参考基因组的注释文件只能用gtf文件吗

2024-11-07

关于基因组注释文件GTF的解释

GTF文件的全称是gene transfer format,主要是对染色体上的基因进行标注.怎么理解呢,其实所谓的基因名,基因座等,都只是后来人们给一段DNA序列起的名字而已,还原到细胞中就是细胞核里面的一条长长的染色体(DNA序列).而这个GTF文件的主要功能,就是指出我们所谓的基因在染色体上的位置(coordinate),并且还标注了这一段区间的其他信息. GTF文件我一般喜欢去ensembl下载,gencode也可以. 这里给出链接: ftp://ftp.ensembl.org/pub/r

php上传zip文件在线解压文件在指定目录下，CI框架版本

我从网上找的文件php在线解压zip压缩文件文件为jy.php可以直接执行,但是怎样将其加到CI框架中呢?? jy.php文件 <?php header("content-Type: text/html; charset=utf-8"); //验证密码 $password = "123456"; ?> <html> <head> <meta http-equiv="Content-Type" conte

Bedtools如何比较两个参考基因组注释版本的基因？

目录问题思路问题原问题来自:How to calculate overlapping genes between two genome annotation versions? 其实可分为两个问题: 一是我组装了一个新的基因组,做了多个注释版本,如何比较它们的feature?比如gene 二是我组装了一个新的参考基因组,并做了注释,想和其他已有的同物种参考基因组比较,如何寻找共有和特有的基因(或其他feature)? 思路第一个问题是比较好解决的,使用bedtools即可. bedto

GRCh38基因组和注释文件探究

(转) gffcompare和gffread | gtf | gff3 格式文件的分析 | gtf处理 | gtfparse

工具推荐:https://github.com/openvax/gtfparse 真不敢相信,Linux自带的命令会这么强大,从gtf中提取出需要的transcript,看起来复杂,其实一个grep就搞定了. grep -F -f out.list gffcmp.combined.gtf > test.out 本文出自于http://www.bioinfo-scrounger.com转载请注明出处 gffcompare官网 gffcompare和gffread可以认为是专门开发出来用于处理gff

“在注释中遇到意外的文件结束”--记一个令人崩溃的bug

下午写程序,写的好好的,突然报错"在注释中遇到意外的文件结束". 下面是官方给出的错误原因是缺少注释终结器 (* /). // C1071.cpp int main() { } /* this comment is fine */ /* forgot the closing tag // C1071 实际查找并未找到缺少*/的错误. 之后发现,即使将新添加的代码删除,依然报错. 经过搜索,找到了原因: utf8 格式出错,有一个注释是/* 中文*/,这里由于编码问题,中文和英文联合起来

WebStorm新建JS文件、CSS文件时自动生成文件注释

WebStorm 是jetbrains公司旗下一款优秀的前端开发工具.随着现在大型项目模块越来越多,参与人员也越来越多,实际项目中经常需要明确文件用途和文件的归属,所以创建文件时添加文件注释是一种必要手段,这样即可以帮助自己和别人快速明白文件用途,又可以快速定位问题,还可以减少代码的交叉修改,避免不必要的冲突. settings --> Editor --> File and Code Temlates 选择(CSS File 或 JavaScript File) 在Files内选择需要添加注

QTP学习一添加默认的注释及调用外部vbs文件

一.添加默认注释 1.新建一个TXT文档,将要添加的注释写在文档中 2.再将文档名改为:ActionTemplate.mst 3.将文件放到QTP安装目录(默认为:C:\Program Files\HP\QuickTest Professional)的dat文件夹中在文件中写入注释的内容如下: '********************************************** '作者: '创建时间: '更新人: '更新时间: '函数名称: '函数说明: '参数说明: '[1] '[

