一.bwa比对软件的使用 1.对参考基因组构建索引 bwa index -a bwtsw hg19.fa   #  -a 参数:is[默认] or bwtsw,即bwa构建索引的两种算法,两种算法都是基于BWT的(BWT search while the CIGAR string by Smith-Waterman alignment.).-a bwtsw对于短的参考序列是不工作的,必须要大于等于10Mb:-a is 不适用于大的参考序列,必须要小于等于2G: output:hg19.fa.am

一.什么影响了数据库查询速度 1.1 影响数据库查询速度的四个因素 1.2 风险分析 QPS:Queries Per Second意思是“每秒查询率”,是一台服务器每秒能够相应的查询次数,是对一个特定的查询服务器在规定时间内所处理流量多少的衡量标准. TPS:是TransactionsPerSecond的缩写,也就是事务数/秒.它是软件测试结果的测量单位.客户机在发送请求时开始计时,收到服务器响应后结束计时,以此来计算使用的时间和完成的事务个数. Tips:最好不要在主库上数据库备份,大型活动前

The last challenge introduced the animation-timing-function property and a few keywords that change the speed of an animation over its duration. CSS offers an option other than keywords that provides even finer control over how the animation plays ou

1.sync-binlog MySQL提供一个sync_binlog参数来控制数据库的binlog刷到磁盘上去. 默认,sync_binlog=0,表示MySQL不控制binlog的刷新,由文件系统自己控制它的缓存的刷新.这时候的性能是最好的,但是风险也是最大的.因为一旦系统Crash,在binlog_cache中的所有binlog信息都会被丢失. 如果sync_binlog>0,表示每sync_binlog次事务提交,MySQL调用文件系统的刷新操作将缓存刷下去.最安全的就是sync_binl

名称    bwa –   Burrows-Wheeler  Alignment Tool 内容摘要描述命令行与选项SAM 比对格式短序列比对注意事项  比对精确性  估计插入大小分布  内存需求  速度Bwa-0.6中的改变其他作者引用与授权历史 摘要 b w a   i n d e x   r e f . f ab w a   m e m   r e f . f a   r e a d s . f q   >   a l n - s e . s a mb w a   m e m   r e

最近WordPress网站访问特别的慢,有时间要加载一分钟才能完全打开,最初怀疑是服务器的问题,经过多方测试,还是没找到原因.后来,通过工具测出浏览器一直在加载fonts.googleapis.com,才发现了是原来是GOOGLE的外链资源影响了网站的速度!          Wordpress很多主题用了谷歌的服务,现在谷歌被大规模屏蔽,速度受到了影响. WordPress 自3.9+版本后加入了Google Fonts,而最近GOOGLE在中国国内是无法访问的,所以,如果是在登陆状态下打开你

详情:http://bbs.21ic.com/forum.php?mod=viewthread&tid=109584   USB 1.0的最高12Mbps. USB 2.0的高速模式480Mbps,全速模式12Mbps,低速模式1.5Mbps 而是设置STM32端的USART的波特率.PC与STM32传输速度是以USB1.1的理论速度传输的,是不能设置的. 接收到数据,置NAK->将缓冲区数据拷贝到用户区(用户处理过程)->发ACK通知主机完成了完整的接收可以发送下一个->主机发

在我们平时的程序中难免出现同时访问几个接口的情况,平时我们用curl进行访问的时候,一般都是单个.顺序访问,假如有3个接口,每个接口耗时500毫 秒那么我们三个接口就要花费1500毫秒了,这个问题太头疼了严重影响了页面访问速度,有没有可能并发访问来提高速度呢?今天就简单的说一下,利用 curl并发来提高页面访问速度,希望大家多指导. 1.老的curl访问方式以及耗时统计 function curl_fetch($url, $timeout=3){     $ch = curl_init();  

本文章转载:http://database.51cto.com/art/201108/282408.htm SQL Server数据库中,当索引碎片太多时,就会拖慢数据库查询的速度.这时我们可以通过整理索引碎片和重建索引来解决,本文我们主要就介绍了这部分内容,希望能够对您有所帮助.   SQL Server数据库操作中,当数据库中的记录比较多的时候,我们可以通过索引来实现查询.但是当索引碎片太多的时候,就会很严重地影响到查询的速度.这时候我们可以采取两种方法来解决:一种时整理索引碎片,另一种是重

我买的金士顿u盘 驱动也装了,口业插对了 速度还是很慢 30m左右 解决方法 1 搞定了·,主板驱动问题.卸了主板驱动usb3.0的速度立马上100m/s,即使装了联想官方的驱动也会影响USB3.0的速度.我只想说坑爹的win8.1... 2 到控制面板里,添加与删除程序,打开或关闭windows功能那里,把列表最下面的那个..什么差..什么压缩 的那个功能去掉就行了,上次就是,usb3.0插上去上传只有30几,关了那个立马100多兆的上传速度 3 ????????

