本文首发于“生信补给站”微信公众号,https://mp.weixin.qq.com/s/2W1W-8JKTM4S4nml3VF51w 更多关于R语言,ggplot2绘图,生信分析的内容,敬请关注小号,给您干货. Meta分析的结果使用森林图进行可视化展示很常见,其实COX生存分析也能用森林图展示. 之前分享过绘制KM曲线R|生存分析(1),诺莫图展示COX结果Nomogram(诺莫图) | Logistic.Cox生存分析结果可视化,本文将简单的介绍如何使用R-survminer包绘制Cox生

本文首发于“生信补给站”微信公众号,https://mp.weixin.qq.com/s/2W1W-8JKTM4S4nml3VF51w 更多关于R语言,ggplot2绘图,生信分析的内容,敬请关注小号,给您干货. 上一篇简单的介绍了COX生存分析结果绘制森林图Forest plot(森林图) | Cox生存分析可视化,本文将介绍根据数据集合的基本信息以及点估计值(置信区间区间)的结果直接绘制森林图的方法. 其中点估计值(置信区间)的结果可以是COX也可以是logistic回归等其他方法的结果,适

1.生存曲线 基础包survival+扩展包survminer. survival包内置肺癌数据集lung. library(survival) library(survminer) str(lung) #拟合模型 fit <- survfit(Surv(time,status)~sex,data=lung) #绘制生存曲线 ggsurvplot(fit, pval = TRUE, #添加log rank检验的p值 conf.int = TRUE, #添加置信区间 risk.table = TR

参考:<复杂数据统计方法--基于R的应用> 吴喜之 在生存分析中,研究的主要对象是寿命超过某一时间的概率.还可以描述其他一些事情发生的概率,例如产品的失效.出狱犯人第一次犯罪.失业人员第一次找到工作.青少年第一次吸毒等等. 生存函数S(t): S(t)=P(T>t)=1-P(T<=t),t>0 T:表示寿命的随机变量 t:特定时间 综合生存函数图:用到包survival 案例:口腔癌数据 实验分成两组: TX=1:仅放疗 TX=2:放疗+化疗 #读取数据 u=read.csv

二.分类图 1. 分类散点图 (1)散点图striplot(kind='strip') 方法1: seaborn.stripplot(x=None, y=None, hue=None, data=None, order=None, hue_order=None, jitter=True, dodge=False, orient=None, color=None, palette=None, size=5, edgecolor='gray', linewidth=0, ax=None, **kwa

本文对应<R语言实战>第8章:回归 回归是一个广义的概念,通指那些用一个或多个预测变量(也称自变量或解释变量)来预测响应变量(也称因变量.效标变量或结果变量)的方法.通常,回归分析可以用来挑选与相应变量相关的解释变量,可以描述两者的关系,也可以生成一个等式,通过解释变量来预测响应变量. 回归分析的各种变体 回归类型 用途 简单线性 用一个量化的解释变量预测一个量化的响应变量 多项式 用一个量化的解释变量预测一个量化的响应变量,模型的关系是n阶多项式 多元线性 用两个或多个量化的解释变量预测一个

本文首发于“生信补给站”微信公众号,https://mp.weixin.qq.com/s/CGz51qOjFSJ4Wx_qOMzjiw 更多关于R语言,ggplot2绘图,生信分析的内容,敬请关注小号. 甘特图(Gantt chart),又常被称为横道图或者条状图,是现代企业项目管理领域运用最为广泛的一种图示.就是通过条形来显示项目的进度.时间安排等相关情况的. 项目管理外,也可以用来管理学习计划.绘制甘特图的工具有很多,本文介绍使用R-plotly包绘制交互式的甘特图,保存html链接后,即可

Lofistic回归模型也可以用于配对资料,但是其分析方法和操作方法均与之前介绍的不同,具体表现 在以下几个方面1.每个配对组共有同一个回归参数,也就是说协变量在不同配对组中的作用相同2.常数项随着配对组变化而变化,反映了非实验因素在配对组中的作用,但是我们并不关心其大小, 因此在拟合时采用条件似然函数代替了一般似然函数,从而在拟合中消去了反映层因素的参数. SPSS中没有直接拟合配对Logistic回归模型的过程,需要对数据进行一些处理,采用其他方法进行拟合,拟合方法有变量差值拟合和COX模型

在Qt中,我们有时需要把QImage类的彩色图片转为灰度图,一开始我想的是用QImage的成员函数convertToFormat(),但是试了好多参数,返现转化的图片都有问题,不是我们想要的灰度图,如果谁用成员函数成功转化成了灰度图,请在评论区将您的方法写下,让博主学习一下.那么还有一种笨办法,就是手动将R,G,B的值平均一下,然后用平均值更新每一个像素值,也能得到灰度图.参见代码如下: // image is the input color image, img is output grey

注:正则化是用来防止过拟合的方法.在最开始学习机器学习的课程时,只是觉得这个方法就像某种魔法一样非常神奇的改变了模型的参数.但是一直也无法对其基本原理有一个透彻.直观的理解.直到最近再次接触到这个概念,经过一番苦思冥想后终于有了我自己的理解. 0. 正则化(Regularization ) 前面使用多项式回归,如果多项式最高次项比较大,模型就容易出现过拟合.正则化是一种常见的防止过拟合的方法,一般原理是在代价函数后面加上一个对参数的约束项,这个约束项被叫做正则化项(regularizer).在线