Visual C++ 编译器自动假定带 .C 扩展名的文件是 C 文件而不是 C++ 文件，并且拒绝 C++ 语法和关键字（c语言只能在大括号最前面申明变量）

今天在编译OpenGL红宝书附带源码中的light.c文件时遇到一个诡异的问题: 如图light .c,在不做任何修改的情况编译OK.然而只要在某些地方写了可执行代码,则会无法通过编译器编译! (这几行代码如果写在main函数里的第一句则OK) 我用的VS08.我把该文件发给其他朋友(用的VS10),同样也是这样的问题. 然而,我把文件名改成light.cpp后,问题解决了. 现在的问题是,代码文件按的后缀背后,会如何影响编辑器的编译呢? 可以做一个简单的测试: int main() { #if

eclipse search只能打开一个文件

通过search找到的文件只能打开一个.以前search打开的那个文件就自动关闭了,找不到了.解决办法: window-preferences-general-search找到第一行的一个选项 reuse editors to show matches他的意思是说在同一个编辑里面显示匹配的文件,如果后面有符合条件的了自然就把前一个给覆盖了,前面的对勾去掉就是在不同的编辑里面显示转自https://www.cnblogs.com/ssbydk/p/9442861.html

计算机程序的思维逻辑 (64) - 常见文件类型处理: 属性文件/CSV/EXCEL/HTML/压缩文件

对于处理文件,我们介绍了流的方式,57节介绍了字节流,58节介绍了字符流,同时,也介绍了比较底层的操作文件的方式,60节介绍了随机读写文件,61节介绍了内存映射文件,我们也介绍了对象的序列化/反序列化机制,62节介绍了Java标准的序列化,63节介绍了如何用Jackson处理其他序列化格式如XML/JSON和MessagePack. 在日常编程中,我们还经常会需要处理一些具体类型的文件,如CSV, Excel, HTML,直接使用前面几节介绍的方式来处理一般是很不方便的,往往有一些第三方的类库,

Java编程的逻辑 (64) - 常见文件类型处理: 属性文件/CSV/EXCEL/HTML/压缩文件

本系列文章经补充和完善,已修订整理成书<Java编程的逻辑>,由机械工业出版社华章分社出版,于2018年1月上市热销,读者好评如潮!各大网店和书店有售,欢迎购买,京东自营链接:http://item.jd.com/12299018.html 对于处理文件,我们介绍了流的方式,57节介绍了字节流,58节介绍了字符流,同时,也介绍了比较底层的操作文件的方式,60节介绍了随机读写文件,61节介绍了内存映射文件,我们也介绍了对象的序列化/反序列化机制,62节介绍了Java标准的序列化,63节介绍了如

JXL包大解析；Java程序生成excel文件和解析excel文件内容

最近需求变化,需要把excel导入我以前没有做过,所以我查了一些资料和参考别人的代码以下是多种方式: import java.io.File; import java.io.FileInputStream; import java.io.FileOutputStream; import java.io.IOException; import java.util.ArrayList; import java.util.List; import jxl.Workbook; import jxl

[大牛翻译系列]Hadoop（17）MapReduce 文件处理：小文件

5.1 小文件大数据这个概念似乎意味着处理GB级乃至更大的文件.实际上大数据可以是大量的小文件.比如说,日志文件通常增长到MB级时就会存档.这一节中将介绍在HDFS中有效地处理小文件的技术. 技术24 使用Avro存储多个小文件假定有一个项目akin在google上搜索图片,并将数以百万计的图片存储分别在HDFS中.很不幸的是,这样做恰好碰上了HDFS和MapReduce的弱项,如下: Hadoop的NameNode将所有的HDFS元数据保存在内存中以加快速度.Yahoo估计平均每个文件需要6

tcl/tk实例详解——返回一个文件夹下所有文件的绝对路径

http://blog.csdn.net/dulixin/article/details/2133840 #所有代码如下,使用注释的方式讲解脚本#修改好文件夹和保存结果路径,可以把本文件直接拷贝进tcl解释器运行 #脚本目的:返回一个文件夹下所有的文件的绝对路径#主要讲述和操作的命令cd.pwd.glob#次要命令:file.open.catch #脚本思想:使用递归返回所有的文件路径,可以遍历到所有的子文件夹 #脚本以在window目录下为例,需要在其它系统下请修改路径名#需要返回文件路径的文

