Base16 Base16编码使用16个ASCII可打印字符(数字0-9和字母A-F)对任意字节数据进行编码.Base16先获取输入字符串每个字节的二进制值(不足8比特在高位补0),然后将其串联进来,再按照4比特一组进行切分,将每组二进制数分别转换成十进制,在下述表格中找到对应的编码串接起来就是Base16编码.可以看到8比特数据按照4比特切分刚好是两组,所以Base16不可能用到填充符号“=”.Base16编码后的数据量是原数据的两倍:1000比特数据需要250个字符(即 250*8=2000

annovar提供三种注释方式 一,基于基因的注释 给定变异,看变异是否影响编码蛋白的改变 支持基因定义系统:RefSeq genes, UCSC genes, ENSEMBL genes, GENCODE genes, AceView genes, or many other gene definition systems. 二.基于区域的注释 看变异是否在基因组的特定区域 三.基于过滤的注释 看变异是否在特定数据库中,如dbSNP annotate_variation.pl 主程序 tabl

文献:Sahraeian S M E, Mohiyuddin M, Sebra R, et al. Gaining comprehensive biological insight into the transcriptome by performing a broad-spectrum RNA-seq analysis[J]. Nature Communications, 2017, 8(1):59. 这是一篇在NC上发表的使用RNAseq工具对比的一篇文献,解读这篇文献对我们使用RNAseq

版权声明:本文源自 解螺旋的矿工, 由 XP 整理发表,共 13781 字. 转载请注明:从零开始完整学习全基因组测序(WGS)数据分析:第4节 构建WGS主流程 | Public Library of Bioinformatics 转载地址:https://www.plob.org/article/11698.html WGS数据分析的目的是准确检测出每个样本(这里特指人)基因组中的变异集合,也就是人与人之间存在差异的那些DNA序列.我把整个分析过程按照它们实际要完成的功能,将其分成了三个大的

目录 1.安装 2.测试 3.动植物群体检测CNV 知名的拷贝数变异分析工具几乎都是为人类变异检测开发,对于动植物重测序分析有些尴尬.不过好在植物群体研究不必那么精细,用同样的工具也可做分析. 地址:https://github.com/abyzovlab/CNVnator 1.安装 建议直接用conda. conda create -n cnv cnvnator conda activate cnv 查看帮助: $ cnvnator Not enough parameters. CNVnato

纳米孔测序技术(又称第四代测序技术)是最近几年兴起的新一代测序技术.目前测序长度可以达到150kb.这项技术开始于90年代,经历了三个主要的技术革新:一.单分子DNA从纳米孔通过:二.纳米孔上的酶对于测序分子在单核苷酸精度的控制:三.单核苷酸的测序精度控制.目前市场上广泛接受的纳米孔测序平台是Oxford Nanopore Technologies(ONT)公司的MinION纳米孔测序仪.它的特点是单分子测序,测序读长长(超过150kb),测序速度快,测序数据实时监控,机器方便携带等.这篇综述重

[转载]如何通过RNA-Seq了解转录本的结构 已有 1942 次阅读 2014-12-26 15:22 |个人分类:转录组测序|系统分类:科研笔记|关键词:RNA-Seq,转录组测序,转录本结构| RNA-seq, 转录组测序, 转录本结构 |文章来源:转载 测序转录组的方法可不止一种.一些研究人员的目标是计数转录本,评估表达水平,则测序可代替DNA芯片.而另一些研究人员感兴趣的是转录本的结构.大家都知道,真核生物的基因常常经过选择性剪接.是否包含特定的外显子,这有着深远的生物学影响. 前一个

WGS和WES测序和分析会产生大量的variant数据. 显然直接分析全部的variant是非常不靠谱的. 做疾病的话,有一些常用的过滤套路. variant作用于基因表达主要分两大类: 1. coding,可以直接影响RNA的形成,以及后面蛋白的折叠组装: 2. non-coding,现在最流行的就是enhancer这个媒介,已经有比较好的结果了. 过滤的必要性 首先GWAS已经做了,要理解GWAS产生了哪些结果,GWAS的局限性在哪? Our previous meta-analysis o

1. 3D分析 1.1. 3D Features toolset 工具 工具 描述 3D Features toolset (3D 要素工具集) Add Z Information 添加 Z 信息 添加关于具有 Z 值的要素类中的要素的高程属性的信息. Buffer 3D 3D 缓冲 围绕点或线创建三维缓冲区以生成球形或圆柱形的多面体要素. Difference 3D 3D 差异 消除目标要素类中部分与减法要素类中闭合的多面体要素体积重叠的多面体要素. Enclose Multipatch 封闭

今天上班有个朋友询问我,相关Percona Data Recovery Tool for InnoDB恢复数据中的一些问题,比如说delete,没法恢复数据,原先做过类似的异常处理就,再次模拟了下相关的恢复操作流程,仅供学习使用:相关的配置工具策略网上很多,这里我就一笔带过了,不再进行详述,下面就开始梳理相关的细节问题: [root@Mysql64 local]# mysql -uroot -proot Welcome to the MySQL monitor.  Commands end wi

