孟德尔随机化(Mendelian Randomization) 统计功效(power)和样本量计算 1 统计功效(power)概念 统计功效(power)指的是在原假设为假的情况下,接受备择假设的概率. 用通俗的话说就是,P<0.05时,结果显著(接受备择假设); 在此结论下,我们有多大的把握坚信结果的显著性,此时需要用到power来表示这种"把握". 统计功效(power)的计算公式为 1-β. 说到β,要提一下假设检验中的一型错误和二型错误. 一型错误,用 α 表示,全称 T

流行病学研究常见的分析就是相关性分析了. 相关性分析某种程度上可以为我们提供一些研究思路,比如缺乏元素A与某种癌症相关,那么我们可以通过补充元素A来减少患癌率.这个结论的大前提是缺乏元素A会导致这种癌症,也就是说元素A和癌症有因果关系. 但实际上,元素A和癌症有相关性,不代表他们之间就有因果关系.也有可能是患癌症的人同时有其他的并发症,这种并发症会导致元素A缺乏. 再比如,研究表明,大胸女生与不爱运动相关.那么,到底是因为胸大的女性不爱运动,还是因为不爱运动导致胸大(肥胖). 如果不做其他分析,

好多同学询问孟德尔随机化的问题,我再来尝试着梳理一遍,希望对大家有所帮助,首先看下图1分钟,盯着看将下图印在脑海中: 上图是工具变量(不知道工具变量请翻之前的文章)的模式图,明确一个点:我们做孟德尔的时候感兴趣的是x和y的关系,也就是小b,但是我们直接去跑x对y的回归肯定是不对的,因为有很多的U,因此我们借助工具变量G(关于工具变量我们之前的文章有详细的解释,请自行查阅),去估计我们感兴趣的小b. 现在有天然良好的工具变量G,也就是我们的基因变量,此时有上面的图,再次重申:我们感兴趣的,最终希望

计算power的算法说明 http://www.sxt.cn/u/324/blog/2112 翻译自  http://videlalvaro.github.io/2014/03/the-power-algorithm.html 1.快速求幂算法 在这篇文章我会展示怎样通过求一个数的幂的基本思路,来引导我们发现一些抽象的东西比如半群和含幺半群. 有一个很有名的对一个数求幂的算法,也就是说,求一个数x的n次方或者这样简单表示:x^n.Donald Knuth在TAOCP的4.63节 求幂值中提出这个

转换列: = Table.TransformColumns( 表, {{"列名1", 转换函数1, 数据类型1},-,{"列名n", 转换函数n, 数据类型n}}, 剩余列转换函数, 处理不存在的列) 示例:除"品名"列加前缀"N-"以外,其他所有列乘以10 = Table.TransformColumns(表, {"品名", each "N-" & _}, each _ *10

今天要讲的一篇是发表于 Hum Genet 的 "Shared genetic architecture between metabolic traits and Alzheimer's disease: a large-scale genome-wide cross-trait analysis" .很中规中矩的一篇文章,没有什么大的亮点的.写它的主要原因整篇文献思路很流畅,次要原因是我懒,不愿意看费脑子的文章. 以下,进入主题: 背景 阿尔茨海默病(AD)是一种进行性和破坏性的神经

前言 很多人问我有没有关于全基因组关联分析(GWAS)原理的书籍或者文章推荐. 其实我个人觉得,做这个分析,先从跑流程开始,再去看原理. 为什么这么说呢,因为对于初学者来说,跑流程就像一个大黑洞,学习原理就像一个小黑洞. 很多人花了好几个月的时间在看原理,一旦丢给他数据去分析,依旧束手无策. 不会跑流程,内心依旧会很恐慌.就像从来没有入门一样. 所以,我的建议是咱们先不去管原理,直接从分析入手. 等把数据跑出来了,整个流程的技能点满了,再去看看它的原理. 入门:学习GWAS的在线网站: 对于没有

我已经通过Gemma得到了关联分析的结果,如下. prefix.log.txt 中包含了一个总的PVE,这不是我们想要的. 那么,如何计算这些位点的表型解释率? 据了解,有些关联分析软件是可以同时得到这个信息的,比如Tassel. 参考:Whole-genome resequencing of wild and domestic sheep identifies genes associated with morphological and agronomic traits 有人说GAPIT的结

二 vcd dump 由于VCD可以用于做功耗分析,所以需要把其dump出来.另外VCD可以作为结果,也可以作为激励,但是实际看到的少啊! VCD是verilog的标准,所以有系统函数$dumpvars,$dumpfile(),$dumpon,$dumpoff,$dumpflush. 但是VHDL没有相关函数,所以要使用modelsim的脚本 : vcd file, vcd add, vcd flush 注意: a)以上前两句要加在vsim后面,见sample, b)注意在仿真结束前调用 vcd

