基因浏览器bed3什么意思

2024-09-04

bed文件格式解读

1)BED文件 BED 文件(Browser Extensible Data)格式是ucsc 的genome browser的一个格式 ,提供了一种灵活的方式来定义的数据行,以用来描述注释信息.BED行有3个必须的列和9个额外可选的列.每行的数据格式要求一致(见下图). 每条线的字段数目必须是任意单条数据的在注释上一致. BED文件结构:-------------------------------------------------------------必须有以下3列------------

Jbrowse安装和序列、bam、vcf配置

最近做了一个关于基因开发的项目,要求最终输出的文件可以在专门的基因浏览器上边显示,类似统计图的东西.废话不说上图(表示表达不出来0.0)! 先说下Jbrowse这个东西吧,一句话:一个简单的,便携式依靠javascript的基因组浏览器.没用过觉得挺高大上的,难度挺高.实际上用过之后觉得也就是那回事,没多少难度,很容易上手.因为我是在虚拟机上边访问,用的是linux系统,所以这里我以linux为版本简述一遍: 1.安装与其说是安装我还是觉得下载比较好.为什么?实际上也就是下载一个文件,文件夹里

使用limma、Glimma和edgeR，RNA-seq数据分析易如反掌

使用limma.Glimma和edgeR,RNA-seq数据分析易如反掌 Charity Law1, Monther Alhamdoosh2, Shian Su3, Xueyi Dong3, Luyi Tian1, Gordon K. Smyth4 and Matthew E. Ritchie5 1The Walter and Eliza Hall Institute of Medical Research, 1G Royal Parade, Parkville, VIC 3052, Melbo

Bioconductor应用领域之基因芯片

引用自https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzU4NjU4ODQ2MQ==&mid=2247484662&idx=1&sn=194668553f954e231f4526f5c944a195&chksm=fdf84cb4ca8fc5a2c0e8355377f9d6abdc4fa36b304aa8c533b5e82e49de30d443366ff3346a&mpshare=1&scene=1&srcid=09097IKbsc

建站有很多技术，如 HTML、HTML5、XHTML、CSS、SQL、JavaScript、PHP、http://ASP.NET、Web Services、浏览器脚本、服务器脚本等。它们的区别是什么？新手一点不懂，想理清所有这些技术之间的关系和应用范围。

先普及用户通过浏览器访问网页的过程: 网页内容是通过服务器运算得出的结果,将结果(网页代码)传输给浏览器,网页代码再通过浏览器运算(计算.渲染),最终展示在用户的眼前的. 至此,我们知道了有2个运算过程: 1.服务器运算 2.浏览器运算而让电脑(网站服务器.你的个人电脑)乖乖执行运算,就需要编写程序脚本即程序代码. 而编写代码的过程就叫做:编程.编写代码的人叫做:程序员(又戏称:程序猿.攻城狮). 所以,由运算演变出: 1.服务器运算 -> 服务器脚本 2.浏览器运算 -> 浏览器脚本

【基因组预测】braker2基因结构注释要点记录

目录流程使用问题记录下braker2的使用要点,以备忘记. 流程使用 braker2有很多流程,根据你的数据:组装的基因组.转录组.蛋白(同源,包括近缘或远缘)选择不同流程,官网有说明: https://github.com/Gaius-Augustus/BRAKER 现在的动植物组装,大多数都含有以上三类数据吧,因此可选择如下流程,用公共数据库OrthoDB中的直系同源蛋白,根据自己的物种选择,有动物植物微生物等,如我选择植物就有300多万条序列. 作者指出,braker2并非证据越多越

关于 Chrome 浏览器中 onresize 事件的 Bug

我在写插件时用到了 onresize 事件,在反复地测试后发现该事件在 Chrome 及 Opera(内核基本与 Chrome 相同,以下统称 Chrome)浏览器打开时就会执行,这种情况也许不能算作 bug 吧,估计他们的工程师认为浏览器打开时也算窗口发生了变化.解决问题之前我搜索了相关内容,确实有关于 Chrome 的 onresize 的问题,但跟我遇到的问题还有很大不同.我把这个问题抽象为以下函数: function init() { alert('a'); window.onresiz

