Sam&bam文件 SAM是一种序列比对格式标准, 由sanger制定,是以TAB为分割符的文本格式.主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示,当然也可以表示任意的多重比对结果.当测序得到的fastq文件map到基因组之后,我们通常会得到一个sam或者bam为扩展名的文件.SAM的全称是sequence alignment/map format.而BAM就是SAM的二进制文件(B取自binary). SAM由头文件和map结果组成.头文件由一行行以@起始的注释构成:而map结果是类似

为了弄懂 patch中的 p0   p1    和.orig文件是啥,找到了这篇文章! 来源:http://www.cnblogs.com/super119/archive/2010/12/18/1909941.html diff和patch的使用.patch文件的格式解说   diff  diff是生成源码补丁的必备工具.其命令格式为:  diff [命令行选项] 原始文件 新文件 常用命令行选项如下:  -r 递归处理目录 -u 输出统一格式(unified format)  -N patc

用vim打开文件,vim -b file,选项-b是二进制模式打开   然后输入 :%!xxd,就可看到二进制编码     其实在linux下,直接输入xxd file 也是可以看到的文件二进制格式的

今天在做图片注册的功能的时候,测试提出一个问题:将随便一个非图片文件将后缀名改为jpg或其他,上传时应检验图片合法性.然后同事给提供了根据文件流前两个字节判断文件真实格式的思路,代码如下: public static FileExtension CheckFileType(string fileName) { FileStream fs = new FileStream(fileName, FileMode.Open, FileAccess.Read); System.IO.BinaryRead

这算是第二讲了,前面一讲是:Edit Distance编辑距离(NM tag)- sam/bam格式解读进阶 MD是mismatch位置的字符串的表示形式,貌似在call SNP和indel的时候会用到. 当然我这里要说的只是利用它来计算mismatch的个数 MD = line.get_tag('MD') pat = "[0-9]+[ATGC]+" MD_list = re.findall(pat,MD) for i in MD_list: for j in i: if j == '

MXF素材文件交换格式深入研究   2012-09-03 | 访问次数:262 | 新闻来源:电科网               [摘要]DCI规定数字电影需采用MXF封装音视频等节目素材内容.为了深入理解MXF基础原理,本文研究了MXF素材文件交换格式,详细介绍了MXF文件的物理结构和逻辑结构,并介绍了MXF中如头部元数据.索引表.操作模式.字节对齐等重要概念.         [关键字]MXF分区索引表随机索引包头部元数据操作模式KAG       前言   根据DCI 规范,数字电影数据包

1. 音频简介 经常见到这样的描述: 44100HZ 16bit stereo 或者 22050HZ 8bit mono 等等. 44100HZ 16bit stereo: 每秒钟有 44100 次采样, 采样数据用 16 位(2字节)记录, 双声道(立体声); 22050HZ 8bit  mono: 每秒钟有 22050 次采样, 采样数据用 8 位(1字节)记录, 单声道; 当然也可以有 16bit 的单声道或 8bit 的立体声, 等等. 采样率是指:声音信号在“模→数”转换过程中单位时间

1. 音频简介 经常见到这样的描述: 44100HZ 16bit stereo 或者 22050HZ 8bit mono 等等. 44100HZ 16bit stereo: 每秒钟有 44100 次采样, 采样数据用 16 位(2字节)记录, 双声道(立体声); 22050HZ 8bit  mono: 每秒钟有 22050 次采样, 采样数据用 8 位(1字节)记录, 单声道; 当然也可以有 16bit 的单声道或 8bit 的立体声, 等等. 采样率是指:声音信号在“模→数”转换过程中单位时间

Myrmec 是什么? Myrmec 是一个用于检测文件格式的库,Myrmec不同于其它库或者手写检测代码,Myrmec不依赖文件扩展名(在实际使用中,你的用户很可能使用虚假的扩展名欺骗你的应用程序),Myrmec会检测文件的二进制头,并在其元数据库中匹配来获得文件的格式. 例如Jpg图片的二进制头是 "FF D8 FF DB" 那么Myrmec会匹配到这个文件头,并获得两个结果--"jpg"和"jpeg". 如何使用 首先安装 nuget 包

office版本:2016 系统版本:win10 问题描述: 1.桌面新建excel表格后,打开时,提示“Excel无法打开文件xxx.xlsx,因为文件格式或文件扩展名无效.请确定文件未损坏,并且文件扩展名与文件的格式匹配” 2.点击确认后,通过文件->新建->空白工作簿->另存为->xxx.xlsx,可正常打开 3.能打开之前保存的excel文件 截图:  出现原因: 安装极速PDF阅读器其他办公套件,后卸载,发现右键不能新建word/excel/ppt ,后采取http://

