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序列比对输出phylip结果
2024-11-03
序列比对和构建进化树(clustalw和phylip)
安装clustalw很简单,不提了. 找了几个蛋白序列进行比对,命名为dm.fasta 1.输入 ./clustalw2 进入交互模式 2.选择1 并输入文件名字 3.输入2, 进行多序列比对 4.如果要修改输入格式,则点9 5.若要输出格式为phylip,则点4,并关闭1 6.按下回车,后退 7.选择1进行比对, 因为phylip输入文件为名infile, 所以这里直接改名字infile,并退出软件即可 安装phylip 减压后,进入src 并输入 make -f Makefile.unx
2015-4-2的阿里巴巴笔试题:乱序的序列保序输出(bit数组实现hash)
分布式系统中的RPC请求经常出现乱序的情况.写一个算法来将一个乱序的序列保序输出.例如,假设起始序号是1,对于(1, 2, 5, 8, 10, 4, 3, 6, 9, 7)这个序列,输出是:123, 4, 567, 8, 9, 10 上述例子中,3到来的时候会发现4,5已经在了.因此将已经满足顺序的整个序列(3, 4, 5)输出为一行. #include<stdio.h> int main() { int num ; while(scanf("%d",&num)!=
分布式系统中的RPC请求经常出现乱序的情况 写一个算法来将一个乱序的序列保序输出
分布式系统中的RPC请求经常出现乱序的情况. 写一个算法来将一个乱序的序列保序输出.例如,假设起始序号是1,对于(1, 2, 5, 8, 10, 4, 3, 6, 9, 7)这个序列,输出是: 1 2 3, 4, 5 6 7, 8, 9, 10 上述例子中,3到来的时候会发现4,5已经在了.因此将已经满足顺序的整个序列(3, 4, 5)输出为一行. 要求: 1. 写一个高效的算法完成上述功能,实现要尽可能的健壮.易于维护 2. 为该算法设计并实现单元测试 我的思路是: 假设输入
剑指 Offer 32 - III. 从上到下打印二叉树 III + 双端队列使用 + 蛇形打印层次遍历序列 + 正倒序输出
剑指 Offer 32 - III. 从上到下打印二叉树 III Offer_32_3 题目详情 题解分析 本题我想的比较复杂,其实题目的要求只是需要遍历的结果逆序和正序交替,这个其实可以使用Collections工具类的reverse函数来实现. 这里我根据偶数层和奇数层改变了遍历的顺序,相对较复杂. package com.walegarrett.offer; import java.util.*; /** * @Author WaleGarrett * @Date 2021/2/1 15:
【BZOJ-3675】序列分割 DP + 斜率优化
3675: [Apio2014]序列分割 Time Limit: 40 Sec Memory Limit: 128 MBSubmit: 1420 Solved: 583[Submit][Status][Discuss] Description 小H最近迷上了一个分隔序列的游戏.在这个游戏里,小H需要将一个长度为n的非负整数序列分割成k+1个非空的子序列.为了得到k+1个子序列,小H需要重复k次以下的步骤: 1.小H首先选择一个长度超过1的序列(一开始小H只有一个长度为n的序列——也就是一开始
图结构练习——判断给定图是否存在合法拓扑序列(dfs算法(第一个代码),邻接矩阵(前两个代码),邻接表(第三个代码))
sdut 2140 图结构练习——判断给定图是否存在合法拓扑序列 Time Limit: 1000ms Memory limit: 65536K 有疑问?点这里^_^ 题目描述 给定一个有向图,判断该有向图是否存在一个合法的拓扑序列. 输入 输入包含多组,每组格式如下. 第一行包含两个整数n,m,分别代表该有向图的顶点数和边数.(n<=10) 后面m行每行两个整数a b,表示从a到b有一条有向边. 输出 若给定有向图存在合法拓扑序列,则输出YES:否则输出NO. 示例输入 1
POJ 1094 Sorting It All Out (拓扑排序,判断序列是否唯一,图是否有环)
题意:给出n个字符,m对关系,让你输出三种情况: 1.若到第k行时,能判断出唯一的拓扑序列,则输出: Sorted sequence determined after k relations: 序列 2.若到第k行,出现环,则输出: Inconsistency found after k relations. 3.若直到m行后,仍判断不出唯一的拓扑序列,则输出: Sorted sequence cannot be deter
