双等位基因(biallelic sites ):表示在基因组的某个位点上有两个等位基因,如下图第七个位点所示,有G/-两种形式: 多等位基因(multiallelic sites):表示在基因组的某个位点上存在有多个等位基因,如下图第七个位点所示,在不同的样本中,有G.C.T.-几种形式:

SNP问题大集锦 [2017-01-19]       最近小编对基因检测很感兴趣,也跟风去测了一下,这一测不要紧,吓得小编几天没睡着觉,这不,检测报告上称小编的减肥能力弱,虽然小编一家都是胖子,唯有小编一个瘦子,原本以为是基因发生了突变,然并卵,是未到时候...... 难过之后小编恢复了理智,凭什么你说小编减肥能力弱,小编表示不服,仔细读了报告后发现,原来是这些SNP位点搞的鬼,又是SNP! 话说小编最近收到许多关于SNP的问题,现整理如下: 1.什么是SNP? 单核苷酸多态性(single

SNP/单核苷酸多态性分析 SNP(Single Nucleotide Polymorphism),即单核苷酸多态性,是由于单个核苷酸改变而导致的核酸序列多态.一般来说,一个SNP位点只有两种等位基因,因此又叫双等位基因.SNP在人类基因组中的发生频率比较高,大约平均每1000个碱基中就有一个多态位点.有些SNP位点还会影响基因的功能,导致生物性状改变甚至致病.单核苷酸多态性是研究人类家族和动植物品系遗传变异的重要依据,因此被广泛用于群体遗传学研究(如生物的起源.进化及迁移等方面)和疾病相关基因

1. 纪录片:非自然选择 1.1 CRISPR-Cas9的出现 1.2 故事1:先天性基因缺陷而失明的小孩 1.3 故事2:基因变异的蚊子 1.4 基因技术应用的现状 1.5 担忧 2. CRISPR基因编辑 2.1 Cas9 2.2 Cas12a(以前称为Cpf1) 2.3 Cas9与Cpf1 2.4 Anti-CRISPR 2.5 CRISPR/Cas工具 3. 基因敲除 4. DNA,RNA,染色体,基因,蛋白质 4.1 概念 4.2 DNA和RNA 4.3 物质关系: 4.4 功能关系:

目录 一.来源 二.结果 扁豆的染色体水平高质量组装 扁豆相关农艺性状的QTL定位 直系/旁系同源的演化和物种形成事件 与农艺性状相关基因的直系同源物 群体结构分析揭示扁豆遗传簇 豆荚发育过程中的基因表达 一.来源 Comprehensive genomic resources related to domestication and crop improvement traits in Lima bean. Nature Communications volume 12, Article nu

目录 1. 优势杂交育种预测 2. GS育种原理与模型算法 岭回归和LASSO回归 贝叶斯方法 GBLUP和RRBLUP 偏最小二乘法 支持向量机/支持向量回归 其他方法 3. 模型预测能力验证 4. 局限性 基于数学建模的杂交种预测的一些假设: 影响因素 5. 展望 1. 优势杂交育种预测 杂交育种:选育优良纯合亲本,再进行亲本配组. 杂种优势与亲本间的遗传差异有关,前人通过遗传标记计算亲本间的遗传距离.但遗传距离和杂种优势的相关性只能在一定程度上定性地评价杂交组合的表现,并不能定量地预测表现

摘要:Wright’s F‑statistics, and especially FST, provide important insights into the evolutionary processes that influence the structure of genetic variation within and among populations, and they are among the most widely used descriptive statistics in

引用自NCBI的概念(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/docs/rs_attributes.html#gmaf) Global minor allele frequency (MAF):  dbSNP is reporting the minor allele frequency for each rs included in  a default global population. Since this is being provided

高中学生物的时候关于遗传学的部分,记得当时的教材上为了简化处理一般将基因型定义为AA, Aa, aa.其实这种抽象的理解对应付高考是很有用的,但是实际应用中如果还这样理解那么便会产生一些疑问.之所以会产生这样的抽象,原因是早期并不知道双螺旋DNA是遗传物质,就更不提什么中心法则和DNA测序了.然而当时非常有慧根的孟德尔先生他通过豌豆杂交实验发现了著名的孟德尔遗传定律.所以当早期人们对于遗传学的分子机制还没有那么深刻的认识的时候,就简单的将基因型与表型结合起来理解,所以前面提到的 AA,Aa(显性

计算等位基因频率有两种方式,第一种用vcftool计算: /path/to/vcftools --vcf file.vcf --freq --chr 1 --out filefreq 很简单的一个命令行,file.vcf指的是你要输入的vcf文件,--freq表示计算等位基因频率,--chr后面的1表示你要计算的区域在1号染色体,当然,你也可以选择你想计算的染色体区域,filefreq指的是输出的文件名. 结果如下图所示: 第二种用plink计算: /path/to/plink-1.07-x86

Genome Aggregation Database (gnomAD) 这是一个关于什么的数据库?broad institute开发的,整合了目前几乎所有的公共的WES和WGS测序数据,并对数据做了一些总结,可供其他开发者使用. 怎么使用gnomAD? 查感兴趣的基因 查感兴趣的variant 参考人群等位基因频率数据库 基因变异耐受性 可以不做这方面的工作,但是该领域一些最基本的概念必须了解,这样才有问问题和合作的可能性. 参考: 遗传资源数据库专题-gnomAD gnomAD 数据库简介

