目录 需求 示例文件 代码实现 补充说明 需求 客户的一个简单需求: 我有一批功能基因位点,想从重测序的群体材料中找到这些位点,如何批量快速获得? 示例文件 gene.txt test.vcf 代码实现 run.sh cat $1 |while read gene chr from to do #echo $chr $from $to if echo $2 |grep -q '.*.vcf.gz$';then vcftools --gzvcf $2 --chr $chr --from-bp $f

首先,进入NCBI的主页网站:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/variation/view/ 进入后,在下图红色框框位置输入目的SNP,比如rs608139 输完后,出现如下结果,箭头指向的是该SNP当前所在基因座的位置,即p21,由于该SNP在2号染色体上,因为我们也写为2p21

正则表达式提取器是一个后置处理器,作用是在请求完成后,从响应数据中截取一部分字符串保存到变量中,以便下一个请求使用 1.首先在线程组下添加两个HTTP请求, 2.添加好两个HTTP请求后,在每个HTTP请求下添加一个查看结果数 3.在第一个HTTP请求下添加正则表达式提取器 4.在第一个HTTP请求添加好IP地址,路径,端口号,协议,方法,如果有参数,还需要添加参数,我这里没有参数所以就不添加了 5.点击绿色箭头启动,查看第一个HTTP请求完成后的响应数据 6.第一个HTTP请求完成后的响应数据

最近需要做一些文本摘要的东西,选取了TextRank(论文参见<TextRank: Bringing Order into Texts>)作为对比方案,该方案可以很方便的使用Python相关库进行实现. 下面介绍如何利用Python实现一个简单的文本摘要工具. Demo [前期准备]: Python 2.7.x - 当然也推荐Python3,少掉很多编码问题.信仰选2! jieba分词 - 最好的python中文分词工具(最新清华出了个THULAC,有兴趣的可以试试,看对比效果似乎更好) ne

Fluent版本:Fluent 19.0 Visual Studio版本:Visual Studio 2013 有时候我们想要实现一些功能,比如:我们在使用Fluent进行瞬态计算的时候,想要获取某条线上的物理量随时间的变化,如果我们直接用UDF去输出当然是可以的,但是实现起来难度比较大,而CFD-Post实现这些功能相对比较容易,难道要我们保留所有的结果,最后再在CFD-Post里面慢慢处理?当然有其他的解决办法,我们可以使用Python编写一个模块,用来调用CFD-Post获取该条线段上的物

目录 两种算法 1. 欧氏距离(ED)算法 2. SNP-index算法 实操 1. 上游分析 2. 下游分析 两种算法 1. 欧氏距离(ED)算法 mut与wt分别代表突变型混池.野生型混池,A.C.G.T表示标记位点各突变型所占测序reads的比例,对于二倍体来说,大部分标记只有两种突变型. MMAPPR,ED法是其中一个环节,通过计算不同混池间各突变型的频率距离,采用距离差异来反映标记与目标区域的连锁强度. 2. SNP-index算法 通过寻找混池之间基因型频率的显著差异,用Δ(SNP-

画图的时候,排序是个很重要的技巧,比如有时候会看下基因组每条染色体上的SNP的标记数量,这个时候直接做条形图是一种比较直观的方法,下面我们结合实际例子来看下: 在R环境下之际构建一个数据框,一列染色体名称,一列统计数据. 1 chr<-paste("chr",c(1:18,"X","Y"),sep="") 2 set.seed(2) 3 num<-runif(20,100,5000) 4 df<-data.f

UEditor是由百度web前端研发部开发所见即所得富文本web编辑器,具有轻量,可定制,注重用户体验等特点,开源基于MIT协议,允许自由使用和修改代码.(抄的...) UEditor是非常好用的富文本web编辑器,而且全中文API和注释,方便学习和使用.特别是图片上传查看及涂鸦功能极为喜欢,但是有很多情况我们并不需要Web编辑器,而只需要图片上传.那么问题来了,提取图片上传哪家强..... 网上有很多图片上传的控件.插件.但都不是那么的完美,有的只有一张图片上传不包含批量上传,有的没有图片查看

有这样一个压力测试环境,有一个上传页面,上传成功之后服务器会返回一些上传信息(比如文件的 id 或者保存路径之类的信息),然后压力机会继续下一个请求,比如调整 id 为 xx 的文件的一些信息等等.问题来了:JMeter 是不知道上传后文件的 id 的,第二个请求势必从第一个请求的返回结果中提取出文件 id,然后依此为参数发起第二次请求.那么 JMeter 如何把上一个请求的结果作为下一个请求的参数呢?本文将介绍如何使用正则提取器解决这个问题.         1. 提参采样器添加正则表达式提取

SNP/单核苷酸多态性分析 SNP(Single Nucleotide Polymorphism),即单核苷酸多态性,是由于单个核苷酸改变而导致的核酸序列多态.一般来说,一个SNP位点只有两种等位基因,因此又叫双等位基因.SNP在人类基因组中的发生频率比较高,大约平均每1000个碱基中就有一个多态位点.有些SNP位点还会影响基因的功能,导致生物性状改变甚至致病.单核苷酸多态性是研究人类家族和动植物品系遗传变异的重要依据,因此被广泛用于群体遗传学研究(如生物的起源.进化及迁移等方面)和疾病相关基因

