在做基因表达分析时必然会要做差异分析(DE) DE的方法主要有两种: Fold change t-test fold change的意思是样本质检表达量的差异倍数,log2 fold change的意思是取log2,这样可以可以让差异特别大的和差异比较小的数值缩小之间的差距. Let's say there are 50 read counts in control and 100 read counts in treatment for gene A. This means gene A is

http://software.broadinstitute.org/gsea/index.jsp GSEA(Gene Set Enrichment Analysis)是一种生物信息学的计算方法,用于确定是否存在这样一个基因集,能在两个生物学状态中显示出显著的一致性的差异.表达谱数据里的基因数目众多,我们需要对基因进行功能注释,看哪些基因属于同一通路,以及该通路上的上调.下调情况,这就是富集分析了. 例如2019年4月在Cancer cell(PMID 30991027)上发表的一篇文章中有一张

北京时间2022年3月22日凌晨,<Nature>期刊在线刊登了由中国科学院广州生物医学与健康研究所等单位牵头,深圳市易基因科技有限公司.中国科学技术大学等单位参与,应用人多能干细胞向胚胎8细胞状态人工诱导的科研成果.深圳市易基因科技有限公司运用简化基因组甲基化测序.单细胞和微量细胞基因组DNA甲基化测序等技术,完成了研究中不同人工干预及细胞状态下的基因组DNA甲基化的时空动态变化. 图源Nature官网 论文中,研究者设计了一种非转基因.快速.可控的"细胞重编程"方法,将

肿瘤的发生与免疫系统的功能密切相关.在免疫系统中,MHC(主要组织相容性复体,majorhistocompatibilitycomplex)是所有生物相容复合体抗原的一种统称.HLA(humanleucocyteantigen)就是人类的MHC基因,即人类白细胞抗原,位于6号染色体,它所在的区域是人类基因组中多态性最高的区域之一,有高达上千个等位基因. HLA–I类基因在细胞毒性T细胞反应中作用至关重要,可以在细胞表面呈递可被T细胞受体识别的肽段. 研究表明,肿瘤中HLA基因存在大量的体细胞突变

随着人类基因组计划(Human Genome Project)即全部核苷酸测序的即将完成,人类基因组研究的重心逐渐进入后基因组时代(Postgenome Era),向基因的功能及基因的多样性倾斜.通过对个体在不同生长发育阶段或不同生理状态下大量基因表达的平行分析,研究相应基因在生物体内的功能,阐明不同层次多基因协同作用的机理,进而在人类重大疾病如癌症.心血管疾病的发病机理.诊断治疗.药物开发等方面的研究发挥巨大的作用.它将大大推动人类结构基因组及功能基因组的各项基因组研究计划.生物信息学在基因组

如果你获得了一个肿瘤差异表达基因,想研究其是否可作为某种肿瘤的潜在标志物和靶点,又怕做实验会得到阴性结果,浪费时间和金钱,这时候你就应该想到Oncomine数据库了(www.oncomine.org). Oncomine整合了GEO.TCGA和已发表的文献等来源的RNA和DNA-seq数据,只要你用非营利机构邮箱注册了就可以免费使用了.下面就以ERBB2基因为例跟着小诺一步一步搞定Oncomine吧. 第一步:ERBB2在肿瘤中的表达 在搜索框中输入ERBB2并设定P值.差异表达倍数和差异的排序

引用自https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzU4NjU4ODQ2MQ==&mid=2247484662&idx=1&sn=194668553f954e231f4526f5c944a195&chksm=fdf84cb4ca8fc5a2c0e8355377f9d6abdc4fa36b304aa8c533b5e82e49de30d443366ff3346a&mpshare=1&scene=1&srcid=09097IKbsc

1264: [AHOI2006]基因匹配Match Description 基因匹配(match) 卡卡昨天晚上做梦梦见他和可可来到了另外一个星球,这个星球上生物的DNA序列由无数种碱基排列而成(地球上只有4种),而更奇怪的是,组成DNA序列的每一种碱基在该序列中正好出现5次!这样如果一个DNA序列有N种不同的碱基构成,那么它的长度一定是5N. 卡卡醒来后向可可叙述了这个奇怪的梦,而可可这些日子正在研究生物信息学中的基因匹配问题,于是他决定为这个奇怪星球上的生物写一个简单的DNA匹配程序. 为了