在网上找了很多方法都失败了,原因是大多数方法都是用mbr方式安装的,如grub4dos,easybcd.以至于连自己都怀疑win8能不能用硬盘安装,差点就去买个u盘来安装了,就在打算放弃的时候在ubuntu论坛里看到了一个置顶的帖子,对win8硬盘安装讲的很详细,终于按照他的方法把ubuntu装上去了,现在讲讲自己安装中遇到的坑. 参考:http://forum.ubuntu.org.cn/viewtopic.php?f=77&t=467746 在Win8基础上加装Ubuntu,得先搞清楚Win

1.介绍 双因素认证:双因素身份认证就是通过你所知道再加上你所能拥有的这二个要素组合到一起才能发挥作用的身份认证系统.双因素认证是一种采用时间同步技术的系统,采用了基于时间.事件和密钥三变量而产生的一次性密码来代替传统的静态密码.每个动态密码卡都有一个唯一的密钥,该密钥同时存放在服务器端,每次认证时动态密码卡与服务器分别根据同样的密钥,同样的随机参数(时间.事件)和同样的算法计算了认证的动态密码,从而确保密码的一致性,从而实现了用户的认证.因每次认证时的随机参数不同,所以每次产生的动态密码也不同

本文由ilanniweb提供友情赞助,首发于烂泥行天下 想要获得更多的文章,可以关注我的微信ilanniweb 前几天给一个客户做远程项目实施,客户那边的服务器是Windows OS的,我们这边的业务运行需要linux OS,所以就在Windows OS下安装VMWare. 但是在配置VM的IP地址时,遇到了双网卡配置IP地址的问题.宿主机是双网卡,一块网卡连接内网,一块网卡连接外网. 经过摸索终于把在VMWare上VM双网卡配置IP地址的事情搞定了,下面记录大致的配置过程. PS:VM的两块网

0.安装 所谓双主基本可以理解为两台服务器互为主备,其核心思路与主备配置相同. 服务器A: 内网IP: 10.44.94.219 服务器B: 内网IP: 10.44.94.97 1.配置服务器A log-bin=mysql-bin.log server- auto_increment_increment= auto_increment_offset= relay_log= mysql-relay-bin.log log_slave_updates = GRANT REPLICATION SLAV

box-shadow介绍 在我之前的一篇文章<从天猫和支付宝身上学习opcity与rgba>中,介绍了实现双透明遮罩层效果的两种方法,分别是opacity和rgba.他们需要分别依赖于不同的html结构. 例如用opacity方法:点我查看DEMO. 我一度认为实现这种双遮罩层的效果必须需要借助background,事实上利用CSS3的box-shadow属性可以轻松模拟出这种效果.再次查看Demo. box-shadow: 0 0 0 20px rgba(0, 0 ,0 ,0.5); 五个参

实习生活告一段落,我正式从一名.NET程序员转入Java阵营,不得不说刚开始用Java的东西是多么的不习惯,但是经过三个月的使用与开发,我也发现了Java的优势:不在于语言,而在于开源.这意味着有更多免费可用的东西,直接复用,但是研究它的人也可以通过代码深造自己的技术水平. 题外话说到这吧,很简单的一个问题,读取一个大型文件(可能超过内存),分析其中英文单词的词频,并输出结果.简化起见,我们假定编码不是Unicode,而是UTF-8或者ANSI,最快速度,榨干磁盘IO是关键所在. 1.最开始 一

Oracle Sales Cloud(Oracle 销售云)是一套基于Oracle云端的客户商机管理系统,通过提供丰富的功能来帮助提高销售效率,更好地去了解客户,发现和追踪商机,为最终的销售成交 (deal)铺路.当然,今天我们的重点不是介绍Oracle Sales Cloud,而是它的报表开发中的一个小细节功能——提示.事实上,Oracle Sales Cloud的报告和分析模块开发使用的是封装好的BI工具,目前(2016年9月)版本是:Oracle Business Intelligence

问题描述:在Windows10下安装Ubuntu. 使用工具:Windows10.Ubuntu16.04 LTS安装包.UltraISO.easyBCD. 操作步骤: 1.安装之前要给Ubuntu分出一定大小的磁盘空间.我用170G来安装Ubuntu.我的硬盘比较大,如果硬盘较小,可以选择50G等大小给Ubuntu.详细分区操作见<Windows下磁盘分配操作>. 2.制作Ubuntu系统的U盘启动盘.这里会格式化掉U盘里面的数据,如果有重要数据,要先做好备份. 在写入方式里选择"U

一:原理: linux操作系统下双网卡绑定有七种模式.现在一般的企业都会使用双网卡接入,这样既能添加网络带宽,同时又能做相应的冗余,可以说是好处多多.而一般企业都会使用linux操作系统下自带的网卡绑定模式,当然现在网卡产商也会出一些针对windows操作系统网卡管理软件来做网卡绑定(windows操作系统没有网卡绑定功能 需要第三方支持).进入正题,linux有七种网卡绑定模式:0. round robin,1.active-backup,2.load balancing (xor),  3.