通过GATK calling出来的SNP如果使用UnifiedGenotype获得的SNP文件是分sample的,但是如果使用vcftools或者ANGSD则需要Vcf文件是multi-sample的,这里就需要我们将不同samples的文件进行合并,可以通过vcftools的perl模块进行,但是这种方式对perl的要求较高,且操作比较复杂,这里我们选择使用Bcftools,操作简便. 分三步: 将vcf进行压缩,批量压缩的方法: bgzip -c -f -@ merge.vcf > merg

见命令: bcftools merge A.vcf.gz B.vcf.gz C.vcf.gz -Oz -o ABC.vcf.gz 参考链接:http://vcftools.sourceforge.net/htslib.html#merge

grunt-contrib-concat可用于合并任意文件(css\js\txt等) 安装插件:npm install grunt-contrib-concat --save-dev 参数: separator参数类型:string 默认值:grunt.util.linefeed可用一切string类型的字符分割,如“:” banner参数类型:string默认值:""(空值)在输出的文档的头部添加,一般做说明和注释用.参数如:'/*! <%= pkg.name %> &l

纯文本文件比较和合并工具一直是软件开发过程中比较重要的组成部分,vimdiff 能够在比较出来的多处差异之间快速定位,很容易的进行文件合并操作.在需要快速比较和合并少量文件的时候,vimdiff是很好的选择. vimdiff 基本用法: 首先保证系统中的diff命令是可用的.Vim的diff模式是依赖于diff命令的. 启动方法1. vimdiff file1 file2 …2. vim -d file1 file2 … 差异点跳转]c 下一个差异点[c 上一个差异点n]c 转到下面第n个差异点

1. 把引文输入google 翻译,然后点击"朗读"

不多说,直接上代码.  代码 package zhouls.bigdata.myWholeHadoop.HDFS.hdfs7; import java.io.IOException;import java.net.URI;import java.net.URISyntaxException;import org.apache.hadoop.conf.Configuration;import org.apache.hadoop.fs.FSDataInputStream;import org.apa

atitit.修复xp 操作系统--重装系统--保留原来文件不丢失 1. 修复目标...保持c盘文件,恢复system文件走ok... 1 2. 重装系统以前的操作 1 2.1. 避免格式化c盘/ghost 1 2.2. 备份document 用户目录andwindows..... 1 2.3. 最好不个系统安装到个另一个分区... 2 3. 重装系统 2 3.1. 制造u盘启动,U大师 umaster...320M,整合了pe ,maxdos 环境... 2 3.2. 下载xp安装版本..WI

1: %% merge.m 2: %%%%Main程序%%%%%% 3: %%%%%% 4: %%%%%%本程序合并完各个子文件夹中的txt到主文件目录下,并且合并的文件以子文件夹名字命名 5: %%%%%%同时,每次合并时,如果主文件夹已存在某一个子文件夹名字A的txt文件,那么此次合并,将把当前 6: %%%%%%这个子文件夹A中所有的txt文件追加到子文件夹A.txt文件的末尾处. 7: clear; 8: clc; 9: % MainFolder='D:\Master-FTP\磁流变阻尼

//合并Excel文件 private void MargeExcelFile(string destFile, string dirPath) { DirectoryInfo dir = new DirectoryInfo(dirPath); FileInfo[] files = dir.GetFiles("*.xlsx"); Microsoft.Office.Interop.Excel.Application app = app = new Microsoft.Office.Int

源:http://blog.chinaunix.net/uid-20745340-id-1878803.html 合并BIN文件的两种方法 在单片机的开发过程中,经常需要将两个单独的BIN文件合并成一个文件,方便烧写和生产.下面结合STM32的IAP Bootloader Code和Application Code的合并,介绍两种合并BIN文件的方法. 首先简单介绍一下STM32的IAP.IAP(In-application-programming),即在应用中编程.有了它,产品发布之后,仍然可

