基本概念 Biostrings包很重要的3个功能是进行Pairwise sequence alignment 和Multiple sequence alignment及 Pattern finding in a sequence 序列比对一般有2个过程: 1)构建计分矩阵公式(the scoring matrix formulation) 2)比对(alignment itself) global alignment methods (全局比对):align every  residue in

什么是archive gap Archive Gap就是standby端日志应用的过程中丢失的一段范围的redo.典型的发生在standby端不能接收primary的redo信息或者接收后不能应用这些redo. 一旦出现GAP,则standby端的Log Apply Services将会暂停,直到Gap解决后恢复正常. 产生Archive Gap的可能原因: - 网络或者日志传输服务中断 - standby故障 - 日志传输服务配置错误 - standby端I/O异常 - 在archivelog

autocommit 隔离级别 https://www.ibm.com/developerworks/cn/opensource/os-mysql-transaction-isolation-levels-and-locks/index.html MySQL 事务隔离级别和锁 事务特性和 InnoDB 锁   2019 年 8 月 26 日发布   事务及其特性 IBM Compose for MySQL IBM Cloud 上提供的 Compose for MySQL 数据库服务可以帮助您更好

Given an unsorted array, find the maximum difference between the successive elements in its sorted form. Try to solve it in linear time/space. Return 0 if the array contains less than 2 elements. You may assume all elements in the array are non-negat

本文轉載自無雙的小寶的博客:http://www.cnblogs.com/sopost/archive/2010/09/11/2190085.html 有時候因為網路或備份故障等原因,主機所產生的歸檔日誌無法傳到備機上,這個時候備機就產生了gap.對於這種情況,應該如何解決? 需要注意的是,一旦產生gap,即使gap之後的archive log能正常傳到standby庫中,standby庫並不會對後繼傳來的日誌檔做apply.只有通過對standby做recover把從產生gap的第一個檔到最新

前言 在比较排序的算法中,快速排序的性能最佳,时间复杂度是O(N*logN).因此,在使用比较排序时,时间复杂度的下限就是O(N*logN).而桶排序的时间复杂度是O(N+C),因为它的实现并不是基于比较实现的,而是基于映射函数实现的. 桶排序 桶排序工作的原理是将数组分到有限数量的桶子里.每个桶子再个别排序(有可能再使用别的排序算法或是以递归方式继续使用桶排序进行排序). 桶排序利用函数的映射关系,减少了几乎所有的比较工作.实际上,桶排序的f(k)值的计算,其作用就相当于快排中划分,已经把大量

DataGuard主备之间可能由于网络等原因,造成备库和主库之间的归档日志不一致,这样就产生了gap. 解决gap的步骤: 1.在备库获得gap的详细信息 2.将需要的归档日志从主库拷贝到备库 3.备库将归档日志注册,然后应用.   --备库alert日志提示gap详情   Media Recovery Waiting for thread 1 sequence 7057 Fetching gap sequence in thread 1, gap sequence 7057-7080 FAL[

Gap Locks 区间锁 1. 区间锁不能用于语句锁定记录使用一个唯一索引来搜索一个唯一的记录 2.READ COMMITTED 没有区间锁 区间锁是一个锁在一个在index记录间的区间,或者一个lock 在gap 在第一个前或者最后一个index recoed 之后, 比如,SELECT c1 FOR UPDATE FROM t WHERE c1 BETWEEN 10 and 20; 会阻止其他事务插入15的值到列t.c1, 无论这里已经有任何这样的值在列里, 因为区间在所有存在的值在范围内

http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/innodb-record-level-locks.html InnoDB has several types of record-level locks including record locks, gap locks, and next-key locks. For information about shared locks, exclusive locks, and intention locks, see

Given an unsorted array, find the maximum difference between the successive elements in its sorted form. Try to solve it in linear time/space. Return 0 if the array contains less than 2 elements. You may assume all elements in the array are non-negat

InnoDB has several types of record-level locks including record locks, gap locks, and next-key locks. For information about shared locks, exclusive locks, and intention locks, see Section 14.3.5.3, “InnoDB Lock Modes”. InnoDB有几种行级锁类型, 包括 record 锁, ga

poj1273 Drainage Ditches Time Limit: 1000MS   Memory Limit: 10000K Total Submissions: 54962   Accepted: 20960 Description Every time it rains on Farmer John's fields, a pond forms over Bessie's favorite clover patch. This means that the clover is cov