JavaScript自定义浏览器滚动条兼容IE、火狐和chrome

今天为大家分享一下我自己制作的浏览器滚动条,我们知道用css来自定义滚动条也是挺好的方式,css虽然能够改变chrome浏览器的滚动条样式可以自定义,css也能够改变IE浏览器滚动条的颜色.但是css只能是改变IE浏览器的颜色,而且CSS不能做到改变火狐浏览器的样式和颜色.所以只能是通过JavaScript来实现了.也有插件可以做到.我分享一下我自己使用原生JavaScript实现的思路.先上个图看下效果: JavaScript实现的思路就是模拟浏览器自身滚动条.我制作的思路是先将整个文档放在一

HTML 获取屏幕、浏览器、页面的高度宽度

本篇主要介绍Web环境中屏幕.浏览器及页面的高度.宽度信息. 目录 1. 介绍:介绍页面的容器(屏幕.浏览器及页面).物理尺寸与分辨率.展示等内容. 2. 屏幕信息:介绍屏幕尺寸信息:如:屏幕.软件可用以及任务栏的高度和宽度. 3. 浏览器信息:介绍浏览器尺寸信息:如:浏览器.内部页面以及工具栏的高度和宽度. 4. 页面信息:介绍HTML页面尺寸信息:如:body总的.展示的高度和宽度. 一.介绍 1. 容器一个页面的展示,从外到内的容器为:屏幕.浏览器以及页面本身. HTML元素展现在页面内

浏览器中用JavaScript获取剪切板中的文件

本文转自我的个人网站 , 原文地址:http://www.zoucz.com/blog/2016/01/29/get-file-from-clipboard/ ,欢迎前往交流讨论在网页上编辑内容时,有时候需要插入图片,一般的做法是: 从网络上下载图片至本地 or 截图保存至本地在编辑器中点击图片上传按钮,选择本地文件,等待上传完成将上传好的图片链接插入编辑器中这样做太麻烦了,我比较喜欢的操作是开着QQ或者其他的一些截图工具,截图-粘贴 .为了这样做我们需要在浏览器中获取剪切板中的文件

History API与浏览器历史堆栈管理

移动端开发在某些场景中有着特殊需求,如为了提高用户体验和加快响应速度,常常在部分工程采用SPA架构.传统的单页应用基于url的hash值进行路由,这种实现不存在兼容性问题,但是缺点也有--针对不支持onhashchange属性的IE6-7需要设置定时器不断检查hash值改变,性能上并不是很友好. 而如今,在移动端开发中HTML5规范给我们提供了一个History接口,使用该接口可以自由操纵历史记录.本文并不详细介绍History接口,而是探究History接口如何影响浏览器历史堆栈,并且利用这个

使用蓝灯后，IE浏览器以及内置IE浏览器的程序不能使用的解决方案

使用完蓝灯后,每次使用IE浏览器都不能正常使用,于是有了下面的这个方案 1.通过Win+R 打开注册表编辑器(regedit) 进入目录 HKEY_CURRENT_USER \ Software \ Microsoft \ Windowns \ CurrentVersion \ Internet Settings \ Connections 然后找到DefaultConnection该项,将该项删除,就能在使用完蓝灯后,可以正常的使用IE浏览器了

Postman接口调试神器-Chrome浏览器插件

首先大家可以去这个地址下载 Postman_v4.1.3 这个版本,我用的就是这个版本 http://chromecj.com/web-development/2014-09/60/download.html 下载完以后以后加压大概就是这个模样,其中.crx是我们要执行的文件,红色框里的叫私有秘钥文件此时不能直接拖拽到谷歌浏览器的扩展程序界面,如果你直接把.crx文件拖拽到扩展程序的界面会有如下错误提示,说只能通过谷歌浏览器的网上应用商店添加该程序,为什么会出现该情况呢? 是因为自 Chro

《如何使用Javascript判断浏览器终端设备》

WEB开发中如何通过Javascript来判断终端为PC.IOS(iphone).Android呢? 可以通过判断浏览器的userAgent,用正则来判断手机是否是ios和Android客户端. var u = navigator.userAgent; isAndroid = u.indexOf('Android') > -1 || u.indexOf('Adr') > -1, //android终端 isiOS = !!u.match(/\(i[^;]+;( U;)? CPU.+Mac OS

1 selenium3.0.1无法打开火狐浏览器

[问题描述] 1.配置selenium3.0和java后,尝试打开火狐浏览器,提示缺少geckodriver驱动. [解决方案] 1.在http://www.seleniumhq.org/download/中,下载该驱动,并配置驱动路径和firefox路径至环境变量.

