总结起来就三句话: (1)当同一个数据集有n次(n>=2)假设检验时,要做多重假设检验校正 (2)对于Bonferroni校正,是将p-value的cutoff除以n做校正,这样差异基因筛选的p-value cutoff就更小了,从而使得结果更加严谨 (3)FDR校正是对每个p-value做校正,转换为q-value.q=p*n/rank,其中rank是指p-value从小到大排序后的次序. 举一个具体的实例: 我们测量了M个基因在A,B,C,D,E一共5个时间点的表达量,求其中的差异基因,具体

1.1 Hotelling T2检验 Hotelling T2检验是一种常用多变量检验方法,是单变量检验的自然推广,常用于两组均向量的比较. 设两个含量分析为n,m的样本来自具有公共协方差阵的q维正态分布N(μ1,∑),N(μ2,∑),欲检验 H0:μ1=μ2 H1:μ1≠μ2 分别计算出两样本每个变量的均值构成的均向量X.Y及合并的组内协方差阵S,则统计量T2为 其中,S=(Lx+Ly)/(n+m-2),为合并协方差矩阵,分别为两样本的离差阵,即: 求得T2后,可查相应界值表得到P值,从而作出

之前的单因素方差分析和多因素方差分析,都在针对一个因变量,而实际工作中,经常会碰到多个因变量的情况,如果单纯的将其拆分为多个单因变量的做法不妥,需要使用多元方差分析或因子分析 多元方差分析与一元方差分析本质区别是:一元方差分析是组间均方与组内均方进行比较,而多元方差分析时组间方差协方差矩阵与组内方差协方差矩阵进行比较,这也解释了为何不做多次的一元方差分析,因为一元方差分析不能分析出自变量对多个因变量的协方差结构模式的影响,而多元方差分析同时考察多个因变量而不是一个,把多个因变量看做一个整体联合分

SPSS分析技术:多元方差分析 下面要介绍多元方差分析的内容,多元方差分析是研究多个自变量与多个因变量相互关系的一种统计理论方法,又称多变量分析.多元方差分析实质上是单因变量方差分析(包括单因素和多因素方差分析)的发展和推广,适用于自变量同时对两个或两个以上的因变量产生影响的情况,用来分析自变量取不同水平时这些因变量的均值是否存在显著性差异. 分析原理 多元方差分析可以看做是多因素方差分析和协方差分析合并后的拓展,能够一次性做两个以上因变量的多因素方差分析和协方差分析.多元方差分析的优点是可以在

本文对应<R语言实战>第9章:方差分析:第10章:功效分析 ==================================================================== 方差分析: 回归分析是通过量化的预测变量来预测量化的响应变量,而解释变量里含有名义型或有序型因子变量时,我们关注的重点通常会从预测转向组别差异的分析,这种分析方法就是方差分析(ANOVA).因变量不只一个时,称为多元方差分析(MANOVA).有协变量时,称为协方差分析(ANCOVA)或多元协方差分析

Bonferroni校正:如果在同一数据集上同时检验n个独立的假设,那么用于每一假设的统计显著水平,应为仅检验一个假设时的显著水平的1/n http://baike.baidu.com/view/1217813.htm?fr=aladdin Bonferroni校正法: 此方法是在进行两两比较时对检验水准进行调整的办法,但是该方法在比较的次数较多时,就不太适合,因为校正后的检验水准会过小.此时可采用sidark法进行多重比较(仍然是对检验水准进行调整). 统计学中一般以小概率作为判断差异是否显著

sklearn实战-乳腺癌细胞数据挖掘(博主亲自录视频) https://study.163.com/course/introduction.htm?courseId=1005269003&utm_campaign=commission&utm_source=cp-400000000398149&utm_medium=share 医药统计项目联系:QQ231469242 # -*- coding: utf-8 -*- # Import standard packages impor

第九章方差分析 9.2 ANOVA 模型拟合 9.2.1 aov()函数 aov(formula, data = NULL, projections =FALSE, qr = TRUE, contrasts = NULL, ...) 9.2.2 表达式中各项的顺序 y ~ A + B + A:B 有三种类型的方法可以分解等式右边各效应对y所解释的方差.R默认类型I 类型I(序贯型) 效应根据表达式中先出现的效应做调整.A不做调整,B根据A调整,A:B交互项根据A和 B调整. 类型II(分层型)

方差分析指的是不同变量之间互相影响从而导致结果的变化 1.单因素方差分析: 案例:50名患者接受降低胆固醇治疗的药物,其中三种治疗条件使用药物相同(20mg一天一次,10mg一天两次,5mg一天四次),剩下的两种方式是(drugE和drugD),代表候选药物 哪种药物治疗降低胆固醇的最多? library(multcomp) attach(cholesterol) # 1.各组样本大小 table(trt) # 2.各组均值 aggregate(response,by=list(trt),FUN

本节内容: 1:方差分析的原理 2:单因数方差分析 .双因数分析 3:交互项 一:方差分析是原理 方差分析原理 对总体均值的假设检验,有三种情况:1.总体均值与某个常数进行比较:2.两个总体均值之间的比较:3.两个以上总体均值之间的比较: 对于前两种情况,用Z分布和T分布就能快速得到假设检验结果.如果比较的总体大于三个,继续用它们也能够得到比较结果,只是需要两两比较,耗时耗力. 这种情况下,使用方差分析能够一次性比较两个及两个以上的总体均值,看看它们之间是否有显著性差异. 常用的方差分析方法包括