uva 10131 Is Bigger Smarter ? (简单dp 最长上升子序列变形 路径输出)
题目链接 题意:有好多行,每行两个数字,代表大象的体重和智商,求大象体重越来越大,智商越来越低的最长序列,并输出. 思路:先排一下序,再按照最长上升子序列计算就行. 还有注意输入, 刚开始我是这样输入的 cnt = 1; while(~scanf("%d%d", &p[cnt].w, &p[cnt++].s)) 结果p[1].w的值没有,为0, 所以注意在连续输入的时候不能用 cnt++; #include <iostream> #include <
【USACO 2.1.2】法雷序列
[问题描述] 对任意给定的一个自然数 n(n<=160), 将分母小于等于 n 的不可约的真分数按上升的次序排序 , 并且在第一个分数前加上 0/1, 而在最后一个分数后加上 1/1, 这个序列称为 n 级法雷序列 , 以 Fn 表示 . 例如 ,F8 为 : 0/1,1/8,1/7,1/6,1/5,1/4,2/7,1/3,3/8,2/5,3/7,1/2,4/7,3/5,5/8,2/3,5/7,3/4,4/5,5/6,6/7,7/8,1/1. 编程求出 n 级法雷序列 , 每行输出 1
【基础练习】【vector】codevs3393 序列倒置
版权信息 转载请注明出处 [ametake版权全部]http://blog.csdn.net/ametake欢迎来看 题目非常easy,本质还是练习一下vector 题目描写叙述 Description 给定一个正整数序列,请将这个序列倒置后输出 输入描写叙述 Input Description 输入包含一行.即给定的正整数序列,正整数之间用空格隔开. 输出描写叙述 Output Description 输出包含一行.即倒置后的序列. 例子输入 Sample Input 1 3 5 2 4 例子
[BZOJ3675]序列分割
3675: [Apio2014]序列分割 Time Limit: 40 Sec Memory Limit: 128 MB Description 小H最近迷上了一个分隔序列的游戏.在这个游戏里,小H需要将一个长度为n的非负整数序列分割成k+1个非空的子序列.为了得到k+1个子序列,小H需要重复k次以下的步骤: 1.小H首先选择一个长度超过1的序列(一开始小H只有一个长度为n的序列--也就是一开始得到的整个序列): 2.选择一个位置,并通过这个位置将这个序列分割成连续的两个非空的新序列. 每
bzoj 3675: [Apio2014]序列分割
Description 小H最近迷上了一个分隔序列的游戏.在这个游戏里,小H需要将一个长度为n的非负整数序列分割成k+1个非空的子序列.为了得到k+1个子序列,小H需要重复k次以下的步骤: 1.小H首先选择一个长度超过1的序列(一开始小H只有一个长度为n的序列--也就是一开始得到的整个序列): 2.选择一个位置,并通过这个位置将这个序列分割成连续的两个非空的新序列. 每次进行上述步骤之后,小H将会得到一定的分数.这个分数为两个新序列中元素和的乘积.小H希望选择一种最佳的分割方式,使得k轮之后,小
【BZOJ3675】序列分割(斜率优化,动态规划)
[BZOJ3675]序列分割(斜率优化,动态规划) 题面 Description 小H最近迷上了一个分隔序列的游戏.在这个游戏里,小H需要将一个长度为n的非负整数序列分割成k+1个非空的子序列.为了得到k+1个子序列,小H需要重复k次以下的步骤: 1.小H首先选择一个长度超过1的序列(一开始小H只有一个长度为n的序列--也就是一开始得到的整个序列): 2.选择一个位置,并通过这个位置将这个序列分割成连续的两个非空的新序列. 每次进行上述步骤之后,小H将会得到一定的分数.这个分数为两个新序列中元素
和为S的连续正数序列——牛客网(剑指offer)
题目描述 小明很喜欢数学,有一天他在做数学作业时,要求计算出9~16的和,他马上就写出了正确答案是100.但是他并不满足于此,他在想究竟有多少种连续的正数序列的和为100(至少包括两个数).没多久,他就得到另一组连续正数和为100的序列:18,19,20,21,22.现在把问题交给你,你能不能也很快的找出所有和为S的连续正数序列? Good Luck! 输出描述: 输出所有和为S的连续正数序列.序列内按照从小至大的顺序,序列间按照开始数字从小到大的顺序 题目链接 https://www.nowc