一.为什么需要设置所有新创建文件默认格式为UTF-8 Eclipse编码默认是ISO-8859-1,不支持中文.而很多时候,我们的文件中含有中文,或者需要在创建文件时就需要是UTF-8编码格式的.在创建文件后,逐个修改文件的编码格式比较麻烦,所以本文总结了设置所有新创建文件默认格式为UTF-8的方法.二.修改工作区文本文件编码 依次点击Window.Preferences.General.Workspace,将Text file encoding修改为Other:UTF-8,点击Apply. 三

1.bundle.out 文件包含了一些经过估算得到的场景和相机几何信息.文件的格式如下: //----------------------------------------------------开始------------------------------------------ # Bundle file v0.3 <num_cameras> <num_points> //[相机个数]  [点个数]   [2个整数] <camera1> [相机1] <c

1.将 a.gif 转为 png 格式 convert a.gif a.png 请注意,convert 命令的基本格式为 convert 源文件 [参数] 目标文件 在上面的命令中,源文件是 a.gif,目标文件是 a.png.由于这是最简单的格式转换,所以不需要中间的参数.convert 常用于单个文件的转换.上面的命令是它最基本的用法. 前面说过 IM 支持超过 100 种的文件格式.下面的命令,可以列出 IM 所支持的所有格式: identify -list format 2.批量文件的格

Class文件的格式 1.magic(魔数) 身份标识,用来标记这是不是一个CLASS文件 CLASS的魔数比较有浪漫气息,是0xCAFEBABE(咖啡宝贝),也标识着将来JAVA咖啡商标: 2.之后4为是version版本号00 00 00 32是十进制50,代表是jdk1.6以上的版本号 3.常量池数量和常量

转自:http://blog.osdba.net/534.html WAL日志文件名称格式详解 PostgreSQL的WAL日志文件在pg_xlog目录下,一般情况下,每个文件为16M大小: osdba-mac:~ osdba$ ls -l $PGDATA/pg_xlog total 262144 -rw------- 1 osdba osdba 16777216 Oct 8 10:57 0000000100000000000000B6 -rw------- 1 osdba osdba 1677

tiff/tfw, jpg/jpgw坐标文件的格式(6个参数) 0.100-0.13999904400510 以上每行对应的含义: 1 地图单元中的一个象素在X方向上的X分辨率尺度. 2 平移量. 3 旋转量. 4 地图单元中的一个象素在Y方向上的Y分辨率尺度的负值. 5 象素1,1(左上方)的X地坐标. 6 象素1,1(左上方)的Y地坐标. 栅格图导入之tfw坐标信息文件 Tfw文件是关于TIFF影像坐标信息的文本文件,ArcInfo.Microstation.AutoCAD等均支持该格式的坐

http://blog.csdn.net/lingfong_cool/article/details/7832896 (一) ELF 文件的格式       ELF 文件类型 (1) 可重定位文件( .o 目标文件) : 用于链接创建可执行文件或 so 文件 (2) 可执行文件                     : 用于执行 (3)so( 共享对象 ) 文件            : 用于链接 注 :   一个 Program Header 对应一个 Segment 一个 Section

<?php /*比较两个txt文件,格式如下,分别取出a.txt有的b.txt没有的,b.txt有的a.txt没有的及两个都有的 * a.txt: * A * B * C * D * b.txt * A * B * M * N * result: * only_a.txt * C * D * only_b.txt * M * N * public_a_b.txt * A * B */ $curr_file_name = dirname(__FILE__); if (file_exists($cu

Linux目录和文件——目录格式 摘要:本文主要了解了Linux系统的目录格式. 一切皆文件 Linux下“一切皆文件”是Unix/Linux的基本哲学之一. Linux中所有内容都是以文件的形式保存和管理的,即一切皆文件,普通文件是文件,目录(Windows下称为文件夹)是文件,硬件设备(键盘.监视器.硬盘.打印机)是文件,就连套接字(Socket).网络通信等资源也都是文件.虽然他们的类型不同,但是Linux系统为它们提供了一套统一的操作接口. Linux支持多种文件系统,为了方便管理,在所

libcurl 上传文件,不管文件什么格式 libcurl开发指南 上传文件 https://curl.haxx.se/download.html curl命令参数很多,这里只列出我曾经用过.特别是在shell脚本中用到过的那些.-A:随意指定自己这次访问所宣称的自己的浏览器信息-b/--cookie cookie字符串或文件读取位置,使用option来把上次的cookie信息追加到http request里面去.-c/--cookie-jar 操作结束后把cookie写入到这个文件中-C/--

package com.JUtils.file; import java.io.BufferedOutputStream; import java.io.File; import java.io.FileInputStream; import java.io.FileNotFoundException; import java.io.FileOutputStream; import java.io.IOException; import java.util.zip.ZipEntry; impor