最近一篇NG中使用到的软件,用来去除冗余的contigs,现简单记录. CD-HIT早先是一个蛋白聚类的软件,其主要的特定就是快!(ps:不是所有快的都是好的) 其去除冗余序列的大概思路就是: 首先对所有序列长度进行排序,从最长的开始,形成一个序列类,然后依次对序列进行处理,如果下一条序列和代表的序列相似性在cutoff,则将其加入同一类,否则得到新的类. 所以快主要是两个方面的原因:一个是使用了word过滤方法,即如果两条序列之间的相似性在80%(假设序列长度为100),那么它们至少有60个相

分布式消息队列nsq,简单易用,去中心化的设计使nsq更健壮,nsq充分利用了go语言的goroutine和channel来实现的消息处理,代码量也不大,读不了多久就没了.后期的文章我会把nsq的源码分析给大家看. 主要的分析路线如下 分析nsq的整体框架结构,分析如何做到的无中心化分布式拓扑结构,如何处理的单点故障. 分析nsq是如何保证消息的可靠性,如何保证消息的处理,对于消息的持久化是如何处理和扩展的. 分析nsq是如何做的消息的负载处理,即如何把合理的.不超过客户端消费能力的情况下,把消

一.个人防火墙技术概述 随着网络安全问题日益严重,广大用户对网络安全产品也越来越关注.防火墙作为一种网络安全工具,早已受到大家的青睐.在PC机上使用的个人防火墙,很大程度上成为广大网民的安全保护者.Windows下的个人防火墙都是基于对数据报的拦截技术之上.当然在具体的实现方式上它们却有很大的不同.总的来说可分为用户级和内核级数据报拦截两类.其中内核级主要是TDI过滤驱动程序,NDIS中间层过滤驱动程序,NDIS过滤钩子驱动程序等,它们都是利用网络驱动来实现的:而用户级的过滤包括SPI接口,Wi

一.sphinx增量索引的设置    数据库中的已有数据很大,又不断有新数据加入到数据库中,也希望能够检索到.全部重新建立索引很消耗资源,因为我们需要更新的数据相比较而言很少.例如.原来的数据有几百万条,而新增的只是几千条.这样就可以使用“主索引+增量索引”的模式来实现近乎实时更新的功能. 这个模式实现的基本原理是设置两个数据源和两个索引,为那些基本不更新的数据建立主索引,而对于那些新 增的数据建立增量索引.主索引的更新频率可以设置的长一些(例如设置在每天的午夜进行),而增量索引的更新频率,我们

概述 自然语言是非常复杂多变的,计算机也不认识咱们的语言,那么咱们如何让咱们的计算机学习咱们的语言呢?首先肯定得对咱们的所有文字进行编码吧,那咱们很多小伙伴肯定立马就想出了这还不简单嘛,咱们的计算机不都是ASCII编码的嘛,咱直接拿来用不就好啦?我只能说too young too simple.咱们的计算机只是对咱们的“字母”进行ASCII编码,并没有对咱们的“Word”编码.world应该是咱们处理自然语言的最基本的元素,而不是字母.那么世界上有千千万万的Word,咱们具体怎么表示呢?就算找出

最新的效果见 :http://video.sina.com.cn/v/b/124538950-1254492273.html 可处理视频的示例:视频去雾效果 在图像去雾这个领域,几乎没有人不知道<Single Image Haze Removal Using Dark Channel Prior>这篇文章,该文是2009年CVPR最佳论文.作者何凯明博士,2007年清华大学毕业,2011年香港中文大学博士毕业,可谓是功力深厚,感叹于国内一些所谓博士的水平,何这样的博士才可以真正叫做Doctor

在图像去雾这个领域,几乎没有人不知道<Single Image Haze Removal Using Dark Channel Prior>这篇文章,该文是2009年CVPR最佳论文.作者何凯明博士,2007年清华大学毕业,2011年香港中文大学博士毕业,可谓是功力深厚,感叹于国内一些所谓博士的水平,何这样的博士才可以真正叫做Doctor. 关于何博士的一些资料和论文,大家可以访问这里:http://research.microsoft.com/en-us/um/people/kahe/ 最开

转自:http://zhaoyuqiang.blog.51cto.com/6328846/1166840/ 为什么要使用VRRP技术 我们知道,为了实现不同子网之间的设备通信,需要配置路由.目前常用的指定路由方法有两种: 第一种是通过路由协议:RIP.OSPF动态学习 第二种是通过静态路由:对终端PC机配置静态路由. 这两种路由各有各的优缺点: 第一种路由可以自动寻找最优路径,邻居路由也可以通过学习来获得路由表,但是动态路由占用线路带宽和CPU处理时间. 第二种路由是不需要CPU处理时间同样也不

原文:http://blog.51cto.com/zhaoyuqiang/1166840 为什么要使用VRRP技术 我们知道,为了实现不同子网之间的设备通信,需要配置路由.目前常用的指定路由方法有两种: 第一种是通过路由协议 :RIP.OSPF动态学习 第二种是通过静态路由: 对终端PC机配置静态路由. 这两种路由各有各的优缺点: 第一种路由可以自动寻找最优路径,邻居路由也可以通过学习来获得路由表,但是动态路由占用线路带宽和CPU处理时间. 第二种路由是不需要CPU处理时间同样也不占用线路带宽,

1.下载安装 https://bitbucket.org/mroachawri/purge_haplotigs/wiki/Install 1.Dependencies (in no particular order) bedtools $ sudo apt install bedtools $ bedtools --version bedtools v2.26.0 samtools $ sudo apt install samtools $ samtools --version samtools

