庐州月光 如何提取一个转录本的3'UTR区域的序列 在做microRNA 和 mRNA 相互作用预测的时候,大家都知道microRNA 作用的靶点是位于mRNA 的3'UTR取,所以只需要提取mRNA 对应的3'UTR 区的序列去做分析即可: 那么如何提取一个mRNA的3'UTR区呢? 在UCSC数据库中,提供了3'UTR区序列的下载,以人类hg19为例, 利用table browser 浏览器选择对应的序列 链接:http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables

目标如题,有多个fasta文件和一个文件名列表,将文件名列表中包含的文件匹配出来并提取第一条序列合并成一个fa文件. 这个采用perl实现,用法和代码如下: 1 #!/usr/bin/perl -w 2 use strict; 3 4 sub usage{ 5 die "usage:perl $0 <fa.list> <Fasta_Dir> <merged.fa>\n",unless(@ARGV==3); 6 } 7 usage(); 8 9 ope

随着人类基因组计划(Human Genome Project)即全部核苷酸测序的即将完成,人类基因组研究的重心逐渐进入后基因组时代(Postgenome Era),向基因的功能及基因的多样性倾斜.通过对个体在不同生长发育阶段或不同生理状态下大量基因表达的平行分析,研究相应基因在生物体内的功能,阐明不同层次多基因协同作用的机理,进而在人类重大疾病如癌症.心血管疾病的发病机理.诊断治疗.药物开发等方面的研究发挥巨大的作用.它将大大推动人类结构基因组及功能基因组的各项基因组研究计划.生物信息学在基因组

本文为博主辛苦总结,希望自己以后返回来看的时候理解更深刻,也希望可以起到帮助初学者的作用. 转载请注明 出自 : luogg的博客园 谢谢配合! day 06 视图,索引,序列 视图 什么是视图: 视图是基于一个或多个表或视图的逻辑表,视图本身并不包含数据,但是却像一个窗口,通过它可以查询或修改表中的数据.视图所基于的表称为基表,视图是存储在数据字典中的一条SELECT SQL语句. 视图优点: 限制对数据的访问,因为视图可以有选择性地显示数据库的一部分. 视图可以简化复杂的查询, 但不能提高性

上一篇:python字符串基础一 下一篇:Python 列表操作简介 序列概览 Python包含6种内置的序列:列表.元组.字符串 .Unicode字符串.buffer对象.xrange对象.在序列中的每个元素都有自己的编号.列表与元组的区别在于,列表是可以修改,而组元不可修改.理论上几乎所有情况下元组都可以用列表来代替.有个例外是但元组作为字典的键时,在这种情况下,因为键不可修改,所以就不能使用列表. 我们先来编写一个列表: 使用方括号括起来,列表元素使用逗号进行分隔: >>> a =

假设想要计算ATP1A4基因上的外显子碱基覆盖度 首先查询这个基因所有exon的起始和终止位置,查询链接:http://grch37.ensembl.org/Homo_sapiens/Transcript/Exons?db=core;g=ENSG00000132681;r=1:160121360-160156767;t=ENST00000368081 如下图所示,可以看到该基因有6个转录本,假定选择第二个转录本ENST00000470705.1,点击进去,显示该转录本有5个外显子 具体外显子的详

缺点:需要联网,经常出错,不是操作问题而是因为网络问题 安装 if("seqinr" %in% rownames(installed.packages()) == FALSE) {source("http://bioconductor.org/biocLite.R");biocLite("seqinr")} suppressMessages(library(seqinr)) ls('package:seqinr') ###Retrieving a

蕾妮·瓦林特(Renee Valint)的女儿谢尔碧(Shelby)在2000年出生时.看起来虚弱无力,就如同一仅仅耷拉着的布娃娃.谢尔碧学着走路和说话,但学得很慢.错过了儿童发展的重要阶段.到4岁时.她还仅仅能坐在轮椅上.到五年级时,她開始要用电子语音设备与人交流.绝望无助的蕾妮把女儿从菲尼克斯带到明尼苏达州罗切斯特的梅奥诊所(Mayo Clinic).进行最后一周的检查.并与美国最好的一些医生讨论病情. "他们都把手一摊,说:'我们不知道她出了什么问题.'"蕾妮说道,"那

前言 在之前 <Oracle打怪升级之路一>中我们主要介绍了Oracle的基础和Oracle常用查询及函数,这篇文章作为补充,主要介绍Oracle的对象,视图.序列.同义词.索引等,以及PL/SQL编程的相关知识 视图 什么是视图 视图是一种数据库对象,是从一个或者多个数据表或视图中导出的虚表,视图所对应的数据并不真正地存储在视图中,而是存储在所引用的数据表中,视图的结构和数据是对数据表进行查询的结果.根据创建视图时给定的条件,视图可以是一个数据表的一部分,也可以是多个基表的联合,它存储了要执

http://blog.csdn.net/pipisorry/article/details/52098864 非负矩阵分解(NMF,Non-negative matrix factorization) NMF的发展及原理 著名的科学杂志<Nature>于1999年刊登了两位科学家D.D.Lee和H.S.Seung对数学中非负矩阵研究的突出成果.该文提出了一种新的矩阵分解思想--非负矩阵分解(Non-negative Matrix Factorization,NMF)算法,即NMF是在矩阵中所

