转载自: http://blog.sciencenet.cn/blog-306699-1033567.html 在homo species物种,随着研究的深入,注释信息不断丰富 针对CpG Islands,目前也有了较为清楚的界定,它的查找过程: 1)https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables?command=start 打开后如下图 2)在“group”点击下拉框,如下图,选择“Regulation” 3)在“track”点击下拉框,出现下图,选择“CpG

这篇文章是对SNP位点功能注释在线网站的一个总结帖. 软件排名不分先后,优先顺序可以看推荐指数. 彩蛋在最后,请坚持看完 1.GWAS4D, 推荐指数:**** 网址:http://mulinlab.tmu.edu.cn/gwas4d 支持输入格式 1) Variants Coordinates: Chr, Pos, [P-value] 支持输入格式 2) VCF-like Map: Chr, Pos, SNPID, Ref, Alt, [P-value] 支持输入格式 3) Single SN

1) Introduction 为了理解基因组数据,通常旨在在基因组浏览器中绘制这样的数据,以及各种基因组注释特征,例如基因或转录物模型,CpG岛,重复区域等.这些功能可以从ENSEMBL或UCSC等公共数据库中提取,也可以在内部生成或策划.许多当前可用的基因组浏览器在显示基因组注释数据方面做了合理的工作,并且存在从R内部连接到其中一些的选项(例如,使用rtracklayer包).然而,这些解决方案都没有提供完整的Rgraphics系统以多种不同方式显示大数值数据的灵活性. Gviz软件包旨在通

转自声明的奥秘 www.lifeomics.com DNA甲基化与肿瘤发生:         DNA甲基化水平和模式的改变是肿瘤发生的一个重要因素.这些变化包括CpG岛局部的高甲基化和基因组DNA低甲基化状态.如图1左所示,在正常细胞中,位于抑癌基因启动子区域的CpG岛处于低水平或未甲基化状态,此时抑癌基因处于正常的开放状态,抑癌基因不断表达抑制肿瘤的发生.而在肿瘤细胞中,该区域的CpG岛被高度甲基化,染色质构象发生改变,抑癌基因的表达被关闭,从而导致细胞进入细胞周期,凋亡丧失,DNA修复缺陷,

虽然我们现在完全没有甲基化的数据,但还是可以了解一下. 什么是DNA甲基化,与组蛋白修饰有什么联系? DNA Methylation and Its Basic Function 表观的定义就是DNA序列不变.表型变了.最重要的就是DNA的修饰(甲基化)和组蛋白的修饰(chip-seq里面的那几种) 为什么说甲基化比SNP在早筛方面要靠谱得多? DNA甲基化测序的基本原理?Bisulfite Treatment,会特异的改变原来的甲基化和非甲基化的序列,无甲基化的C全部变为U. Pan-Canc

生命组学-可遗传变异 GC content:碱基: GC content不同的植物对应的gene length,可看作上图的转置: 由GC content看出来碱基变异程度,可以找到对应碱基改变,所以gene expression也会相应改变,比如亲水到疏水. 转录偶联变异transcription-coupled repair 核苷酸切除修复(nucleotide excision repair)是一种DNA修复方法.[1]由于化学.辐射和很多其他因素的都会对DNA碱基对造成破坏,DNA时常需

介绍C#如何对ini文件进行读写操作,C#可以通过调用[kernel32.dll]文件中的 WritePrivateProfileString()和GetPrivateProfileString()函数分别对ini文件进行读和写操作.包括:读取key的值.保存key的值.读取所有section.读取所有key.移除section.移除key等操作. 目录 1. ini文件介绍 2. 读取操作:包括读取key的值.读取所有section.读取所有key等操作. 3. 写入操作: 包括保存key的值

背景: 鉴于框架的使用者越来越多,文档太少,不少用户反映框架的入门门槛太高. 好吧,再辛苦下,抽时间写教程吧! 步骤1:下载框架源码 开源地址:https://github.com/cyq1162/Aries 建议用SVN或Git下载,因为随时可以更新.(打包Zip下的载的,更新升级不方便) 步骤2:F5 运行起来 数据库默认是指向文本数据库,所以可以直接运行,看到登陆界面: 默认用户名密码是:admin,111111,已经写在html中了. 点登陆,如果提示如下: 那你就打开web.confi

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本篇主要介绍C#的Excel导入.导出. 目录 1. 介绍:描述第三方类库NPOI以及Excel结构 2. Excel导入:介绍C#如何调用NPOI进行Excel导入,包含:流程图.NOPI以及C#代码 3. Excel导出:介绍C#如何调用NPOI进行Excel导出,包含:流程图.NOPI以.C#代码以及代码分析 4. 源码下载:展示运行图及源码下载 1. 介绍 1.1 第三方类库:NPOI 说明:NPOI是POI项目的.NET 版本,可用于Excel.Word的读写操作. 优点:不用装Off

本篇介绍通过C#生成和读取一维码.二维码的操作. 目录 1. 介绍:介绍条形码.条形码的分类以及ZXing.Net类库. 2. 一维码操作:包含对一维码的生成.读取操作. 3. 二维码操作:包含对二维码的生成.读取操作,以及生成带Logo的二维码. 4. 源码下载:展示运行图及源码下载. 1. 介绍 1.1 条形码 条形码(barcode):是将宽度不等的多个黑条和空白,按照一定的编码规则排列,用以表达一组信息的图形标识符. 1.2 条形码分类 可分为一维条形码和二维条形码: 一维条形码:只是在

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文件上传 表单准备 要想使用 HTML 表单上传一个或多个文件 须把 HTML 表单的 enctype 属性设置为 multipart/form-data 须把 HTML 表单的method 属性设置为 post 需添加 <input type="file"> 字段. Struts 对文件上传的支持 在 Struts 应用程序里, FileUpload 拦截器和 Jakarta Commons FileUpload 组件可以完成文件的上传. 步骤: 在 Jsp 页面的文件上

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经常听到有朋友抱怨他的电脑运行软件或者游戏时提示缺少什么 d3dx9_xx.dll 或 msvcp71.dll.msvcr71.dll又或者是 .Net Framework 初始化之类的错误而无法正常使用,其实很多时候,只是因为你的电脑没有安装好这些软件所需要的运行库 (又称"运行时" / Runtime) 而已. 在 Window s环境下,很多软件特别是游戏都需要依赖一些运行库才能正常使用,而这些库并没有集成在 Windows 里的,需要我们自行下载安装 (所需的运行库一般在软件或

100 open source Big Data architecture papers for data professionals. 读完这100篇论文 就能成大数据高手 作者 白宁超 2016年4月16日13:38:49 摘要:本文基于PayPal高级工程总监Anil Madan写的大数据文章,其中涵盖100篇大数据的论文,涵盖大数据技术栈(数据存储层.键值存储.面向列的存储.流式.交互式.实时系统.工具.库等),全部读懂你将会是大数据的顶级高手.作者通过引用Anil Madan原文和CS

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