bzoj3675[Apio2014]序列分割 斜率优化dp
3675: [Apio2014]序列分割 Time Limit: 40 Sec Memory Limit: 128 MBSubmit: 3508 Solved: 1402[Submit][Status][Discuss] Description 小H最近迷上了一个分隔序列的游戏.在这个游戏里,小H需要将一个长度为n的非负整数序列分割成k+1个非空的子序列.为了得到k+1个子序列,小H需要重复k次以下的步骤: 1.小H首先选择一个长度超过1的序列(一开始小H只有一个长度为n的序列——也就是一开
条件随机场CRF(二) 前向后向算法评估标记序列概率
条件随机场CRF(一)从随机场到线性链条件随机场 条件随机场CRF(二) 前向后向算法评估标记序列概率 条件随机场CRF(三) 模型学习与维特比算法解码 在条件随机场CRF(一)中我们总结了CRF的模型,主要是linear-CRF的模型原理.本文就继续讨论linear-CRF需要解决的三个问题:评估,学习和解码.这三个问题和HMM是非常类似的,本文关注于第一个问题:评估.第二个和第三个问题会在下一篇总结. 1. linear-CRF的三个基本问题 在隐马尔科夫模型HMM中,我们讲到了HMM的三个
BZOJ_3675_[Apio2014]序列分割_斜率优化
BZOJ_3675_[Apio2014]序列分割_斜率优化 Description 小H最近迷上了一个分隔序列的游戏.在这个游戏里,小H需要将一个长度为n的非负整数序列分割成k+1个非空的子序列.为了得到k+1个子序列,小H需要重复k次以下的步骤: 1.小H首先选择一个长度超过1的序列(一开始小H只有一个长度为n的序列——也就是一开始得到的整个序列): 2.选择一个位置,并通过这个位置将这个序列分割成连续的两个非空的新序列. 每次进行上述步骤之后,小H将会得到一定的分数.这个分数为两个新序列中元
Python序列[1,2,3,4,5]
序列是用于存放多个值得连续空间,并按一定顺序排列,每一个值(称为元素)都分配一个数,称为索引或位置.通过该索引可以取出相应的值. 索引 序列中的元素都是有序的.拥有自己编号(从0开始),我们可以通过索引得到序列中对应的元素,索引也可以为负值,负数索引表示从右往左开始计数,最后一个元素索引为-1,倒数第二为-2,以此类推. 示例代码: """ [1, 2, 3, 4, 5, 6] 0 1 2 3 4 5 <--------索引(下标)对应关系 ""&q
剑指offer(41)和为S的连续正数序列
题目描述 小明很喜欢数学,有一天他在做数学作业时,要求计算出9~16的和,他马上就写出了正确答案是100.但是他并不满足于此,他在想究竟有多少种连续的正数序列的和为100(至少包括两个数).没多久,他就得到另一组连续正数和为100的序列:18,19,20,21,22.现在把问题交给你,你能不能也很快的找出所有和为S的连续正数序列? Good Luck! 输出描述: 输出所有和为S的连续正数序列.序列内按照从小至大的顺序,序列间按照开始数字从小到大的顺序 题目分析 假设序列的开始数字为a,结束数字
剑指Offer 41. 和为S的连续正数序列 (其他)
题目描述 小明很喜欢数学,有一天他在做数学作业时,要求计算出9~16的和,他马上就写出了正确答案是100.但是他并不满足于此,他在想究竟有多少种连续的正数序列的和为100(至少包括两个数).没多久,他就得到另一组连续正数和为100的序列:18,19,20,21,22.现在把问题交给你,你能不能也很快的找出所有和为S的连续正数序列? Good Luck! 输出描述: 输出所有和为S的连续正数序列.序列内按照从小至大的顺序,序列间按照开始数字从小到大的顺序 题目地址 https://www.nowc
洛谷 P1430 序列取数 解题报告
P1430 序列取数 题目描述 给定一个长为\(n\)的整数序列\((n<=1000)\),由\(A\)和\(B\)轮流取数(\(A\)先取).每个人可从序列的左端或右端取若干个数(至少一个),但不能两端都取.所有数都被取走后,两人分别统计所取数的和作为各自的得分.假设\(A\)和\(B\)都足够聪明,都使自己得分尽量高,求\(A\)的最终得分. 输入输出格式 输入格式: 第一行,一个正整数\(T\),表示有\(T\)组数据.\((T<=100)\) 接着\(T\)行,每行第一个数为\(n\)
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