“读了你的几篇关于JS(变量对象.作用域.上下文.执行代码)的文章,我个人觉得有点抽象,难以深刻理解.我想请教下通过什么途径能够深入点的了解javascript解析引擎在执行代码前后是怎么工作的,ecma英文版实在看不下去呵呵.” 其实这个问题个人觉得太笼统了,直接回答很难回答,所以,我打算先把他的问题拆解成如下几个子问题,并对其表达个人的观点,希望对有同样困惑的童鞋能够有所帮助. 1. 什么是JavaScript解析引擎? 简单地说,JavaScript解析引擎就是能够“读懂”JavaScri

原文地址:http://www.nowamagic.net/librarys/veda/detail/1579 昨天收到一封来自深圳的一位前端童鞋的邮件,邮件内容如下(很抱歉,未经过他的允许,公开邮件内容,不过我相信其他人肯定也有同样的问题,所以,直接把问题原文抛出来): “读了你的几篇关于JS(变量对象.作用域.上下文.执行代码)的文章,我个人觉得有点抽象,难以深刻理解.我想请教下通过什么途径能够深入点的了解javascript解析引擎在执行代码前后是怎么工作的,ecma英文版实在看不下去呵呵

http://www.nowamagic.net/librarys/veda/detail/1579 昨天收到一封来自深圳的一位前端童鞋的邮件,邮件内容如下(很抱歉,未经过他的允许,公开邮件内容,不过我相信其他人肯定也有同样的问题,所以,直接把问题原文抛出来): “读了你的几篇关于JS(变量对象.作用域.上下文.执行代码)的文章,我个人觉得有点抽象,难以深刻理解.我想请教下通过什么途径能够深入点的了解javascript解析引擎在执行代码前后是怎么工作的,ecma英文版实在看不下去呵呵.” 其实

转载:http://blog.sina.com.cn/s/blog_670445240101nidy.html 网址:http://cd-hit.org :http://www.bioinformatics.org/cd-hit/ : 下载:http://www.bioinformatics.org/cd-hit/ CD-HIT  去冗余,也可以叫做相似序列的聚类. 简介:CD-HIT stands for Cluster Database at High Identity with Toler

本节课程,需要先完成 扩增子分析解读1质控 实验设计 双端序列合并 2提取barcode 质控及样品拆分 切除扩增引物 3格式转换 去冗余 聚类   先看一下扩增子分析的整体流程,从下向上逐层分析 分析前准备 # 进入工作目录 cd example_PE250 上一节回顾:我们制作了Usearch要求格式的Fasta文件,对所有序列进行去冗余和低丰度过滤,并聚类生成了OTU.   接下来我们对OTU进一步去除嵌合体,并生成代表性序列和OTU表.   什么是chimeras(嵌合体)? 嵌合体序列

在Redis 缓存击穿(失效).缓存穿透.缓存雪崩怎么解决?中我们说到可以使用布隆过滤器避免「缓存穿透」. 码哥,布隆过滤器还能在哪些场景使用呀? 比如我们使用「码哥跳动」开发的「明日头条」APP 看新闻,如何做到每次推荐给该用户的内容不会重复,过滤已经看过的内容呢? 你会说我们只要记录了每个用户看过的历史记录,每次推荐的时候去查询数据库过滤存在的数据实现去重. 实际上,如果历史记录存储在关系数据库里,去重就需要频繁地对数据库进行 exists 查询,当系统并发量很高时,数据库是很难扛住压力的.

众所周知,现实世界是一个三维空间,除去时间这一维度,现实世界是由长度.宽度和高度三个维度组成,我们每天就生活在这个三维世界中,而现有的显示设备大多数都只能显示二维信息,并不能带给人真实的三维感觉.为了使显示的物体和场景具有深度感(也就是3D),人们纷纷对3D显示技术展开研究,经历了二十几年的发展,目前已取得了十分丰硕的成果. 裸眼3D显示器被广泛应用于广告.传媒.示范教学.展览展示以及影视等各个不同领域.区别于传统的双目3D显示技术,裸眼3D显示由于拥有其裸眼的独特特性,即不需要观众佩戴眼镜或头

shiro(java安全框架) 以下都是综合之前的人加上自己的一些小总结 Apache Shiro是一个强大且易用的Java安全框架,执行身份验证.授权.密码学和会话管理.使用Shiro的易于理解的API,您可以快速.轻松地获得任何应用程序,从最小的移动应用程序到最大的网络和企业应用程序. Shiro 主要分为来个部分就是认证和授权,在个人感觉来看就是查询数据库做相应的判断而已,Shiro只是一个框架而已,其中的内容需要自己的去构建,前后是自己的,中间是Shiro帮我们去搭建和配置好的 个人认为

最近下班时间都用来健身还有看书了,博客被晾了一段时间了,原谅我~~~~ 提问环节 好,废话不多说,之前我们已经分析过 View 动画 Animation 运行原理解析,那么这次就来学习下属性动画的运行原理. Q1:我们知道,Animation 动画内部其实是通过 ViewRootImpl 来监听下一个屏幕刷新信号,并且当接收到信号时,从 DecorView 开始遍历 View 树的绘制过程中顺带将 View 绑定的动画执行.那么,属性动画(Animator)原理也是这样么?如果不是,那么它又是怎

要想使得一个搜索系统更加的完美,查询精确度和页面显示算是其中比较重要的两个方面.今天,我们就来谈谈怎么使得我们的搜索系统更加的完美. 关于分词 下载地址 配置 关于高亮 关于排序 原理 冗余字段 使用方式 测试排序 关于过滤 原理 冗余字段 如何使用 测试过滤 关于查询 总结 关于分词 分词的好坏直接关系到我们的查询系统的精准度.所以一个更加适合的分词方式很重要.对于中文而言,更是如此. Compass配置分词器简直是不能再简单了.我这里使用一个中科院研制的一个高效中文分词器.JE-Analys