https://www.jianshu.com/p/6284f57664b9 目前对于variant进行注释的软件主要有4个: Annovar, SnpEff, VEP(variant Effect Predictor), Oncotator, 选择合适的软件注释variants对于下游分析是很关键的, 今天我们来比较下这4种软件在variants 注释上的差异,进而帮助我们选择更合适的注释软件. 首先简要介绍下这4个软件的一些特点: Oncotator: 主要用于癌症特异性突变位点的注释,下面

annovar提供三种注释方式 一,基于基因的注释 给定变异,看变异是否影响编码蛋白的改变 支持基因定义系统:RefSeq genes, UCSC genes, ENSEMBL genes, GENCODE genes, AceView genes, or many other gene definition systems. 二.基于区域的注释 看变异是否在基因组的特定区域 三.基于过滤的注释 看变异是否在特定数据库中,如dbSNP annotate_variation.pl 主程序 tabl

appledoc是帮助Objective-C开发者从特殊格式的源代码注释中生成类似apple资源代码帮助文档的命令行工具. 安装和使用都非常简单: 安装 git clone git://github.com/tomaz/appledoc.git  cd appledoc  sudo sh install-appledoc.sh 使用 在终端中使用cd命令进入项目的文件夹,然后执行下列命令: appledoc --output ./doc --project-name SD4iPhone --pr

监控 测试: 3.优化

phpDocumentor, 分为文档性注释, 和 非文档性注释; 命令为: phpdoc -h, -f, -d.... 提取/ 生成 程序的注释文档, 实际上有很多种工具, 如: doc++, doxygen = dox-y-gen= doxy-generate, ..., 而php的注释文档生成工具是: PhpDocumentor... 安装好pear, phpdoc后,会在/usr/share/中生成pear和pear-data两个目录. 其中pear下是它的核心代码文件,包括inc文件和

下面是收集的一些开发工具包,主要是C/C++方面的,涉及图形.图像.游戏.人工智能等各个方面,感觉是一个比较全的资源.供参考!  原文的出处:http://www.codemonsters.de/home/content.php?show=freelibraries  //z 2015-07-30 15:24:34 L.154'30926 BG57IV3@XCL T3752479411.K.F1370514324[T81,L7803,R301,V7813] Contents 2D Graphic

1.前言 Java中有三种注释方式.前两种分别是 // 和 /* */,主要用于代码的注释,以此来方便代码的可读性.第三种被称作说明注释或文档注释,它以 /** 开始,以 */结束,文档注释允许你在程序中嵌入关于程序的信息,有了这个注释就可以使用 javadoc 工具软件来生成信息,并输出到HTML文件中. 2.文档注释的格式 /*** .........* .........*/ 在开始的 /** 之后,第一行或几行是关于类.变量和方法的主要描述. 之后,你可以包含一个或多个各种各样的 @ 标

摘要: 继续这个系列的学习,这一节重点介绍目前流行的性能测试工具以及如何选择适合项目的工具.在此之前,我已经对性能测试工具的原理与架构做了分析. http://www.cnblogs.com/fnng/archive/2012/07/31/2617546.html      性能测试工具的选择与评估  ... 继续这个系列的学习,这一节重点介绍目前流行的性能测试工具以及如何选择适合项目的工具.在此之前,我已经对性能测试工具的原理与架构做了分析. http://www.cnblogs.com/fn

Linux 平台上的性能工具有很多,眼花缭乱,长期的摸索和经验发现最好用的还是那些久经考验的.简单的小工具.系统性能专家 Brendan D. Gregg 在最近的 LinuxCon NA 2014 大会上更新了他那个有名的关于 Linux 性能方面的 talk (Linux Performance Tools) 和幻灯片. 和 Brendan 去年的 talk比较,今年增加了测试和优化两部分.下面的三张图片分别总结了 Linux 各个子系统以及监控.测试.优化这些子系统所用到的工具. 监控 测

坦白的讲:世界上没有哪种工具能够像DevOps这么神奇(或敏捷,或精益).DevOps在开发和运营团队之间建立了完美的合作与沟通,因此与其说这是一种神奇的工具,不如说是一种文化的转变. 然而,团队之间也拥有支持自动化和协作的工具及技术.经常有人问我们在Atlassian时关于支持DevOps工作方式所用到的工具(除了我们自己).所以,我准备拟定一份购买指南,标明购买DevOps工具时所需要的东西并且告知您我们团队所用到的工具. 尽管许多工具都能以这种或那种的方式在开发周期的各个阶段发挥作用,但没

AndroidLogChecker 由于发布软件版本的时候我们需要把Log注释掉,此工具可以检查java类中的Log所在行以及是否已经注释. Github: https://github.com/cumtkangyi/AndroidLogChecker package com.leo.kang.tools; import java.io.BufferedReader; import java.io.File; import java.io.FileNotFoundException; impor