Firefox开发者专版浏览器，Web开发者利器.

2015的11月9日,Firefox迎来了自己的十周岁生日.在庆祝Firefox十周年之际,Mozilla发布了Firefox开发者专版,这是首款专门为开发者打造的浏览器. 浏览器中独特的暗色调设计.使用了简洁明了的开发者工具主题,为屏幕中的内容节省空间的同时,与应用开发工具保持统一的暗色外观. Firefox开发者专版(中文版)下载:https://www.mozilla.org/zh-CN/firefox/channel/#aurora

学习笔记：URL Protocol在浏览器中打开本地应用程序

看到阿里的网站上可以通过点击卖家的旺旺图标从而调用本地的阿里旺旺程序,而且还可以传递当前浏览者需要咨询的商品.这是怎么实现的呢?是通过URLProtocol来完成. 原理还没有太清楚,即在系统里注册一个URL Protocol,当浏览器页面触发时调用这个本地应用程序: 1.在注册表的HKEY_CLASSES_ROOT根下面写入一个项目mini188,并建立子项目,如下图所示: 2.然后在command键下面的默认值中写入exe的位置信息: 3.创建一个html页面,代码如下: <html> &

学习笔记：Maven构造版本号的方法解决浏览器缓存问题

需要解决的问题在做WEB系统开发时,为了提高性能会利用浏览器的缓存功能,其实即使不显式的申明缓存,现代的浏览器都会对静态文件(js.css.图片之类)缓存.但也正因为这个问题导致一个问题,就是资源的缓存逻辑有时出现问题后服务器的最新版本文件无法更新客户端的缓存. 这个问题会给用户产生许多的困扰,当然首先是测试人员会很头痛,一些看起来没有修复的bug为什么开发要说做好了?这种时候我会无奈的说:ctrl+f5刷新一下.但这毕竟不是解决问题的方法. 思路与方法考虑思路之前没有着手处理过这样的问题

浅谈浏览器http的缓存机制

针对浏览器的http缓存的分析也算是老生常谈了,每隔一段时间就会冒出一篇不错的文章,其原理也是各大公司面试时几乎必考的问题. 之所以还写一篇这样的文章,是因为近期都在搞新技术,想“回归”下基础,也希望尽量总结的更详尽些. 那么你是否还需要阅读本篇文章呢?可以试着回答下面这个问题: 我们在访问百度首页的时候,会发现不管怎么刷新页面,静态资源基本都是返回 200(from cache): 随便点开一个静态资源是酱的: 哎哟有Response报头数据呢,看来服务器也正常返回了etag什么鬼的应有尽有,

【Web动画】CSS3 3D 行星运转 && 浏览器渲染原理

承接上一篇:[CSS3进阶]酷炫的3D旋转透视 . 最近入坑 Web 动画,所以把自己的学习过程记录一下分享给大家. CSS3 3D 行星运转 demo 页面请戳:Demo.(建议使用Chrome打开) 本文完整的代码,以及更多的 CSS3 效果,在我 Github 上可以看到,也希望大家可以点个 star. 嗯,可能有些人打不开 demo 或者页面乱了,贴几张效果图:(图片有点大,耐心等待一会) CSS3 3D 行星运转效果图随机再截屏了一张: 强烈建议你点进 Demo页感受一下 CSS3

纯JS打造比QQ空间更强大的图片浏览器-支持拖拽、缩放、过滤、缩略图等

在线演示地址(打开网页后,点击商家图册): http://www.sport7.cn/cc/jiangnan/football5.html 先看一看效果图: 该图片浏览器实现的功能如下: 1. 鼠标滚轮缩放图片: 2. 鼠标拖动图片: 3. 点击放大/缩小图标可以切换为原始大小和最佳只存模式: 4. 点击左右箭头可以进行翻页: 5. 点击缩略图显示大图: 6. 缩略图支持左右箭头分页,自动分页到选中的图片: 7. 右侧图片过滤: 8. 按ESC键自动退出图片浏览器. 想知道怎么实现的?那的先看看

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