/*以核心1为源点,以核心2为汇点建图,跑一遍最大流*/ #include<stdio.h> #include<string.h> #include<queue> using namespace std; #define N 21000 #define inf 999999999 struct node { int u,v,w,next; }bian[N*40]; int head[N],cur[N],gap[N],stac[N],top,n,sink,source,y

学习资料:官方手册 Vol 3: Core System Package [Host volume] Part C: Generic Access Profile 下面这个图是BLE协议各层跟医院的各个科室的类比图: 每个医院的大堂都有些约定: ① 大堂里有医院的介绍,你可以根据它确定这个医院是否适合你: ② 有急救通道 ③ 要挂号,挂号后你跟医院才建立了联系,才能去找医生看病. 重点在于:怎么确定医院(是否适合你).怎么建立联系. 在BLE里,也有一些约定用来发现设备.连接设备,在GAP里定义

出处: http://www.cnblogs.com/sunss/p/3166550.html 昨天看到一个很有意思的死锁,拿来记录下: 环境:deadlock on 事务隔离级别: read commited 表结构: root@test 08:34:01>show create table lingluo\G *************************** 1. row *************************** Table: lingluo Create Table:

4-11 求自定类型元素序列的中位数   (25分) 本题要求实现一个函数,求N个集合元素A[]的中位数,即序列中第\lfloor N/2 +1\rfloor⌊N/2+1⌋大的元素.其中集合元素的类型为自定义的ElementType. 函数接口定义: ElementType Median( ElementType A[], int N ); 其中给定集合元素存放在数组A[]中,正整数N是数组元素个数.该函数须返回N个A[]元素的中位数,其值也必须是ElementType类型. 裁判测试程序样例:

憔悴到了转述中文综述的时候了........ 在统计学角度来看,时间序列分析是统计学中的一个重要分支, 是基于随机过程理论和数理统计学的一种重要方法和应用研究领域.  时间序列按其统计特性可分为平稳性序列和非平稳性序列. 目前应用最多的是Box一JenkinS 模型建模法, 它是由G.E.P.Box和英国统计学家G.M.JenkinS于1970年首次系统提出的.Box一JenkinS方法是一种较为完善的统计预测方法 , 他们的作用是为实际工作者提供了对时间序列进行分析.预测 , 以用对ARMA模

1.你对angular有哪些认识? 属于mvvm框架,现在非常的火,由谷歌开发出来并维护的框架,为了解决负责业务中ajax的开发痛苦,刚开始结果angular的时候,确实让我有一种耳目一些,原来代码还可以这样写的感觉,他的model层和view进行双向数据绑定,当一个改变的时候,框架帮我接听并且触发另一个的改变,这为我们的敏捷快速开发带来不少的便利,他的依赖注入,$scope自动带来的数据的继承.最重要的他还是单页面应用,和vue一样,有良好的路由.优点:1. 模板功能强大丰富,并且是声明式的,

现在BWA大家基本上只用其mem算法了,无论是二代还是三代比对到参考基因组上,BWA应用得最多的就是在重测序方面. Aligning sequence reads, clone sequences and assembly contigs with BWA-MEM - arXiv:1303.3997v2 摘要 BWA-MEM is a new alignment algorithm for aligning sequence reads or assembly contigs against a

问题一:以下的代码的输出将是什么? 说出你的答案并解释. class Parent(object): x = 1 class Child1(Parent): pass class Child2(Parent): pass print Parent.x, Child1.x, Child2.x Child1.x = 2 print Parent.x, Child1.x, Child2.x Parent.x = 3 print Parent.x, Child1.x, Child2.x 答案 以上代码的

BioInf-Wuerzburg/proovread - Github 主要是来解读 proovread 发表的文章,搞清楚它内在的原理. Proovread,这个工具绝对没有你想的那么简单,它引入了很多局部模型,而且在总体设计上也是很有眼光的. 原文:proovread: large-scale high-accuracy PacBio correction through iterative short read consensus 摘要 动机:目前边合成边测序的二代技术占主导,虽然准,但太