一. 运行meerkat 前面已经依序安装了meerkat 的环境和meerkat,运行了预处理一步,在相对应的bam文件目录下生成了大批文件,因此,当要用meerkat处理某个bam文件时,应先将该bam文件移动到专有的一个文件夹,manual中也建议这样用. 预处理生成的文件包括: 黑名单文件.gz isinfo文件:包括插入大小信息 pdf文件:插入大小的分布图,unmapped reads长度的分布图,softclip reads长度分布图 pre.log文件:日志文件,包括输入的参数,

1. 数据分析基本流程 作为非专业的数据分析人员,在平时的工作中也会遇到一些任务:需要对大量进行分析,然后得出结果,解决问题. 所以了解基本的数据分析流程,数据分析手段对于提高工作效率还是非常有帮助的. 首先都是存在一个要解决的问题,主要问题和预期分析目标,简单来讲就是对问题进行定义. 然后才是开始收集数据.数据清洗.数据建模.数据展现.优化和重复,最后是报告撰写. 1. 明确分析目的和思路:在进行数据分析之前,首先考虑的应该是"为什么要展开数据分析?我要解决什么问题?从哪些角度分析数据才系统?

https://www.jianshu.com/p/6284f57664b9 目前对于variant进行注释的软件主要有4个: Annovar, SnpEff, VEP(variant Effect Predictor), Oncotator, 选择合适的软件注释variants对于下游分析是很关键的, 今天我们来比较下这4种软件在variants 注释上的差异,进而帮助我们选择更合适的注释软件. 首先简要介绍下这4个软件的一些特点: Oncotator: 主要用于癌症特异性突变位点的注释,下面

值得学习的C语言开源项目 - 1. Webbench Webbench是一个在Linux下使用的非常简单的网站压测工具.它使用fork()模拟多个客户端同时访问我们设定的URL,测试网站在压力下工作的性能,最多可以模拟3万个并发连接去测试网站的负载能力.Webbench使用C语言编写, 代码实在太简洁,源码加起来不到600行. 下载链接:http://home.tiscali.cz/~cz210552/webbench.html - 2. Tinyhttpd tinyhttpd是一个超轻量型Ht

工作中有个真理:如果你连自己所做的工作的来龙去脉都讲不清楚,那你是绝对不可能把这份工作做好的. 这适用于任何行业.如果你支支吾吾,讲不清楚,那么说难听点,你在混日子,没有静下心来工作. 检验标准:随时向别人解释你的工作,让别人提出尖锐的问题,看你是不是答不上来. 16S概念 什么是16S?S是什么意思? 16S分析是用来干嘛的?能分析什么? 16S大致的分析原理是什么? 有点生物学基础的会知道16S和核糖体有关,但大多数还是搞不清楚它们之间的关系. 先明确一些概念: 核糖体:Ribosome,由

本文简要介绍了Fuzz 工具Peach的使用,并通过文件格式 Fuzz举例阐述了 Peach Pit 文件的编写. 本文转自“绿盟科技博客”:http://blog.nsfocus.net/peach-fuzz/ 1.引言 Fuzz(模糊测试)是一种通过提供非预期的输入并监视异常结果来发现软件安全漏洞的方法.模糊测试在很大程度上是一种强制性的技术,简单并且有效,但测试存在盲目性. 典型地模糊测试过程是通过自动的或半自动的方法,反复驱动目标软件运行并为其提供构造的输入数据,同时监控软件运行的异常结

golang没有官方最佳管理方案,在go的世界里存在大量的自制解决方案. go语言的包是没有中央库统一管理的,通过使用go get命令从远程代码库(github.com,goolge code 等)拉取,直接跳过中央版本库的约束,让代码的拉取直接基于源代码版本控制库开发者间的协同直接依赖于源代码的版本控制. 这就直接去除了库版本的概念.没有明显的包版本标识,官方的建议是把外部依赖的代码全部复制到自己可控的源代码库中,进行统一管理,从而做到对依赖包的可控管理. 下面是一些推荐的版本管理工具: 版本

第[一]部分Netzob项目工具的安装配置 声明: 1)本报告由博客园bitpeach撰写,版权所有,免费转载,请注明出处,并请勿作商业用途. 2)若本文档内有侵权文字或图片等内容,请联系作者bitpeach删除相应部分. 3)本文档内容涉及Netzob工具的安装配置,请勿认为本文是讲述使用,Netzob的使用是不在本文讲述的,下一篇博文应该会写Netzob的使用手册. 4)仅仅作为参考用途,抛砖引玉,不作为证据证明用途,请自行取舍,核实引用.文中图片大多为本人原创,如有引用他人图片会注明的.

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annovar软件组件介绍之一——table_annovar.pl(译) 对于初学者,使用ANNOVAr的最简单方法是使用table_annovar.pl程序,该程序采用输入突变文件(例如,VCF文件)并生成带有多个制表符分隔的输出文件,每个列表示一组注释.另外,如果输入是VCF文件,则程序还生成新的VCF输出文件,其中INFO字段填充有注释信息. 假设我们已经下载了ANNOVAR包并使用tar zxvf annovar.latest.tar.gz解压缩包.您将看到bin/目录包含有多个.pl后

Vuzzer 是由计算机科学机构  Vrije Universiteit Amsterdam.Amsterdam Department of Informatics 以及 International Institute of Information Technology, Hyderabad 共同开发的工具. 项目来源 : https://github.com/vusec/vuzzer 参考资料 :<VUzzer: Application-aware Evolutionary Fuzzing>