,感觉很模糊的样子,也做过许多实例,但是项目中一直没有用到,今天在项目中遇到一个很简单的例子,现在拿出来,做一个简单的记录. 要求:将弹出框里勾选的内容返回到主面板上. 工具:委托. 效果图:(由于是根据项目提取出来的,所以里面的界面有点文字有点奇怪) 主窗体: 子窗体:(点击浏览之后弹出的对话框) 勾选几项之后,点击确定,主窗体显示: 实现过程: 这里主要是用到委托实现,所以主要描述一下委托在这里的应用. 我们要在主窗体(这里的子父窗体都是自己假想)中获取子窗体中的元素,所以首

非负矩阵分解NMF

http://blog.csdn.net/pipisorry/article/details/52098864 非负矩阵分解(NMF,Non-negative matrix factorization) NMF的发展及原理著名的科学杂志<Nature>于1999年刊登了两位科学家D.D.Lee和H.S.Seung对数学中非负矩阵研究的突出成果.该文提出了一种新的矩阵分解思想--非负矩阵分解(Non-negative Matrix Factorization,NMF)算法,即NMF是在矩阵中所

Seurat | 单细胞分析工具

Seurat是一个老牌的单细胞分析工具了(satija的力作),我之前测试过,但是没怎么用. 最近发现这个工具又publish在了NBT上,所以很有必要看一下这篇文章. Integrating single-cell transcriptomic data across different conditions, technologies, and species 主要目的:identifying subpopulations of cells that are present across m

单细胞RNA测序技术之入门指南

单细胞RNA测序技术之入门指南 [字体: 大中小 ] 时间:2018年09月12日来源:生物通编辑推荐: 在这个飞速发展的测序时代,DNA和RNA测序已经逐渐成为“实验室中的家常菜”.若要评选出目前最受欢迎的一道菜,那恐怕非单细胞RNA测序莫属. 在这个飞速发展的测序时代,DNA和RNA测序已经逐渐成为“实验室中的家常菜”.若要评选出目前最受欢迎的一道菜,那恐怕非单细胞RNA测序莫属. 以往,研究人员通常利用RNA测序(RNA-seq)来检测样本中的所有RNA转录本,以发现新型RNA

单细胞 RNA-seq 10X Genomics

单细胞流程跑了不少,但依旧看不懂结果,是该好好补补了. 有些人可能会误会,觉得单细胞的RNA-seq数据很好分析,跟分析常规的RNA-seq应该没什么区别.今天的这篇文章2015年3月发表在Nature Genetics Review上,专门说明了一下单细胞RNA测序数据在数据分析和计算上的挑战(虽然已经过去1年多了,这里指出的问题和挑战仍然是不过时的,至于这些问题和挑战现在是不是完美解决了,这里就暂且先不讨论了.). 主要说了以下问题: 1. 单细胞RNA测序 (single cell RNA

【python】-- 多进程的基本语法、进程间数据交互与共享、进程锁和进程池的使用

多进程进程之间是相互独立的,python是启动进程的时候,是启动的是原生进程.进程是没有GIL锁的,而且不存在锁的概念,进程之间的数据式不能共享的,而线程是可以的. 1.进程的定义用muliprocessing这个包中的Process来定义多进程,跟定义多线程类似 from multiprocessing import Process # 导入进程模块 import time def run(name): time.sleep(2) print("hello", name) if

SENet（Squeeze-and-Excitation Networks）算法笔记---通过学习的方式来自动获取到每个特征通道的重要程度，然后依照这个重要程度去提升有用的特征并抑制对当前任务用处不大的特征

Momenta详解ImageNet 2017夺冠架构SENet 转自机器之心专栏作者:胡杰本届 CVPR 2017大会上出现了很多值得关注的精彩论文,国内自动驾驶创业公司 Momenta 联合机器之心推出 CVPR 2017 精彩论文解读专栏.除此之外,Momenta 还受邀在 CVPR 2017 的 ImageNet Workshop 中发表演讲,介绍 Momenta 在ImageNet 2017 挑战赛中夺冠的网络架构SENet.本文作者为 Momenta 高级研发工程师胡杰. 我是 M

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input屏蔽历史记录设置input的扩展属性autocomplete 为off即可 ;function($,undefined) 前面的分号是什么用处 ;(function($){$.extend($.fn...现般在一些 JQuery 函数前面有分号,在前面加分号可以有多种用途:1.防止多文件集成成一个文件后,高压缩出现语法错误.2.这是一个匿名函数,一般js库都采用这种自执行的匿名函数来保护内部变量 (function(){})().3.因为undefined是window的属性

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