阅读本文大概需要 6 分钟. 一.什么影响了数据库查询速度 1.1 影响数据库查询速度的四个因素 1.2 风险分析 QPS: QueriesPerSecond意思是“每秒查询率”,是一台服务器每秒能够相应的查询次数,是对一个特定的查询服务器在规定时间内所处理流量多少的衡量标准. TPS: 是 TransactionsPerSecond的缩写,也就是事务数/秒.它是软件测试结果的测量单位.客户机在发送请求时开始计时,收到服务器响应后结束计时,以此来计算使用的时间和完成的事务个数. Tips: 最好

一.什么影响了数据库查询速度 1.1 影响数据库查询速度的四个因素 1.2 风险分析 QPS: QueriesPerSecond意思是“每秒查询率”,是一台服务器每秒能够相应的查询次数,是对一个特定的查询服务器在规定时间内所处理流量多少的衡量标准. TPS: 是 TransactionsPerSecond的缩写,也就是事务数/秒.它是软件测试结果的测量单位.客户机在发送请求时开始计时,收到服务器响应后结束计时,以此来计算使用的时间和完成的事务个数. Tips: 最好不要在主库上数据库备份,大型活

查询速度 https://www.cnblogs.com/ZaraNet/p/9558272.html 影响你的查询速度的原因是什么? 网速不给力,不稳定. 服务器内存不够,或者SQL 被分配的内存不够. sql语句设计不合理 没有相应的索引,索引不合理 表数据过大没有有效的分区设计 数据库设计太2,存在大量的数据冗余 那我们如何找到速度慢的原因呢? 首先你要知道是否跟sql语句有关,确保不是机器开不开机,服务器硬件配置太差,没网你说p啊 sql server profiler,分析出sql慢的

背景 在项目中需要用到解压功能,之前还记录了下,将uboot解压代码移植到另外的bootloader中时,碰到的效率问题.最终查明是cache的配置导致的. https://www.cnblogs.com/zqb-all/p/11443127.html 优化前速度是uboot的十分之一,优化后速度达到uboot的两倍多. 没想到风水轮流转,最近在uboot中用了解压功能,结果最终在进行启动速度优化时,发现解压速度很慢, 不仅比不上移植到另一个bootloader中的解压速度,而且比之前测到过的u

随着数据量的增大,数据库的性能问题也是个值得关注的问题,很多公司对mysql性能方面没有太过重视,导致服务浪费过多资源.mysql服务性能差从而直接影响用户体验,这里我们简单的先来聊聊什么影响了mysql性能,从而能关注这些问题. 影响性能的几个方面 服务器硬件 服务器系统 数据库存储引擎的选择(插件形式的) MyISAM: 不支持事务,表级锁 InnoDB: 事务级存储引擎,完美支持行级锁,事务ACID特性 数据库参数配置 数据库结构设计和SQL语句 慢查询(数据库表结构设计) SQL语句的编

Java技术栈 ,一般把连接数设置得大一些). 并发量:同一时刻数据库服务器处理的请求数量 3.超高的 CPU使用率:CPU资源耗尽出现宕机. 4.磁盘 IO:磁盘 IO性能突然下降.大量消耗磁盘性能的计划任务.解决:更快磁盘设备.调整计划任务.做好磁盘维护. 1.3 网卡流量:如何避免无法连接数据库的情况 1.减少从服务器的数量(从服务器会从主服务器复制日志) 2.进行分级缓存(避免前端大量缓存失效) 3.避免使用 select 进行查询 4.分离业务网络和服务器网络 1.4 大表带来的问题(

大家好,我是痞子衡,是正经搞技术的痞子.今天痞子衡给大家分享的是恩智浦i.MXRT1170上Cortex-M7内核的FlexRAM ECC功能. ECC是"Error Correcting Code"的简写,ECC能够实现错误检查和纠正,含有ECC功能的内存一般称为ECC内存,使用了ECC内存的系统在稳定性和可靠性上得到很大提升.相比前几代不带ECC的i.MXRT10xx型号,新一代i.MXRT1170在ECC上做了全面武装,从eFuse到FlexRAM,从OCRAM到外部存储空间全都

目录 来源 结果 基因组大小估计 采用stitching方法组装 修改豇豆染色体编号 基因注释和重复DNA 豇豆遗传多样性 SNP和INDEL Vu03 上 4.2-Mb 染色体倒位的鉴定 与其他暖季豆科植物共线性分析 重复元素和基因组扩张 豇豆基因家族变化 多器官增大候选基因的鉴定 来源 The genome of cowpea (Vigna unguiculata [L.] Walp.). Plant J . 2019 Jun;98(5):767-782. doi: 10.1111/tpj.

NextPolish由未来组开发对基因组序列进行polish的工具,对三代以及二代均可进行polish. gituhp地址:https://github.com/Nextomics/NextPolish 基因组进行de novo组装后,得到contig,必须使用三代(尤其是没有consensus,比如minimap2+miniasm),二代进行纠错.NextPolish是一个非常不错的选择,同时支持三代,二代,hifi进行纠错. 1 安装 本次安装的最新版本为v1.3.1, 下载后 tar -v

目录 1. 组装算法 1)基于OLC算法 2)基于DBG算法 3)OLC vs DBG 2. 组装软件 3. 组装策略 4. 组装项目实施 1)测序前的准备 2) 测序样品准备 3)测序策略的选择 4)质控.基因组组装.质量评估 5)基因组注释 6)生物学分析 7)更多参考内容 5. 动植物Denovo测序项目的主要分析内容 1. 组装算法 一般有基于OLC(Overlap-Layout-Consensus, 先重叠后扩展)和基于DBG(De Brujin Graph)两种组装算法.基于OLC的

(转载)http://blog.csdn.net/bhq2010/article/details/7376352 需要在mysql中插入2000万条记录,用insert语句插入速度很有限,每秒钟几百条,放在hadoop集群上跑也是这个速度,可能是数据库的问题了,网上看到sql server和oracle的insert速度也不是很快.比较简单的优化方法如下: 1.在一条insert语句中插入多条记录 INSERT INTO tablename (field0, field1, ...) VALUE