Blast,全称Basic Local Alignment Search Tool,即"基于局部比对算法的搜索工具",由Altschul等人于1990年发布.Blast能够实现比较两端核酸或者蛋白序列之间的同源性的功能,它能够快速的找到两段序列之间的同源序列并对比对区域进行打分以确定同源性的高低. Blast的运行方式是先用目标序列建数据库(这种数据库称为database,里面的每一条序列称为subject),然后用待查序列(query)在database中搜索,每一条query与da

生物医学大数据-蛋白质定量 现今肽段定量效率存在巨大差异.比如相同质量蛋白质,但是肽段和蛋白信号不均一,在物理条件一致时,仅有70%的重复率,并且当重复次数变多时,overlapping在变少. 无标定量法 方法一是针对二级色谱的谱图计数,即统计二级色谱的数量,数量越多则蛋白丰度越高,但相同丰度蛋白也有不同的二级色谱数,所以算法目的是减少噪音. 方法二是针对一级色谱的离子流色谱峰XIC,即每个肽段的离子流色谱峰,可以取同一个肽段不同时间点上的信号强度,连接成峰,通过求该曲线的曲线下面积获取曲线信

格式化数据库: makeblastdb -in db.fasta -dbtype prot -parse_seqids -out dbname 参数说明: -in:待格式化的序列文件 -dbtype:数据库类型,prot或nucl -out:数据库名 蛋白序列比对蛋白数据库(blastp): blastp -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_thre

STRING database的挖掘 这个数据库绝对是做实验人的宝藏,里面包含了各种蛋白互作关系,不用做实验就有一大堆证据. IPA了解一下,收费的高端分析软件,大部分就是整合的这个数据库,很多大佬喜欢用IPA来找明星基因,再来讲故事,实例请看之前解读的CSC paper. 首先了解一下STRING里面有哪些文件可以下载: https://string-db.org/cgi/download.pl?sessionId=yMNmD7s36wS8 选你的物种,减少文件大小,常用的就是互作数据: 一般

最近要做一个跟生物有关的项目,隔行如隔山呀,好多工具以前都没听过,blast分到我头上啦,查查,查查 BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具.BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较.BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明. 这个链接下有很多加入了blast功能的生物网站:https://www.plob.org/article/6674.html, blast官网: ht

之前的文章:构建NCBI本地BLAST数据库 (NR NT等) | blastx/diamond使用方法 | blast构建索引 | makeblastdb 本地运行blast时,需要指定out format. 常见的网页版blast结果可以参照:Blast结果的详细解析 *** Formatting options -outfmt <String> alignment view options: 0 = Pairwise, 1 = Query-anchored showing identit

Peptide Sequence Databases蛋白序列的数据库 nrAll non-redundant GenBank CDS translations + RefSeq Proteins + PDB + SwissProt + PIR + PRF所有非冗余的的GenBank CDS区的翻译序列 + 参考序列的蛋白 + PDB数据库 + SwissProt蛋白数据库 + PRF蛋白数据库 refseqRefSeq protein sequences from NCBI’s Referenc

参考链接: FTP README 如何下载 NCBI NR NT数据库? 下载blast:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+ 先了解BLAST Databases:BLAST FTP Site   如何下载NCBI blast数据库? NCBI提供了一个非常智能化的脚本update_blastdb.pl来自动下载所有blast数据库. 脚本使用方法: perl update_blastdb.pl nr 有哪些可供下载的blast

详细可参考https://www.jianshu.com/p/2f125cdf8262:https://blog.csdn.net/qq_34296043/article/details/54427786两篇文章 1)下载网址:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+ 2)解压到文件夹.此处为E:\software\blast_2.8.0_alpha\.会自动出现一个bin文件夹(放置程序,如下图),一个doc文件夹(放置文件).然后

1 下载程序 在ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/下载 ncbi-blast-2.2.25+-x64-linux.tar.gz 2 解压 如解压到用户的主目录(/home/***)下,把解压后的文件夹重新命名为blast,则BLAST+的所有程序在目录/home/***/blast/bin下. 3 添加环境变量 打开终端(Terminal),切换为root用户,执行vim /etc/profile 在最末尾添加e

1.把BLAST的压缩文件解压,然后将bin目录下的文件拷贝至/usr/local/bin下:2.制作软链接,将解压后的文件中bin目录链接至/home/username下,eg:ln -s /home/username/blast/bin:3.在当前用户目录下,编辑bashrc文件,在文件中加入export PATH=/home/username/bin/=$PATH;4.在当前目录下,将数据文件格式化,$formatdb -i filename.后缀 -p F -o T 5.将待进行blas

