OMIM数据库:大神私藏的数据库,99.9%的人都不知道! 2019-03-04 11:00乳腺癌/医生/肺癌 “ GEO.NCDB.TCGA.SEER数据库这些我都知道,但OMIM是什么鬼? OMIM(Online Mendelian Inheritance in Man)数据库,中文称在线人类孟德尔遗传数据库.OMIM包括了现在所有已知的遗传病和超过15000个基因的信息.OMIM侧重于疾病表型与其致病基因之间的关联. ” 也就是说当你知道某个病的时候,但不知道它受什么基因影响 ——选OMI

sklearn实战-乳腺癌细胞数据挖掘 https://study.163.com/course/introduction.htm?courseId=1005269003&utm_campaign=commission&utm_source=cp-400000000398149&utm_medium=share 医药统计项目联系QQ:231469242 学生t-分布可简称为t分布.其推导由威廉·戈塞于1908年首先发表,当时他还在都柏林的健力士酿酒厂工作.因为不能以他本人的名义发表

这篇文章更多的是对于混乱的中文资源的梳理,并补充了一些没有提到的重要参数,希望大家不会踩坑. 1. 简介 1.1 背景 WGCNA(weighted gene co-expression network analysis,权重基因共表达网络分析)是一种分析多个样本基因表达模式的分析方法,可将表达模式相似的基因进行聚类,并分析模块与特定性状或表型之间的关联关系,因此在基因组研究中被广泛应用. 相比于只关注差异表达的基因,WGCNA利用数千或近万个变化最大的基因或全部基因的信息识别感兴趣的基因集,并

目录 1. 前言 2. BLUP方法 ABLUP GBLUP ssGBLUP RRBLUP 3. 贝叶斯方法 BayesA BayesB BayesC/Cπ/Dπ Bayesian Lasso 4. 机器学习 支持向量机 集成学习 深度学习 5. 其他模型 RKHS GWAS-assisted GS 非加性效应 多变量模型 多组学 6. 小结 参考资料 1. 前言 在介绍GS模型之前,我们有必要先来了解一下混合线性模型(Mixed Linear Model,MLM).混合线性模型是一种方差分量模

目录 1. 简介 2. BLUP类模型 3. Bayesian类模型 4. 机器学习 5. GWAS辅助的GS 6. 杂交育种 7. 多性状 8. 长期选择 9. 预测准确性评估 10. GS到植物育种 11. 未来展望 2020年10月张志武老师联合多家单位的大佬撰写的植物GS育种的最新进展,目前还只是预印版(改到第二版).这篇综述涉及到GS在植物领域应用的最新进展,长达48页.不同于其他的综述描写空洞宽泛,这一篇特别对模型方法进行了介绍,正好解决了我的需求.缺点就是可能重点说明了他们自己开发

现在GWAS已经属于比较古老的技术了,主要是碰到严重的瓶颈了,单纯的snp与表现的关联已经不够,需要具体的生物学解释,这些snp是如何具体导致疾病的发生的. 而且,大多数病找到的都不是个别显著的snp,大多数都找到了很多的snp,而且snp都落在非编码区了,这就导致对这些snp的解读非常的困难. 目前,已经有非常傻瓜式的GWAS pipeline了,比如:A tutorial on conducting genome‐wide association studies: Quality contr

欢迎关注微信公众号"bio生物信息" GeneATLAS的数据全部来自 UK Biobank 的452,264个英国白人样本. 总共囊括的表型有778个,位点有三千万个. 优点 网站所有关联分析的summary数据都是可以下载的. 而且提供了所有表型的原始基因型数据的曼哈顿图.imputation的曼哈段图.Q-Q Plot 可以说是相当贴心了. 缺点 不能下载原始基因型数据. 样本是欧洲群体,可能某些结果在其他群体有差异. 这个网站可以下载什么 1. 下载表型数据 比如搜索肥胖表型,

本文为<在Visual Studio 2012中使用VMSDK开发领域特定语言>专题文章的第二部分,在这部分内容中,将以实际应用为例,介绍开发DSL的主要步骤,包括设计.定制.调试.发布以及使用等. 案例:一个单向状态流DSL的设计和开发 假设我们需要设计一个单向状态流DSL,这个单向状态流有着三种不同的状态节点:起始节点.中间节点和结束节点.整个DSL需要满足以下的条件(或具有以下功能): 为了简单起见,状态的转换是无条件的(也就是不存在分支.循环等,转换流是一个状态接一个状态的链表形式,这

前言 本专题主要介绍在Visual Studio 2012中使用Visualization & Modeling SDK进行领域特定语言(DSL)的开发,包括两个部分的内容.在第一部分中,将对领域特定语言进行简单介绍,并讲解如何使用Visual Studio 2012创建一个领域特定语言的开发解决方案,以及Visual Studio 2012集成开发环境对DSL开发的支持:在第二部分中,将以实际应用为例,介绍开发DSL的主要步骤,包括设计.定制.调试.发布以及使用等.本文为本专题的第一部分. 领

前言 想必大家都听过数据挖掘领域那个经典的故事 - "啤酒与尿布" 的故事. 那么,具体是怎么从海量销售信息中挖掘出啤酒和尿布之间的关系呢? 这就是关联分析所要完成的任务了. 本文将讲解关联分析领域中最为经典的Apriori算法,并给出具体的代码实现. 关联分析领域的一些概念 1. 频繁项集: 数据集中经常出现在一起的物品的集合.例如 "啤酒和尿布" 2. 关联规则: 指两个物品集之间可能存在很强的关系.例如 "{啤酒} -> {尿布}"