一.概述: 人类能够观察到的光的波长范围是有限的,并且人类视觉有一个特点,只能分辨出二十几种灰度,也就是说即使采集到的灰度图像分辨率超级高,有上百个灰度级,但是很遗憾,人们只能看出二十几个,也就是说信息损失了五十倍.但人类视觉对彩色的分辨能力相当强,能够分辨出几千种色度,所以在实际应用中,可以将灰度图转变成彩虹图或者伪彩图等根据需求的彩色图. 二.彩虹图: 主要思路:把灰度图对应的0~255的数值分别转成彩虹色:红.橙.黄.绿.青.蓝,这里没有使用紫色,是因为紫色的效果并不好. //彩虹图的颜色

让黑白的SecureCRT彩色起来,如图仿真设置如下:  

8.3回归诊断 > fit<-lm(weight~height,data=women) > par(mfrow=c(2,2)) > plot(fit) 为理解这些图形,我们来回顾一下oLs回归的统计假设. 口正态性当预测变量值固定时,因变量成正态分布,则残差值也应该是一个均值为0的正态分布.正态Q-Q图(Normal Q-Q,右上)是在正态分布对应的值下,标准化残差的概率图.若满足正态假设,那么图上的点应该落在呈45度角的直线上;若不是如此,那么就违反了正态性的假设. 口独立性你无

目录 Logistic 回归 本章内容 回归算法 Logistic 回归的一般过程 Logistic的优缺点 基于 Logistic 回归和 Sigmoid 函数的分类 Sigmoid 函数 Logistic 回归分类器 图5-1 两种坐标尺度下的 Sigmoid 函数图 基于最优化方法的最佳回归系数确定 梯度上升法 图5-2 梯度上升图 梯度下降算法 训练算法:使用梯度上升找到最佳参数 图5-3 数据集图 梯度上升算法的伪代码 程序5-1 Logistic 回归梯度上升优化算法 分析数据:画出

1. 问题 之前我在<使用GDAL实现DEM的地貌晕渲图(一)>这篇文章里面讲述了DEM晕渲图的生成原理与实现,大体上来讲是通过计算DEM格网点的法向量与日照方向的的夹角,来确定该格网点的晕渲强度值.但其实关于这一点我不是很理解,这样做随着坡面与光源方向的夹角不同,确实产生了不同色调明暗效果:但晕渲图同时又有"阴坡面越陡越暗,阳坡面越陡越亮"的特性的,而阴阳坡面的划分又是跟坡度和坡向相关,之前的生成方法能体现出这种特性吗? 经过查阅资料,却在ArcGIS的帮助文档<山

前言: 书到用时方恨少 正文: 边缘提取技术一直都有接触,最通用的莫过于拉普拉斯,sobel几个算子,两个算子都可通过简单的模板运算进行,而现在比较好的一个边缘提取技术是canny,文章中我是用的canny函数参考:https://github.com/azikk/canny-with-CImg 不再另加描述. 需要注意的是↑这个算法计算过后的边缘特征图片的大小常和宽都-6,减去了中间sobel滤波器的大小. 使用边缘提取技术因为噪声.提取函数本身缺陷等原因,可能出现离散的不连续的点,而不是一条

机器学习之五 正则化的线性回归-岭回归与Lasso回归 注:正则化是用来防止过拟合的方法.在最开始学习机器学习的课程时,只是觉得这个方法就像某种魔法一样非常神奇的改变了模型的参数.但是一直也无法对其基本原理有一个透彻.直观的理解.直到最近再次接触到这个概念,经过一番苦思冥想后终于有了我自己的理解. 0. 正则化(Regularization ) 前面使用多项式回归,如果多项式最高次项比较大,模型就容易出现过拟合.正则化是一种常见的防止过拟合的方法,一般原理是在代价函数后面加上一个对参数的约束项,

SPSS详细操作:生存资料的Cox回归分析 一.问题与数据 某研究者拟观察某新药的抗肿瘤效果,将70名肺癌患者随机分为两组,分别采用该新药和常规药物进行治疗,观察两组肺癌患者的生存情况,共随访2年.研究以死亡为结局,两种治疗方式为主要研究因素,同时考虑调整年龄和性别的影响,比较两种疗法对肺癌患者生存的影响是否有差异.变量的赋值和部分原始数据见表1和表2. 表1.  肺癌患者生存的影响因素与赋值 表2. 两组患者的生存情况 二.对数据结构的分析 该研究以死亡为结局,治疗方式为主要研究因素,每个研究

图的遍历DFS 与树的深度优先遍历之间的联系 树的深度优先遍历分为:先根,后根 //树的先根遍历 void PreOrder(TreeNode *R){ if(R!=NULL){ visit(R); //访问根节点 while(R还有下一个子树T) PreOrder(T); //先根遍历下一棵子树 } } 新找到的相邻结点一定是没有访问过的. 先根遍历序列:1,2,5,6,3,4,7,8 图的深度优先遍历 bool visited[MAX_VERTEX_NUM]; //初始值都为false vo

0.前言 虽然很早就知道R被微软收购,也很早知道R在统计分析处理方面很强大,开始一直没有行动过...直到 直到12月初在微软技术大会,看到我软的工程师演示R的使用,我就震惊了,然后最近在网上到处了解和爬一些R的资料,看着看着就入迷了,这就是个大宝库了,以前怎么没发现,看来还是太狭隘了.直到前几天我看到这个Awesome R文档,我就静不下来了,对比了目前自己的工作和以后的方向,非常适合我.所以毫不犹豫的把这个文档汉化了,所以大家一起享受吧. 说明:本文已经提交到github,地址:https:/