软件简介 MCScanX工具集对MCScan算法进行了调整,用于检测共线性和同线性区域,还增加了可视化和下游分析..MCscanX有三个核心工具,以及12个下游分析工具. 软件安装 进入官网http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/#tm,下载安装 1 unzip MCscanX.zip 2 cd MCScanX 3 make 软件使用 所需要文件 两个或多个物种的gff文件,蛋白序列(** 该软件最多能做5个物种的共线性) 第一步:构建索引,进行blastp比对 注

1.安装bioconductor及go分析涉及的相关包 source("http://bioconductor.org/biocLite.R") options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") biocLite("DO.db", type = "source") biocLite("BiocUpgrade") biocLite('cluster

热门软件分析实例一——Github [简介] gitHub是一个面向开源及私有软件项目的托管平台,因为只支持git 作为唯一的版本库格式进行托管,故名gitHub.作为一个分布式的版本控制系统,在Git中并不存在主库这样的概念,每一份复制出的库都可以独立使用,任何两个库之间的不一致之处都可以进行合并.GitHub可以托管各种git库,并提供一个web界面,但与其它像SourceForge或Google Code这样的服务不同,GitHub的独特卖点在于从另外一个项目进行分支的简易性.为一个项目贡

官方文档: https://biognosys.com/media.ashx/spectronautmanual.pdf 0. 准备 Spectronaut软件是蛋白组DIA分析最常用的谱图解析软件之一,优点是定量准确,缺点是高额收费,window版本,速度慢.一起来简单了解下用法. 这是它的界面.只要理解了DIA流程,用法其实很简单,首先构建谱图库,或者导入已建好的DDA谱图库,再导入DIA原始文件,配置好参数,最后run即可. 一开始需要准备的是各种数据,包括:DIA的rawdata,DDA

利用DAVID简单的进行GO富集度分析(这里只做简单的分析,即看基因是否存在在GO的三个过程里面) 比如我们有一组要分析的基因:TRPV6    CXADR    PROM1    GRAMD2    SOX10    GPRIN2    VANGL2    GRHL1    BCL11A    MROH8(这里用的是关于人的基因名) 首先打开DAVID网页,选择Functional Annotation: 在左边的框里面按提示输入,步骤1,输入你的ID号,这里可以是基因ID,也可以是基因名,或

1  .MySQL数据库的性能监控 1.1.如何查看MySQL数据库的连接数 连接数是指用户已经创建多少个连接,也就是MySQL中通过执行 SHOW  PROCESSLIST命令输出结果中运行着的线程个数的详情,如图所示. SHOW PROCESSLIST默认情况下只显示前100条记录的详情,如果超过100条后需要显示所有,可以通过执行SHOW  FULL  PROCESSLIST命令,如图所示. show variables like 'max_connections'可以查询数据库中可以支持

本来是不会再写这个文档的,但是由于长时间没有用这个模块,这个模块不知道是我自己弄掉了,还是别的同学误删了,于是我重新安装一下. 首先下载conda,并下载好python which pip 直接安装 注意: 1. 请下载conda3版本,本模块由python3支持: 2. home目录和电脑C盘一样,如果home空间有限,请安装在其他目录下: 3. 将python执行路劲写进bashrc(类似Windows的注册表) 等着就行了: 其他模块自己安装就行了(Knet tools, Bedtools

https://www.cnblogs.com/johnsonzzz/p/15151634.html https://github.com/YangJianshun/LINKVIEW 可以绘制两个基因组.三个基因组的染色体水平的共线性关系. 按染色体配置比对文件参数,配置-k参数可以调整染色体的位置.

Resequencing 302 wild and cultivated accessions identifies genes related to domestication and improvement in soybean 中文名:基于GWAS与群体进化分析挖掘大豆驯化及改良相关基因 发表期刊杂志:nature biotechnology影响因子:41.514发表时间:2015年2月发表单位:中科院遗传与发育生物学研究所 一.      研究取材62株野生大豆.130株地方种和110个

RNA-seq是利器,大部分做实验的老板手下都有大量转录组数据,所以RNA-seq的分析需求应该是很大的(大部分的生信从业人员应该都差不多要沾边吧). 普通的转录组套路并不多,差异表达基因.富集分析.WGCNA network以及一些没卵用的花式分析.DEG分析是基础,up and down,做个富集,了解一下处理后到底是什么通路被改变了:WGCNA主要就是根据相关性来找出一些co-express的gene module. 单细胞的转录组的玩法就比较多了,可以理解为超多样本的普通转录组,普通转录

转载:http://www.realbio.cn/news/124.html https://blog.csdn.net/seallama/article/details/43820763 http://www.cnblogs.com/huangying78/p/8638506.html 1. 数据库的配置 OrthoMCL的分析需要先行建立mysql账户并建立相应的数据库.关于mysql用户的创建我们不在此进行介绍,我们以已经建立好的账户(账户名user,密码123456)为例进行操作.A. 