在Visual Studio 2012中使用VMSDK开发领域特定语言(一)   前言 本专题主要介绍在Visual Studio 2012中使用Visualization & Modeling SDK进行领域特定语言(DSL)的开发,包括两个部分的内容.在第一部分中,将对领域特定语言进行简单介绍,并讲解如何使用Visual Studio 2012创建一个领域特定语言的开发解决方案,以及Visual Studio 2012集成开发环境对DSL开发的支持:在第二部分中,将以实际应用为例,介绍开发D

pkuseg简单易用,支持细分领域分词,有效提升了分词准确度. 目录 主要亮点 编译和安装 各类分词工具包的性能对比 使用方式 相关论文 作者 常见问题及解答 主要亮点 pkuseg具有如下几个特点: 多领域分词.不同于以往的通用中文分词工具,此工具包同时致力于为不同领域的数据提供个性化的预训练模型.根据待分词文本的领域特点,用户可以自由地选择不同的模型. 我们目前支持了新闻领域,网络领域,医药领域,旅游领域,以及混合领域的分词预训练模型.在使用中,如果用户明确待分词的领域,可加载对应的模型进行

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目录 系列文章 领域服务 应用服务 学习帮助 系列文章 基于ABP落地领域驱动设计-00.目录和前言 基于ABP落地领域驱动设计-01.全景图 基于ABP落地领域驱动设计-02.聚合和聚合根的最佳实践和原则 基于ABP落地领域驱动设计-03.仓储和规约最佳实践和原则 基于ABP落地领域驱动设计-04.领域服务和应用服务的最佳实践和原则 基于ABP落地领域驱动设计-05.实体创建和更新最佳实践 基于ABP落地领域驱动设计-06.正确区分领域逻辑和应用逻辑 围绕DDD和ABP Framework两个

4.(2021.6.24)Briefings-生物信息学中的图表示学习:趋势.方法和应用 论文标题: Graph representation learning in bioinformatics: trends, methods and applications 论文期刊: Briefings in Bioinformatics 2021 论文地址: https://www.researchgate.net/profile/Haicheng-Yi/publication/354327323_G

NGS又称为下一代测序技术,高通量测序技术 以高输出量和高解析度为主要特色,能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列读取,在提供丰富的遗传学信息的同时,还可大大降低测序费用.缩短测序时间的测序技术. Sanger法测序(一代测序):是一种利用DNA聚合酶来延伸结合在待定序列模板上的引物的测序技术.每一次序列测定由一套四个单独的反应构成,每个反应含有所有四种脱氧核苷酸三磷酸(dNTP),并混入限量的一种不同的双脱氧核苷三磷酸(ddNTP).由于ddNTP缺乏延伸所需要的3-OH基团,使延长的

进化论VS中性突变理论 查尔斯·罗伯特·达尔文(英语:CharlesRobert Darwin,1809年2月12日-1882年4月19日),英国生物学家,其“进化论”被列为19世纪自然科学的三大发现之一(其他两个是细胞学说.能量守恒转化定律),对人类有杰出的贡献.达尔文早期因为地质学研究而著名,而后又提出科学证据,证明所有生物物种是由少数共同祖先,经过长时间的自然选择过程后演化而成.到了1930年代,达尔文的理论成为对演化机制的主要诠释,并成为现代演化思想的基础,在科学上可对生物多样性进行一致

NCBI(National Center for Biotechnology Information,美国国家生物技术信息中心)除了维护GenBank核酸序列数据库外,还提供数据分析和检索资源.NCBI资源包括Entrez.Entrez编程组件.MyNCBI.PubMed.PudMed Central.PubReader.Gene.the NCBI Taxonomy Browser.BLAST.Pimer-Blast.COBALT.RefSeq.UniGene.HomoloGene.ProtES

本文首发于 Nebula Graph Community 公众号 ​在图论中,介数(Betweenness)反应节点在整个网络中的作用和影响力.而本文主要介绍如何基于 Nebula Graph 图数据库实现 Betweenness Centrality 介数中心性的计算. 1. 算法介绍 中心性是用来衡量一个节点在整个网络图中所在中心程度的概念,包括度中心性.接近中心性.中介中心性等. 其中度中心性通过节点的度数(即关联的边数)来刻画节点的受欢迎程度,接近中心性是通过计算每个节点到全图其他所有节

GWAS的数据形式:SNP数据,即各个SNP位点的aa,Aa,AA基因型与疾病状态(0正常,1患病)的样例-对照数据. 在遗传流行病学上,全基因组关联研究(Genome Wide Association Studies,GWAS)是一种检测特定物种中不同个体间的全部或大部分基因,从而了解不同个体间的基因变化有多大的一种方法.不同的变化带来不同的性状,如各种疾病的不同. 这些研究通常比较两组参与者的DNA:有疾病的人(病例)和相同条件的无该疾病的人(对照).每个人都提供些作为样本的细胞,如从口腔内

读懂SAP Leonardo物联网平台 https://blog.csdn.net/weixin_42137700/article/details/81903290 本文比较系统.全面地介绍了SAP Leonardo IoT平台,全文总共分为6部分: 1.连接与赋能 – SAP Leonardo IoT 2.边缘层 – SAP Leonardo Edge 3.平台层 – SAP Leonardo Foundation 4.应用层 – SAP Leonardo Applications 5.桥接层