NGS又称为下一代测序技术,高通量测序技术 以高输出量和高解析度为主要特色,能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列读取,在提供丰富的遗传学信息的同时,还可大大降低测序费用.缩短测序时间的测序技术. Sanger法测序(一代测序):是一种利用DNA聚合酶来延伸结合在待定序列模板上的引物的测序技术.每一次序列测定由一套四个单独的反应构成,每个反应含有所有四种脱氧核苷酸三磷酸(dNTP),并混入限量的一种不同的双脱氧核苷三磷酸(ddNTP).由于ddNTP缺乏延伸所需要的3-OH基团,使延长的

一.circRNA序列提取 环状RNA (circRNA)是一类不具有 5' 末端帽子和 3' 末端 poly(A)尾巴.并以共价键形成环形结构的非编码 RNA 分子. 环状RNA (circRNA) 是区别于传统线性 RNA 的一类新型 RNA,大量存在于真核转录组中且表达具有时空特异性.在调控基因转录.作为疾病诊断marker等方面具有重要的研究和临床意义. 在预测circRNA时,都是检测breakpoint 处的reads 数,最后给出的环状RNA的ID 都是诸如 chr14:10699

使用limma.Glimma和edgeR,RNA-seq数据分析易如反掌 Charity Law1, Monther Alhamdoosh2, Shian Su3, Xueyi Dong3, Luyi Tian1, Gordon K. Smyth4 and Matthew E. Ritchie5 1The Walter and Eliza Hall Institute of Medical Research, 1G Royal Parade, Parkville, VIC 3052, Melbo

1)背景 生物信息学研究经常涉及计算或提取基因的各种特征,如基因ID作图,GC含量计算和不同类型的基因长度,通过操纵基因模型,这些模型通常以GTF格式注释,可从ENSEMBL或GENCODE数据库获得.这种计算对于后续分析是必不可少. 然而,专门用于直接从GTF文件分析各种模式的基因模型的软件包尚未公开.虽然 BioMart在一定程度上可以来执行某些功能,但是它依赖于数据库查询并且有时会很慢. 此外,用户需要熟悉字段名称BioMart后端数据库中的表格可能也不方便. 因此,GTFtools(用P

1.grep 1.1 grep [-invc] [--color=auto] '搜寻字符串' filename选项与参数:-i :忽略大小写的不同-n :顺便输出行号-v :显示没有 '搜寻字符串' 的行--color=auto :将找到的部分加上颜 -c :统计比配的行数 -w : 仅完全匹配字词 -o : 只输出匹配的内容 -A2:匹配的行以及其下面的2行 -B2:匹配的行以及其上面的2行 -C2:匹配的行以及其上下面的2行 例1:less file1 |cut -f 1 |xargs -i

应用: 一.图像分析 NMF最成功的一类应用是在图像的分析和处理领域.图像本身包含大量的数据,计算机一般将图像的信息按照矩阵的形式进行存放,针对图像的识别.分析和处理也是在矩阵的基础上进行的.这些特点使得NMF方法能很好的与图像分析处理相结合.人们已经利用NMF算法,对卫星发回的图像进行处理,以自动辨别太空中的垃圾碎片:使用NMF算法对天文望远镜拍摄的图像进行分析,有助于天文学家识别星体:美国还尝试在机场安装由NMF算法驱动的识别系统,根据事先输入计算机 的恐怖分子的特征图像库来自动识别进出机场

期刊:Molecular & Cellular Proteomics 发表时间:June 17, 2019 DOI:10.1074/mcp.RA119.001456 分享人:任哲 内容与观点: 大家好,本次分享的是发表在Molecular & Cellular Proteomics上的一篇关于蛋白质组基因组学工具的文章,题目是FusionPro, a Versatile Proteogenomic Tool for Identification of Novel Fusion Transc

表达序列标签(expressed sequence tags,ESTs)是指从不同组织来源的cDNA序列.这一概念首次由Adams 等于1991年提出.近年来由此形成的技术路线被广泛应用于基因识别.绘制基因表达图谱.寻找新基因等研究领域,并且取得了显著成效.在通过mRNA差异显示.代表性差异分析等方法获得未知基因的cDNA部分序列后,研究者都迫切希望克隆到其全长cDNA序列,以便对该基因的功能进行研究.

samtools的说明文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtmlsamtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集.包含有许多命令.以下是常用命令的介绍 1. view view命令的主要功能是:将sam文件转换成bam文件:然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作 是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作):最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)

题目大意:给出m个疾病基因片段(m<=10),每个片段不超过10个字符.求长度为n的不包含任何一个疾病基因片段的DNA序列共有多少种?(n<=2000000000) 分析:本题需要对m个疾病基因片段构建一个AC自动机,自动机中的每个节点表示一个状态.其中AC自动机中的叶子节点表示的是病毒,所以是非法状态.同时,如果某个节点到根的字符串的后缀是一个病毒,那么该节点也是非法状态.剔除掉所有的非法状态,那么剩下的节点都表示合法状态了.然后用节点的nxt指针表示状态之间转化关系.若nxt[i]==0,