首先在这里先感谢我们[Bio生信学习交流群]的群友和创建此群的群主[陈博士后]. 今天解决的问题是怎么查看自己的基因组数据是哪个Genome Reference Versions. 步骤: 第一步,打开你的基因组数据bim文件(Plink格式),随便找一个SNP,如下图. 第二步,复制选中位点的rs编号(上图黄色框内容),然后打开NCBI网站,选中SNP选项,将位点的rs编号黏贴进去,点即查询. 第三步,查看查询结果中的位置信息,下图蓝色标记.根据图一,我们数据中rs1260143位点的位置信息

目录 问题 思路 问题 原问题来自:How to calculate overlapping genes between two genome annotation versions? 其实可分为两个问题: 一是我组装了一个新的基因组,做了多个注释版本,如何比较它们的feature?比如gene 二是我组装了一个新的参考基因组,并做了注释,想和其他已有的同物种参考基因组比较,如何寻找共有和特有的基因(或其他feature)? 思路 第一个问题是比较好解决的,使用bedtools即可. bedto

Navigator对象 Navigator 对象包含有关浏览器的信息,通常用于检测浏览器与操作系统的版本. 对象属性: 查看浏览器的名称和版本,代码如下: <script type="text/javascript"> var browser=navigator.appName; var b_version=navigator.appVersion; document.write("Browser name"+browser); document.wri

这么多工具和基因组版本,选择困难症犯了,到底用哪个好呢? 2018 nature - Developmental diversification of cortical inhibitory interneurons : ENSEMBL release 84 Mus musculus genome 2017 Molecular Cell - Single-Cell Alternative Splicing Analysis with Expedition Reveals Splicing Dyn

一.概述 线上有一套k8s集群,部署了很多应用.现在需要对一些基础服务做一些常规检测,比如: 系统时间,要求:k8s的每一个节点的时间,差值上下不超过2秒 k8s版本,要求:k8s的每一个节点的版本必须一致 redis集群,要求:1. 查看cluster nodes状态 2. AOF状态 etcd,要求:访问etcd的api,能获取到版本信息, 说明etcd服务正常 mysql,要求:获取mysql运行统计时间,能获取说明mysql服务正常 ceph,要求:使用ceph osd tree命令查看

方法1:对象/特征检测法 该方法是一种判断浏览器能力(而非浏览器的确切型号)的通用方法.大部分JS专家认为这个方法最合适,因为他们认为按照该方法所编写的脚本是经得起未来考验的. //获取IE浏览器的版本号 //返回数值,显示IE的主版本号 function getIEVer() { var ua = navigator.userAgent; //获取用户端信息 var b = ua.indexOf("MSIE "); //检测特殊字符串"MSIE "的位置 if (

★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★➤微信公众号:山青咏芝(shanqingyongzhi)➤博客园地址:山青咏芝(https://www.cnblogs.com/strengthen/)➤GitHub地址:https://github.com/strengthen/LeetCode➤原文地址:https://www.cnblogs.com/strengthen/p/10231336.html ➤如果链接不是山青咏芝的博客园地址,则可能是爬取作者的文章

Jquery1.9版本中$.browser已被剔除: 判断浏览器类型: 复制代码 代码如下: $.browser.mozilla = /firefox/.test(navigator.userAgent.toLowerCase()); $.browser.webkit = /webkit/.test(navigator.userAgent.toLowerCase()); $.browser.opera = /opera/.test(navigator.userAgent.toLowerCase(

//来自spark源码// sparkContext初始化的时候写着  private def warnDeprecatedVersions(): Unit = { val javaVersion = System.getProperty() && javaVersion().toInt == ) { logWarning("Support for Java 7 is deprecated as of Spark 2.0.0") } if (scala.util.Pro

废话不多说了,直接就上代码吧,因为IE11以后的版本和之前的不一样了,所以有些关键字还需要注意.这里面判断IE的时候需要多注意.function getBrowserInfo(){ var ua = navigator.userAgent.toLocaleLowerCase(); var browserType=null; if (ua.match(/msie/) != null || ua.match(/trident/) != null) { browserType = "IE";

直接上代码: <script> var browser = (function () { var isIE6 = /msie 6/i.test(navigator.userAgent); var isIE7 = /msie 7/i.test(navigator.userAgent); var isIE8 = /msie 8/i.test(navigator.userAgent); var isIE9 = /msie 9/i.test(navigator.userAgent); var isIE

Servlet 3.1 Java EE 7 XML schema, namespace is http://xmlns.jcp.org/xml/ns/javaee/ <web-app xmlns="http://xmlns.jcp.org/xml/ns/javaee" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation="http://xmlns.jcp.o