1,软件介绍 FreeBayes is a Bayesian genetic variant detector designed to find small polymorphisms, specifically SNPs (single-nucleotide polymorphisms), indels (insertions and deletions), MNPs (multi-nucleotide polymorphisms), and complex events (composite

SNP(单核苷酸多态性)准确性的验证,你造吗? [2016-12-12]       SNP(全称Single Nucleotide Polymorphisms)即单核苷酸多态性,主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异引起的DNA序列多态性,包括单个碱基的转换.颠换等.SNP定位分类:可分为基因编码区.基因周边以及基因间SNP等三类:SNP位置区域包括UTR区.编码区的外显子或内含子区 .可变剪切位点等等. SNP是人类可遗传变异中最常见的一种,占所有已知多态性的90%以上,所以SNP的应用范

背景: miRNA通过和mRNA的3'UTR区结合,导致mRNA讲解或者抑制mRNA翻译,从而实现转录后调控的作用: 如果在miRNA和 mRNA的结合区域,发生了snp,就可能会影响miRNA和mRNA的结合:导致疾病或者其他的一些变化: 所以位于结合区域的snp 位点有极大的研究价值: 简介: PolymiRTS 数据库是一个miRNA 相关snp 位点的数据库,链接如下: http://compbio.uthsc.edu/miRSNP/ 数据库中收录的snp位点可以分成两种: 1)snp

Illumina的SNP芯片原理 Illumina的SNP生物芯片的优势在于: 第1,它的检测通量很大,一次可以检测几十万到几百万个SNP位点 第2,它的检测准确性很高,它的准确性可以达到99.9%以上 第3,它的检测的费用相对低廉,大约一个90万位点的芯片(每个样本的)检测费用在一.两千人民币 Illumina的生物芯片系统,主要是由:芯片.扫描仪.和分析软件组成. Illumina的生物芯片,由2部分组成:第1是玻璃基片,第2是微珠. 这个玻璃基片,它的大小和一张普通的载玻片差不多大小,它起

GATK4.0 和之前的版本相比还是有较大的不同,更加趋于流程化. 软件安装 1 wget https://github.com/broadinstitute/gatk/releases/download/4.1.5.0/gatk-4.1.5.0.zip 2 unzip gatk-4.1.5.0.zip GATK 简单说明 1 ## 帮助信息 2 gat --help 3 4 ## 列出所有的工具 5 gatk --list 6 7 ## 工具的说明,比如以VariantAnnotator 为例

农业的组学技术应用虽然落后于人的研究,这是什么意义的问题,但有时农业基因组有自己无可比拟的优势,那就是材料.下面介绍GWAS应用. GWAS(Genome-wide association study),即全基因组关联分析,是通过扫描基因组中数以百万计的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)分子标记,进行基因型和表型间相关性分析,筛选出影响复杂性状的基因变异的一种策略. 应用方向 多性状定位 在全基因组水平上同时且广泛地挖掘与多个目标性状变异显著

我已经写了一篇文章关于百度的UEditor提取多图片上传模块.如果还没有看过,请点击以下链接查看 http://www.cnblogs.com/luke1006/p/3719029.html 出差了两个月,又搞了好长时间的WinForm.不好意思这么晚才更新后台上传的流程. 同样是基于.net的. 1.大家要关注一下config文件中对图片上传提交的页面的配置. imageUrl: URL + "net/imageUp.ashx" 2.这个页面的代码主要包含了图片的配置信息并返回图片保

为什么要做正文提取 一般做舆情分析,都会涉及到网页正文内容提取.对于分析而言,有价值的信息是正文部分,大多数情况下,为了便于分析,需要将网页中和正文不相干的部分给剔除.可以说正文提取的好坏,直接影响了分析结果的好坏. 对于特定的网站,我们可以分析其html结构,根据其结构来获取正文信息.先看一下下面这张图: 正文部分,不同的网站,正文所在的位置不同,并且Html的结构也不同,对于爬虫而言,抓取的页面是各种各样的,不可能针对所有的页面去写抓取规则来提取正文内容,因此需要一种通用的算法将正文提取出来

在前面的一篇随笔<基于Metronic的Bootstrap开发框架经验总结(1)-框架总览及菜单模块的处理>介绍了菜单模块的处理,主要介绍如何动态从数据库里面获取记录并构建菜单列表.其中菜单信息的图标样式,也是从数据库里面获取的,因此要求我们能够动态取得Bootstrap里面的各种图标定义了.本篇主要介绍如何提取Bootstrap的图标信息,存储到数据库里面为我所用. 1.菜单的显示及各种Bootstrap图标 我们从下图可以看到,为了菜单的美观,每个菜单项(这里分了三级菜单)都有一个图标,虽

总结 Visual Studio的Web Performance Test是基于HTTP协议层的,它不依赖于浏览器,通过直接接收,发送HTTP包来和Web服务器交互.Web Performance Test发送和接收的一系列请求和响应之间存在相关性,例如,用户登录后,SID被传递给客户端,下一次请求时,需要把SID发送到服务器.因此,Web Perfomance Test 定义了多种提取规则,帮助从服务器响应中提取信息,用于之后的请求.或者保存起来,作为测试结果的一部分. Web Perform