[BZOJ1264][AHOI2006]基因匹配Match Description 基因匹配(match) 卡卡昨天晚上做梦梦见他和可可来到了另外一个星球,这个星球上生物的DNA序列由无数种碱基排列而成(地球上只有4种),而更奇怪的是,组成DNA序列的每一种碱基在该序列中正好出现5次!这样如果一个DNA序列有N种不同的碱基构成,那么它的长度一定是5N. 卡卡醒来后向可可叙述了这个奇怪的梦,而可可这些日子正在研究生物信息学中的基因匹配问题,于是他决定为这个奇怪星球上的生物写一个简单的DNA匹配程序

神经元的传递:一个下游神经元,它接受其上游神经元的各个突触传过来的信号,然而,每个突触对该下游神经元的激活权重是不同的. 从神经网络的本质上说,当人连续.多次遭受失败的时候,大脑内就会释放大量的抑制性的神经递质,会削弱突触连接.已知有一种叫γ-氨基丁酸 是强的神经抑制剂. 耳聋基因:xgene43 国内常规耳聋基因检测当中所测的4个耳聋相关基因.一共4个基因.它们分别是: GJB2 :chr13 长臂.隐性遗传.在耳蜗细胞当中,由GJB2等 6种单体蛋白组成完整的Connexin蛋白,负责细胞内

题目描述 上了大学之后,小W和小Z一起报了一门三宝课,在实践课上遇到了一些问题. 一条染色体上有nn对基因,每种基因都可以用一个数ai来表示,作为标号. 现在,在其中一条染色单体上某基因发生了突变. 此时染色体上有n−1对相同的基因和一对不同的基因. 他们通过某种方法获得了这条染色体上的全部基因. 现在他们想知道发生突变的基因的标号是什么. 输入 第一行一个数n 第二行2×n个数表示. 输出 两个数,代表发生突变的基因的标号. 样例输入 5 1 2 3 4 7 8 4 3 2 1 样例输出 7

EGFR: “Epidermal growth factor receptor”,表皮生长因子受体.别名:ErbB1,或 HER1 EGFR是ErbB基因家族的成员之一.ErbB基因家族包括了:EGFR(ErbB1).HER2(ErbB2).ErbB3.ErbB4.其中,HER2又称为ErbB2. EGFR是肿瘤靶向治疗当中最重要的靶子.其突变,会在很大程度上影响到多种靶向治疗有效性. 位于chr7  短臂 ,蛋白分子量170KDa,跨膜蛋白 定位于细胞膜上,细胞膜外的部分,负责与各种配体相结合

蕾妮·瓦林特(Renee Valint)的女儿谢尔碧(Shelby)在2000年出生时.看起来虚弱无力,就如同一仅仅耷拉着的布娃娃.谢尔碧学着走路和说话,但学得很慢.错过了儿童发展的重要阶段.到4岁时.她还仅仅能坐在轮椅上.到五年级时,她開始要用电子语音设备与人交流.绝望无助的蕾妮把女儿从菲尼克斯带到明尼苏达州罗切斯特的梅奥诊所(Mayo Clinic).进行最后一周的检查.并与美国最好的一些医生讨论病情. "他们都把手一摊,说:'我们不知道她出了什么问题.'"蕾妮说道,"那