1. Blast (1)格式化数据库 formatdb -i db.seq -p T -o T -l logfile 主要参数: -i 输入需要格式化的源数据库名称 -p 文件类型,是核苷酸序列数据库(F - nucleotide)/蛋白质序列数据库(T – protein),default = T -a 输入数据库的格式是否为ASN.1/FASTA [T/F],default = F -o 解析选项:解析序列标识并且建立目录[T/F],default = F -l 自定义log文件命令defa

系列目录 前言 听标题的名字似乎是一个非常牛X复杂的功能,但是实际上它确实是非常复杂的,我们本节将演示如何实现对数据,进行组合查询(数据筛选) 我们都知道Excel中是如何筛选数据的.就像下面一样 他是一个并的关系,我们现在要做的也是这样的效果,下面我们将利用EasyUI的DataGrid为例来扩展(就算是其他组件也是可以的,同样的实现方式!) 实现思路 前台通过查询组合json 后台通过反射拆解json 进行组合查询 虽然短短3点,够你写个3天天夜了 优点:需要从很多数据中得到精准的数据,通常

前面的文章中,老周已向大伙伴们介绍了如何在终结点上使用地址头,只要服务是沿着该终结点调用的,那么每一次调用都会自动把地址头插入到SOAP消息的Header列表中. 而通过前一篇文章中的示例,大家也看到,客户端在调用服务时,必须指定与服务器完全一致的地址头,否则会验证失败.那是因为,在默认情况下,AddressFilter会对终结点的地址以及地址头进行校验.如果我们不希望使用默认校验行为,可以自定义一个MessageFiler,然后对传入的SOAP消息头进行验证. MessageFilter是一个

本文版权,归博客园和作者吴双共同所有.转载和爬虫请注明博客园蜗牛Redis系列文章地址 http://www.cnblogs.com/tdws/tag/NoSql/ Redis数据类型之集合(Set). 单个集合中最多允许存储2的三十二次方减1个元素.内部使用hash table散列表实现. SADD Key members.....,向集合中增加多个元素,返回成功个数.另外由于集合中不允许有重复元素,所以当添加重复元素时,会忽略不计,当然也不计影响个数. SMEMBERS Key   获取目标

以前我也会过,后来忘得干干净净.还是老话,学习新东西不难,难的是不断总结和提升.重新学习ArcGIS的属性筛选功能,记录如下. 要求: 1. 查找,删除. 例:根据属性当中相同字段,选择符合要求的数据,并统一改变其值. (1)选择 ENNM字段中包含“居委会”的数据 (2)删除这些数据中的“居委会”字样 !ENNM![:-3] 2.高级查找 (1)关键字的位置不同 "STATE_NAME" LIKE 'Miss%'      关键字后面有多个字 "OWNER_NAME&quo

有很多项目,都有数据筛选的操作.下面提供一个案例,给大家做参考. 左侧是数据源,搜索框加TreeView控件,右侧是ListBox控件.在左侧数据列点击添加数据,然后点击确定,得到所筛选的数据. 下面直接看代码吧,比较好理解~ 筛选控件做成用户控件,当然也可以直接放在主界面,如果不复用的话.数据源都是固定的,实际用的话,新建个ViewModel将数据源绑定就行了. 1.筛选控件界面: <UserControl x:Class="WpfApplication17.SelectControl&

如何在列表,字典,集合中根据条件刷选数据 说明: 本文分析的类型: 列表 字典 集合 结合每种类型筛选数据的方法的不同,区分出方法间的差异. 一.列表案例 需求:过滤掉列表中的负数. li = [1,5,-3,-1,0,9,-10,10] 1.通用方法:迭代列表获取列表中的每个元素进行选择 代码: li = [1, 5, -3, -1, 0, 9, -10, 10] ret = [] for i in li: if i >= 0: ret.append(i) print(ret) 2.filte

HTTP错误404.13 - Not Found 请求筛选模块被配置为拒绝超过请求内容长度的请求,原因是Web服务器上的请求筛选被配置为拒绝该请求,因为内容长度超过配置的值(IIS 7 默认文件上传大小时30M). 解决方法 1. 修改IIS的applicationhost.config a.文件位置: %windir%/system32/inetsrv/config/applicationhost.config b.找到 <requestFiltering> 节点 c.为这个节点添加如下元素

1.获取指定表的行数 --获取表中数据行数 --select max([列名]) from 表名 2.筛选指定表的指定行数据(数据表分页获取) http://www.cnblogs.com/morningwang/archive/2009/01/02/1367277.html --MAX方法实现筛选指定范围行的数据 * FROM hduCV1507022250 WHERE [recID] > ( --SELECT ISNULL(MAX([recID]),0) SELECT MAX(recID)