【RMAN】Oracle中如何备份控制文件？备份控制文件的方式有哪几种？

真题1. 如何备份控制文件?备份控制文件的方式有哪几种? 答案:备份控制文件的方式有多种. ① 备份控制文件可以在线进行: SQL> ALTER DATABASE BACKUP CONTROLFILE TO '/tmp/control.ctl';--热备份控制文件 SQL> ALTER DATABASE BACKUP CONTROLFILE TO TRACE AS '/home/bk/a.ctl';--得到建立控制文件的脚本,备份为文本文件格式 SQL> ALTER DATABASE

07_Linux目录文件操作命令4解压缩,文件查找_我的Linux之路

这一节还是一样学习操作目录文件的命令在这一节,我会讲到解压压缩tar以及zip命令,以及文本查找命令grep tar 打包压缩命令 tar命令可以为linux的文件和目录创建档案首先要弄清两个概念:打包和压缩.打包是指将一大堆文件或目录变成一个总的文件:压缩则是将一个大的文件通过一些压缩算法变成一个小文件. 为什么要区分这两个概念呢?这源于Linux中很多压缩程序只能针对一个文件进行压缩,这样当你想要压缩一大堆文件时,你得先将这一大堆文件先打成一个包(tar命令),然后再用压缩程序进行压缩(

JAVA之旅（二十八）——File概述，创建，删除，判断文件存在，创建文件夹，判断是否为文件/文件夹，获取信息，文件列表,文件过滤

JAVA之旅(二十八)--File概述,创建,删除,判断文件存在,创建文件夹,判断是否为文件/文件夹,获取信息,文件列表,文件过滤我们可以继续了,今天说下File 一.File概述文件的操作是非常重要的,我们先来看下他的基本概念用于将文件或者文件夹封装成对象方便对文件和文件夹的操作 File对象可以作为参数传递给流的构造函数我们写个小例子先 package com.lgl.hellojava; import java.io.File; public class HelloJJAVA {

Struts2文件上传--多文件上传(插件uploadify)

公司需要把以前的Struts2自带的图片上传替换掉,因为不能一个file选择多个文件,本人直接百度搜索图片插件, 貌似就它(uploadify3.2.1)在最前面,也找过很多案例, 其中有不少问题,好了直接代码 1.导入插件(我这里用的是uploadify3.2.1) 把uploadify3.2.1放在webroot下面,如图:(在页面引入插件的js和css我就不贴图了) 2.初始化插件 html: <div class="picOP"> <form action=

利用layui前端框架实现对不同文件夹的多文件上传

利用layui前端框架实现对不同文件夹的多文件上传问题场景: 普通的input标签实现多文件上传时,只能对同一个文件夹下的多个文件进行上传,如果要同时上传两个或多个文件夹下的文件,是无法实现的.这篇文章就是利用layui中的插件,解决这个问题. 普通多文件上传标签: 前端运用layui 操作步骤: 1.进入layui首页,下载整个组件 2.下载完成后,把名字为layui的文件夹放到你的项目中进行引用 3.引用layui.js和layui.css实现功能 4.可点击可进入layui文件上传实例

Linux下的文件操作——基于文件描述符的文件操作(2)

文件描述符的复制 MMAP文件映射 ftruncate修改文件大小文件描述符的复制系统调用函数dup和dup2可以实现文件描述符的复制,经常用来重定向进程的stdin(0), stdout(1), stderr(2). dup返回新的文件描述符(没有使用的文件描述符的最小编号).这个新的描述符是旧文件描述符的拷贝.这意味着两个描述符共享同一个数据结构. dup2允许调用者用一个有效描述符(oldfd)和目标描述符(newfd),函数成功返回时,目标描述符将变成旧描述符的复制品,

参考基因组的注释文件只能用gtf文件吗

热门专题