5.1.3  函数参数的传递 我们知道,函数是用来完成某个功能的相对独立的一段代码.函数在完成这个功能的时候,往往需要外部数据的支持,这时就需要在调用这个函数时向它传递所需要的数据它才能完成这个功能获得结果.例如,当调用一个加法函数时,需要向它传递两个数作为加数和被加数,然后在它内部才能对这两个数进行计算获得加和结果.在定义一个函数的时候,如果这个函数需要跟外部进行数据交换,就需要在函数定义中加入形式参数表,以确定函数的调用者向函数传递的数据个数和具体类型.例如,可以这样定义需要两个int类型加

自从接触Android系统已经一年多了,这段时间内对于Android系统的Framework层的各个模块都有过接触,有时也做过分析,但是一直没能形成一个总结性的东西.这次下定决心,好好整理整理对于Android系统的学习梳理一下自己的思路.本文一方面是为了自己梳理下知识,文中涉及的内容,基本是拾人牙慧,很少有自己的东西,最多也就算是自己的总结:除此作用之外,如果能为后来者引玉,也算是一点功德吧.这次首先是对Android系统中的PowerManagerService进行下整理.之所以先选择Pow

 题目

这篇文章是对SNP位点功能注释在线网站的一个总结帖. 软件排名不分先后,优先顺序可以看推荐指数. 彩蛋在最后,请坚持看完 1.GWAS4D, 推荐指数:**** 网址:http://mulinlab.tmu.edu.cn/gwas4d 支持输入格式 1) Variants Coordinates: Chr, Pos, [P-value] 支持输入格式 2) VCF-like Map: Chr, Pos, SNPID, Ref, Alt, [P-value] 支持输入格式 3) Single SN

本笔记记录自 Coursera课程 <计算机程式设计> 台湾大学 刘邦锋老师 Week2 Control Structure 2-1 If-then-else if then 判断 if (condition) statement; 根据condition决定是否执行statement. 例子:(if-then.c) 只显示正数 #include <stdio.h> main() { int i; scanf("%d", &i); if (i >

============================================================== Popular generalized linear models 将不同类型的数据做数值转换,转换为线性模型. 连续型变量且正态分布选择 离散型变量且二项分布选择logistics 计数变量且负二项分布选择自然对数 負二項分布是統計學上一種描述在一系列独立同分布的伯努利试验中,失败次数到达指定次数(记为r)时成功次数的離散概率分布. 比如,如果我们定义掷骰子随机变量x值

大家好啊,我们又见面了.听说有人想学数据结构与算法却不知道从何下手?那你就认真看完本篇文章,或许能从中找到方法与技巧.     本期我们就从斐波那契数列的几种解法入手,感受算法的强大与奥妙吧. 原文链接:原文来自个人公众号:C you again,欢迎关注 斐波那契数列     斐波那契数列(Fibonacci sequence),又称黄金分割数列,因数学家莱昂纳多·斐波那契(Leonardoda Fibonacci)以兔子繁殖为例子而引入,故又称为"兔子数列".     斐波那契数列

摘要:本文重点分析一下AI框架对IR有什么特殊的需求.业界有什么样的方案以及MindSpore的一些思考. 本文分享自华为云社区<MindSpore技术专栏 | AI框架中图层IR的分析>,原文作者:元气满满的少女月 . IR(Intermediate Representation即中间表示)是程序编译过程中,源代码与目标代码之间翻译的中介,IR的设计对编译器来说非常关键,好的IR要考虑从源代码到目标代码编译的完备性.编译优化的易用性和性能.而AI框架本质的作用又是什么呢?AI框架本质的作用在

VS2013上使用EF Power Tools的Reverse Engineer Code First逆向生成Model时,没有处理计算字段.在保存实体时会出现错误. 可以通过修改Mapping.tt解决. 打开Mapping.tt,找到 foreach (var prop in efHost.EntityType.Properties) { var type = (PrimitiveType)prop.TypeUsage.EdmType; var isKey = efHost.EntityTy

原题:1374 - Power Calculus 题意: 求最少用几次乘法或除法,可以从x得到x^n.(每次只能从已经得到的数字里选择两个进行操作) 举例: x^31可以通过最少6次操作得到(5次乘,1次除) x^2 = x*x x^4 = (x^2)*(x^2) x^8 = (x^4)*(x^4) x^16 = (x^8)*(x^8) x^32 = (x^16)*(x^16) x^31 = (x^32)÷x 分析: 可以看到,每次从已得到的数字中选取两个操作,这样就有了枚举的思路. 这道题又是

我花了一点时间试图解决一个棘手的DAX表达式,那就是如何动态计算方差,下面我们认识一下这两个函数: PARALLELPERIOD  和 SAMEPERIODLASTYEAR  它能实现我们想要的结果,我们可以选择随机区域,并且根据切片器选择不同时间段,智能得到时间段的差异. 先看一下我的数据: 下面我们创建一个 Previous Period度量值: 首先创建了一个变量来获取Current period值 VAR CurrentPeriod = MAX(Table1[Period]) 然后我创建