多因素方差分析中,每个被试者仅接受一种实验处理,通过随机分配的方式抵消个体间差异所带来的误差,但是这种误差并没有被排除.而重复测量设计则是让每个被试接受所有的实验处理,这样我们就可以分离出个体差异所带来的误差,进而进一步细化因变量的变异来源,传统的方差分析只要分析处理因素对于因变量的影响,而重复测量方差分析需要分析处理因素.时间因素.处理和时间的交互作用三者对于因变量的影响. 具体而言就是传统方差分析的变异分解为: 总变异=处理因素导致的变异(组间变异)+随机变异(组内变异) 但是重复测量设计引

> ####################5.2 > X<-c(159, 280, 101, 212, 224, 379, 179, 264, + 222, 362, 168, 250, 149, 260, 485, 170) > t.test(X,alternative='greater',mu=225,conf.level = 0.95)#单边检验 One Sample t-test data: X t = 0.66852, df = 15, p-value = 0.257

一.什么是多基因风险评分 传统的GWAS研究只计算单个SNP位点与表型之间的关联性,再用Bonferroni校正,通过给定的阈值,筛选出显著的SNP位点. 这样会存在两个问题,第一.Bonferroni校正非常严格,很多对表型也有贡献的位点会因为达不到阈值而被过滤掉.第二.单个位点对表型的解释度是很低的,尤其是对于高血压这种多基因控制的表型,用一个个单独的位点解释高血压患病风险,就显得很单薄. 因此,开发一个能让我们直观的感受,患某种疾病的风险多高的工具,显然是非常有必要的. ​为了更好理解多基

非原创 参考资料: 一文掌握GO和pathway分析 - 生物信息学讨论版 -丁香园论坛http://www.dxy.cn/bbs/thread/34904124#34904124 GO富集 GO是Gene ontology的缩写,GO数据库分别从功能.参与的生物途径及细胞中的定位对基因产物进行了标准化描述,即对基因产物进行简单注释,通过GO富集分析可以粗略了解差异基因富集在哪些生物学功能.途径或者细胞定位. Pathway Pathway指代谢通路,对差异基因进行pathway分析,可以了解实

D:\Program Files\MATLAB\R2012b\toolbox\stats\stats MATLAB统计工具箱包括概率分布.方差分析.假设检验.分布检验.非参数检验.回归分析.判别分析.主成分分析.因子分析.系统聚类分析.K均值聚类分析.试验设计.决策树.多元方差分析.统计过程控制和统计图形绘制等.优化工具箱包括无约束最优化.有约束最优化.二次规划.多目标规划.最大最小化.半元限问题.方程求解以及大型优化问题的求解等. 表Ⅰ-1  概率密度函数 betapdf 贝塔分布的概率密度函

SAS基础知识 SAS里面的PROC一览 The ACECLUS Procedure : 聚类的协方差矩阵近似估计(approximate covariance estimation for clustering) The ANOVA Procedure :方差分析 The BOXPLOT Procedure :箱形图 The CALIS Procedure :结构方程模型 The CANCORR Procedure :典型相关分析 The CANDISC Procedure :主成分分析和典型

SAS数据步与过程步,数据步语句http://www.biostatistic.net/thread-2045-1-1.html  ---转载---原文作者:biostar(出处: 生物统计家园) 数据步与数据步语句 1．数据步基本概念    数据步是产生数据集的一组语句.一个数据步可以建立一个或多个数据集.在一份程序中可以有多个数据步.数据步程序还可以对已建立了的数据集进行修改和产生输出. 2．程序变量与数据集变量    SAS变量有程序变量与数据集变量.数据集的列也叫变量. 3. 数据步的三

题目:Metabolic Signatures of Cystic Fibrosis Identified in Dried Blood Spots For Newborn Screening Without Carrier Identification(新生儿筛查(不含携带者鉴定)中使用干血片鉴定囊性纤维化的代谢特征) 期刊:Journal of Proteome Research 发表时间:December 3, 2018 DOI:10.1021/acs.jproteome.8b00351

Python 在解决数据科学任务和挑战方面继续处于领先地位.业已证明最有帮助的Python库,我们选择 20 多个库,因为其中一些库是相互替代的,可以解决相同的问题.因此,我们将它们放在同一个分组. 核心库和统计数据 1. NumPy (提交:17911,撰稿人:641) 官网:http://www.numpy.org/ NumPy 是科学应用程序库的主要软件包之一,用于处理大型多维数组和矩阵,它大量的高级数学函数集合和实现方法使得这些对象执行操作成为可能. 2. SciPy (提交:19150

1.什么是Familywise Error Rate(FWE or FWER) 定义:在一系列假设检验中,至少得出一次错误结论的概率. 换句话说,是造成至少一次Type I Error的概率.术语FWE来自测试系列,这是一系列数据测试的技术定义 2.估计FWE的公式 αIT:一个独立测试的显著水平 c : 对比次数 举个例子,对于一个10次试验的的序列,显著水平5%,FWE = ≤ 1 – (1 – .05)^10 = 0.401 ,这意味着Type I Error 发生的概率超过了40%,对于