整合基因组浏览器(IGV)是一种高性能的可视化工具,用来交互式地探索大型综合基因组数据.它支持各种数据类型,包括array-based的和下一代测序的数据和基因注释. IGV这个工具很牛,发了NB: James T. Robinson, Helga Thorvaldsdóttir, Wendy Winckler, Mitchell Guttman, Eric S. Lander, Gad Getz, Jill P. Mesirov. Integrative Genomics Viewer. Na

Linux 平台上的性能工具有很多,眼花缭乱,长期的摸索和经验发现最好用的还是那些久经考验的.简单的小工具.系统性能专家 Brendan D. Gregg 在最近的 LinuxCon NA 2014 大会上更新了他那个有名的关于 Linux 性能方面的 talk (Linux Performance Tools) 和幻灯片. 和 Brendan 去年的 talk 比较,今年增加了测试和优化两部分.下面的三张图片分别总结了 Linux 各个子系统以及监控.测试.优化这些子系统所用到的工具. 监控

1. HttpUtils 作用: 支持同步,异步方式的请求: 支持大文件上传,上传大文件不会oom: 支持GET,POST,PUT,MOVE,COPY,DELETE,HEAD请求: 下载支持301/302重定向,支持设置是否根据Content-Disposition重命名下载的文件: 返回文本内容的GET请求支持缓存,可设置默认过期时间和针对当前请求的过期时间. 2. HttpUtils全面注释: /* /** * 网络请求工具类 * @author 阿福 * */ public class H

转: http://www.vpsee.com/2014/09/linux-performance-tools/ Linux 平台上的性能工具有很多,眼花缭乱,长期的摸索和经验发现最好用的还是那些久经考验的.简单的小工具.系统性能专家 Brendan D. Gregg 在最近的 LinuxCon NA 2014 大会上更新了他那个有名的关于 Linux 性能方面的 talk (Linux Performance Tools) 和幻灯片. 和 Brendan 去年的 talk比较,今年增加了测试和

http://www.ruanyifeng.com/blog/2011/08/opensource_java_web_development_tools.html 作者: 阮一峰 日期: 2011年8月11日 美国程序员Jon Scott Stevens,公布了他的创业公司所使用的开发工具清单. 他的语言平台是Java,开发项目是一个网站(还未上线).所用到的工具都是开源的,可以免费得到. 在目前的创业者之中,用Java作为网站开发语言的人似乎很少.这当然不是没有原因的,Java看上去确实不像是

一.java注释 1.单行注释  //注释内容 2.多行注释 /*注释内容*/ 3.文档注释(可用javadoc工具生成api文档,不过我还没试过)/**文档注释*/,文档注释可以在使用的时候看见注释. 文档注释常用的标记 @auther作者 @version版本 @deprecated 不推荐使用 @param 本放的参数 @return 返回值 @throws异常,同@exception 二.java的命名 1.项目名 字母全部小写 2.包名 全部小写 3.类名 首字母大写加驼峰 4.方法名

Linux 平台上的性能工具有很多,眼花缭乱,长期的摸索和经验发现最好用的还是那些久经考验的.简单的小工具.系统性能专家 Brendan D. Gregg 在最近的 LinuxCon NA 2014 大会上更新了他那个有名的关于 Linux 性能方面的 talk (Linux Performance Tools) 和幻灯片. 和 Brendan 去年的 talk比较,今年增加了测试和优化两部分.下面的三张图片分别总结了 Linux 各个子系统以及监控.测试.优化这些子系统所用到的工具. 监控 测

给c++程序员的一份礼物——常用工具集 [声明]如需复制.传播,请附上本声明,谢谢.原文出处:http://morningspace.51.net/,moyingzz@etang.com 所谓"工欲善其事,必先利其器",从程序员的角度来讲,好工具的使用总会给人带来事半功倍的效果.面对众多工具/软件,我们应该如何取舍呢.前不久,笔者在csdn的c++论坛发了一篇贴文,以期能征求大家的广泛意见,得到了不错的反响.本文在对该贴进行整理的基础上,又做了一些补充.在这里要特别感谢网友:Danie

文档注释是用于生成API文档,API主要用于说明类.方法.成员变量 javadoc工具 处理文档源文件在类.接口.方法.成员变量.构造器和内部类之前的注释,忽略其他地方的文档注释.而且javadoc工具默认只处理以public或protected修饰的类.接口.方法.成员变量.构造器和内部类之前的文档注释. 如果开发者希望javadoc工具可以提取private修饰的内容,则可以使用javadoc工具是增加-private选项 javadoc命令的基本用法如下: javadoc 选项 Java源