经常会遇到将手机通讯录导出到电脑并转化为在电脑中可编辑的情况,在网上搜索了很久当前不外乎两种处理方式.1.使用电脑的outlook的通讯簿功能,将手机导出的vcf文件导入到outlook的通讯录中,然后再导出为可编辑文件:2.是使用专用软件直接打开vcf文件.很不幸两种都不适合我,第一种导出到outlook后人名部分全是乱码,第二种方式下载软件后就没打开成功(有可能下载的软件与我的电脑不兼容). 在网上也找了一些python的代码自己转化,一直没有找到合适的代码,我的vcf文件中的名称部分是QP

下载安装bcftools 见如下命令: bcftools filter 1000Genomes.vcf.gz --regions 9:4700000-4800000 > 4700000-4800000.vcf 注意:输入的vcf以gz格式存在,不然会报错:Failed to open 1000Genomes.vcf: not compressed with bgzip 如何将vcf生成gz格式,见这篇文章bcftools将vcf生成bgzip和index格式 如果只想提取指定位置(specifi

首先,下载SHAPEIT. 按照里面的步骤安装完后,将vcf文件进行基因型定相,分四步走. 第一步,将vcf文件转化为plink二进制文件(.bed, .bim, .fam). 这一步需要用到GATK里的GenomeAnalysisTK工具,见如下命令: java -Xmx8g -jar GenomeAnalysisTK.jar -T VariantsToBinaryPed -R GRCh37.fa -V file.vcf --metaData sampleID.fam -mgq 0 -bed

plink1.9版本支持转化为VCFv4.2格式 plink2.0版本支持转化为VCFv4.3格式 两个版本用到的命令不一样 对于plink1.9版本,转化为vcf文件的命令行为: plink --bfile binary_fileset --recode vcf-iid --out new_vcf 生成的vcf为4.2版本 对于plink2.0版本,转化为vcf文件的命令行为: plink --bfile binary_fileset --export vcf --out new_vcf 生成

vcf文件的全称是variant call file,即突变识别文件,它是基因组工作流程中产生的一种文件,保存的是基因组上的突变信息.通过对vcf文件进行分析,可以得到个体的变异信息.嗯,总之,这是很重要的文件,所以怎么处理它也显得十分重要.它的文件信息如下: 文件的开头是一堆以“##”开始的注释行,包含了文件的基本信息.然后是以“#”开头的一行,共9+n个部分,前九部分标注的是后面行每部分代表的信息,相当于表头.后面部分是样本名称,可以有多个.注释行结束后是具体的突变信息,每一行分为9+n个部

mapreduce合并小文件成sequencefile http://blog.csdn.net/xiao_jun_0820/article/details/42747537

@echo off E:\保存文件夹 cd E:\文件所在的文件夹 dir copy *.csv all_keywords.csv echo @@@@@@@@@@@@@合并成功!@@@@@@@@@@@@@' pause ***************************** 如果要合并xls文件,只需要把csv 改成XLS即可

合并ts文件 合并ts文件 参考资料 合并ts文件 文件在手机中的存储: ├── fe2cd5a64fe78a69f90a7c0a2b08a240e1444082.ts ├── ff5b590b44e676dc0a72d127fd165adaa0a478ec.ts ├── ff7085e695211f5e0b8cd239d51ad7870889c14b.ts ├── .... ├── ffec91db3441fd42adab27d0dbe26f424fc23a1d.ts ├── index.m3

 Android vcard使用示例,生成vcf文件 我们备份手机联系人时,导出到SD卡时,会在SD卡中生成一个vcf文件,用于保存联系人姓名,手机号码. vCard 规范容许公开交换个人数据交换 (Personal Data Interchange PDI)信息,在传统纸质商业名片可找到这些信息.规范定义电子名片(或叫vCard)的格式. 而在Android上使用vcard就要借助第三方包: 将它复制进工程,然后Add jar即可,实现代码很简单,如下: if (Environment.get

参考资料 通讯录导入导出vcf格式文件方法可参考: https://qiaodahai.com/android-iphone-mobile-phones-contacts-import-and-export.htmlvCard维基百科:https://en.wikipedia.org/wiki/VCardvCard Format Specification:https://www.rfc-editor.org/rfc/pdfrfc/rfc6350.txt.pdf 手动导出实例 Android(A