  0x00  一点废话 最近因为Mac软件收费的比较多,所以买了几款正版软件,但是有的软件卖的有点贵,买了感觉不值,不买吧,又觉得不方便,用别人的吧,又怕不安全.于是我就买了正版的Hopper Disassembler然后把这些软件分析一下[滑稽]. 本文cnblog的图片不怎么清楚,提供高清PDF下载. https://my.pcloud.com/publink/show?code=XZKaIy7ZS5cfJax4mih0UCu985wrczJ17du7 0x01 所需工具 调试工具 Hop

locky勒索软件恶意样本分析1 1 locky勒索软件构成概述 前些时期爆发的Locky勒索软件病毒这边也拿到了一个样本,简要做如下分析.样本主要包含三个程序: A xx.js文件:Jscript脚本文件,以脚本形式存在主要用于邮件传播和方便免杀杀毒软件,用于联网下载PE1 B PE程序(PE1):外壳程序,主要负责解密内存load PE2. C PE程序(PE2):功能代码存在于该文件,主要负责和C&C服务器通讯获取加密密钥,遍历磁盘驱动器使用crypt系列windows函数对文件加密. P

转载源:http://blog.csdn.net/anzijin/article/details/2008333 http://www.ebnd.cn/2009/09/07/file-format-analysis-of-wireshark-pcap/ 前段时间因工作要求,需要对各种数据包进行分析和操作,内容涉及网路协议分析,socket,文件操作等.在此分享下学习和实践的经验. 首先介绍下网络抓包.协议分析的必备软件Ethereal,新版(Wireshark)以下还以 Ethereal代之,目

软件分析与用户需求调查(2013) from Z.XML 本次团队作业要求: 通过定性, 定量地分析, 总结和评定某软件是否满足了目标用户的需求,并把分析的过程和结果用博客表达出来. 选题:必应缤纷桌面的必应助手 上周例会中我们团队仔细分析了每个选题,并在最后以投票的方式确定了我们本次团队任务的选题:搜索助手类: .具体的讨论内容和投票结果记录在团队博客的例会记录上.请参见:http://www.cnblogs.com/Z-XML/p/3329464.html#2780972  目标群体:中国大

写在前面 项目 内容 所属课程 2020春季计算机学院软件工程(罗杰 任健) (北航) 作业要求 软件案例分析 课程目标 培养软件开发能力 本作业对实现目标的具体作用 对案例进行分析以学习软件开发的经验 本次作业,我分析的产品是博客园班级博客. 第一部分 调研,评测 1.基本功能使用体验 (1)由于之前一直以学生的身份来使用博客园班级博客的,故在此体验了一下以老师/助教身份来使用博客园班级博客功能. 创建班级 登陆后,无需教师认证等信息,就成功地创建了一个班级. 发布作业 这边比个人博客编辑要好

项目 内容 课程:北航-2020-春-软件工程 博客园班级博客 要求:分析软件案例 个人博客作业-软件案例分析 班级 005 这个作业在哪个具体方面帮助我实现目标 分析对比一类软件,学会规划分析软件的步骤和设计衡量方式 前言 班级博客中提及了幸存者偏差 (Survivorship bias) ,指筛选信息的过程本身,而非筛选信息的方式造成了关键信息的丢失.旨在告诉我们那些"失败者"."淘汰者"往往比"幸存者"."成功者"提供更

Q A 这个作业属于哪个课程 2020春季计算机学院软件工程(罗杰 任健) 这个作业的要求在哪里 个人博客作业-软件案例分析 我在这个课程的目标是 系统地学习软件工程开发知识,掌握相关流程和技术,提升工程化开发的能力 这个作业在哪个具体方面帮助我实现目标 通过分析具体的软件为今后的项目打好基础 教学班级 005 一. 调研,评测(软件的bug,功能评测,黑箱测试,第8章用户调研,12章软件的用户体验)(必答) 1. 体验提要 使用10–30分钟这个软件的基本功能(请上传使用软件的照片) (1)"

Author: 17373051 郭骏 项目 内容 这个作业属于哪个课程 2020春季计算机学院软件工程(罗杰 任健) 这个作业的要求在哪里 个人博客作业-软件分析案例 我在这个课程的目标是 学习软件工程的开发知识,培养工程化开发能力 这个作业在哪个具体方面帮助我实现目标 分析成熟的软件,加深对软件工程的理解 前言 我选择进行分析的产品为微软公司的两个代码编辑器:Visual Studio(以下简称VS)和Visual Studio Code(以下简称Code).这两款软件名字只相差一个单词,但

上一篇文章中,我们讨论了 DAST 的概念.重要性及其工作原理.那在开发过程中如何查找开源软件包中的漏洞并学习如何修复?本指南带你一起了解 SCA 工具及其最佳实践. 如今,绝大多数代码驱动的应用程序都包括开源组件.但是,开源代码可能包含一些致命的漏洞,比如 Log4Shell 漏洞. 软件成分分析(SCA)是查找开源软件包中的漏洞并学习如何修复它们的最佳选择,确保代码和应用程序处于安全状态.本指南将带你一起了解使用 SCA 工具时的最佳实践. 什么是软件成分分析 SCA? 软件成分分析 Sof