流行病学研究常见的分析就是相关性分析了. 相关性分析某种程度上可以为我们提供一些研究思路,比如缺乏元素A与某种癌症相关,那么我们可以通过补充元素A来减少患癌率.这个结论的大前提是缺乏元素A会导致这种癌症,也就是说元素A和癌症有因果关系. 但实际上,元素A和癌症有相关性,不代表他们之间就有因果关系.也有可能是患癌症的人同时有其他的并发症,这种并发症会导致元素A缺乏. 再比如,研究表明,大胸女生与不爱运动相关.那么,到底是因为胸大的女性不爱运动,还是因为不爱运动导致胸大(肥胖). 如果不做其他分析,

孟德尔随机化(Mendelian Randomization) 统计功效(power)和样本量计算 1 统计功效(power)概念 统计功效(power)指的是在原假设为假的情况下,接受备择假设的概率. 用通俗的话说就是,P<0.05时,结果显著(接受备择假设); 在此结论下,我们有多大的把握坚信结果的显著性,此时需要用到power来表示这种"把握". 统计功效(power)的计算公式为 1-β. 说到β,要提一下假设检验中的一型错误和二型错误. 一型错误,用 α 表示,全称 T

好多同学询问孟德尔随机化的问题,我再来尝试着梳理一遍,希望对大家有所帮助,首先看下图1分钟,盯着看将下图印在脑海中: 上图是工具变量(不知道工具变量请翻之前的文章)的模式图,明确一个点:我们做孟德尔的时候感兴趣的是x和y的关系,也就是小b,但是我们直接去跑x对y的回归肯定是不对的,因为有很多的U,因此我们借助工具变量G(关于工具变量我们之前的文章有详细的解释,请自行查阅),去估计我们感兴趣的小b. 现在有天然良好的工具变量G,也就是我们的基因变量,此时有上面的图,再次重申:我们感兴趣的,最终希望

中介本身就是回归,基本上我看到的很多的调查性研究中在中介分析的方法部分都不会去提混杂,都是默认一个三角形画好,中介关系就算过去了,这里面默认的逻辑就是前两步回归中的混杂是一样的,计算中介效应的时候就自动消掉了. 但是,实际上对不对,还是有待具体分析的: Traditional, non-instrumental variable methods for mediation analysis experience a number of methodological difficulties, i

今天要讲的一篇是发表于 Hum Genet 的 "Shared genetic architecture between metabolic traits and Alzheimer's disease: a large-scale genome-wide cross-trait analysis" .很中规中矩的一篇文章,没有什么大的亮点的.写它的主要原因整篇文献思路很流畅,次要原因是我懒,不愿意看费脑子的文章. 以下,进入主题: 背景 阿尔茨海默病(AD)是一种进行性和破坏性的神经

前言 很多人问我有没有关于全基因组关联分析(GWAS)原理的书籍或者文章推荐. 其实我个人觉得,做这个分析,先从跑流程开始,再去看原理. 为什么这么说呢,因为对于初学者来说,跑流程就像一个大黑洞,学习原理就像一个小黑洞. 很多人花了好几个月的时间在看原理,一旦丢给他数据去分析,依旧束手无策. 不会跑流程,内心依旧会很恐慌.就像从来没有入门一样. 所以,我的建议是咱们先不去管原理,直接从分析入手. 等把数据跑出来了,整个流程的技能点满了,再去看看它的原理. 入门:学习GWAS的在线网站: 对于没有

这篇文章是对SNP位点功能注释在线网站的一个总结帖. 软件排名不分先后,优先顺序可以看推荐指数. 彩蛋在最后,请坚持看完 1.GWAS4D, 推荐指数:**** 网址:http://mulinlab.tmu.edu.cn/gwas4d 支持输入格式 1) Variants Coordinates: Chr, Pos, [P-value] 支持输入格式 2) VCF-like Map: Chr, Pos, SNPID, Ref, Alt, [P-value] 支持输入格式 3) Single SN

我已经通过Gemma得到了关联分析的结果,如下. prefix.log.txt 中包含了一个总的PVE,这不是我们想要的. 那么,如何计算这些位点的表型解释率? 据了解,有些关联分析软件是可以同时得到这个信息的,比如Tassel. 参考:Whole-genome resequencing of wild and domestic sheep identifies genes associated with morphological and agronomic traits 有人说GAPIT的结

Systemverilog 语法总结(中) 上一个博客分享了SV基本的概念,这一博客继续分享,等下一个博客分享一个公司的验证的笔试题目. l 事件 背景: Verilog中当一个线程在一个事件上发生阻塞的同时,正好另一个线程触发了这个事件,则竞争就出现了.如果触发线程先于阻塞线程,则触发无效(触发是一个零宽度的脉冲). 解决方法: Systemverilog 引入了triggered()函数,用于检测某个事件是否已被触发过,包括正在触发.线程可以等待这个结果,而不用在@操作符上阻塞. 例子: e