项目中,自己要制作asp.net项目的安装文件,由于项目依赖于.net framework 3.5 sp1,故需检测环境是否符合要求,才能安装程序 度娘找到检测方案:各.net版本对应的安装补录下都有msbuild.exe,可通过dos命令运行msbuild.exe -version查看输出版本 (参考:http://blog.csdn.net/yapingxin/article/details/7320129 ) 以下为项目中制作安装程序用于检测.net framework 3.5 sp1 命

NIPT, Non-invasive Prenatal Testing - 无创产前基因检测 (学术名词) NIFTY,胎儿染色体异常无创产前基因检测 (注册商标)华大的明显产品 新生儿耳聋基因检测 新生儿遗传代谢病检测 安孕可单基因遗传病携带者筛查 地中海贫血基因检测 安馨可™新生儿及儿童基因检测 SeqHPV®人乳头瘤病毒(HPV)分型基因检测 - HPV检测 遗传咨询 (Genetic Counseling) 肿瘤早筛 Oseq™-Drug靶向药物全景基因监测 病原感染 PMseq 对感染

版权声明:本文源自 解螺旋的矿工, 由 XP 整理发表,共 13781 字. 转载请注明:从零开始完整学习全基因组测序(WGS)数据分析:第4节 构建WGS主流程 | Public Library of Bioinformatics 转载地址:https://www.plob.org/article/11698.html WGS数据分析的目的是准确检测出每个样本(这里特指人)基因组中的变异集合,也就是人与人之间存在差异的那些DNA序列.我把整个分析过程按照它们实际要完成的功能,将其分成了三个大的

目录 来源 结果 基因组大小估计 采用stitching方法组装 修改豇豆染色体编号 基因注释和重复DNA 豇豆遗传多样性 SNP和INDEL Vu03 上 4.2-Mb 染色体倒位的鉴定 与其他暖季豆科植物共线性分析 重复元素和基因组扩张 豇豆基因家族变化 多器官增大候选基因的鉴定 来源 The genome of cowpea (Vigna unguiculata [L.] Walp.). Plant J . 2019 Jun;98(5):767-782. doi: 10.1111/tpj.

SVM软件包 LIBSVM -- A Library for Support Vector Machines(本项目所用到的SVM包)(目前最新版:libsvm-3.21,2016年7月8日) C-SVC(C-support vector classification), nu-SVC(nu-support vector classification), one-class SVM(distribution estimation), epsilon-SVR(epsilon-support vec

RNA-seq差异表达基因分析之TopHat篇 发表于2012 年 10 月 23 日 TopHat是基于Bowtie的将RNA-Seq数据mapping到参考基因组上,从而鉴定可变剪切(exon-exon splice junctions). 安装 最简单的安装方法,注意版本 下载Bowtie.TopHat.Cufflinks的二进制发布包,解压到相同的目录 下载samtools,make,将生成的可执行samtools程序也cp到同一个目录 增加该目录到PATH 参数与使用 Usage: t

引用自https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzU4NjU4ODQ2MQ==&mid=2247484662&idx=1&sn=194668553f954e231f4526f5c944a195&chksm=fdf84cb4ca8fc5a2c0e8355377f9d6abdc4fa36b304aa8c533b5e82e49de30d443366ff3346a&mpshare=1&scene=1&srcid=09097IKbsc

肿瘤的发生与免疫系统的功能密切相关.在免疫系统中,MHC(主要组织相容性复体,majorhistocompatibilitycomplex)是所有生物相容复合体抗原的一种统称.HLA(humanleucocyteantigen)就是人类的MHC基因,即人类白细胞抗原,位于6号染色体,它所在的区域是人类基因组中多态性最高的区域之一,有高达上千个等位基因. HLA–I类基因在细胞毒性T细胞反应中作用至关重要,可以在细胞表面呈递可被T细胞受体识别的肽段. 研究表明,肿瘤中HLA基因存在大量的体细胞突变

目录 材料与方法 结果分析 本文利用99085个高质量SNP 通过STRUCTURE,PCA和neighbour-joining tree的群体结构分析将地方品种分为三个亚群,这些亚群表现出地理上的遗传分化.利用纬度相差10°的两个位置(北京.武汉)收集的表型数据,鉴定了17个与开花时间性状相关的SNP(TAS),包括一个稳定的基因位点Chr12:5914898和以前未检测到的在开花基因E1和E2附近的候选基因.利用与地方种收集地点相关的已公布数据,鉴定出与三个生物气候学变量(温度,日长和降水)