1264: [AHOI2006]基因匹配Match Description 基因匹配(match) 卡卡昨天晚上做梦梦见他和可可来到了另外一个星球,这个星球上生物的DNA序列由无数种碱基排列而成(地球上只有4种),而更奇怪的是,组成DNA序列的每一种碱基在该序列中正好出现5次!这样如果一个DNA序列有N种不同的碱基构成,那么它的长度一定是5N. 卡卡醒来后向可可叙述了这个奇怪的梦,而可可这些日子正在研究生物信息学中的基因匹配问题,于是他决定为这个奇怪星球上的生物写一个简单的DNA匹配程序. 为了

http://www.genenames.org/ HGNC 全称为HUGO Gene Nomenclature Committee, 叫做 HUGO基因命名委员会,负责对人类基因组上包括蛋白编码基因, ncRNA基因,假基因和其他基因在内的所有基因提供一个唯一的,标准的,可以广泛传播的symbol; 对于每个human的基因来说,在HGNC数据库中会有一个数字标识的唯一ID,也会有一个唯一的symbol https://www.cnblogs.com/xudongliang/p/6855345

使用NCBI进行目的基因的引物设计 全文概述 利用生信工具进行目的基因的引物设计,使用了NCBI进行筛选与设计引物,使用 idtdna对筛选出的DNA进行检查.本文分享了如何筛选出高质量的基因引物,帮助想通过生信进行引物设计的学生.从业者找出合适的基因,毕竟购买引物也比较烧钱,避免设计出的基因质量偏低. NCBI查找基因 1.查询目的基因:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/?term=zbed3 备注:这里需要注意的是,要找到合适的目的基因!如果找智人,一

做了好久的RNA-seq分析,基因表达也在口头溜了几年了,但似乎老是浮在表面. 对一件事的了解程度决定了你的思维深度,只想做技工就不用想太多,想做大师就一定要刨根问底. 老是说基因表达,那么什么是基因表达?我们测序得到的基因表达其实只是一种表型,是样本的一个快照,和普通的身高体重之类的连续型表型类似. 常规的转录组分析本质上都是表型分析,clustering.pseudotime.DEG.marker,在这些分析中,每个基因都是独立的维度,属于静态的分析,此时我们关注的是某个基因的功能分析,比如

微软发布云端基因服务:推动AI驱动的精准医疗 2018年03月07日 00:00:00 微软研究院AI头条 阅读数:117    版权声明:本文为博主原创文章,未经博主允许不得转载. https://blog.csdn.net/Y2c8YpZC15p/article/details/79479171 编者按:儿童癌症是很多研究者十分关注的问题,对相关数据的利用和处理无疑是解决问题的关键. 近日,微软宣布推出Microsoft Genomics服务,该服务通过帮助研究者利用和处理基因数据来取得治疗

题目描述 邪恶的707刚刚从白垩纪穿越回来,心中产生了一个念头:我要统治人类! 但是统治人类是很庞大且复杂的一个工程,707尝试了洗脑,催眠,以及武装镇压都没能成功地统治人类,于是她决定从科学上对人类的基因进行研究从而达到他的目的. 707获取了人类的基因信息并尝试对基因进行实验.他发现可以把人类的基因看做一个只包含小写字母的字符串,并定义从头开始任意长度的基因为"源头基因"人类身上与源头基因完全匹配的片段越多,这个人就越容易被控制.于是707就开始了他邪恶的计划-- 作为人类卫士的射

基因牛的繁殖 基因牛 张教授采用基因干预技术成功培养出一头母牛,三年后,这头母牛每年会生出1头母牛, 生出来的母牛三年后,又可以每年生出一头母牛.如此循环下去,请问张教授n年后有多少头母牛? 以下程序模拟了这个过程,请填写缺失的代码. 把填空的答案(仅填空处的答案,不包括题面)存入考生文件夹下对应题号的"解答.txt"中即可. public static class Cow { private int age; public Cow afterYear() { age++; retur

10月7日,诺贝尔化学奖颁给了法国美国生物学家Jennifer Doudna和生物化学家Emmanuelle Charpentier,以表彰她们对新一代基因技术CRISPR的贡献,全网沸腾. CRISPR-Cas9又被称为"基因魔剪"的革命性技术,它的诞生,不仅是对基因技术的提高,同时也可能修改生命的说明书. 关于基因魔剪的出现,生物科技公司Techme INC(公司编号:20151524696 )对此作出了解读.Techme INC在2015年成立,是美国一家创新的生物科技公司,专注