SystemVerilog基本语法总结(上) 在总结SV的语法之前,先分享一些关于SV的笔试题目,这样更显得具有针对性的总结. a. 验证中,代码覆盖率是指(衡量哪些设计代码在激活触发,而哪一些则一直处于非激活状态的统计数据). b. SystemVerilog中,从一个类派生一个新类的关键字是(extends) c. SystemVerilog中,仿真器运行一个用例需要建立多个子线程,这些子线程结束时间各不相同,此时需要使用(wait fork)语句来等待所有的线程结束 d. SystemVe

我的MYSQL学习心得(一) 简单语法 我的MYSQL学习心得(二) 数据类型宽度 我的MYSQL学习心得(三) 查看字段长度 我的MYSQL学习心得(四) 数据类型 我的MYSQL学习心得(五) 运算符 我的MYSQL学习心得(六) 函数 我的MYSQL学习心得(七) 查询 我的MYSQL学习心得(八) 插入 更新 删除 我的MYSQL学习心得(九) 索引 我的MYSQL学习心得(十) 自定义存储过程和函数 我的MYSQL学习心得(十一) 视图 我的MYSQL学习心得(十二) 触发器 我的MY

背景: 这两天不小心看了一下Swift的基础语法,感觉既然看了,还是写一下笔记,留个痕迹~ 总体而言,感觉Swift是一种前后端多种语言混合的产物~~~ 做为一名.NET阵营人士,少少多多总喜欢通过对比来加深认识. 所以做了一个简单的比较列表. 下面是基础语法的比较: Swift C#(4.0以上) 常量定义: let name=”cyq.data” Const name=”cyq.data”; 变量定义: 指定类型: var name=”cyq.data” var name:String=”c

阅读目录: 自动属性默认初始化 自动只读属性默认初始化 表达式为主体的函数 表达式为主体的属性(赋值) 静态类导入 Null条件运算符 字符串格式化 索引初始化 异常过滤器when catch和finally代码块内的Await nameof表达式 扩展方法 总结 自动属性默认初始化 使用方法: public string Name { get; set; } = "hello world"; 为了便于理解使用2.0语法展示,编译器生成代码如下: public class Custom

回眸 C# 的前世今生 - 见证 C# 6.0 的新语法特性 序 目前最新的版本是 C# 7.0,VS 的最新版本为 Visual Studio 2017 RC,两者都尚未进入正式阶段.C# 6.0 虽说出了一段时间,但是似乎有许多园友对这一块知识并不了解,如拼接字符串的 $ 符号,在此,小人特地献上拙作一篇<回眸 C# 的前世今生 - 见证 C# 6.0 的新语法特性>,并祝大家在新的一年里:年年有今日,岁岁有今朝,月月涨工资,周周中彩票,天天好心情,日日好运道,白天遇财神,抢到火车票. 好

做java开发的朋友一般对JSP是比较熟悉的,大部分人第一次学习开发View层都是使用JSP来进行页面渲染的,我们都知道JSP是可以嵌入java代码的,在远古时代,java程序员甚至在一个jsp页面上就完成了所有的业务逻辑代码,能够实用平台的API,这是jsp的一个优点,所谓物极必反,这一点在某些方面也成了它的一个缺点,内容和表示的界限变得很模糊,使得mvc分层不够彻底. Velocity的写法比较接近java的语法,语法非常简单,对于java开发人员来说,从一窍不通到上手使用velocity几

1.1.2 Node.js控制台(REPL) Node.js也有自己的虚拟的运行环境:REPL. 我们可以使用它来执行任何的Node.js或者javascript代码.还可以引入模块和使用文件系统. 在终端的执行命令来打开控制台, 1.1.3 加载Node.js脚本 记载node.js脚本文件非常简单,运行"node 文件名"即可,"node program.js".如果我们想快速执行一些简单的语句,可以使用-e参数,这样我们直接执行一些javascript或者no

首先需要声明的是"语法糖"这个词绝非贬义词,它可以给我带来方便,是一种便捷的写法,编译器会帮我们做转换:而且可以提高开发编码的效率,在性能上也不会带来损失.这让java开发人员羡慕不已,呵呵. 1．  经过简化的Property 早些时候我们这样声明Property 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 private string _myName;   public string MyName   {       get { return _myName; }       

一.Ibatis常用动态sql语法,简单粗暴用一例子 <select id="iBatisSelectList" parameterClass="java.util.HashMap" resultMap="BeanFieldMap">        SELECT            Column_list        FROM            Table_name        WHERE 1=1            &l

作者: 阮一峰 网页布局(layout)是CSS的一个重点应用. 布局的传统解决方案,基于盒状模型,依赖 display属性 + position属性 + float属性.它对于那些特殊布局非常不方便,比如,垂直居中就不容易实现. 2009年,W3C提出了一种新的方案----Flex布局,可以简便.完整.响应式地实现各种页面布局.目前,它已经得到了所有浏览器的支持,这意味着,现在就能很安全地使用这项功能. Flex布局将成为未来布局的首选方案.本文介绍它的语法,下一篇文章给出常见布局的Flex写

postgresql数据库创建/修改/删除等写入类代码语法总结: 1,创建库 2,创建/删除表 2.1 创建表 create table myTableName 2.2 如果表不存在则创建表 create table if not exists myTableName 2.3 删除表 drop table if exists myTableName; 2.4 实例代码: drop table if exists myTableName; create table if not exists my