最近php7的消息铺天盖地, 忍不住想尝试下.星期天看了下语法, 写个小脚本练下手: 这个脚本读取fasta 文件, 输出序列的长度和GC含量: <?php $fasta = "test.fasta"; $meta = array(); $meta = parse_fasta($fasta); write_res($meta); function parse_fasta($fasta) { $meta = array(); $file_handle = fopen($fasta,

在介绍summary.seqs的用法之前,我们首先需要搞清楚两个概念: 1)ambiguous bases 中文叫做模糊碱基,对于DNA序列来说,只有ATCG 4种碱基,在IUPAC定义的碱基标准中,出了上述4种碱基之外,还包括其他的碱基,可以代表不同类型的碱基 代码 英文含义 中文含义 G   Guanine 鸟嘌啉 A   Adenine 腺嘌啉 T (U) Thymine (Uracil) 胸腺嘧啶 (尿嘧啶) C   Cytosine 胞嘧啶 R (A or G) PuRine 嘌啉 Y

首先登陆进入Mysql命令行  执行sql      show variables like 'slow_query%';  结果为OFF 说明还未开启慢查询 执行sql     show variables like 'long_query_time';  可以看到具体的慢查询 “”时限“ 我们先开启慢查询 执行sql set global slow_query_log='ON'; 这是再去查询一下(show variables like 'slow_query%';)发现已经开启了. 也可以

题目: 随便给定一条序列,如果GC含量超过65%,则认为高. 编程: from __future__ import division #整数除法 def is_gc_rich(dna): length = len(dna) G_count = dna.upper().count('G') C_count = dna.upper().count('C') GC_content = (G_count + C_count) / length if GC_content > 0.65: print('G

目标如题,有多个fasta文件和一个文件名列表,将文件名列表中包含的文件匹配出来并提取第一条序列合并成一个fa文件. 这个采用perl实现,用法和代码如下: 1 #!/usr/bin/perl -w 2 use strict; 3 4 sub usage{ 5 die "usage:perl $0 <fa.list> <Fasta_Dir> <merged.fa>\n",unless(@ARGV==3); 6 } 7 usage(); 8 9 ope

分析:首先树形dp(dfs计算出每个点为根节点的子树的最长距离和次长距离),然后找出L=dis[u][0]+dis[u][1]最长的那个点u,然后在以u为根节点dfs,统计长度为L的条数:具体做法:把u的儿子节点为根节点的子树深搜遍历到每个叶子节点,用h[dist[v]]统计该子树中u到v的距离,然后对于遍历过的叶子节点且不再当前子树中的s[L-dist[v]]的个数加到ans中,最后ans即为所求条数: #pragma comment(linker, "/STACK:1024000000,10

SELECT count(*) FROM 表名 WHERE 条件 // 这样查出来的是总记录条   SELECT count(*) FROM 表名 WHERE 条件 GROUP BY id //这样统计的会是每组的记录条数.   如何获得 第二个sql语句的总记录条数? select count(*) from(SELECT count(*) FROM 表名 WHERE 条件 GROUP BY id ) a ;   SELECT count(*) FROM (SELECT COUNT(*) FR

1.子查询,查询出的数据随便起一个别名,然后根据分组和条件查询出的数据,作为一个具有一列的一个表,然后外面的查询查询这个数据表的这一列的总数,即可. SELECT COUNT( * ) FROM ( SELECT COUNT( * ) FROM data_report_statistics WHERE CREATE_TIME > '2018-11-06 01:00:00' GROUP BY PROVINCE ) A;

MongoDB虽然不像我们常用的mysql,sqlserver,oracle等关系型数据库有group by函数那样方便分组,但是MongoDB要实现分组也有3个办法: * Mongodb三种分组方式: * 1.group(先筛选再分组,不支持分片,对数据量有所限制,效率不高) * 2.mapreduce(基于js引擎,单线程执行,效率较低,适合用做后台统计等) * 3.aggregate(推荐) (如果你的PHP的mongodb驱动版本需>=1.3.0,推荐你使用aggregate,性能要高很

Microsoft SQL Server 提供一个称为 bcp 的流行的命令提示符实用工具,用于将数据从一个表移动到另一个表(表既可以在同一个服务器上,也可以在不同服务器上).SqlBulkCopy 类允许编写提供类似功能的托管代码解决方案.还有其他将数据加载到 SQL Server 表的方法(例如 INSERT 语句),但相比之下SqlBulkCopy 提供明显的性能优势. 使用 SqlBulkCopy 类只能向 SQL Server 表写入数据.但是,数据源不限于 SQL Server:可以

前言 由于项目需求,需要将Excel中的数据进过一定转换导入仅Oracle数据库中.考虑到当Excel数据量较大时,循环Insert语句效率太低,故采用批量插入的方法.在插入操作运行时,会造成系统短暂的"卡死"现象.为了让用户知道插入的状态,需要制作一个进度条来显示插入的进度. 批量插入 项目中运用的是System.Data.OracleClient.首先将Excel数据通过转换函数转换为DataTable,其中的字段和数据库中相应表格的字段完全对应. public int Impor

今天要做一个批量处理图层数据的功能,希望在处理任务过程中,各个任务都能在进度条中显示自己的当前进度,决定继续使用强大易用的BackgroundWorker组件.通过在RunWorkerCompleted事件中进行控制来达到各任务独立显示完成进度的目标.测试在之前的介绍BackgroundWork功能的测试代码基础上展开,测试例子截图如下: 分别向每个ListBox中写入1-100000的数字,向每个Listbox中写入过程中,进度条都自左向右走一遍,直到3个ListBox写入数字任务全部完成.代

PLSQL作为Oracle数据库进行操作常用工具,可以很方便的对表以及数据进行处理.工作中如果遇到数据库转移,需要将老数据库中的建表.建序列和存储过程语句导出,然后导入到新的数据库中这样序列号会自动,继续使用原来的序列号.小编介绍下如何使用PL/SQL工具批量导出建表脚本.存储过程.序列脚本?   工具/原料   PLSQL oracle数据库, 方法/步骤     首先登录到数据库中,通过PLSQL工具等到到数据库,然后点击右上角有个工具栏,然后点击工具栏上的tools.工具栏上的tools(

结论:协程池还是有必要的,能够有效减小GC的压力. 我的某个服务,为了方(tou)便(lan),一些异步处理的场合直接go出协程来处理. 服务中使用这样的代码来统计GC的延迟: var mem runtime.MemStats runtime.ReadMemStats(&mem) for _, ns := range mem.PauseNs { //汇总 } 在我进行runtime信息统计的时候发现:没有大量go协程的服务,从未出现1ms以上的GC延迟:而存在大量go出协程的服务,1ms以上的G

类别中包含一个产品的集合属性,如何向数据库添加一条类别记录的同时,添加任意多个产品. public class Product { [DisplayName("产品名称")] public string Name { get; set; } }   public class Category { [DisplayName("类别名称")] public string Name { get; set; } private IList<Product> _p

批量删除主要借助了MySql的limit函数,其次用了in删除. 代码如下: package com.hy.action; import java.io.Reader; import java.util.ArrayList; import java.util.List; import org.apache.ibatis.io.Resources; import org.apache.ibatis.session.SqlSession; import org.apache.ibatis.sessi

一.简介 源码地址 日期:2018/4/12 介绍:查看mysql的信息,用于比对和查询条目数 效果图: 二.使用 适用:centos6+ 语言:中文 注意:适用于5.7版本,其它版本要更改变量hang为2 下载 wget https://raw.githubusercontent.com/goodboy23/shell/master/jobs/mysql_info.sh 执行 bash mysql_info.sh -uroot -p'123456' test

for (int i = 0; i < 100000; i++) { dbHelper.insert("INSERT aaa(name) Values ('1')"); } 运行时间==780450ms conn = getConn(); // JAVA默认为TRUE,我们自己处理需要设置为FALSE,并且修改为手动提交,才可以调用rollback()函数 conn.setAutoCommit(false); st = conn.createStatement(); long s

#!/bin/bashmaster_dev='master'date_star='2018-11-01'date_end='2018-11-30'path1=`find /home/gitlab_data/ -name "*.git"`echo '' > /home/total.txt#echo $path1##arr=($a)用于将字符串$a分割到数组$arr ${arr[0]} ${arr[1]} ... 分别存储分割后的数组第1 2 ... 项 ,${arr[@]}存储整个

本文实例讲述了jQuery获得子元素个数的方法.分享给大家供大家参考.具体分析如下://获取id=div1下的子元素的个数$('#div1').children().length;//获取id=div1下的span元素个数$('#div1').children('span').length;$(".site_show").children().length18$(".site_show").children("li").length18 rf定位

1)知识简介--------------------------------------------------------1.1)测序质量值 首先在了解fastq,fasta之前,了解一下什么是质量值.phred软件在对reads进行base calling的时候会给出每一个碱基的质量值,这个质量值的计算与测序预期错误率相关(estimated probability of error): Phred Quality Score     Probability of incorrect bas